然而，万历并没有因大臣的作对甚至漫骂而杀人；万历年间的大量国事都是万历处理的，大到万历三大征，特别是明日壬辰战争一直在万历指导下进行，小如利玛窦进京传教，建教堂、月供乃至墓地都是在万历过问下顺利进行的。由于万历腿部腰部有疾行动不便导致与大臣见面机会减少，但明代处理政事，主要是通过奏疏批阅往来进行。西方传教士对万历充满敬意好感，东西方文明得以交流，万历是起到了相当大的作用的。
明朝文官对抗皇帝的例子还有很多，如正德皇帝朱厚照要下江南，被文官集团层层阻挡，正德皇帝的形象也因为和文官的对抗而被肆意丑化。正德十二年十月（1517年），蒙古鞑靼小王子再次率五万人犯边，正遇上明武宗朱厚照。此前武宗皇帝出居庸关遭大臣和守将阻止，后趁居庸关巡守御史张钦外出，才得以“趁机”出关。于是应州之战打响。朱厚照先派少量部队引蛇出洞，再不断增加兵力，牵制敌军。此战持续整一天，最终以小王子败退告终。
对于这场战斗，《武宗实录》上的记载却令人匪夷所思：明军阵亡52人，蒙古军阵亡16人。《明史》记：“死者数百人”。 双方约十万人参战，且厮杀了一整天，细品此句，当知抹黑的行为是何等明显。而朱厚照所说其亲自杀敌一人，在人们心目中则成了其自我吹嘘的证明。而实际上，武宗皇帝完全可以吹嘘自己杀了十多个、几十个蒙古兵。于是，人们只记得荒淫无度的朱厚照，却不知道英勇无畏的朱厚照。
明朝特殊的文官制度使政府的运作基本上得以稳定运行。即便是认为万历放弃职责的历史学家黄仁宇也承认：“皇帝的放弃职责并没有使政府陷于瘫痪。文官集团有它多年来形成的自动控制程序……北京的会试、殿试照旧举行；地方官和京官按时的考核也没有废止。派遣和升迁中下级文官，用抽签的方法来决定……对于这些例行公事，皇帝照例批准。”
所谓崇祯是因为中了反间计，听信了几个从清军那里放回来的太监的话，这才把袁崇焕抓起来，并最终处死，进而认为崇祯皇帝昏庸，但真实情况并非如此。崇祯时担任锦衣卫指挥的王世德记载：“先是，巡捕营获一木工，云崇焕谋反，以为谍事下镇抚司。掌刑指挥李若琏訇得其枉，奏之，复下锦衣卫以为实。于是喧传崇焕谋反，人人切齿，及行刑，百姓脔食其肉。崇焕误国之罪无所逃，以为谋反，冤矣。” 经三次审讯，这个木工被确定为间谍，但袁崇焕谋反通敌的谣言已不胫而走，导致“人人切齿”，加上文官集团的推波助澜，到凌迟袁崇焕时，百姓争吃其肉。但明朝政府只认为“崇焕误国之罪无所逃”，说他谋反是冤枉的。
崇祯也并不想杀袁崇焕，他在一份给袁辩护的奏疏上批复“袁崇焕询问明白，即着前去边塞立功，另议擢用”。但此时袁崇焕生死已非崇祯个人意志所能左右，无论民间的强大舆论还是朝廷文官的坚持，都到了不处死袁崇焕则不能服众的地步。这也是袁崇焕在崇祯二年十二月一日被抓，一直到了崇祯三年的八月，才最终有了一个处理结果的原因。
为缓急财政压力，崇祯帝将皇宫里器具藏品和全部内帑都拿出来卖，并且低三下四地向属下大臣以及皇室亲戚请求募捐。然而所得甚少。如武清侯李国瑞一家故意装穷“把家中杂器摆到大街上出卖，搞的满城风雨”， 崇祯皇帝迫于各方压力，只能作罢。在崇祯十年的一次谈话中，崇祯帝吐露了自己的苦恼和困惑，他说：“去岁谕令勋戚之家捐助，至今抗拒，全无急公体国之心，就是省直乡绅也不捐助。及至贼来，都为他有了，怎么这等愚？”
到明亡前夕，崇祯连防守北京城的士兵军饷都发不出来。只得再次向大臣以及那些勋戚还有太监们请求捐助。结果几个太监还慷慨一些“在京城只有太监王永祚、王德化、曹化淳各自捐了五万两银子，其余官僚个个如同铁公鸡一毛不拔。阁臣魏藻德仅捐五百两，阁臣陈演在皇帝面前装穷……太监徐高受命劝谕崇祯的岳父周奎”，结果此人始终不肯捐钱，“气得太监徐高拂袖而起：‘老皇亲如此鄙吝，大事去矣！广蓄多产何益’周奎被逼无奈，才忍痛捐了一万两。其余勋戚官僚纷纷效仿，没有一个捐饷超过一万两。”退休太监头司礼监王之心认捐一万两。大学士陈演推托“从未向吏兵部讨一缺” ，向来清苦，一毛不拔。并不是他们真的无钱，后来李自成进占北京，严刑拷掠，“从周奎家抄出银子五十多万两，陈演也献银四万两。” “太监王之心家，搜得白银15万两，珍玩珠宝大抵价值也在15万两左右。” 而于其他商人官僚查抄出的银子竟达7000万两白银。
崇祯以所谓公认的掌握生杀大权的皇帝之尊，居然如此哀求臣僚下属捐献银子，而对他们不肯多捐的行为却无可奈何。这在中国历史甚至世界历史上也是极少有的。这样的事实，不仅表明崇祯帝确实已经没有内帑，拿不出半点钱来。而且这个事实也显示明朝的皇帝具有很强的私人财产神圣不可侵犯的意识，以至到了国家危难关头，居然还要依靠募捐来筹集军饷。
对于宦官祸国问题，其实明朝宦官肆虐的问题并没有某些人说的到了危害国家安全的地步。明朝掌管司礼间的宦官和文官政府一直在明争暗斗，但是始终没有占过上风，在魏忠贤时期，太监的权力达到顶峰，但是文官体制已根深蒂固，不可动摇。在崇祯帝的亲自组织支持下，魏忠贤倒台，而明朝政府没有出现动荡。
《明史》记载：“自冯保、张诚、张鲸相继获罪，其党有所惩，不敢大肆。帝亦恶其党盛，有缺多不补。迨晚年，用事者寥寥，东厂狱中至生青草。帝常膳旧以司礼轮供，后司礼无人，乾清宫管事牌子常云独办，以故侦卒稀简，中外相安。” 樊树志《晚明史》中有同样论述。
有人认为，尽管明代封建专制皇权受到很大约束，但这并不代表明代政治的充分自由，因为专制有一人之专制和群体之专制之分，也就是说，明代中国的政治生活并未真正摆脱专制，文官集团这一整个群体所代表和要求的利益无论在客观或主观上都与全民利益或整个民族国家的利益强烈冲突。笔者不太赞同这样的观念。由于明代科学制度在历史上执行得最彻底，官员调动相对比较频繁，在理论上使得所有能够读书之人都有机会通过考试进入文官阶层。 也就是说，文官阶层与民众有相对比较的联系，民众（主要是商人阶层）是文官集团的来源基础，其必然代表商人阶层利益，甚至在一定程度上要求全民的利益（这与晚明史实符合）。再者，按明代为群体之专制的说法，当今欧美国家，当政阶层是否也是专制——真正让多数人管理少数人的，只有上世纪49年后的人民站起来当家作主的新中国等社会主义国家。群体之专制与群体之民主又是如何区分呢？
七、中国资本主义发展的可能性
在拥有大规模东西方文明交流，工商业尤其是私营工商业的蓬勃发展，发达的海外贸易，以及思想解放运动和特殊的政治制度，明末以来从生产力到意识形态都提供了逐渐建立资本主义制度的条件。
1。资本主义萌芽
政府人员不足，对实际情况缺乏了解，中层后勤保障能力不力，公共投入不足（这些情况都是导因于低税政策），所有这些原因使得国家根本无力动员帝国的全部财力，其所能控制的资源只是其中的一部分。诸如盐课、海关税、内陆关税、林木出产税以及矿银等都面临这样的情况。
从上面论述的事实可以看出，明代并非如很多人想像的是对社会实施严密控制的专制社会，而是一个把国家和政府的职能压缩到低限度的社会。明朝经济的发展运行不大受政府的干涉控制，对私人经济力量的发展，政府无心也无力管制约束。
明代中叶以后长江中下游出现的发达的商业贸易，标志着儒家文明内部工商业发展进入了一个新的阶段，江南一带的到处是资本主义萌芽。明王朝由于代表和维护商人利益的文官集团的存在，政府征商税极低，已经成为相当强大的社会力量的工商业者，对于增税也不能忍受。上层文官集团对加税百般阻挠，下层出现过大规模的反对矿监，税使的民变不断发生。大规模的几十次，一般规模的几百次。代表资本主义的市民利益集团手工业者和明朝封建制度开始激烈斗争了，在苏州和湖北就有工人爆发了抗议和暴动，牺牲者还赢得知识分子的赞扬。张溥写的《五人墓碑记》就是对此的记载和歌颂。“民变”不同于农民起义，有这类斗争，“平等”、“自由”、“实业兴国”、“保护贸易”等思想就会传播，资产阶级改良和革命就可能发生。
对明代市民力量发达的程度，许苏民作了高度评价，认为比起同时期的英国也更进步；对晚明时期政治透明度和言论自由度，许苏民也作了特别的歌颂：
江南市民社会的抗争，迫使朝廷革除了某些超经济强制式的掠夺的弊政。万历皇帝临终前，被迫罢黜矿监税使，在一定程度上使皇权与市民阶层的矛盾得以缓解；江南市民抗议阉党逮捕东林党人的正义行动，更为后来崇祯皇帝一举粉碎阉党集团奠定了民意基础。崇祯四年（1631）苏州府颁布“为永革布行承值当官碑”，明确宣布废止各级政府官员和吏胥人等对江南工商业者巧取豪夺的特权，从而在客观上承认了江南人民维权斗争的合法性。有学者认为，在英国，甚至直到1688年光荣革命之前，市民阶层都没有形成一个具有特定的权利意识、自觉意识和重要影响力的社会集团。这一论断可能估计偏低，但如果大致不错的话，那么，晚明江南市民社会的发达程度可就比同时期的英国略胜一筹了。
特别值得注意的是，晚明中国社会的政治透明度和言论自由度都有很大提高，现存的《万历邸钞》一书就是证明。《万历邸钞》（1573～1617）是明朝的官方报纸《邸报》的抄录汇编，其内容除了政治报道（如皇帝的诏谕、官员的升迁罢黜）、经济报道（朝廷各部门的财政收支）、教育报道、军事报道、重大突发事件报道和时事评论外，更重要的是关于政治问题的讨论、对官场黑暗的揭露，甚至包括对皇帝本人的批评，如马经纶批评万历皇帝有‘五罪’、雒于仁批评万历皇帝纵酒、好色、贪财、尚气，等等，可见当时社会是何等开放和自由！这一状况在天启年间虽曾中断了两年，但在崇祯皇帝一举粉碎阉党集团以后又重新恢复。崇祯皇帝除了要求军事报道要防止泄密以外，对于言论自由没有加以任何限制。不但如此，他还明确宣布了‘朝廷不以语言文字罪人’的原则。隆庆、万历以来，民间报纸亦如雨后春笋般涌现。于慎行《谷山笔麈》中提到的‘报房贾儿博锱铢之利’，沈榜《宛署杂记》记载的作为国家征税对象的‘抄报行’，明代小说中描写的以“贩卖新闻”为业的民间报人，等等，都证实晚明中国已经出现了具有合法性的、相当发达的民问自由媒体。这一奇特的现象很值得深思，是否可以说晚明中国已开始步入初步民主化进程呢？当然，万历年间也有文字狱，如李贽被捕下狱就是最显著的一例；而同样的情形也发生在英国：1633年，伽利略因其《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》而被异端裁判所审讯。但从历史的长时段来看，这只是早春时节的寒流而已。
明末专制制度正走向衰亡和解体，特别是宋明理学的弊端和生机勃勃的市民文化形成激烈冲突。有识之士在各方面都发现了封建制度的弊病，正在探索一条新的道路。新思想，新观念不断涌现，西方先进优秀的文化科技正在引进，正如同西方社会经历的文艺复兴前夜。
晚明正是思想界启蒙的时代，明末思想界对整个封建意识形态从哲学到伦理，从治国到治学都开始反思和批判。明代的大思想家李贽、黄宗羲、顾炎武、王夫之等都看到了封建社会的弊病特别是宋明理学的危害，他们的著作中闪耀着人本主义和民主主义光芒。黄宗羲的《原君》批判君主专制，打响了民主思想的第一炮。戏曲小说都以市民喜好为标准，反映了市民意识的觉醒，这是对封建礼教压抑人性的反叛。
先进知识分子开始接受西方科技文明。天主教在南方广为传播，特别受到明末先进士大夫的欢迎，他们试图将西传宗教和儒学结合，洋教中国化。士大夫和天主教徒密切结合，出了大批杰出人物。如徐光启、李之藻、瞿式耜等都是天主教徒，象王徵、孙元化、李天经、张焘、瞿式耜、陈于阶等形成的“西学集团”。南明天主教也在宫中传播，后妃们普遍信仰天主教。西方宗教宣传的人人平等思想有利于人本主义，民主思想的传播，也有利于科技引进、东西方文明的交流乃至资本主义制度的确立。儒学和西方基督教文明相结合，可能产生新型文化。
2。东林党、复社的政党化趋向
在明代中期的晚明政治文化蓬勃发展、自由思想启蒙和经济发达等条件下，明末东林党、复社、几社强烈的政治参与意识和实践活动，使晚明中国社会逐渐开始了由君主专制向民主制度转型过程。谢国桢先生说：“明末东林党争，复社、几社等集会结社活动，与当时的社会、政治关系至为密切，如果忽略这些事实，就很难全面、准确地了解明、清之际的历史。”
顾宪成、高攀龙等人对地方行政和朝政的干预，同善会的倡行，“济世”“救民”的活动，“志在世道”的宗旨，讲学与社会实践相统一的方式等政治社会影响，使以顾宪成等人为核心的政治集团很快形成，共同的思想认识和主张是东林党政治集团形成的根本原因。“国事、家事、天下事，事事关心”，“讽议朝政，裁量人物”，表现出东林党人政治主体意识的增强。
反对君主独裁，是东林党人政治上的突出特征。顾宪成主张“散权”，削弱君权；钱一本主张“公天下以选举”辅臣，有了民主要求。高攀龙认为：“君子为政，不过因民之好恶”，以“君子之所为，直要通得天下才行得”去判定是非；主张“有益于民”，即使有损于国，也须“权民为重，则宜从民”。刘宗周以“重民命”的思想主张废掉人主的“私刑”。
经济方面，东林领袖顾宪成不卑货殖，并认为经济人才不仅有益于一方，而且有益于国家财政。高攀龙指出征收商税是“夺民之财”，提出应取消白粮的钞关复税并保护铺行，并有许多有关救荒的建议，体现了保护农民利益和扶植工商业发展的思想。他认为天子不应有私财。李三才《请停矿税疏》犹如谴责万历皇帝的檄文。刘宗周提出自亲王以下各授田，宗藩“听工商自便，各从生理”， 亲王常禄之外，不赐庄田，迫使宗室成员直接参与生产经营。陈龙正提出招南人巨贾垦荒于畿辅、河南、山东，“累朝永不起科”，开荒者无人身依附性赋税义务，通过平买等方式向国家供粮，体现出更直接的商业目的。
东林党人提出各种有利于政治民主和经济发展的主张，显示出不容于皇权的思想体系，带有近代民主、民权的色彩。东林党人思想主张的特点是有了“吾辈合并为公”的相对独立的人格意识，因而他们不再以君主为最高权威，体现出一种非君的人文主义精神。
东林党人不讳言“朋”“党”，常以“吾党”自称。“党”，已成“同道”、“同志”、“�