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经过一番调兵遣将以后，辽东边关又出现了新的问题，即有将无兵。总兵官汪可受奏称：征调的兵目前尚未集结，请朝廷允许，先训练当地居民，命令他们人人各自为守。凡是在辽河东西广大地区的生员、秀才等人，暂时停止科举考试，令他们各自组织义旅，有功的人可以破格赐给科名，并号召原来没有官职的人，凡是带领起家丁四、五百人的，任命为副将、参将、游击等职衔，带起二、三百名的，任命为都司职衔。各堡现有的军士，固守一个月的，记大捷一次。固守半个月的，记中捷一次。坚守五天的记小捷一次［2］。同时，又恳请皇上速发币金，要求凑集饷银百万两，以大兴问罪之师。然而廷臣都白白地劳费了心血，万历帝以军饷无措为辞，只出内币十万金。同时，诏告天下说：有能斩努尔哈赤的头来献者，赏金千两，并赐给世袭爵位［3］。
明廷上下在积极备战的同时，不断地侦探后金的动静，谍报称：努尔哈赤已经后退三十里，意思是说已有悔悟之意。朝鲜李朝官员也摸不清底细。前来报告说，努尔哈赤自从侵犯抚顺城以后，退居巢欠，鼠伏不出，是畏惧夫兵征讨，悔罪无地自容了等。事实上，后金奴隶主阶级的总方针是继续向辽左进军，不间断地向西推进。对于朝鲜王朝只是作个外交姿态，取得邻国的同情，通书友好。给朝鲜王廷的印象似乎是攻陷抚顺等城堡是出于不得已的，大有悔罪自责，“备见忠顺”的样子［4］。然而，对于明军底细，努尔哈赤等建州奴隶主们，一时也不完全清楚，不知道明廷将要发多少兵前来讨伐。因此，在攻下抚顺城以后，在军事上暂时采取守势，没有乘胜深入辽地。
后金军攻占抚顺等城以后，在大英明汗努尔哈赤的面前，摆着一个严重的问题，即内部急需要安置、调整。他除了积极备战，防止明军进剿，在外交方面缓和与朝鲜李朝的关系以外，对明廷也施以缓兵之计，即以不卑不亢的态度，表面上为与朝廷讲和，放回明东厂差役张儒绅等四人，书文备述七宗恼恨，自称建州国汗，实则是消弥明廷的主战情绪，争取时间，把主要精力用来稳定、安置内部［5］。
大英明汗努尔哈赤稳定、安置内部的中心问题是安定汉族民心，他除了将破抚顺等城所获得的牛、马、财货、粮食大批地搬回国内［6］，保证了国内人民经济生活的稳定以外，对汉族降将，以优厚的物质待遇和联姻办法，进行笼络。抚顺游击李永芳被招为额驸，以第七子阿巴泰的女儿配给为妻，晋升他为副将，享受较高的待遇。同年闰四月初八日，后金为李永芳举行婚礼，努尔哈赤与众贝勒、大臣齐集，大开宴席。同时，努尔哈赤下令将编组的抚顺降民一千多户，进行较为细致的关照，不使他们父子兄弟离散，不使夫妻分离。凡是有兄弟、父子、亲戚、家仆没有能够相会的，都一一察出，令他们各自团聚。财物遗失的察归本人。此外，对这一千多户编民又分别给予牛、马、阿哈、衣服、被褥、食谷。配给食用牛一千头。每家分给大母猪两头，犬四只，鸡十只，甚他食物尽量给予满足。这一千多户的家庭生产与生活方式不予改变，仍旧依照明朝的旧制，设置各级官吏，由额驸李永芳继续统管［7］。
以英明汗努尔哈赤为代表的后金奴隶主集团，攻克抚顺、东州、马根丹等城，不仅获得了大批的财物，而且地域向西推进了二百多里，人口激增，归降、被掠的人口，加上原有的户口合计已经以百万为计了［8］。其中增加的人口以汉族为主，这就不仅有加强一般统治的问题，而且更重要的是征服汉族民心的向题［9］。后金攻取抚顺的时候，努尔哈赤释放了八省十六名商人，各给予路费，使他们能够回到本乡。这种作法至少可以起到后金不杀俘虏等的宣传作用。张承荫全军覆没以后，所有的被俘官兵中，凡是南方人，努尔哈赤都主动把他们放回去，各给银三两，以示恩赏［10］。凡是内中有投降的家丁（此种人一般都勇于战斗），都给予优厚的待遇，配给妻室，并给一犬、二鸡、二鹅、一牛、一紬、四布，月给米一斗［11］。这种作法起到了笼络汉官，收买汉族民心的作用。同时，后金积极设防，准备对抗明军的进犯，在通向明边的沿途各个村寨，努尔哈赤下令设置精兵驻守，互相联络，严加守卫［12］。
努尔哈赤已将内部安定，可明廷集兵筹饷的事仍然进展不大。抚顺失守初期，万历皇帝一时震怒，决心对后金进行征伐。以兵部尚书黄嘉善，大学士方从哲等为首的众大臣纷纷上书，急请发出内币。万历皇帝对此无动于衷，直到众臣“章满公车”，才准许发内币十万。军事上，备战三个月，只启用了一名经略，二、三名总兵官。朝廷大臣会议，一般都议而不决，决而不行。广宁镇守总戍张承荫所统率的万名辽东精锐之师，兵败以后，部分兵丁变成了散兵游勇，分聚于各堡，多的上千，少的也有数百［13］，朝廷及其边将都不过问，更没有人召集和重新组织。因此，京城内外，人心惶惶。
正在明廷上下举棋不定，手足无措的时候，努尔哈赤将原来东厂的差官张儒绅、张栋、杨希舜、卢国仕等四个人放回来。努尔哈赤放他们回来的目的，是以求和为名，让他们传递，加有印文的“七大恨”［14］。在张儒绅等归来的路上，努尔哈赤严加设防，沿途的各个村寨多设精兵，多的达千员以上，相互联络。努尔哈赤进行武装示威，针对明廷上下害怕战争的心理，利用张儒绅去宣传。结果，经张儒绅一宣传，那些早已丧失斗志的朝廷大臣，更加灰心丧气，与后金决战的情绪，骤然低落下来［15］，出兵征伐更遥遥无期了。努尔哈赤的做法达到了缓兵之计的目的。
努尔哈赤在稳定内部、缓和外部的压力以后，鉴于明廷无所作为，便实行蚕食明朝边境的方针，即实行试探性的不断向前推进的方针［16］。这是努尔哈赤向辽左进军总方针的重要组成部分。同年四月二十二日，后金释放张儒绅以后，见明朝边关既没有加强边防，也没有增援集结，便以大量的银币送往乃蛮、炒花等蒙古各部，邀请他们协助进兵。五月十九日，努尔哈赤发兵三千，攻取抚安堡（今辽宁省铁岭县东南抚安堡）、花豹冲（今辽宁省铁岭县催阵堡公社花豹冲）。又发兵五千攻克三岔儿大小十一堡，而蒙古宰赛贝勒出兵三千作为声援。二十日，招服和攻取了崔三屯及其周围的四堡，总计攻下十七个堡，将掠夺的人、畜、财物、窖谷都向都城运去［17］。凡是明朝边境的田间禾谷，都纵马牧放，而乃蛮、炒花部也出兵相配合，进犯长勇堡（今沈阳西南的彰义站）［18］。
后金继克抚顺、东州、马根丹等诸城堡以后，仅一个月，又使用小股兵力，伙同蒙古各部，蚕食边境，使明廷防不胜防。五月二十一日，经略杨镐兼程赴任，他刚到山海关，就得到诸堡相继失守的消息。万历皇帝为形势所迫，谕令总兵官杜松、刘綎等星夜出关，拨太仆寺金六万两，以购买战马［19］。又赐给经略杨镐以尚方剑，颁旨：总兵官以下不听从命令的，以尚方剑处斩［20］。
然而，从整个辽东的军事情况看，明军的状况很糟。朝廷财政空虚，军饷不能及时筹办，将令不行，士气低落。从四月到七月，所征调的将领迟迟不肯出关。蓟镇的援兵到关仅有五千人，又分散防守。新募的一万兵卒刚刚操练，有的因军饷不济，几乎散去［21］。叶赫部锦台什、布扬古，持观望态度，不肯出兵。各城堡兵源不足，松山等重要城堡守兵多者不过五百。每次后金军入境攻城夺堡时，各城堡的守军既不敢出战，也不敢相互救援。只有副将李光荣带领的一千五百人和王宣带领的数百人虚张声势［22］。结果，开原以东的城堡丧失了一半，抚顺以东二百多里尽陷于后金之手。
明朝广宁巡抚鉴于后金呈书求和，朝廷援兵不到，便于六月二十二日派七人到后金去讲和，要求后金返还所掠去的人口和土地。这时，明边关既没有兵力能剿杀后金，也没有相应有效的对策，派使讲和是从极其软弱的地位出发的，幻想在谈判桌上收复失地。努尔哈赤的回答却是：我以征战所得的人，哪怕是一个，哪有归还的道理。若是承认我的行为是对的，除了已经得到的一切以外，还应该给我增加金、银、帛、蟒缎等赏赐。”若是认为我不对，那就不能讲和，仍然兵戎相见。和谈失败，明使只好返回［23］。
明廷调将和集兵的缓慢，给后金军的迅速行动，积极备战提供了可乘之机。明廷尽管得知后金兵力增强，又联合宰、煖二十四营，近十万之众［24］，威胁边境；努尔哈赤派人在黑龙江采木、造船等情况，但因边臣没有机动的兵力，官兵又都畏战不前，只好坐观形势的发展。
同年七月，英明汗努尔哈赤明知明军虽然声称讨伐，但短期内不会有更大的作为，立刻进行重大的军事行动，推进占领辽沈的总方针。
清河城是努尔哈赤的眼中钉、肉中刺，使他时刻感到是个威胁。四年前，明朝巡抚山东都御史翟凤种曾经说过：建州奴隶主们最贪的是清河、抚顺两个市场贸易之利，最害怕的是抚顺、清河两处官军的“捣剿”［25］。因为抚顺、清河两城是后金通向辽沈的门户，离赫图阿拉最近，路途也比较方便。这自然对后金是个最大的威胁，使努尔哈赤时刻不能安枕。
清河攻守战前，明经略杨镐，曾以清河城四山环抱，只有正东一路通向鸦骨关（今辽宁省新宾县西南三道关），以守为绝境，以战为奇地，用四个月时间，进行了认真的修筑。城上布列火炮、枪、铅子、铁弹子等武器，并指令守将邹储贤说，敌人若来侵犯，应设伏于城外的山径小路或山间之地以牵制敌兵，万万不可拥兵于城内，束手待毙［26］。杨镐的这个守城指令是正确的。
七月二十日，英明汗努尔哈赤率领众贝勒、大臣统兵向清河进发，当夭围困了鸦鹘关。二十一日，镇守清河主将邹储贤得到后金军前来攻城的消息，即刻下令闭门拒守。守城副手将领张旆要求出城迎战，邹储贤拒不听从。守堡官张云程竭力相劝，邹储贤也不采纳，连出城打草的数百名军卒闻讯奔回城下，守城主将拒不开门收纳，一律拒之门外［27］。邹储贤率领守军六千多人，利用城上设置的一千多座大炮以及滚木雷石等武器，据城设防，决心进行死守。
英明汗努尔哈赤统率大军，浩浩荡荡，于二十一日清晨到达清河城外。他立即传令各旗战士，尽快围城。八旗士卒有的冲到城下竖云梯，有的放箭，霎时将清河城围得水泄不通。城上的守军凭险坚持抵抗，千炮轰鸣，滚木雷石齐下，石矢如雨。八旗战士冒死冲击，当即死伤惨重，造成第一次猛攻失利。英明汗努尔哈赤改变战术，命令全军退出城下，改近攻为远围。后金军首战吃了败仗，努尔哈赤与众贝勒见城防严密，强攻不利，就决定进行招降。派遣大额驸李永芳到城下劝降。城守副将邹储贤见前来招降的是李永芳，即刻大怒，指骂李永芳是不义之人，并告诫说，若不即刻退去，将要放箭。见李永芳招降不成，努尔哈赤与众贝勒只好再次强攻。于是命令八旗战士环城猛攻。守军顽强抵抗，炮声震天，火光闪闪。八旗士卒死伤很多，攻战再次失利。努尔哈赤被迫再次下令，全军后退，暂时停止攻城。这样，八进八退，从清晨战到星斗满天，后金八旗士卒战死的多达数千。最后，在夜幕掩护卞，努尔哈赤令各旗军士以板车挖城墙，致使清河东北城脚陷落，乘守军一时慌乱，后金军乘机叠尸登城。邹储贤知道再守已经没有希望了，便焚毁衙门、屋宇、妻、孥等，亲自披甲上阵，遥见李永芳大骂赴敌，终于战死在疆场。努尔哈赤挥军入城。
大英明汗努尔哈赤统兵在二十二日清晨攻破清河城时，城内尚有明官兵六千四百多人，户五百多家。八旗兵入城后，与城内军民巷战，被杀军民以万计，剩下的部分壮丁，被强行驱赶北去。为了防止明军再次占领清河城，努尔哈赤下令将城全部拆毁，又命令将三岔堡（今辽宁省铁岭县东南“三岔子”）到孤山堡（今辽宁省凤城县东北孤山屯）一带所有的房屋尽行焚毁，又下令拆毁了一堵墙（今辽宁省本溪县东北乌家城子）、碱场（今辽宁省复县西南谢屯公社盐场村）二城，使明军从清河城到抚顺城一带无存身之地。然后，收取各地窖中谷物，运回都城。凡是田中青苗都纵马牧放［28］，造成五、六十里之内，不见人烟。
清河之战，是后金与明朝两军攻守战中第一次激战。后金尽管出动了八旗劲旅，仍损失相当惨重，明军所表现出来的战斗力，使英明汗努尔哈赤及其部下众贝勒颇为震惊，特别是在八旗士卒中产生了极大的影响。清河守城有法，官兵抗战志坚，竟没有一兵一卒投降。连后金的一般八旗士卒也由衷称赞［29］。
清河之战说明，以大英明汗努尔哈赤为首的建州奴隶主阶级，拥有一支战斗力很强的军队，几乎是攻无不克，战无不胜。八进八退的顽强斗志，正说明了八旗兵良好的战斗作风，而清河失守固然与主将邹储贤死守孤城，怯于野战等的战法有关，但主要原因还在于明军官兵畏敌丧胆，不敢与后金八旗兵进行对阵，邹储贤死守孤城，不敢外设伏兵就是一证。然而，几明朝各路援军退缩不前，皆无求战之心更能说明问题。援辽总兵麻承恩，在努尔哈赤统兵围清河城的前两、三天就知道后金军欲犯清河城，而他竟不积极赴援，只统率一千健卒，从沈阳进到开原，再也不想前进了。七月二十日，努尔哈赤统兵离开赫图阿拉向清河城进发时，明将李如栢已经得到了消息，也不肯积极增援，竟移兵到懿路（今辽宁省铁岭县南懿路）驻防，待清河信使前来告急，才缓缓起兵。当清河城已经全部陷落时，李如栢自汎河（今辽宁省铁岭县南“范河”），王宣自辽阳、麻岩自开原、郑国良自铁岭、杨于谓自沈阳，先后到达。他们只见清河城一片废墟。众将中唯独叆阳参将贺世贤率兵五千及时赴援清河，中途与后金军相遇，大战一场，互有杀伤，后金兵死亡一百五十三人。然而，当他返回驻地时，千总陈大道等率领新兵砍开宽甸木栅，越山而逃，堡中商民都随官军四散而奔，以致全城逃之一空［30］。
明朝末年，朝廷政治腐败，从皇帝、各部大臣到辽东镇、抚各官，不论事情大小，都互相推委，辽东的战局变化就是一面镜子。努尔哈赤攻占抚顺城的时候，朝廷大臣都象热锅上的蚂蚁，纷纷上奏，出谋献策。三个月以后，调将增兵进展不大，张儒绅从后金归来一说，人心涣散，整个备战松松垮垮。突然听到努尔哈赤攻陷清河城，又紧张起来，这才下令重新调整辽东守军的驻防。令总兵官李如栢、王宣驻守沈阳，麻承恩驻守开原，都司冯应魁、参将李怀忠驻守铁岭，麻承宗驻守中固，赵启祯驻守汎河，孙守任驻守懿路，罗万言驻守蒲河（今沈阳市东北蒲河）。贺世贤、刘遇节、卜向绩等能征惯战的将领率兵屯驻各城之外。
大英明汗努尔哈赤，看到明朝边防的重新调整，防守力量稍有增强，便改变了继续夺取较大城堡的方