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反观台湾师范大学，当时前、后任校长谢东闵和刘真，固无力阻止警察抓人，造成两校日后学术风气的大相径庭，甚至保守的校风至今仍存在于台湾师范大学校园之中，从学生对校务改革的漠不关心，到学生会主席约10％的超低投票率。
至今，台湾大学仍保留了傅钟、傅园，纪念这位视学生如己出的校长。而台湾师范大学则选择填平了学校大门口前的喷水池，竖立起统治者威权象征的蒋氏铜像。现实中地理距离相去不远的两校，校风、社会评价却是有天壤之别。
其实蒋氏父子不了解傅斯年，他早在祖国大陆时期就救过他的学生免于被诬为“间谍”。他的学生陈盘早期曾被诬指为共产党员，幸得恩师相救，故陈盘在怀念故恩师傅孟真先生时有以下叙述：
那是一个夏天的上午，陈盘在看守所会见傅斯年的时间不过二三十分钟。万万想不到，这短短二三十分钟的遭遇，就决定了他未来的命运。他得救了！
他回忆，就在当天下午3点左右，他在校长的办公楼会客室呆坐着，傅先生进来了，陈盘回忆道：“他看见我，问我是不是找他？我说沈教务长（鹏飞）叫人找您来的，不知道有什么事情。”说完，傅先生沉思了一下说道：“放心，没事的！”说完就忙着开会去了。一会儿，陈就被公安局释放了！
陈盘自述：“我之被拘禁，不明白是什么罪名，有何证据。但我心里明白，这是我的少数同乡诬陷我，说我是什么党。因为我常常以口头或文字的方式攻击地方上的腐败而恶劣的分子，得罪了不少人，他们就捏造罪名，告到公安局。这样，我就成了囚徒了。”
他被奸邪之辈硬指为是“政治嫌疑”分子，当公安局的人要把他带走时，他便请求沈教务长，把事情告诉正在开会的傅先生。
傅先生得到消息，即刻和主持校务会议的戴季陶校长商量营救，结果戴先生打了一个电话给公安局郭世增局长。大约是第四天，傅先生亲自到公安局交涉，于是他就恢复自由了。
陈盘犯的是什么罪？为何被不知名的什么人带到局里去，就立刻被关起来了？至今他不清楚，但他清楚的是他被恩师傅斯年所救！
“这是一场噩梦——可怕的噩梦”，陈盘回忆道。他在公安局，被关在一间约25平方米的房里，里面共有十几个所谓犯人。起居饮食，大便小便，也全在里面，而卫生设备，一点没有。
他又说，里面的人，最怕是半夜被点名，被点到的，一去就不见回来了。“就是幸而不死，他把你的案子来一个悬而不决，把你转解到河南（珠江南岸）南石头，关上三年两载，那是司空见惯。人生到此，惨状那就不用说了。”
他以感恩的语气说：“我入狱后一两天，恩师营救我的消息传出了，于是陷害我的人，特地去看孟真师，用恫吓的语势说我是共产党的重要分子，请他不要管我，否则将会对他不起！”
“恩师当然不理会他们这一套。”陈强调说，“这是我出狱后，同乡中的同学对我说起的。”
多年后的一个夏天，在台大一个硕士学位考试的场合中，陈见到傅斯年的侄子傅乐成，谈起他那回被诬入狱的经过，傅乐成告诉他：傅师为了营救他出狱，还一次付出了一百块洋钱。这是傅师母跟傅乐成聊天时，无意中说出来的。
“当然，傅师母又是在傅师生前，听到他无意中透露出来的。但这事情，从前我一点不晓得。”
“傅师不是鬻恩市义的人，当然他不会告诉我，但对于家人偶尔谈起，顺口带出，这自然是情理之常。所以我相信，这事情是千真万确的。”他说到此已是哽咽得说不出话来。
同时他也相信，这不是什么贿赂的钱，而是傅师担心他在狱中受苦受难而“打点”狱吏、狱卒的钱，因为恩师知道狱吏、狱卒之尊，在中国历史上向来是有名的。“我入狱以后，当天晚上被传讯过一回，那只是简单地问了几句。以后直到出狱，都没有被传讯过，所以在这方面，我一点没有受到折磨、痛苦，相信这就是傅师花了一百块洋钱的功果了。”他感激地说：“我是那么渺小，而师之爱护我，替我设想，则实在太周到了！太周到了！”
据当时传言，那次傅斯年为了救学生，竟然找到台湾最高当局。据说蒋介石与部属见面，只有傅斯年是敢在蒋面前“从容地跷起二郎腿，抽着烟斗”的人。那次傅师救徒见蒋有没有“跷起二郎腿”？陈认为：“救徒心切，应该没有！”
“四六事件”有惊无险地过去了，但横亘在前的危机却有增无减，直到把他整死为止。
1950年冬至的前一天上午，傅斯年离开家，去农复会参加蒋梦麟主持的一项会议。会中，他一如往常，发言时神采飞扬。中午，他开完会，回家吃了中饭，休息了一小时余，便揣了一包早上他太太在门口买来的芙蓉牌烟丝，匆匆赶去南海路的省“参议会”。
下午，将近6点10分，他答复完了第二次质询，走下讲台。这时，没有人注意到他缓重的脚步、苍白的脸色。会议散了，傅斯年却因脑溢血晕厥。当晚，没到子夜，他就死在象征民主的“参议会”里。
抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入台大的兴建改革之中。
台湾大学的前身为台北帝国大学，是日本在中日甲午海战之后，强占台湾并于1928年创建的一所综合性大学。1945年抗日战争胜利后，台湾重新回归中国。当时国民党政府派“中央研究院”植物研究所所长罗宗洛赴台接管该校，并改名为“国立台湾大学”，罗宗洛任校长。
当时台湾大学经济拮据，举步维艰，刚上任的罗宗洛大有乱杆子扑头——痛中带晕之感，于是很快挂冠回沪，专任他的植物研究所所长去了。此后国民党政府又相继委派中央大学教授陆志鸿和北平研究院研究员庄长恭出任台湾大学校长，此二人又都因地方长官的冷漠和校内种种困难而辞职。
当傅斯年执掌台大时，已是抗战胜利之后的第四任校长，而这个时候正是国民党大败退，台湾地区大动荡、大混乱、大失控时期，台大虽名为“国立”，但国民党政府局促一隅，小朝廷的经费无着落，地方诸侯比朝廷还阔，拿人的手软，虽号为“中央”，却要仰仗它唯一能控制的台湾省来供应。
台湾大学这时经费都靠省政府支持，当时学校内部房舍狭小，经费奇缺，校务混乱，学潮迭起，傅斯年除了要“安内”，更要争取经费，要到省议会列席备询，受当时省参议员的监督与质询，因为他门控制预算，常常借机修理傅斯年，或给小鞋穿，堂堂大学校长要受他们的气。“攘外”对傅斯年而言，更是一件苦差事。
由于升学困难，本省籍学生入学更难，再加上一百多万从大陆撤退的国民党政府军政人员及家眷蜂拥而至，要求入学就读者骤然增加。原在台北“帝大”时代只有几百人的校舍，根本无法容纳狂潮一样汹涌而来的学生，一旦权要显贵人物的子女亲属入学者稍不如愿，高官大员们便凭借手中权力横生枝节，给学校当局制造麻烦甚至灾难。傅斯年接手后仍是这种令人激愤和无奈的局面。
在台北帝大时代，学生大都是富家子弟，全部走读，学校不设宿舍。傅斯年执掌台大后，本着“决不让任何学生因经济拮据而丧失他的学业”的办学宗旨，不论学生出身贫富，一律按招考标准予以录取，从而使贫苦人家的孩子得有入学就读的机会。
经此嬗变，出身贫穷且远离家乡的学生不断增多，台大的师资力量更显得异常奇缺。尽管从大陆败退时，朱家骅、傅斯年对这一问题有前瞻性考虑和准备，无奈被“抢救”到台湾的学人实在太少，著名的教授只有沈刚伯、钱思亮、毛子水、郑通和、余又荪、台静农、姚从吾、王国华、方东美、夏德义、李宗侗、英千里、杨树人、潘贯、萨孟武、杜聪明、彭九生、陈振铎等三十几人，显然无法填补大多数学科一流坐椅的空白。
坐上台大校长交椅的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打硬冲，“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造，不论是通过谁的条子和门路，后台有多硬，凡不合学术水平、滥竽充数的教授，全部被驱逐出校门。
校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样“稀里喀嚓”，三两下就将七十余名不合格教授与职工切掉，赶出校园。
自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立者，在回忆这段往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象和不可能的。
据陈雪屏回忆，傅斯年赴台时健康状况已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水平的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。也正由于世事纷乱与劳累过度，傅斯年英年早逝。有人说傅斯年坐上台大校长这把交椅，等于是坐在火山口上了，危险万分，不但不会飞黄腾达，反而注定了他将死在任上。
傅斯年在台大的改革使一部分人为之叫好的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令那些人极为不快和恼怒。
1950年新生入学考试，中文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生精神层面上的心灵寄托。
这年1月，风浪再起，校外校内传言傅斯年“将去台，将辞职”。针对传言，傅氏在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
正是这种内外交困局面与本人刚烈不屈的性格，导致傅斯年血压骤然增高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法做到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’”
朱怀着后悔的心情说道：“当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
孟真先生与陈诚先生闲谈中，不是涉及对台湾政府的建议，便是谈到百事待整的台湾大学，他也曾屡次向陈诚先生说：“我为台大，已心力俱瘁，连我这条命也要赔进去了。”当时是一句戏言，竟不幸而言中！他去世后，陈诚先生为他主持丧礼，并为其儿子傅仁轨筹教育经费，后来傅仁轨才得以在美国完成学业。
再回到台大与省议会的关系，催命符为何找上傅斯年？他这次为何不敌外面的攻击呢？原来随着国民党撤往台湾，为安抚当地的领导人，同时也受当地政客要挟，国民党高层决定从“二二八事件”中选出几个著名人士为省参议员，以达到平衡与和稀泥的效果。
台独分子郭国基被关押了一百二十多天后，随着国民党新政策的到来，顺利出了监狱。不久，又成为具有正义化身的台湾省参议会的议员和立法委员。坐上台湾当局大员专用木头皮椅的郭国基，喜欢直抒胸臆地发一些火药味甚浓的长篇宏论，江湖上人送外号“郭大炮”。
想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个人物在议会大厅遭遇了。
当时的台湾大学属台湾省政府拨款，具体通过省教育厅长，也就是当年在西南联大为平息学潮出力甚多、于“抢救学人”中在南京出谋划策的陈雪屏具体操作。故“郭大炮”便以台湾土著议员的身份，以替本省籍学生争取福利的姿态向“傅大炮”傅斯年开起火来。
据在场者事后透露，郭的发难主要是国民党教育部从祖国大陆抢运来台，并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，但又十分敏感、复杂、棘手。
如台大招生，尺度已尽量放宽，招生人数已达最高限度，但各界仍不满意，特别是郭国基等人认为台大亏待了当地生源，便宜了国民党官僚的后代，并以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅氏极其恼火和愤怒。
当日郭氏质询，当然需由傅斯年亲自答复，于是傅不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台籍教授，多取台湾土著学生，否则便是与台籍人民作对等。
针对郭的提议，傅斯年予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想，又说台大考试，对台籍学生已尽量照顾，考虑到台籍学生的汉语水平较差，光复未久，在录取时专门规定中文科分数比祖国大陆的学生降低10分录取等。
讲着讲着，傅氏情绪激动起来，说道：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”又说：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”言毕，大约是下午6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲坛。
就在他即将回归座位时，突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。较近的议员刘传来疾步向前，把傅斯年扶到列席人员的坐席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包做了枕头。从此，傅斯年进入昏迷状态。
大约下午6时30分，台大附属医院院长魏火曜、台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑溢血，当即采取急救措施。此时，台湾的陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界著名人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳干等纷纷赶来探视病情。
蒋介石闻讯，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜任何代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半小时打一次电话报告傅斯年的病情。
陈诚得令，竭尽全力组织台湾一流医务人员进行抢救。病床上的傅斯年仍处于昏迷中，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后地紧张忙碌。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，神态凝重地观望着来自病室的风吹草