放弃反共的方针．周恩来认为需要“我们保持十分的警惕”。他机动谨慎地处理各种问题，取得很大成效。
在这场复杂、艰巨的斗争中，周恩来重视一切积极的力量，努力团结一切可以团结的人。这时，他已提出“求同存异”的主张。他说：“干革命，人越多越好，为了团结更多的人，思想上可以‘求同存异’”。民主党派、无党派人士、知识分子、民族资本家、国民党地方势力以及国民党内有矛盾的各派力量，都是他争取的对象。在重庆期间，他是沈钧儒、张申府、章伯钩等家中的常客，常同他们以及邹韬奋、黄炎培、张君励、左舜生等阐述国内外形势和共产党的主张。在政治局势恶化时，他每晚到重庆民生路《新华日报》门市部二楼会见知识界朋友。他经常接触各界人士，宣传中共主张，推动民主运动的发展，给了党外各界人士十分深刻的印象。当时在香港的蔡元培就说过：“周恩来了不起，真了不起。”中共的一位朋友曾说：“很久以来，我一想到中国共产党，脑子里就出现周恩来的形象。”1941年3月19日，在周恩来的支持下，中国民主政团同盟在重庆诞生了，它包括了青年党、国社党（后改称民社党）、中华民族解放行动委员会（亦称第三党，后改名中国农工民主党）、救国会、中华职业教育社、乡村建设派和无党派代表人物等。10月10日，这个组织公开一宣布成立，延安《解放日报》就发表社论予以支持，称之为“中国民主运动的生力军”。1944年9月，它改组成为中国民主同盟。1945年1月，周恩来由延安到重庆，向国民党和民主同盟提议召开党派会议，作为国是会议的预备会议，以便正式商讨国是会议和联合政府的组织及其实现步骤。民主同盟立即发表声明，表示响应。之后，黄炎培、杨卫玉、胡厥文、章乃器等筹组的中国民主建国会和马叙伦、王绍鉴等筹组的中国民主促进会于1945年12月成立。许德珩、诸辅成等筹组的九三学社于1946年5月成立。他们都受到周恩来的支持和影响，基本上与中国共产党政见略同，行动一致。所以，这十年中，已经形成了中华人民共和国成立后在中国共产党领导下的多党合作这一政治体制的雏形。
另一方面，周恩来把“与各地方军队联系”列为统一战线的原则之一。对地方实力派和国民党内嫡系如张治中等也作了大量工作，团结他们坚决抗战。这也为后来解放战争时期争取他们起义或合作打下了基础。
在这段时间内，周恩来同许多国家驻华使馆的官员和一些援华组织成员广泛地建立联系，同他们交朋友。他同美国驻华使馆的官员谢伟思、戴维斯、文森特等常有往来，会见过美国总统罗斯福的代表居里、威尔基、拉铁摩尔，同苏联驻华大使潘友新、武官崔可夫经常交换对时局的看法，同国际友好人士斯特朗、史沫特莱、王安娜、艾黎、爱泼斯坦等过从甚多；同美国著名作家海明咸、学者费正清和加拿大朋友文幼章等也有交往；并且接待了许多外国记者。通过这许多活动，大大扩大了中国共产党在国际上的影响，为中共同国外的接触打开了局面，中国共产党走向了世界。周恩来给了他们深刻的、良好的印象。费正清写道：“周恩来的魅力在初次见面时就打动了我。”“他的智慧和敏锐的感觉是罕见的，然而他却致力于集体主义的事业。”谢伟思说：“周是非常熟练的、敏感的、感觉力强的、明智的人。”“认识周的人都承认他是一个很坚强的人，正直的人，诚实的人，有原则性的人。”很多外国人士正是通过周息来而认识了中国共产党的正确、正直和代表着中国的光明前途。
1943年7月16日，周恩来回到延安。接着就参加了中共中央高级领导干部的整风学习。在整风会上，他对参加革命20多年来的斗争实践和思想认识，进行认真严肃的检查，总结正反两方面的经验教训。他回顾自己的本质是忠厚的、诚实的。长期革命斗争的锻炼，更坚定了对革命的信心和决心，并检查了自己的不足之处。会上，他受到了不公正的、过火的批评和指责。他曾对自己作了过分的检讨。1945年4月至6月，他参加了中国共产党第七次全国代表大会，在会上作了《论统一战线》的发言。发言中说到自己在党的三个历史时期“特别是后两个时期中，犯了不少的错误”，“这些错误已经改正了”。在中共七届一中全会上，他被选为中央政治局委员、书记处书记。
国共合作共同抗日，取得了胜利。双方的力量，在战争中都得到了发展。
“七七”事变时，国民党方面共有陆军现役兵170多万人，海军有73艘舰艇共6万吨，各种飞机300多架。到抗战结束，已有正规军200万人，非正规军100多万人，后方军事机关和部队100多万人，共有军事力量400多万人，拥有广大的地域，接收了日本侵华部队100万人的全部装备，得到美国政府在军事上和财政上的巨大援助。中国共产党的部队，抗战中在敌后战场，同日伪军作战12．5万余次，歼灭日军52．7万余人，歼灭伪军118．6万余人，缴获各种枪69万余枝（挺）、各种炮1800余门，解放国土100余万平方公里、人口1．2亿余，解放区分布于19个省区。在残酷的械争中，军队得到锻炼和发展，到抗战结束时发展到120余万人。
据美国白皮书所说，当时国民党与共产党比较，“在作战部队及枪械上，拥有五对一的优势。实际上是垄断了所有的重武器、运输工具和无可抗拒的空军”。而且，“在对日战争胜利之前，美国政府已经开始实行一个装备适应中国政府需要的空军计划，和三十九师的陆军的计划。”国民党好战派凭借其优势兵力和装备，坚持内战的方针，后来使自己在政治上丧尽人心，在军事上一败涂地。
日本帝国主义被打败了，全国人民希望和平。1945年8月25日，中共中央发表对“目前时局”的宣言，认为“在全中国与全世界，一个新的时期，和平建设的时期，已经来临了！”决定今后“必须坚持和平、民主、团结”。中国共产党力图避免内战，试图经过和平的道路来建设一个新中国。
8月28日，毛泽东、周恩来、王若飞飞抵重庆，同国民党蒋介石进行和平谈判。谈判是艰难曲折的，但总算形成了一个《政府与中共代表会谈纪要》。10月10日下午，中共代表周恩来、王若飞和国民党代表王世杰、张治中、邵力子在重庆曾家岩校园举行签字仪式。12日，这个《纪要》由国共双方加以公布。这是一个只有历史意义的文献。国民党表面上不得不同意中国共产党提出的和平建国的基本方针，不得不承认要以和平、民主、团结、统一为基础，长期合作，避免内战。
然而，签字的墨迹未干，蒋介石就向国民党军内颁发了
“剿匪”密令，令其将领遵照他所订的《剿匪手本》，“督励所属，努力进剿，迅速完成任务”。后来，又经多方努力，1946年1月10日，国共双方同时公布了停战命令。政治协商会议也在这一天开幕。周愿来在政协会议开幕会上吁吁：“应痛下决心，不仅在今天下令停战，而且要永远使中国不会发生内战。我们中共代表团是带着这种信念和决心来参加会议的。”政协会议开到1月31日闭幕，通过了政治协商会议决议案。周恩来在闭幕会上说：虽然这些协议和中共历来的主张还有一些距离，但这些协议是好的，是各方面互让互谅的结果。中国共产党保证为这些协议的全部实现而奋斗。
但是，3月1日开始的国民党六届二中全会，却推翻了政协协议。中国共产党仍然是力争和平。因此，在此后的几个月内，周恩来又进行了维护政协决议的努力和斗争。到6月11日，周恩来和董必武、陆定一、邓颖超还致函马叙伦等，说“敝党决愿本一向和平民主团结统一之职志，进行谈判，并盼能从此长期停战，永息戎争”。19日，他还会见司徒雪替（7月就任美国驻华大使）并请司徒雷登转告马歇尔：中共愿意和平，愿意解决问题。
当时，美国总统杜鲁门派马歇尔为特使，前来中国调处国共双方的关系。马歇尔说，杜鲁门的指示是：“万一我无法从委员长那里获得我认为是合理的和可取的行动时，对美国政府来说，仍有必要通过我继续支持中华民国国民政府”；“我们的政策就是支持蒋介石。”这是美方的基本立场。
6月26日．国民党军队大举进攻中原解放区，全面内战爆发。这时，和平已经无望，但谈判仍未停止。7月9日，周恩来致电中共中央说，目前边打边谈、以打为主的局面还会继续一个时期。在这段时期，周恩来往返于南京、上海之间，一方面安排此后中共在国民党统治区南方的秘密工作，布置人员的坚持、疏散和隐蔽；另一方面，谈判仍继续进行着。周恩来心中已经明确，今后将是大打的时期了。主要要靠打得好，消灭蒋介石的力量来解决问题，但是还有相当一部分民主党派和无党派人士仍对和平抱有幻想，因而这一阶段工作的“中心的环节是争取第三方面，揭穿蒋的和平攻势，虽不能争取到全部不参加‘国大’．如能争取民盟大部不参加，就是胜利。”
9月间，蒋介石手令北平行辕及第十一、第十二战区部署对晋察冀解放区的大城市张家口进攻。10月9日，周恩来向马歇尔指出：蒋介石攻张家口就是宣布决心放弃谈判走向全面破裂。11日，国民党军占领张家口，国民党政府片面宣布11月12日召开“国民大会”。11月11日，周恩来向马歇尔、孙科指出，“国大”一开便是表明政治的分裂。15日，国民党包办的“国大”开幕。16日．周恩来举行中外记者招待会发表严正声明，指出国民党“最后破坏了政协以来的一切决议及停战协定与整军方案，隔断了政协以来和平商谈的道路。”民主党派和无党派民主人士，绝大部分没有参加这个所谓“国大”。
11月19日，周思来率中共代表团飞返延安，结束了十年谈判生涯。
21日，毛泽东、刘少奇、周恩来三人开会。会议肯定了周恩来在外边谈判的成就，认为和平虽不可能实现，但是为了教育人民，谈判是必须的。谈判整个说来是成功的，证明了同国民党蒋介石妥协的不可能，达到了教育人民的目的。党的统一战线是宽广的，敌人是孤立的。今盾要看前线，要赢得战争的胜利。
这次会议确定了“打”的方针，要孤立蒋介石，进而做到打倒蒋介石。
七、全国解放战争的副帅
《斯诺眼中的中国》这本书中写道：“1949年的历史充分证实了周恩来和毛泽东的战略是正确的。……在北京的故宫前面，他站立在毛泽东和朱德身旁，千百万张笑脸朝着新朝代建筑师——人民共和国三巨头之一的周恩来欢呼。”
1946年11月16日，周恩来在回延安的前三天，向中外记者宣告：国民党军队如进攻延安，中共将被迫从边区打出来，那就是全国变动的局面。中共只要紧靠人民，为人民服务，必能成功。中共“愿同中国人民及一切真正为民主而努力的党派，为真和平真民主奋斗到底。”第二天，他在给郭沫若、于立群的信中说：“今后要看前线，少则半载，多则一年，必可分晓”。
他回到延安后，12月17日给在上海的宋庆龄的信中，就从力量消长预测了胜负前途。他说：“如果内战继续下去，蒋介石的武力再经过半年到一年的消耗，解放区人民的武力将有可能与蒋介石的武力渐渐的处于平衡的地位。到那时，我们会看到在蒋介石统治区，爱国的民主运动的更加发展，经济的财政的危机更加严重，人民的武装抵抗运动也会更加在许多地区扩大，再加上上述的国际有利局势——新的民主高潮就不可避免的要到来。”“光明胜利的前途一定会到来。”31日，他又给郭沫若写信说，“国内外形势正向孤立那反动独裁者的途程中进展，……我们这一面，再有一年半载，你可看到量变质的跃进。”
历史的发展证明周恩来的这些战略性的预测是十分准确的。1947年12月，毛泽东宣布：“中国人民的革命战争，现在已经达到了一个转折点。”
周恩来回到延安后，作为中共中央军事委员会副主席，1947年又兼代总参谋长，协助毛译东擘划和指挥了这场东起胶东半岛，西至天山南北，由东北长春到南海之滨的广东，相去万里，历时4年的革命战争，取得了举世震惊的胜利。毛泽东在1950年2月27日曾经回顾说，“胡宗南进攻延安以后，在陕北，我和周恩来、任弼时同志在两个窑洞里指挥了全国的解放战争。”
1947年6月30日夜，人民解放军横渡黄河天险南下。这是中国人民革命军队20年来第一次向国民党反动派的战略进攻。这个作战方计，是周恩来提出来的。
1946年6月，蒋介石发动全面内战已经势不可免，和平已经没有希望。这个月中旬，周恩来和几位友好的爱国人士商谈国内军事态势后，18日，他给中共中央去电提出：“我如以两支强兵南下，一插津浦路东，一插路西，直抵江边，京沪局势必将大乱。”
这是大军南下、中原突破这一战略的最初提出。这个意见得到中央的重视和接受，下来就是作好准备和什么时候实行的问题了。6月下旬，虽然蒋介石已经发动全面内战，但是广大中间人士对和平仍然存在着幻想，周恩来必须彻底揭露蒋介石不要和平坚持内战的真面目。到10月11日，国民党军攻占解放区的大城市张家口，和谈已经破裂，而第三方面人士仍然害怕破裂；国民党提出要很快召开“国大”，中共则要争取第二方面人士中的大多数不参加“国大”以孤立蒋介石。在这样的形势下，10月15日，周恩来给中共中央去电报提出：“在军事战略上应与政治相配合”。他主张“在‘国大’前后，还不宜打出来，主要仍在解放区作战，易于歼敌”。
从1947年3月19日起，毛泽东、周恩来、任弼时等率领中共中央和中央军委机关撤离延安转战陕北，同时指挥全国各战场的战争。4月27日，中共中央军委电告刘伯承、邓小平，你们应在黄河东西两段同时准备充分的船只及其他必要事项，以便随时可以从东面或西面采取渡河行动。5月3日，中共中央电告刘伯承、邓小平、陈毅、粟裕等：刘邓、陈粟两军任务是协力击破位于长江北、黄河南的蒋军顾祝同系统，刘邓军10万立即开始休整，6月1日后经冀鲁豫出中原、以豫皖苏边区及冀鲁豫边区为根据地，以长江以北、黄河以南、潼关南阳之线以东、津浦路以西为机动地区，或打郑州、汉口，或打汴梁、徐州，或打伏牛山，或打大别山，均可因时制宜，往来机动，陈粟军受刘邓指挥。6月30日晚，刘邓大军四个纵队约13万人强渡黄河南下，揭开了战略进攻的序幕。
在转战陕北中，西北人民解放军取得了蟠龙战役胜利的五天后，周恩来为中共中央军委起草致刘伯承、邓小平并告陈毅、粟裕的电报，内容是：“全党全军首先要面向蒋管区，把战争引向更远的敌后。”
1947年7月21日，周恩来在中共中央前委扩大会议上总结了解放战争第一年（1946年7月至1947年6月）的战绩。他指出：一年中，歼敌112万，国民党军从建制、人员、武器来说都损失了大约1/3。1947年3月至6月，敌人的攻势已成弩末，除山东、陕