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这次事件已经早有前兆。5年之前，即1596年，有一位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官绅更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李贽北上，并且慷慨地供应他和随从僧众的生活所需，使李贽的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仰慕者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。
在生命中的最后一年里，他致力于《易经》的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李贽既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李贽提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文极”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外睽携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就彼，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。
然而在这易代的前夕，李贽又如何为自己打算呢？即使其时李贽还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为礼科给事中张问达所解决。张问达递上了一本奏疏，参劾李贽邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李贽的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李贽妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“迩来缙绅大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李贽已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。
皇帝看罢奏疏之后批示：李贽应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦（此人和李贽也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
但是另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：“不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所求！”
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李贽才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。
从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太长。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
附录一
（万历皇帝于1590年8月25日与申时行等召对纪录。全文照《神宗实录》卷225排印。）
是日，上御门毕，召辅臣时行等见于皇极门暖阁。上出陕西巡抚赵可怀奏报虏情本手授时行曰：“朕近览陕西总督抚梅友松等所奏。说虏王引兵过河，侵犯内地，这事情如何？”时行等对：“近日洮州失事，杀将损军，臣等正切忧虑，伏蒙圣问，臣等敢以略节具陈：洮河边外，都是番族。番族有两样。中茶纳马的是熟番，其余的是生番。先年虏骑不到，只是防备番贼，所以武备单虚，仓猝不能堵遏。如今虏王过河，是被火落赤勾引，多为抢番，又恐中国救护，故声言内犯。然虏情狡诈，不可不防。”上曰：“番人也是朕之赤子。番人地方都是祖宗开拓的封疆。督抚官奉有敕书，受朝廷委托，平日所干何事？既不能预先防范，到虏酋过河，才来奏报。可见边备废弛。皇祖时各边失事，督抚官都拿来重处。朝廷自有法度。”时行等对：“皇上责备督抚不能修举边务，仰见圣明英断，边臣亦当心服。如今正要责成他选将练兵，及时整理。”上曰：“近时督抚等官平日把将官凌虐牵制，不得展布，有事却才用他。且如各边，但有功劳，督抚有升有赏，认做己功。及失事便推与将官，虚文搪塞。”时行等对：“各边文武将吏，各有职掌，如总督巡抚，只是督率调度。若临战阵定用武官，自总兵以下，有副总兵、有参将、游击、守备各分信地，如有失事，自当论罪。”上曰：“古文臣如杜预，身不跨鞍，射不穿札。诸葛亮纶巾羽扇，都能将兵立功，何必定是武臣？”时行等对：“此两名臣古来绝少，人才难得。臣等即当传与兵部，转谕督抚诸臣，尽心经理，以纾皇上宵旰之忧。”上曰：“将官必要谋勇兼全，曾经战阵方好。”时行等对：“将材难得。自款贡以来，边将经战者亦少。”上曰：“重赏之下，必有勇夫。只是不善用之，虽有关张之勇，亦不济事。”时行等对：“近日科道建言，要推举将材，臣等曾语兵部，及早题复。今九卿科道会同推举。”上曰：“前日有御史荐两将官。”时行等对：“所荐将官一是王化熙，曾提督巡捕，臣等亲见，亦是中才，只宜腹里总兵。一是尹秉衡，曾称良将，今老矣。”上曰：“不论年老。赵充国岂非老将？只要有谋。”时行等对：“将在谋不在勇。圣见高明，非臣等所及。”上又曰：“朕在九重之内，边事不能悉知。卿等为朕股肱，宜用心分理。如今边备废弛，不止陕西。或差有风力的科道或九卿大臣前去。如军伍有该补足，钱粮有该设处着一一整顿。书云：事事有备无患。须趁如今收舍，往后大坏愈难。”时行等对：“当初许虏款贡，原为内修守备，外示羁縻。只为人情偷安，日渐废弛。所以三年阅视，或差科臣，或差彼处巡按御史。”上曰：“三年阅视是常差。如今要特差。”时行等对：“臣等在阁中商议，要推大臣一员前去经略，且重其事权，使各边声势联络，庶便行事。容臣等撰拟传帖恭请圣裁。”上曰：“还拟两人来行。”已复言款贡事。上称：“皇考圣断者再。”时行等言：“自俺答献逆求封，赖皇考神谟独断，许通款贡，已二十年，各边保全生灵何止百万。”上曰：“款贡亦不可久恃。宋事可鉴。”时行等对：“我朝与宋事不同。宋时中国弱，夷狄强，原是敌国。今北虏称臣纳款，中国之体自尊，但不可因而忘备耳。”上日：“虽是不同，然亦不可媚虏。虏心骄意大，岂有厌足？须自家修整武备，保守封疆。”时行等对：“今日边事既未可轻于决战，又不可专于主抚。只是保守封疆、据险守隘、坚壁清野、使虏不得肆掠，乃是万全之策。皇上庙谟弘远，边臣庶有所持循。至于失事有大小，情事有轻重。若失事本小而论罪过罪，则边臣观望退缩。虏酋反得挟以为重。又非所以激励人心。自今尤望皇上宽文法核功罪。”上曰：“如今失事却也不轻。”时行等对：‘坚恩从宽处分，容臣传示边臣，便感恩图报。”上复问次辅病安否何如。时行等对：“臣锡爵实病，屡疏求去，情非得已。”上曰：“如今有事时正宜竭忠赞襄，如何要去？”时行等对：“皇上注念锡爵是优厚辅臣至意，臣等亦知感激。但锡爵病势果系缠绵。臣等亲至其卧内，见其形体赢瘦，神思愁苦，亦不能强留。”上曰：“着从容调理，痊可即出。”时行等唯唯。因叩头奏：“臣等半月不睹天颜，今日视朝，仰知圣体万安，不胜忻慰。”上曰：“朕尚头眩臂痛，步履不便。今日特为边事，出与卿等商议。”时行等叩头奏：“伏望皇上万分宝重。”上又曰：“闻山西五台一路多有矿贼，啸聚劫掠，地方官如何隐匿不报？”时行等奏：“近闻河南嵩县等处，聚有矿贼，巡抚官发兵驱逐，业已解散。”上曰：“是山西地方五台，因释氏故知之。”上恐时行等误以为失事也。复曰：“释氏是佛家，曾遣人进香耳。”时行等对：“地方既有盗贼啸聚，地方官隐匿不报，其罪不止疏玩而已。”
附录二
（万历皇帝于1590年2月5日与申时行等召对纪录。全文照《神宗实录》卷219排印。）
上御毓德宫，召辅臣申时行、许国、王锡爵、王家屏入见于西室。御榻东向，时行等西向跪，致词贺元旦新春。又以不瞻睹天颜，叩头候起居。
上曰：“朕之疾已病矣。”时行等对日：“皇上春秋鼎盛，神气充盈，但能加意调摄，自然勿药有喜，不必过虑。”上曰：“联昨年为心肝二经之火，时常举发，头目眩晕，胃隔胀满，近调理稍可。又为雒于仁奏本，肆口妄言，触起朕怒，以致肝火复发，至今未愈。”时行等奏：“圣躬关系最重，无知小臣狂戆轻率，不足以动圣意。”上以雒于仁本手授申时行云：“先生每看这本，说朕酒色财气，试为朕一评。”时行方展疏，未及对。上遽云：“他说朕好酒。谁人不饮酒？若酒后持刀舞剑，非帝王举动，岂有是事！又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，联每至一宫，他必相随，朝夕间小心侍奉勤劳。如恭妃王氏，他有长子，朕着他调护照管，母子相依，所以不能朝夕侍奉，何尝有偏？他说朕贪财，因受张鲸贿赂，所以用他。昨年李沂也这等说。朕为天子，富有四海，天下之财，皆朕之财，朕若贪张鲸之财，何不抄没了他？又说朕尚气。古云少时戒之在色，壮时戒之在斗，斗即是气。朕岂不知？但人孰无气？且如先生每也有童仆家人。难道更不责治？如今内侍宫人等或有触犯及失误差使的，也曾杖责。然亦有疾疫死者。如何说都是杖死？先生每将这本去票拟重处！”时行等对曰：“此无知小臣，误听道路之言，轻率读奏。”上曰：“他还是出位沽名！”时行等对曰：“他既沽名，皇上若重处之，适成其名，反损皇上圣德。唯宽容不较，乃见圣德之盛。”复以其疏缴置御前。上沉吟答曰：“这也说的是。到不事损了朕德，却损了朕度。”时行等对曰：“圣上圣度如天地，何所不容。”上复取�