密宗则是印度后期佛教的一大特色。密宗，又称密教，现在又有许多一般的通称，诸如“怛特罗佛教”“秘密佛教”“真言0乘”“金刚乘”“持明乘”“密乘”“果乘”等。佛教密宗的兴起和发展与当时印度的政治、经济和文化上的变化有着密切的联系。公元七世纪中叶之后，印度教融合当时印度的各种学说（包括佛教）而复兴起来，这对佛教来说是一个有力的竞争者。而当时的大乘佛教不仅局限于“经院哲学”的范围之内，而且更以思辩烦琐的学风，正在脱离广大群众。为此，大乘佛教为了适应新的形势和从而挽回自己的颓势，而积极接近印度教或婆罗门教，从他们那里开始接受曾经竭力批判的东西，如禳灾、祈福和密咒等观念，并对此进行合理化或佛教化，最后形成相对独立的密教体系。可以说“密教是佛教与印度教结合的产物。”
从密教的整个发展历史来看，密教可分为两个发展阶段，即初期杂密阶段和后期密教阶段。
A、初期杂密
大乘佛教终究成为密教，可以说是突如其来，也可以认为有其源远流长的历史背景。所谓突如其来，是因为在释迦牟尼时代，佛教极力反对神权，贬斥神秘，否定方术，一切咒语均为抛弃之言语。可见，佛祖不提倡方术、密咒等植根于民间的观念或信仰。其历史渊源，如在《长阿含经》卷十四·二十“梵动经”有载：“如馀沙门婆罗门，食他信施，行遮道法，邪命自活。召唤鬼神，或复驱遣，种种祈祷，无数方道，恐热于人，能聚能散，能苦能乐……或为人咒病，或诵恶咒，或诵善咒……或咒水火，或为鬼咒，或诵刹利咒，或诵象咒、或支节咒，或安宅符咒，或火烧、鼠吃、能为解咒，或诵知生死书，或诵梦书，或相手面，或诵天文书，或诵—切音书，沙门瞿昙无如此事。”在《中阿含经》卷四十七“多界经”中记载：或有沙门梵志，或持一句咒、二句、三句、四句、多句、百千句咒，令脱我苦；是求苦、习苦、趣苦；苦尽者，终无是处。”在部派佛教的四分律卷二十七、十诵律卷四十六等，即有佛陀听许持善咒治疗宿食不消、毒蛇、齿痛、腹痛等记载。佛陀在《长阿含经》卷十二大会经中，为了降伏诸天，结了数咒。佛陀在《杂阿含经》卷九·二五二经，也向舍利说了毒蛇护身咒（注：参见《印度佛教史》圣言法师编述，223页）。可见，密咒及其使用早在原始佛教的经典中就已出现。不过，密咒最早还是发源于婆罗门教，释迦牟尼在世时尽量禁止密咒在佛教学说中出现，后来加入佛教的外道人数渐多，他们习用咒语治病。至部派佛教时，如法藏部，推崇目犍连，盛说鬼神，咒法渐行。
就一般而言，佛教密宗的思想萌芽见于《阿含经》。认为唱诵巴利文《律藏》和《长阿合经·大会经》等中某些简单经文，依此功德就可除灾招福，此为明咒信仰。这种形式的密教叫“杂密”。还有以特定的文字、语句为特征，冥想与此有关的深刻含义，以期达到精神统一的陀罗尼。这些明咒、陀罗尼被称作“真言”（注：参见《印度·中国·日本三国佛教史略》49—50页，中国佛教协会经书印赠处世哲学994年出版）。这些即是最初的“杂密”。
根据密教自己的说法，密教是由大日如来（摩诃毗卢遮那）传授给金刚萨埵（又名金刚手、持金刚）。金刚萨埵是大日如来的内眷属，是诸执金刚的上首，处于金刚法界宫，亲蒙大日如来的教敕而结诵传持密乘，成为付授密法的第二祖。释迦牟尼圆寂后八百余年，龙树菩萨出世，开南天铁塔而亲自向金刚萨埵面授密乘，为第三祖（注：参见《印度佛教史》227页，圣严法师编述）。又如“日本传统说金刚乘的教义照佛陀的嘱咐被金刚萨埵贮在南印度的一座窣堵波下面，直到人们能够理解的时候，方才问世。后来龙树开了这座宝塔，接受了金刚萨埵的灌顶，然后传播这种教义。”（注：［英］渥德尔著《印度佛教史》453页，王世安译，［北京］商务印书馆1987年出版）。这些传说性的记载很可能是后来密教学者附会的。但值得注意的是，密教的萌芽早在原始佛教时期就已存在，只是没有得到发展而已。至部派佛教时期，密教已经积累了许多素材；到大乘佛教时期，密教已经有了部分理论性的东西。正如多罗那他在他的《印度佛教史》中所说：在僧护时代，事部和行部二类，显然已流行约有二百年了，但是，瑜伽与无上瑜伽二类，此时尚未出现，直到后来波罗王朝时，始见宏传。至此，密教的传承系统还很模糊，也比较杂乱。既没有出现权威的密教著作，也没有形成完整的传承制度。因此，公元七世纪中叶以前出现的零散密教都可归入“初期杂密”的范畴。
B、后期密教
中世纪，随着印度社会的不断发展及其复杂变迁，佛教徒们加大顺应社会变化的力度。这主要表现在他们所崇奉的佛教的变化上，佛教徒竭尽全力将后期大乘佛教逐渐向密教化方向发展。在这场大变革运动中，印度的几座著名佛教寺院，发挥了巨大作用。比如，位于印度王台城北面仅有几公里处的那烂陀寺，则是云集当时各派学僧的宗教文化研究中心。正如“早期中观派大师，尤其是龙树被推断曾在那里工作，陈那在那里传授他的新理论，此后那烂陀寺一直是知识论研究的主要中心地。几位笈多朝皇帝供经费，而在八至十二世纪统治摩羯陀和东北印度的波罗朝皇帝们的赞助之下，它达到最大规模。中国朝拜者遗留给我们关于它的逐日生活的一些详细描写，他们的叙述，例如好几千比丘和学生居住该寺，每日举行将近百来人次的演讲，还有学生入学注册的详细制度，呈现出从现存宏伟遗址得到的高度组织的印象。印度和西藏的传统记载有它的图书馆占满三座多层大厦。”（注：［英］渥德尔著《印度佛教史》433页）。一旦密教得到那烂陀寺的接受或支持，其影响就可想而知：极其深远广大。
公元七世纪初，那烂陀就开始重视密教中的陀罗尼，并编纂了密教根本典籍《持明咒藏》，还形成了设置坛城的礼仪，坛城中巳出现供奉的神。说明后期大乘佛教，由于烦琐的理论，不为群众所接受，为了争取广大群众信徒，断然采用了专长神秘仪式的印度教的宗教礼仪。从此那烂陀寺便成为发展密教的重要基地之一。正如“密教的传承系统很难判断清楚，传承中心是七世纪后半叶的那烂陀寺（注：圣严法师编述，《印度佛教史》174页）。
至于那烂陀寺的创建年代，现在有争议，但住持那烂陀寺的名德，史料中有零星记载，除了龙树菩萨在该寺出家为僧外，是由德慧或护法开始的。之后，那烂陀寺的住持相继由护月、坚慧、光友、胜友、智月、戒贤、智光、月称、寂护等诸大论师担任。这些著名学僧为密教的兴起和发展，作出过不同程度的贡献。正如“中观派成立之后，即与密教发生了关系，例如宏化于南印的佛护、清辨，转入密乘，中印的月称、智藏、寂护、静命、莲华戒，无不学密。密教抬头，空有二系的大乘学者，终被融化于时代思潮之中。”（注：圣严法师编述，《印度佛教史》174页）。特别是寂护、莲华戒、解脱军、师子贤和觉吉祥等在清辨的中观自续派中加入了瑜伽行学说，从而创立和发展了瑜伽中观自续派学说，这一学说富于佛教及外道在哲学方面的种种思想，其方法形式也很自由活泼。这就是后期大乘佛教逐渐密教化的一个重要标志。
波罗王朝第四代达摩波罗王（766—829年），对佛教倍加推崇，嫌当时的那烂陀寺规模不够宏大，又在恒河南岸的小山上，创建了一座新寺院。这就是以王的一尊号命名的毗俱罗摩尸罗寺（一般称超行寺或超戒寺或超岩寺），其规模超过那烂陀寺。超戒寺的中心是一个大菩提佛殿，四周围绕着一百零八座小寺院，其中一半属于密教的内道部分（密教也分层次，有内有外，高等的属于核心部分的叫内道），另一半属于密教的外道部分和显教。寺的墙壁，绘着主持该寺的著名学老的画像。住寺学者，经常有一百零八人，执事有一百一拾四人。在该寺学习毕业，成绩优秀者，国王授予“班智达”（大学者）的学位，有重大成就者又称为“守门师”（注：详见吕澄著《印度佛学源流略讲》221—222页。上海人民出版社1979年出版）。因此，超戒寺成为以密教为中心的著名寺院，许多杰出密教学僧都出于该寺。比如，九世纪以后，超戒寺的主要密教论师相继有薰必黑鲁伽、佛陀密、不二金刚、阿底峡、宝寂、般若伽罗摩提、黑天察迦林，等等。其中阿底峡于公元十一世纪进藏，致力于佛经的藏译工作，同时宣讲原有密教之外的《时轮经》，为密教的传播付出了许多精力。可以肯定，超戒寺在密教的整个发展过程中，起到了强有力的后盾作用。因此，后来超戒寺的崩溃，也标志着整个印度佛教的灭亡。正如超戒寺“到十三世纪初（1203年），才为回教在印度的统治者所焚毁，跟着印度的佛教也就消灭了。”（注：详见吕澄著《印度佛学源流略讲》221—222页。上海人民出版社1979年出版）。另外，还有许多为密教的传播、发展，作出成绩的佛教寺院，在此不—一介绍。
总之，以那烂陀寺、超戒寺为中心的诸多印度佛教寺院，为密教的顺利发展起到了保障作用。
密教的理论体系，也是逐渐形成的。公元七世纪后半叶左右，才产生了对前面密教学说进行系统结集的理论著作，即《大日经》，紧接着又出现了另一部密教理论著作，即《金刚顶经》。
《大日经》，又称《大毗卢遮那经》。其“大日”两字，意为“大光明”，是佛陀相状之一，有时理解为伟大的太阳。传说《大日经》是由大日如来，即大毗卢遮那佛所讲。佛经中有这样的说法：密教与显教相对，是大乘佛教的判别。显教是如来应化身（释迦牟尼）的逗机方便说法，密教是如来报身（大日如来）自受用报身所说内证自觉圣智之法，及大普贤金刚萨埵他受用报身之智，现生遇到曼荼罗阿阇黎，乃至灌顶受金刚之名号，由此而得甚深不思议法，超越二乘圣者及十地菩萨，即身成佛。说明《大日经》是由大日如来所说有其甚深理论依据，而且《大日经》作为密教理论经典，是最高大法。同时又是顿悟法，也是易行道。值得一提的是，密教兼有求生西方净土及印度教之与梵天合一的双重优点，在历程上是速成法，在目的上是究竟法。这一思想的形成，就是《大日经》的结集。因此，从某种程度上可以讲，由《大日经》而完成了密教理论的形成，从而唱起“即身成佛”的引人入胜的美妙之歌。
《大日经》的中心思想是“即事而真”，实际上这一思想源于《华严经》的“事事无碍”，并参照了“梵我一致”的印度教的核心思想，从而提出“即身成佛”的教理。由于《大日经》源于《华严经》思想，还特别重视菩提心，认为通过如实地了知己心，并在自心中求得一切智便可达到菩提。它宣讲大日如来为摄化众生，借助真言和曼陀罗，显现出许多佛身。这种在观念上与大乘佛教相对抗的思想，便成为密教理论的基础。
就具体而言，在《大日经》中，佛祖释迦牟尼已成摩诃（大）毗卢遮那佛，他的陪侍有普贤菩萨、持金刚和金刚波尼，以及其他金刚手们。整个宇宙好像被太阳照亮了。一切有情众生要在自己的思想（心）中找到正觉，究极而言自己的心是清净的。其修习者应当通过他的禅定成为毗卢遮那佛。他用曼陀罗（仪式坛场，或神秘的图案或画像）认清他心，曼陀罗也就是佛陀的心；应当在他自己的心，在他的菩提心（正觉心）中找到佛陀（正觉）。这种感通的方法包括念诵真言、参加仪式，如，观看曼陀罗（包括仪式举行场地的整个布置，像吠陀仪式和此类在露天举行的仪式，甚至还有一次护摩献祭——焚烧贡品的火祭，火祭象征在智慧之火中烧掉爱欲和妄念）；手结密印（印相、契印——手指所指象征符号）；还有瑜伽（通过仪式和禅定达到心灵感通的和谐与统一）。第一步应举行的是弟子的灌顶仪式，首先必须仔细选择纯洁、克己、诚恳、忠于老师等等，而且乐意为学习佛法而牺牲生命的弟子，然后可以举行主要仪式，以及献花等。然而，这种有形的仪式据称是初步的基本训练，使曼陀罗对于众生成为可见的（如是吸引他们到曼陀罗）。真实的最高的曼陀罗只发生在弟子心中，他在初步训练之后要想象自己身体里面的曼陀罗，最后只在自己心里（注：参见［英］温德尔著《印度佛教史》452页）。禅定功夫和诵持密咒，是密教法门的重要构成部分。尤其禅定在密教中成为一种方法或途径，只有在禅定中亲眼见到如来，通过如来的力量才能达到究竟涅槃地。总之，《大日经》是密教密法的大集部中较早出现的重要经典。
《金刚顶经》，全称《金刚顶一切如来真实摄大乘现证大教王经》，也称《摄大乘现证经》或《大教王经》或《金刚顶瑜伽真实大教工经》，是继《大日经》后出现的又一密教重要经典，我国唐代由不空金刚译师（705—774年）译成汉文，共三卷。据此，可以断定，《金刚顶经》产生的年代最迟也不会晚于八世纪中叶。有人提出“即使承认《一切如来金刚三业最上秘密大教工经》、《大毗卢遮那经》、《一切如来真实摄持经》和《金刚顶经》早于八世纪，我们也还可以说，另外三部主要密宗经典《如意轮总持经》、《金刚怖畏经》和《文殊师利根本仪轨经》，也可推断大约在八世纪。”（注：握德尔著《印度佛教史》454页）。将《金刚顶经》产生的年代，推到八世纪以前也完全可以，但其上限只能在七世纪后半叶左右。其确切年代有待进一步探讨。
从其历史渊源讲，《金刚顶经》属于瑜伽行派系统，是以“心识说”为中心思想而发展起来的，但其中含有浓厚的大乐思想。如以上已介绍过的《大日经》内容，作为“行为”法门，它包含一个灌顶仪式和参禅姿势，以及密印和曼陀罗的祭仪，这一切就是为了引导学习者体认与大日如来的同一性。而《金刚顶经》则是一部瑜伽密典，其祭仪与行为从属于禅定，换句话说，其学习者被引导到超越祭仪的外表形式的层次，虽然这时还细述曼陀罗的制作过程，但学习者已经达到某种内在的体证（瑜伽）。
瑜伽（Yoga），在梵文中是由马和车轭结合之义的语根Yoj而来，意译为相应，此语最早出现于梨俱吠陀中，后来沿用到奥义书时代，它的含义是，依于调息等的观行法。观梵我一如之理，以合于梵而与梵相结，到了佛教中，采用此法，依于“止”及“观”之观行，与正理合一相应的情态，便称为瑜伽。但是，密教中的瑜伽法，则受了瑜伽外道波昙耆梨所著《瑜伽经》的影响，以为瑜伽即可达成出世间的一切目的，也就是说，通过瑜伽法的内证经验，即可达到佛的境界而称即身成佛。密教对瑜伽赋予很高的特性。因此，从密教的修炼次第来讲，《金刚顶经》在内容上比《大日经》更高深、更全面一些。正如“《大日经》的系统被称作‘右道密教’或‘真言乘’，其曼陀罗被称为‘胎藏界曼陀罗’。与此相对应，把《金刚顶经》系统称为‘左道密教’或‘金刚乘’，其曼荼�