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父亲被害的六年中，莱奥波多做了大量的调查工作。在每个关口，他经常遭遇别人的阻力和冷漠对待。1896年，他父亲的一位政治朋友兼私人密友安东尼奥·迪·鲁迪尼当上了总理。莱奥波多去见他，透露了他对帕里佐罗的怀疑，请求帮助。鲁迪尼毫无同情心：“既然你相信是他干的，为什么不直接雇个厉害的黑手党分子替你杀了他呢？”
只有在鲁迪尼的下一任总理佩卢克斯将军当政之时，才积攒起足够的政治动力去开展审判，尽管这次审判只定罪了两名铁路工人。在佩卢克斯的影响下，这起谋杀案的审判由巴勒莫转移到了米兰，在那里证人受到恐吓的可能性小一些。
莱奥波多·诺塔巴托洛陈述证词之后，米兰审判继续进行，同时推迟该案开庭的原因开始被披露。不断有证人出来提供新的证据。由于这一连串颠覆性的揭露，米兰当地军队司令官命令他的官员不要参加审判。曾担任西西里皇家委员的军事部长声明：“诺塔巴托洛谋杀案诉讼证据的准备工作极为疏忽、极为草率；事实上，这项工作的方式是应该受到谴责的。”几天之后，这位部长被迫辞职，因为一家报社披露了他写的一封信，信里要求司法当局及时释放一名很有政治影响力的黑手党分子，以期在选举时帮助一名政府候选人。
从横跨库雷里山谷的火车轨道上发现的尸体被确认是艾曼纽·诺塔巴托洛那刻起，整个巴勒莫就充满了怀疑帕里佐罗是幕后主使的谣言。然而，在巴勒莫负责调查此案件的主要检察官被调走了，显然是因为他暗示那些传言或许有些道理。
一名警官在被要求接管此案后，藏匿证据，包括一双带有血块的短袜。他还引导调查一次次地走向歧途，每一次调查的线索都给被害的银行家的名誉投上了一层阴影。在米兰，该名警官在法庭上被捕，赢得旁听席上一阵热烈的掌声。后来他被查明是帕里佐罗的亲密盟友，曾经充当帕里佐罗的选举“代理人”。
莱奥波多·诺塔巴托洛认为最终实施刺杀行动的凶手之一的名字也在米兰陪审团面前公布出来。泰尔米尼一伊梅雷塞的副站长一一他曾在诺塔巴托洛的车厢里看见杀人凶手——被传到法庭。在重复了1893年2月当晚发生的事情之后，他说他没能在嫌疑人队列中辨认出那名凶手。
于是，代表塔巴托洛家的律师开始追问：是不是他认出了那个人，但是告诉警方由于害怕黑手党他不敢当众说出来？证人颤抖了，但还是坚持他的说法。然后他被带到埃曼诺·圣乔治前一任警察局局长面前——他正是主持嫌疑犯辨认程序的那个人。站长一下脸红了，显得局促不安。旁听席上的听众对他的困境表示出足够的理解，因为他显然是一个担心自己性命的老实人。最终，他还是崩溃了，低声说道：“我确认他所说的一切；这是真的，确实是那同一个人。”
他认出的那个人是朱塞佩·丰塔纳，47岁，来自维拉巴泰。前任警察局局长为法庭提供了疑犯的简要背景。他是黑手党维拉巴泰家族的成员。就在几年前，他被指控制造假币，后来动用关系才摆脱干系。“我觉得在这次审判中，丰塔纳也受到了一种神奇、强大、神秘力量的保护。”
这些情况刚在米兰揭露出来，就下达了逮捕丰塔纳的命令，此时他已经藏匿起来。传言说他受到一位王子兼议员的庇护，此人的庄园受丰塔纳的保护。王子受到警察局局长圣乔治的审讯，圣乔治暗示他有可能会被控诉包庇犯人。王子把情况转述给丰塔纳，丰塔纳说出了投降的条件。圣乔治疲惫地答应了。这个协议让驻守在意大利的《泰晤士报》记者震惊不已：
丰塔纳……由王子的律师陪同，乘坐王子的马车来到巴勒莫，他并没有被不光彩地带到警局，而是在［圣乔治的］私人住宅接受审问，他被准许和家人见最后一面，他并没有戴手铐，而是被体贴地引领到了监狱，他被关进一间舒服的牢房。然而这个人有四次杀人记录，有多次谋杀未遂及偷窃行为，而所有这些指控都被宣判“证据不足”，或者换句话说他被宣判无罪是由于法官和证人无法克服对黑手党恐怖主义的恐惧的缘故。
朱塞佩·丰塔纳以这种方式放弃了挣扎本身就说明了一件事情：他的世界是一个由各种关系网编织而成的世界。在这个世界里，像国家这样的机构是毫无意义的。他的被捕是他自己和一位可敬的对手——警察局局长埃曼诺·圣乔治之间的私人恩怨。
随着帕里佐罗和丰塔纳纷纷落网，米兰审判在1900年1月10日中止，以便展开进一步的调查。这场审判马拉松才刚刚开始。
即使在米兰大揭露之后，帕里佐罗在拘留期间也并非没有朋友。事实上，他差点成功地免受审讯。
1900年6月，帕里佐罗的人推荐他竞选连任巴勒莫中部选区议员。面对圣乔治的审讯，黑手党需要一切可以争取的政治援助。随着西西里势力在国家政治舞台日益衰落，意大利航运总公司也需要它的老朋友。如果帕里佐罗当时选举成功，那么他将再次被授予议员豁免权。福罗里欧家族资助这次选举运动，甚至连伊纳齐奥·福罗里欧的母亲男爵夫人乔瓦纳·德昂德斯也加入了一个由帕里佐罗的妹妹发起的妇女支持联盟。光有这些当地支持并不够；政府支持帕里佐罗的对手，最后，唐·拉法莱·帕里佐罗没能获得胜利。
帕里佐罗在当地的支持者也几乎成功地阻止案子出庭。检察长科森察起草了一份报告，提出证据不足，不可审判的建议。来自国王的压力迫使他改变了结论，但是他仍然称证据“微不足道”。
第二场审讯开始前，丰塔纳的诉讼还得益于贼眉鼠眼的检票员朱塞佩·卡罗洛的死亡——他死于肝硬化。
第二场审讯在可能是意大利最庄严的法院大楼进行，那是博洛尼亚的一座宫殿，它的庭院和正面是由帕拉第奥〔※安德烈亚·帕拉第奥（Andrea Palladlo），（15081580）意大利建筑师。〕设计建造的。它豪华的室内是巴洛克式的，审判室镶嵌有雕刻精良的深色木料。博洛尼亚是一个政治上很保守的城市，不会出于同情而听取任何企图利用这个案子颠覆性蕴涵的人的申诉。
唐·拉法莱·帕里佐罗是第一个被从关押被告的监狱里传唤出来的证人。拘禁的日子使他显得苍老，他看起来瘦弱苍白，脸上的肉松垂在突出的下巴周围。他依然衣着光鲜，透过雅致的夹鼻眼镜细看他的记录。靠在椅背上，他以一种悲怆的姿态作证长达两天，证词伴随有阵阵呜咽和夸张的手势，他的声音时而是哀怨的低语，时而是蔑视的轰鸣。
各位陪审团成员，我相信你们没在我身上发现任何天生残暴的迹象。相反，你们看到的……是我遭受的由于派别仇恨、家族世仇和愤怒而造成的残忍、野蛮的不公正待遇所留下的不可消除的深深伤疤，而且派别仇恨、家族世仇和愤怒已经达成了一种协议，强的一方畏惧，弱者一方怯懦。那么，让不屑的、愤怒的人性说话吧！……我独自一人，我贫穷，而且我不属于任何派系。我死去的兄弟临死前对我说，“保护你自己，并捍卫家族的荣誉”。
被他激昂的证词消耗得筋疲力尽之后，唐·拉法莱·帕里佐罗因为慢性鼻出血复发而昏厥过去。
被指控事实上执行谋杀行动的朱塞佩·丰塔纳在证人席表现镇静、说话干脆利落，不像唐·拉法莱那么长篇大论。他很放松且衣着整洁。身穿一身深蓝色套装，他看起来就像他宣称的那样是一名诚实的柑橘水果商。在场的记者们注意到他强健的体格，还有他凹陷的眼缝，“就像长在泥捏的模型头上的两个深深的指孔”。丰塔纳停下来思考的方法很有特色，头向后仰，撅着嘴，然后沉着自信地继续他的陈述。有时候让人觉得他讲出来的证据似乎不是与自己有关，而是和别人有关。他甚至还在法庭上引起一阵笑声。当时他面带笑容说，如果像原告说的那样他是黑手党老板，那他大可不必亲自动手而是派他的手下去执行这一谋杀任务了。
他的表现极其熟练。作为黑手党军事组织的成员，丰塔纳比黑手党家族的政治赞助人抛头露面的机会更多。连准备接受帕里佐罗为他们自己人的政治家也为花费任何政治可信度去保护一个暴徒而感到紧张不安。
法庭上人们对使得丰塔纳长时间免受起诉的不在场证明给予了高度关注。他提供大量同伴证人来证明案发当天他事实上在突尼斯。1895年春，莱奥波多·诺塔巴托洛勇敢地前往北非去探查黑手党的踪迹。（圣乔治认为有一整个黑手党家族在那里运作。）莱奥波多在哈马马特〔※突尼斯东北部的一座古城和著名的旅游区。〕及附近遇到的西西里人以“留声机般的一致性”证实了丰塔纳的不在场证词。但是经过对突尼斯的邮政汇票单登记册和巴勒莫的邮政汇票登记册仔细对比，莱奥波多和他的律师对证词提出了质疑。很有可能是丰塔纳的一个同伙替他寄出并接收汇票，证明他在案发时已经离开了西西里。
在关键的时间点有人看见丰塔纳这名黑手党分子。比如，在案发前的那个晚上，有人看到过丰塔纳，当时戴着圆顶礼帽的两名犯罪嫌疑人在阿尔塔维拉从火车上下来。然而，在法庭上几个之前声称见过丰塔纳的证人不安地做出前后矛盾的否认。
帕里佐罗对交互讯问的反应证明了一条真理，那就是：借口不在多。不顾明显的不真实性，唐·拉法莱·帕里佐罗把自己描述成政治阴谋的受害者，甚至否认原告任何最无足轻重的声明。他非黑手党的头目，他说，他是黑手党的受害人之一。丰塔纳和帕里佐罗否认互相认识。然而，结果证明帕里佐罗在意大利航运总公司的股票诈骗中的中间人也是丰塔纳的生意伙伴——此人提供了大量证据证明丰塔纳当时不在现场而是在突尼斯。
一名证人的陈述引起了听众的特殊兴趣，这位证人就是朱塞佩·彼得，一位有名的民俗学专家。这位“人民心理学”教授热情洋溢地赞美了帕里佐罗的性格——被告人是他在地方政府的一名亲密同事。彼得表明，帕里佐罗年轻时曾写过一篇小说的事实表明他有“高尚的思想，崇尚美德，厌恶邪恶”。当被问及如何定义黑手党时，彼得解释说，它起源于阿拉伯语中的单词“masclas”。它的意思是过分的自我意识．不愿甘受欺侮；在下层社会可能会导致犯罪行为的发生。
被叫到证人席的时候，警察局局长埃曼诺·圣乔治采取了不那么书生气的做法。黑手党，他说，是基于保护费之上的宣誓犯罪组织。它在整个西西里西部甚至其他国家都有根据地。当时圣乔治患了重感冒，对法庭上的很多人来说，他沙哑的声音几乎是听不到的。被告律师的支持者反驳说，最近的这次巴勒莫审判几乎没能提供令人信服的证据来支持他的说法。
博洛尼亚陪审团在1902年7月30日晚上9点3刻休庭商讨诺塔巴托洛谋杀案的裁决。人们的期待一点不亚于审讯的规模。审讯已经持续了将近11个月，提交了50卷厚厚的证据。听取了503名证人的证词，有证人亲自作的证词，也有宣誓证词。证人中包括3位前政府部长、7名参议员、11名国会议员还有5名警察局长。审判笔录中记录了54次“骚动”。其中有6次法庭不得不清场才得以恢复秩序。其中有几次为避免双方律师打起来不得不将他们分开。一名审判长在审讯期间去世；两名陪审员由于身体欠佳而被换下。双方的支持者们在法庭上将其演讲才华发挥到极致：诺塔巴托洛家的一名律师发表了长达8天的总结性演说，另外一名则讲了4天半。
7月30日晚是一年中最热的。里面燃着的煤气灯把挤满人的审判室搞得令人窒息。外边的街道也挤得满满的。法庭由半个连的步兵、50名警察和40名宪兵守卫，他们其中很多人围着被告席排成队，佩带着刺刀。在法官做总结时，传出了黑手党密谋杀害诺塔巴托洛的一名律师的谣言。
11点25分，陪审团一行回到法庭。陪审团团长，一名小学老师，站起来把手放在胸口。听着法官的一系列发问，他的声音明显很激动。
“被告拉法莱·帕里佐罗指使他人行刺艾曼纽·诺塔巴托洛的罪名成立吗？”
“是的”，这一回答受到鼓掌欢迎，同时伴随着惊讶的尖叫。丰塔纳也被判谋杀诺塔巴托洛。
法官宣判之后——两名被告分别被判30年的监禁——帕里佐罗要求发言：“你们被骗了，我发誓，就像我第一天所说的那样，我是无辜的。上帝会为我报仇，不是对你们，陪审团，而是对那些明知我是无罪的还诋毁我的人。”
丰塔纳插了一句，“我以我死去的母亲的名义发誓，我也是无辜的”。然后他们就被带下了法庭。
辩护律师离开法庭，旁听席上传来喧闹的口哨声。莱奥波多·诺塔巴托洛和他的律师们已经被一阵欢呼声包围了：“陪审团万岁！”“博洛尼亚正义长存！”“民事诉讼万岁！”他们根本没法穿过外边的人群走到旅馆，不得不先在附近一名律师的办公室里躲起来。在那里，他们在阳台上表达了他们感激之情以回应群众的呼喊。
巴勒莫的情景也几乎与此相同。大量的人群已经聚集在电报局和报社。消息传来不到50分钟，街上已经出现了特刊。那时，人群已经默默地散开。第二天，写着“哀悼中的城市”的标语出现在了巴勒莫的一些商店橱窗。警察局局长圣乔治报告说，这些标语是黑手党分子印制分发的。《时刻》，伊纳齐奥·福罗里欧拥有的一家报社表达了它对最终判决的困惑，并质疑法庭有何具体证据来证明帕里佐罗的罪名。
在一篇被意大利多家报刊引用的文章里，《泰晤士报》也表达了诧异：
鉴于受到恐吓的证人推诿搪塞的证据和几名西西里权贵作出的对帕里佐罗有利的证词，人们期望法官会得益于被告罪名的证据材料不足而给予他们有利判决。
但是，文章总结道，“正义得到了伸张，得到了勇敢的伸张”。
有些报纸上是庆祝的语气。“荣耀归属陪审团成员”，《民族》报宣告。社会主义党的《前进》报为“最野蛮最恶毒的犯罪形式——黑手党”的失败而喝彩。西西里对此案件还是意见不一。在审讯过程中一直看好莱奥波多·诺塔巴托洛事业的《西西里日报》称这一结果是对“黑手党主要拥护者、政治力量”的打击。许多报纸和博洛尼亚的《钱报》一起表达了正义获胜的喜悦，但同时也从官方当局串通保护罪犯的事实中吸取严峻的教训：“希望我们都从这起令人震惊的诉讼案件中吸取教训，并希望在意大利的天空下这类案件不会再次发生。”
六个月后，罗马最高法院因一技术细节问题撤销了整个博洛尼亚审判。
一名次要证人被叫来作证。他刚宣誓完就不得不退下，因为律师们需要争论他作证的必要性。第二天，他又一次出现在证人席上，但是这次没有重新宣誓就开始作陈词。莱奥波多·诺塔巴托洛理所当然地认为这个情节是故意为辩护安排好的防故障保险措施。
在西西里，博洛尼亚裁决引起了一个协调一致的政治反响。在“人民的�