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顺治七年十二月，皇父摄政王多尔衮因病而去逝，顺治皇帝亲政。不久以后，多尔衮的封谥被追夺，阿济格被赐死，两白旗群龙无首，一蹶不振。曾遭到压制的两黄旗贵族及以济尔哈朗为代表的蓝旗势力又重掌要职。顺治八年正月，以“鳌拜巴图鲁、巴哈为议政大臣”；闰二月，“以军功升三等侯鳌拜巴图鲁为一等侯”；八月，鳌拜以谭泰“营私及党附睿亲王”，提出控告，杀掉谭泰。顺治九年二月，鳌拜认为自己军功甚多，但前些年对自己待遇不公，因而向顺治帝提出申诉。顺治帝特意批复吏部：“这建议是，鳌拜高升为一等侯兼一拖沙喇哈番为二等公。”三月，顺治帝颁布谕旨，命诸王大臣会审旧附多尔衮、陷害鳌拜等人的巩阿岱、锡翰、冷僧机、席讷布库等，并将全部处死，“家产籍没。”这一升一黜，表明了顺治八年以后清朝初期政局的重大改变，标志着八旗内部、特别是上三旗与下五旗之间实力对比的转折，但是这其中的矛盾与斗争却还没有结束。
从此之后，鳌拜作为内大臣之一，常在顺治帝左右，直接参与掌管国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部，将太后旨意传达给皇帝、祭奠故世王公妃嫔，并且倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，协助会审案狱等等，显然成了一位能文能武的大臣！而正是由于自己始终不渝地效命于福临，顺治帝对其也非常的信任。顺治十三年鳌拜旧伤复发，卧床不起，“上亲临视之。”而皇太后有病，鳌拜则“昼夜勤劳，食息不暇。”顺治帝也因此而感到“深可嘉悦”，将鳌拜等“俱加太傅兼太子太傅”。
就在鳌拜日益得到皇帝的信任、地位也在不断的上升之时，顺治十八年正月丁巳夜子刻，福临病去逝于养心殿。从此，无论是清皇朝，还是处于末世的中国封建社会便都开始了一个新的历史时期，鳌拜自己的历史也进入了一个全新的阶段。
为朝廷孝命的辅政大臣
福临死之后，其子玄烨继位，开始了在中国历史以及世界历史上非常享有盛名的康熙帝统治时期。但是，玄烨登基之时只不过是个年仅七岁的幼童，还没有控制大局的能力，管理国家的重担便落到顺治帝遗诏指定、孝庄太后博尔济吉特氏背后赞助的四位辅臣的肩上。
顺治帝遗诏云：“特意命令内大臣索尼，苏克萨哈、遏必垄鳌拜为辅臣。伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其免矢忠荩，保翊冲主，管理政务。”尽管鳌拜在四辅臣中名列最后，但史学家们却往往称此时期为“鳌拜辅政时期”，究其原因，实与鳌拜个人的独掌辅政大权有关。在四位辅臣中间，索尼能文能武，顺洽年间总管内务府，是四朝元老，地位非常的高；苏克萨哈和遏必隆在皇太极晚年才崭露头角，能力有限。鳌拜虽然名列最末，但实际地位却与索尼不相上下。辅政初期，“索尼老病，鳌拜多专政，与苏克萨哈不相能，遏必隆不能自异”。在这种情况下，鳌拜的作用绝不像其它的辅臣次序一样是非常微小的，恰恰相反，而是日益增大。从另一个角度来讲，这四位辅臣都是上三旗的大臣，除了旗与旗之间的内部争斗之外，在辅政期间实行的政策大概是一致的，也就是说，鳌拜的主张基本上也同样代表着其他辅政大臣的意见。这样，从顺治十八年到康熙八年五月的辅政期间的历史，实事上也就是鳌拜辅政的历史。
尽管福临接受了乃父的教训，在临死前把身后的一切安排妥当，但是留给皇位继承者和国位辅臣的并不是万事如意的太平盛世，而是一个问题丛生、矛盾非常复杂的艰难局面。一方面，西南的南明永历政权和大西军余部，东南沿海的郑氏政权以及夔东十三家军等抗清力量依旧存在，部分汉族地主仍然怀念故国，不愿与清政府合作；另一方面，连年战乱，使社会经济严重凋敝，人民的生活非常的困苦，财政状况相当的窘迫。这样，如何保证财政收入、恢复生产，同时又要继续进行征服和统一战争，就成为当时统治者面临的重大课题。此外，“大兵入关时，明臣迎降，睿忠王权宜任之，故胜国弊政，未尽厘正”。顺治一朝，党争不断，明代重用阉宦的恶习也继承下来，中央地方各级官吏不尽心任职，反而贪污受贿，行私中饱，吏治非常的败坏。再者，顺治年间实行的一些恶政，如圈地、逃人、迁海等等，依旧给农民带来了很大的苦痛，引起农民的不满。这些问题如果再得不到解决，势必会造成新建立的清朝统治的不稳甚至有被颠覆的危险。
在这样的局势下，辅政伊始，辅政大臣们便宣称要“率循祖制，咸复旧章，以副朱帝遗命”。经过篡改的顺治遗诏以“渐习汉俗”、对满臣“不能信任”等十四罪自责。这些已表现出辅政时期的基本方针政策。但是，这些方针政策不是“违背当时历史发展趋势”的“复旧政策”。
鳌拜等辅政大臣非常的重视正确处理满汉关系问题。清朝统治者在各个方面“首崇满洲”，是其既定国策，无论是在皇太极、多尔衮和顺治帝执政时期，还是在康熙八年（1669）五月玄烨亲政以后，这一国策基本不变。不管对汉族地主表示出多么的友善，但一旦触及满族统治者切身利益，危及满洲贵族统治地位，“重满轻汉”的根本原则就充分反映出来了。鳌拜辅政时期，自然也不例外，鳌拜等在强调满族统治地位，清除明末弊政残余的同时，在顺治朝满汉关系的格局上并没有做出相当多的改变。
顺治十八年三月，鳌拜等下诏命令将制度上“满汉分别、参差不一者，或前后更易、难为定例者”，根据“太祖、太宗成宪斟酌更定”。但对“有今昔异宜、时势必须变通，有满汉悬殊、定例难于归以者，亦须斟酌至当，详明具奏”。这说明他们并不完全是恪守陈规，也讲究“变通”。如康熙元年谕都察院：“巡视茶马以差，近经部议，满汉兼差，已经奉旨准行。今思巡视茶马差原系汉御史，从无差满官之例，以后著仿照旧例，止差汉官，不必兼差满官。”表明其因事任人的原则。理藩院“专管外藩事务”，鳌拜等认为其“责任重大，今作礼部所属，于旧制未合”，抬高其地位，尚书“入议政列”，并由满蒙人专任。这个改变并不能算作重满之举。众所周知，清朝对少数民族的政策非常的成功，这与理藩院的作用是分不开的。因此，鳌拜等认识到，“理藩院职司外藩王、贝勒、公主等事务，及礼仪、刑名各项，责任重大，非明朝可比”，从而加强对少数民族的控制和管理，实际上是有积极意义的。至于康熙亲政后沿用此制，雍正时还以王公、大学士兼理院事，正是鳌拜时期这一政策的持续发展。
顺治十五年，福临曾经将皇太极时建立的内三院名号取消，仿明制将大学士改为殿阁大学士，满、汉“仍俱正五品”，比顺治初年俱正二品有所降低，但是没有差别。顺治十八年，鳌拜等以不合旧制恢复内三院名色，“设满、汉大学士等，照尚书、侍郎品级”，即大学士为正二品，恢复的乃是顺治初的定制。同年亦定内三院满、汉大学士各一员，满学土二员，汉军学士和汉学士各一员，满、汉比例大致相等。六部在清初统治者眼里一直是要比内三院更重要的，所以鳌拜等在康熙六年曾定满尚书为一品，汉尚书为二品，略有差别。但实事上任事的满、汉尚书、侍郎人数是非常多的，均为满、汉各一人。
对于地方行政机构而言，顺治、康熙、雍正时期“八旗人员之任督抚者，汉军十居其七，满洲十居其三，蒙古仅二人”。而顺治年间与鳌拜辅政时期，任督抚者似乎没有满、蒙人，汉军旗人在总督中约占十分之八，一般汉官占十分之二；在巡抚中汉军旗人与一般汉官平分秋色，前者略多，只是到辅政末期，才有极少几个满、蒙人任督抚，还不如康熙帝亲政以后的多。至于府州县各级官吏，几乎是清一色的汉官。这种中央机构满人占居优势，地方军政大员中汉军与汉人各据其半，低级官吏差不多全为汉人把持的情况，在整个清朝前期变化都是不大的。因此，尽管鳌拜等非常强调“首崇满洲”，但由于这样一种满、汉地主阶级联合统治的基本格局不能变更，满、汉关系也没有发生较大的变化，汉化的趋势没有被遏止。
鳌拜辅政期间，对汉族地主阶级分子的打击，是以顺治十八年‘江南奏销案’为代表。如前所述，顺治年间清统治者与江南地主阶级之间的矛盾较深，这一方面是因为民族矛盾激化所导致的汉族士绅的反抗及不合作态度遭到清统治者的仇恨；另一方面是因为清统治者在南北党争中支持北人，排挤南方官绅，引起后者的不满；此外，江南士绅“仍明花分诡寄之弊”，规避赋役的情况又十分严重，所以清政府不仅通过“科场案”、“通海案”等从政治上打击江南士绅，还下令清查江南无锡等县“乡绅举贡之豪强者包揽钱粮，隐混抗官，多占地亩，不纳租税，反行挟制有司”的问题，从经济上与豪强地主争夺赋税，以供军需。“奏销案”就是在这样的情况下发生的。顺治十八年三月，鳌拜等谕尸部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳，地方官瞻徇情面，不尽法追比。如仍前抗粮，从重治罪，地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”在苏、松、常、镇四府及溧阳一县，“不问大僚，不分多寡，在籍绅衿按名黜革，现任缙绅概行降调”。最后查出“未完钱粮文武绅衿共一万三千五百一十七名，应照例议处，衙役人等二百五十四名，应严提究拟”。江南名士，如吴梅村、徐元文、彭孙遹等皆牵连此案。昆山叶方霭为顺治乙亥科以甲第三名进士，“适欠折银一厘，亦被左迁”，现在有“探花不值一文钱”之谣。
“奏销案”对江南汉族地主的打击非常的大，但纵观其来龙去脉，与其说这是出自清统治者狭隘的民族观念，不如说是当时政治、经济形势的需要，是顺治朝打击南方官绅政策的继续，非常的难把这算做鳌拜时期“重满轻汉”的表现。尽管‘奏销案’牵连过多，打击很重，但毕竟在一定程度上弥补了明末农民起义较少触动江浙地主而造成的明末积弊犹存的缺陷，有利于巩固清政府刚开始建立的统治秩序。
鳌拜非常的注重吏治整顿问题。针对晚明遗留下来的弊政，鳌拜等进行了一些整顿和改革，来提高行政效率和官员的办事能力，清除官场恶习。顺治十八年二月，借口“凡事必须遵照太祖、太宗时定制行”，革除内官十三衙门，“内官俱永不用”，为有清一代避免宦官干政肃清了道路。
辅政半月之后，鳌拜等以皇帝名义诏集各官：“朕以冲龄践阼，所赖尔大小臣工，齐心协力，矢效赞襄”。次日，兵部尚书兼都察院左都御史阿思哈就提出对巡按的十项要求，对能够“恪遵上谕，洁己爱民，奖廉去贫，兴利除害……又能大破情面，纠察地方恶宦劣衿者”分别升迁；能“谨慎奉法，察吏安民者仍留原任”；“行事碌碌，无实政及民者”降调外用；而“徇情贪贿”者要革职治罪。上奏以后，御批：“这所议各款，务须格尊力行，不得视为虚文，著通行严历。”
为了提高行政效率，顺治十八年三月，鳌拜等要求“进奉本章，关于政务，应切实际陈奏事情正理，明白敷陈，不得用泛义文词”，并规定本章“不得超过三百字”。数月后，又因各部门回复奏章时往往拖延，而“各部事务虽巨细不同，于国政民情均有关系，理直速结”，规定了完结事务的时限，“如仍前含糊迟缓，任意迁延，治罪不贷。”对各督抚奉命查处事件也按地方距京师的远近不同分为四类，制定限期，“违限者按年月处分。”后来曾多次重审，“部院官员办理之事，皆关国政，如仍前因循草率，以至壅积者治罪”。
鳌拜等一些大臣们意识到，“民生之安危，由于吏治之清浊。吏治之清浊，全在督抚。”因此对各地督抚是否清正称职非常的注意。康熙四年（1665）三月，曾谕有关各部门严查督抚在地方的劣政，诸如私征强派，威逼驿站官役多派乘马支应，携带家人至任所“入兵丁数内食粮”，纵容奸徒恶棍扰乱正常贸易等，并下令对此严行禁止。同年十二月，鳌拜等又指斥督抚公然受贿，下令“从重治罪。”康熙五年，“四大臣欲每省差大臣二员，设立衙门于督抚之旁，以廉督抚。”虽然因为方法不妥当而未行，但却能反映出鳌拜等整肃地方吏治的决心。
由于经济问题是当时政府面临的大问题，因此鳌拜等命“今后经管钱粮各官，无论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，必待钱粮完解无欠，方许题请开复升转。”并“定直隶各省巡抚以下、州县以上征催钱粮未完分数处分例。”康熙二年，又由“户部题定征收地丁钱粮总作十分考成则例。”此外，鳌拜等仍以劝垦荒地之多寡对地方官员加以奖惩，如河南总督刘清泰、巡抚张自德、偏源巡抚周召南、湖广巡抚刘兆麒等，先后以劝垦荒地功被加尚书、侍郎衔。对“垦地后复荒者”、“荒地捏报垦熟者”、“督抚降级罚俸、道府降级调用，州县等官革职”，以解除垦荒当中出现的一些弊玻在此基础之上，鳌拜等下令各部院长官“俱著自行陈奏”功过，又下令对现任督抚加以甄别，最后康熙元年有十一位督抚留任，一人解任，一人休致，一人以原官致仕，一人著降一级调用。为减少行政开支，康熙四年及五年把六科满汉给事中由十二员减少到四员；康熙六年将各省布政使二人裁撤一人；同年十一月考察军政后，将贪酷、不谨、罢软、年老、有疾、才力不及、浮躁等官共五百六十三人“处分如例”；康熙七年（1668）四月，“裁直隶各省大小衙门吏攒承差等役三千八百四十九名”；七月，“甄别才力不及满汉官二十七员”，分别降革。而另一方面，鳌拜等对地方官吏“无论满洲、汉军、汉人，应拣选贤能推用”，“遇有紧要员缺，著不论资俸，将才能之员选择补用”，并以此熟悉民间疾苦，“才能夙著”的地方官擢为科道言官，令其“据实指陈，有裨政治。”这种裁撤冗吏、罢免其职、不拘资历、任人以才的做法，显然有利于吏治的整顿。康熙元年，为简化官吏考核制度，鳌拜等曾停止京察大汁，“俱著三年考满”，并定出考满规则。康熙四年，又停止考满，恢复京察，定每六年考察官员一次。这样的来回变化，为的就是说明辅政大臣对吏治的重视。
当然，在封建社会，特别是在其末世，政府机器中的很多弊病已积久准除，统治者的良好愿望也并不一定能得到什么好的客观效果，鳌拜辅政时期也不例外。因此，康熙六年熊赐履对当时弊病的指摘也定有事实根据。但并不能因此而否定鳌拜在整顿吏治方面的努力，特别是康熙、雍正时继续执行了这些措施。为“康乾之治”创造了有利条件，就更不能掩没鳌拜辅政时期在这方面�