112万，国民党军从建制、人员、武器来说都损失了大约1/3。1947年3月至6月，敌人的攻势已成弩末，除山东、陕北两处外，我方都转入了反攻。预计战争第二年解放军不仅在质量上，而且在数最上也将超过敌人，今后的发展必须求之于外线作战。这年8月，在他亲自领导下写出了战争第一年的总结，为制定第二年的战略方针提供了依据。9月28日，他在陕北葭县（今佳县）神泉堡作报告，阐明战争第二年的口号是：“全国大反攻，打倒蒋介石”。“我们的方针就是：打到蒋管区，发展解放区，消灭蒋介石的部队在蒋管区。这个方针在今后一年到两年间要实现。”至于打倒蒋介石，“要到第三年，可能到第四年”。
1948年6、7月间，华东野战军主力在中原野战军一部的配合下进行了豫东战役，歼敌9万多人。7月11日，周恩来在为中共中央起草的贺电中，写了这样一句话：“这一辉煌胜利，正给蒋介石‘肃清中原’的吃语以迎头痛击；同时，也正使我军更有利地进入中国人民解放战争的第三年度。”
这预告了战争在新的年度将发生巨大的变化。
1948年9月，在周恩来主持下，总参谋部写出了战争第二年的总结，作为决定战争第三年战略方针的依据。他在中共中央政治局会议上报告说：战争进入第三年后，全国作战的“重心在中原”，“北线重点在北宁路”，“应准备若干次带决定性的大的会战”。如果战争的第三四年在战场上“给敌人的打击很严重，加上敌方的财政经济崩溃，内部倾轧，那么胜利可能来得更快，我们应当有此准备”。
这一月，华东野战军取得了解放济南、歼敌10万的胜利。周恩来在为中共中央起草的贺电中指出：这一胜利“证明解放军的攻坚能力已大大提高”。他认为，济南战役是三大战役的开端，决战阶段的主要标志是三大战役，三大战役的序幕是济南战役。
对于辽沈、淮海、平津三大战役，周恩来亲自起草了很多电报，对于兵力部署、作战指挥、兵员物资补充等问题，都有过详细的指示。1948年10月2日，周恩来就蒋介石从华北调兵增援锦州后，林彪对集中兵力攻锦州的方针发生动摇，并要华北杨（得志）、罗（瑞卿）、耿（飙）兵团支援东北一事，为中央军委起草了致林彪、罗荣桓电。电文中指出，“你们应靠自己的力量来对付津榆段可能增加或山海关北援之敌，而关键则是迅速攻克锦州，望努力争取十天内外打下该城。”15日，锦州解放，歼灭敌人10多万。17日，周恩来在为中共中央起草的贺电中说：“这一胜利出现于你们今年秋季攻势的开始阶段，新的胜利必将继续到来，望你们继续努力，为全歼东北蒋匪部队，完全解放东北人民而战！”指明了锦州战役必将发展成为解放全东北的大战。
10月19日，长春解放，东北解放的大局已定。在此情况下，20日，周恩来起草了中共中央致东北同电并告林彪、罗荣桓等，要他们加紧修通中长路陶赖昭至四平段，以便解放沈阳后迅速修通中长路全段并向北宁路推进。11月2日，沈阳、营口解放，辽沈战役结束。蒋介石和傅作义对于平津地区的守军是南下还是西撤举棋不定，明争暗斗。9日，周恩来起草中共中央军委致华北、东北有关领导同志的电报，说：傅作义“正徘徊于平、张、津、保之间，对坚守平、津或西退绥、包，似尚未下最后决心”。为了抑留傅作义部队于平、津、张、保地区，命令华北第三兵团西开协同第一兵团攻太原后北返，华北第三兵团停止执行围攻归绥计划，以防傅部西退，等待东北野战军入关共同夺取平、津。这月上旬，中共中央军委决定扩大原定的淮海战役作战规模，并指示华东、中原两野战军协同作战。
1948年11月17日，周恩来起草了中央军委致林彪、罗荣桓、刘亚楼电，指出“在我胜利威胁下，蒋匪必将考虑其长江防线问题”，而“蒋匪嫡系24个师从华北海运江南，是蒋介石今天唯一可以使用的机动兵力”，“从全局看来，抑留蒋系24个师及傅系步骑16个师于华北来消灭，一则便利东北野战军入关作战，二则将加速蒋匪统治的崩溃，使其江南防线无法组成，华东、中原两野战军既可继续在徐淮地区歼敌，也便东北野战军将来沿津浦路南下，直捣长江下游。”电报要东北野战军考虑改变原定的休整到12月末的计划，提前进关。18日，中共中央军委决定东北野战军取捷径以最快速度进关。29日，平津战役开始。12月中旬起，周恩来协助毛泽东指导平津前线领导人开始同傅作义派来的人员进行谈判，基本原则是争取敌方放下武器。1949年1月10日，淮海战役胜利结束。至此，蒋介石国民党的精锐主力已被消灭。15日，天津解放。31日北平和平解放，平津战役胜利结束。
长期以来，周恩来从事着同一些国民党将领的秘密联系工作。1945年12月，他为中共中央起草的致刘伯承、邓小平、陈毅等的电报中，要他们做好争取原西北军将领的工作。在战邹发的关键时刻，这项工作发挥了重要作用。如1946年6月16日，周恩来电告中央，冯治安的副总司令张克侠已被国民党方面注意，现要将其妻子子女先送到解放区，请告徐冰洽办。17日，他电告中共中央转陈毅说，吴化文愿意找出路，请陈毅联系。后来，济南战役中，国民党整编九十六军军长吴化文率部约2万人阵前起义，促使战役提前12天结束，人民解放军减少了二三千人的伤亡。淮海战役开始，任国民党第三绥靖区副司令官的中共地下党员何基沣、张克侠率部2万多人起义，为人民解放军迅速切断黄百韬兵团的退路创造了极有利的条件，这也是使得淮海战役扩大规模的因素。
在指挥解放战争中，周恩来日夜繁忙，席不暇暖。他参与各战备区的一系列军事行动的决策，对许多战役都曾以电报作出指示。他起草的指挥作战的电报，最多时一昼夜达22份。1948年，为了使部队由游击战争过渡到正规战争，他为中央军委拟定了《关于统一解放军全军组织和番号的规定》。1949年6月，毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、彭德怀发布命令，公布了中国人民解放军的军旗、军徽式样。
周恩来回到延安后，1946年12月16日，被任命兼中央城市工作部部长。他领导了国民党统治区波澜壮阔的第二条战线。这条战线，以学生为主体，有广大工人、农民、教员、职员、爱国民主人士等参加，展开了同国民党反动派的迅猛异常、一浪高过一浪的斗争。“从解放区自卫爱国战争与蒋管区人民民主爱国运动的配合发展和胜利中，取消大地主大资产阶级的独裁统治”。
第二条战线的基础，是周恩来在中共中央长江局、南方局的长期工作中打下的。1945年的“一二·一”运动推动了全国的爱国民主运动。在中国共产党的号召下，一个以学生运动为主的反内战运动一时席卷了整个国民党统治区。1946年6月，周恩来批准中共南京局上海工委书记华岗的建议，决定组织上海各界代表到南京为和平而请愿。代表们6月23日在下关车站遭到大批特务围攻和殴打，暴露了蒋介石不要和平的原形。从“一二·一”到“六·二三”的和平民主运动，为形成第二条战线，迎接更大规模的斗争作了准备。
周恩来兼任中央城工部部长后，1949年1月，调整了国民党统治区的中共组织系统，以便配合解放战争，迎接全国革命新高潮。2月1日，他在中共中央政治局会议上发言，分析了蒋管区人民运动，指出这是“第二战场”。他说：美帝国主义侵略中国、支持蒋介石打内战的事实，激起了中国人民去年年底的反美抗暴斗争，美蒋反动派更加陷于孤立。会议通过了迎接中国革命新高潮的指示，指出中国政局将发展到一个新的阶段，即全国反帝反封建斗争的新的高潮阶段，现在是它的前夜，中国共产党的任务是为争取这一高潮的到来及其胜利而斗争。
1947年，学生运动高潮迭起。5月5日，周恩来起草的中共中央指示中，要求国民党统治区的党组织“保护我党及民主进步力量，以继续加紧开展人民运动”，“蒋管区城市工作，一切要从长期存在打算，以推动群众斗争，开展统一战线，如此，方能配合解放区胜利，推动全国新高潮的到来。”5月20日，蒋管区发生了反饥饿、反内战运动。这次运动的浪潮席卷了全国20多省60多个大中城市，学生运动与工人罢工、市民运动、农民抗租抗税斗争等汇合一体，持续了一个多月。毛泽东指出：“中国境内已有了两条路线”，“蒋介石政府已处在全民的包围中”。5月23日，周恩来起草的中共中央指示又指出：在学生运动中望坚持党的方针，“并灵活地运用斗争策略，有时直进，有时迂回，有时集中，有时分散，公开与秘密，合法与非法，既区别又结合，使一切群众斗争都为着开辟蒋管区的第二战场，把人民的爱国和平民主运动大大地向前推进”。
国民党的中央社当时有一个显然是缩小了的统计：从1946年12月到1948年6月，共发生“学潮”109次，506天。它说，“学潮”和中共的“一切号召和要求完全是密切呼应，若合符节”，“公然在政府后方开辟所谓第二战场”。
学生运动的高涨，促进了整个人民运动的高涨。
周恩来领导的第二条战线的斗争，一个显著的特点，就是既区别于陈独秀在大革命时期的合法主义，也避免了发生中心城市武装起义的“左”倾错误。1948年8月22日，周恩来为中共中央起草了指示，经毛泽东修改后发出。这个指示中说：“蒋近已决心撕破民主伪装的最后残余，实行疯狂的法西斯独裁的最后挣扎”，“我党在国民党统治区的目前工作，必须有清醒的头脑和灵活的策略，必须依靠广大群众而不要犯冒险主义的错误。”它分析说，在国民党统治的城市中，单独进行工人、市民的武装起义，肯定地说，一般是不可能的。因此，采取或者准备采取武装斗争的直接行动，都是不许可的，都有使少数先锋队脱离广大群众、遭受严重摧残与招致一时失败的危险。指示提出应当“坚决实行疏散隐蔽、积蓄力量、以待时机的方针。”凡是已经暴露的中共党员、进步学生和爱国人士，大批撤退到解放区，如上海撤出约2000人，北平撤出约1000人，南京撤出约几百人，这部分人在解放后大部分回到了城市，成为人民政权各条战线的工作干部。留在城市内不撤走的，开展反搬迁、反破坏的斗争，千方百计护厂、护校、护店和保护一切公共设施，粉碎了国民党反动派破坏或毁灭城市的企图，里应外合，配合人民解放军完整地解放和接管城市，为国家和人民保存了元气。
1948年4月30日，中共中央颁布“五一”劳动节口号，其中提出：
“为着打倒蒋介石建立新中国而共同奋斗”，号召“各民主党派、各人民团体、各社会贤达迅速召开政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，成立民主联合政府”。
这一号召得到李济深、何香凝、沈钧儒、马叙伦、蔡廷锴、谭平山、郭沫若等各民主党派和无党派民主人士领袖的广泛响应。他们认为中共“五一”口号“适合人民时势之要求，尤符同人等之本旨”，表示要通电国内外各界及海外侨胞，共同筹进，完成大业。
这以后，周恩来就一面协助毛泽东继续指挥全国范围的大决战，一面用很大部分的精力筹划建立人民的国家政权。
从1948年秋天开始，几百个爱国民主人士应中共中央的邀请，从国民党统治区和香港、海外到达解放区。为了使他们平安到达解放区，周恩来作了周密细致的安排。11月初，他受已到达哈尔滨的各民主党派代表的委托，开始主持起草新政治协商会议的共同纲领。1949年2月27日，那时他还在西柏坡住，就审阅修改了《关于新的政治协商会议诸问题的协议》、《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》、《参加新政协筹备会各单位民主人士候选人名单》、《中华人民共和国政府组织大纲（草案）》、《中国人民民主革命纲领（草案）》等，批示把它们印成一册，名叫《新的政治协商会议有关文件》，供大家协商讨论。6月15日，新政协筹备会在北平中南海勤政殿举行第一次会议。周恩来任主席，致开幕词。第二天，他在会上作了《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》的解释报告，并说明，我们的共同纲领“不能不转向建设方面”，“重点要摆在我们共同努力，来建设一个新民主主义的新中国”。会上通过了新政协筹备会常务委员会名单，周恩来被推选为常委会副主任，并兼任第三小组组长，负责起草《共同纲领》。为了起草好《共同纲领》，6月下旬他把自己“关”在勤政殿一个星期左右，亲自写出全文，以后又经过七次反复讨论和修改，才形成草案送交筹备会第二次全体会议。
8月26日至27日，周恩来主持新政协筹备会常委会第四次会议。会上他提出：在社会主义时期，仍然要有中共与党外人士的统一战线，要有备党派统一合作的组织，这个固定的统一战线组织，名称也要固定，建议称为中国人民政治协商会议，它要长期存在。9月17日，新政协筹备会第二次全体会议上，新政协改名为中国人民政治协商会议。
9月21日，中国人民政治协商会议第一届全体会议在中南海怀仁堂隆重开幕。毛泽东在会上宣告：“中国人民从此站立起来了”，“我们的民族将再也不是一个被人侮辱的民族了，我们已经站起来了。”第二天，周恩来在会上作了《关于草案的起草经过和特点》的报告。报告说：我们的目的是“建设一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国。为着这个任务，我们团结国内各民主阶级、各民族和国外华侨，结成这样一个伟大的人民民主统一战线”，“中国共产党、中国人局解放军和人民民主统一战线保证了人民民主革命取得今天的胜利”。他说，我们的政权制度“是民主集中制的人民代表大会的制度”，我们的军队是“人民的军队”，“政治工作制度是它的灵魂”；我们的经济政策要“达到发展生产繁荣经济的目的”，“国营经济是领导的成分”；我们的文化政策是“民族的形式，科学的内容，大众的方向”；我们的外交政策为“保障本国独立、自由和领土主权的完整，拥护国际的持久和平和各国人民间的友好合作”，我们的国家要“成为各民族友爱合作的大家庭”。
9月27日、29日，会议在周恩来等主持下先后通过了《中华人民共和国中央人民政府组织法》、《中国人民政治协商会议共同纲领》、《关于选举中国人民政协全国委员会和中央人民政府委员会的规定》和中华人民共和国国都、纪年、国歌、国旗四个议棠。30日，周恩来当选为中央人民政府委员和中国人民政协全国委员会委员（10月9日在全体委员会上当选为副主席）。下午6时，在天安门广场举行人民英雄纪念碑奠基典礼。周恩来代表大会主席团致词后，毛泽东宣读了他所撰写的碑文。这一碑文后来由周恩来手书，永远地镌刻在庄严的纪念碑上。
10月1日下午，在中央人民政府委员会举行的第一次会议上，周恩来被任命为新中国的第一任政府首脑——中央人民政府�