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在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿谀奉献。接踵而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则张居正以整理驿传作为他自己的一大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私藉公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛抬行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵瑕。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢骚，他一定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以拔斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数一数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而情形却不是这样。王世贞一心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括一件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”。前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不堪使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为他的同年作《张公居正传》时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申时行，也多轻蔑之语。
还有一个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有一笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在一封信上指出“芝兰当路，不得不锄”。汪待郎虽有芝兰之美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉一锄斫去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最孚众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用佛家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如入火聚，得清凉门。”既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈士的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用恕道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳刚有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日凡被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，俨然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用懋。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学谟却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学谟已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小官的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼部右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”，这时被认为宣扬禅让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置喙。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被褫夺文官身份和以前恩赐的祖先诰命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被褫，家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎兼讲官高启愚、礼部尚书徐学谟和他申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后台老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了獬豸这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和给事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难�