提意见，而是代皇帝草拟诏书。当内阁的阁臣发现他们所票拟的诏书被皇帝改票了他们可以封还执奏。皇帝不经过内阁直接内降中旨不合惯例，皇帝如强行内降，则必须由给事中覆奏一次和尚书询问确认一次才可以施行。可见皇帝要贯彻自己的意志比前代麻烦得多。
在司法审判上，虽然明代皇帝拥有最高司法审判权，然所有奏章皆须经由内阁票拟，阁臣有权向皇帝提出司法审判处理意见，皇帝又经常主动咨询阁臣，足见阁臣对于司法审判的影响不可小视。
明代中后期，六部尚书必须出自廷推，内阁阁臣或出自廷推，或经过翰林院的推举，否则就很容易被大臣们弹劾。这极大地限制了皇帝选官的途径和权力。严嵩说：“古者，论相之命自天子出。今者，每以付之廷推，而简用悉由宸断。”也就是说，内阁首辅出自廷推，而古之宰相则由皇帝任命。因此嘉靖皇帝曾发牢骚道：“廷推非道，相必君择”。从皇帝降旨和选择国家最高官僚的程序看已经有点“虚君政治”的影子了。因此可以说，明代的文官们经过一系列斗争，反而从制度上实现了对皇权更大的制约。
对于明朝的廷杖，历史学家孟森说：“廷杖虽酷，然正人被杖，天下以为至荣，终身被人倾慕，此犹太祖以来，与臣下争意气，不与臣下争是非之美俗。清君之处臣，必令天下颂为至圣，必令天下视被处者为至辱，此则气节之所以日卑也”。
由于朱元璋时代孕育养成的风气，靖难之役时众多文臣自愿殉难，不肯在暴力下低头屈服，决非偶然。明朝士大夫中很多有较强烈的以天下为己任的责任感、主人翁意识。而这种责任感又来源于明朝比较彻底地推行科举制度。 如黄仁宇也说道：
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书“所揭橥的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。
明代完整继承了汉文明的传统文化和意识形态，同时发达的经济催生出活跃的思想，而前面所述的活跃、进步的思想又加剧了士大夫人格的独立和个性的张扬。再由于政治公开化，大臣的上疏奏折和皇帝的批示都是公开的，形成了强大的舆论监督压力。文官们敢于不计厉害得失和皇帝斗争，敢于公开辱骂批评皇帝的过失。
明朝前期官方主流意识形态是程朱理学，但并非不是被阉割扭曲了的意识形态。它相当完整地继承了汉唐文明中的一些精髓，比如儒家观念里的“三军可以夺帅，匹夫不可夺志”、“士可杀不可辱”、“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之为大丈夫”等等，并被许多明朝士大夫信奉的。
建文帝刚登基的时候，有一天因为生病，上朝迟到了一会儿，“帝有疾，视朝晏。”尹昌隆就上疏批评建文帝：“高皇帝鸡鸣而起，昧爽而朝，未日出而临百官，故能庶绩咸熙，天下乂安。陛下嗣守大业，宜追绳祖武，兢兢业业，忧勤万几。今乃即于晏安，日上数刻，犹未临朝。群臣宿卫，疲于伺候，旷职废业，上下懈弛。播之天下，传之四裔，非社稷福也。” 建文左右想把皇帝生病的事情告诉尹昌隆，结果建文帝制止说“直谏难得，何可沮也？其以疏宣示天下，使知朕过”。孟森将此和清代做了对比，“清嘉庆初，编修洪亮吉上书请代奏，亦视朝稍晏等语，严旨立斩，临刑改戍伊犁，遂亦称盛德，视此又何如也！”
皇上的宽容与臣子的忠诚，终于熔铸成了敢于直言劝谏的士人品格，并取得了较好的效果。有一次大理寺少卿戈谦言事过激，不少人都认为他这是买直沽名，仁宗也颇厌烦，虽经杨士奇劝解，但还是不高兴，只令其照旧供职，仍不准参加朝见。士奇又进言：“陛下有诏求言，今谦因言取咎，朝臣皆以言为戒。且四方朝觐之臣咸在，岂能尽知谦过？若传于远人，将谓朝廷不能容直言。”仁宗表示愿意承认过错，并让士奇告诉群臣。不料士奇依然不依不饶，非要让仁宗下玺书亲自引过认错。皇上最后无奈，也只好照办。
从明英宗开始，明朝大臣的性格更为张扬，甚至彪悍。如正统十三年的进士岳正，在天顺年间被明英宗选拔入内阁。明史对他的描述是：“素豪迈，负气敢言”“博学能文章，高自期许，气屹屹不能下人。在内阁才二十八日，勇事敢言，便殿论奏，至唾溅帝衣。” 连唾沫星子都喷到皇帝衣服上，可见其情状。
景泰年间，景帝为改立己子入住东宫，向阁臣行贿白银五十到一百两不等。正德皇帝即位后，内阁经斗争终将意志加于皇帝的例子。“拟旨上，不从，令再拟。健等力谏，谓‘……所拟四疏，……不敢更易，谨以原拟封进’。不报，居数日又言……（以退休要挟）。帝优旨慰留之。疏仍不下。越五日，健等复上疏，历数政令十失，……因再申前请。帝不得已，始下前疏，（仍未批准，而是）命所司详议。健知志终不行，首上章乞骸骨，李东阳、谢迁继之，帝皆不许。既而所司议上，一如健等指，帝勉从之。”这是因为朱厚照提不出理由否决内阁的票拟。
嘉靖皇帝因大礼议和文官开展了一场旷日持久的斗争。明史记载：“当是时，廷和先后封还御批者四，执奏几三十疏，帝常忽忽有所恨。” 即嘉靖所下旨意三番五次被内阁驳回。下旨行不通，于是“帝欲推尊所生，尝遣中官谕意，至长跪稽首。澄骇愕，急扶之起。其人曰：‘上意也。上言'人孰无父母，奈何使我不获伸'，必祈公易议。’因出囊金畀澄。澄奋然曰：‘老臣悖耄，不能隳典礼。独有一去，不与议已耳。’抗疏引疾至五六上，帝辄慰留不允。二年二月疾甚，复力请，乃许之。” 嘉靖派太监向毛澄哀求并“行贿”，毛澄还是不同意皇帝的要求，最终辞职。尽管如此，嘉靖仍厚待毛澄。 嘉靖无论是涕泗不止，要“避位奉母归”，还是声色俱厉地大叫“尔辈无君，欲使朕亦无父乎”都无济于事。嘉靖最后无奈动用权术，利用文官集团内部矛盾，才最终个个击破。
海瑞之例自不必说。待嘉靖死去，明朝文官集团的势力更汹涌。下面就着重介绍和分析万历时期这方面的情况。一直以来文史界对于万历皇帝评价极差，理由主要是他二十年不上朝，纵容太监充当矿监敛财等。但真实情况是，万历虽然不上朝，但并非不管事，万历在初时也曾励精图治，但是由于皇权与文官制度发生了剧烈冲突，并受到压抑，万历这才用消极方式对抗。黄仁宇论述说：
只有少数最接近皇帝的人，包括首辅申时行，才了解到不同的环境可以为万历的性格和行为带来多大的差别。他从小早熟，在皇太后和张居正的教育之下，他的生活已经有了一定的目的。当初他对于臣僚的腐化感到忧虑，自己草拟手诏，禁止官员之间互相馈赠礼物。他对于各种典礼也颇为注重，早朝的官员缺席过多，他会提出质问；掌礼官的动作有欠娴雅，他会表示不快。其后他的懒名一著，臣僚们就谁也记不起他当初的励精图治：命令大学士把各朝实录抄送给他阅览，经常和内阁学士讨论历史上治乱兴亡之迹，甚至在炎热的夏天亲临观看官兵的射箭比赛而使陪同他的宦官有好几个人因为溽暑而晕倒。但目前既已如此，过去的一切就统统不在话下了。
当时文官骂皇帝的风气，就当代人也难以接受。万历时期，言官们对皇帝群狼式的围攻和暴风雨式的批判漫骂，已经有一些学者做过论述。如蔡明伦在研究中仅提到的参与批骂万历的人即有李沂、谢杰、王元翰、马经纶、魏允贞、李三才、田大益、张养蒙、马孟祯、许闻造。其中有些人上疏中的漫骂更是到了歇斯底里、无所顾忌的地步。如田大益把万历同“夏桀、商纣王、周幽王、厉王、汉桓帝、灵帝、宋徽宗等昏君”等同并列，蔡明伦说：“这完全是毫无忌惮、汪洋恣肆，把神宗骂的体无完肤”。“这些具有异曲同工之妙的抨击，前后相继，几乎到了破口大骂的地步，将神宗置于铺天盖地的非议中”。一些言官看到进言言辞激烈无碍，“也就更加放心大胆地批评指责，甚至在上奏前四处宣扬，显示其言之激切，以求直言极谏之名。” “随着明朝中后期士风之日下，士大夫变的趋炎附势，追逐名利，好名之风颇盛”。
万历十七年十二月，大理寺官员雒于仁上奏了一篇被后人称为《酒色财气疏》的上疏，其开篇就说：“陛下之恙，病在酒色财气者也，夫纵酒则溃胃，好色则耗精，贪财则乱神，尚气则损肝。”接下来历数万历在“纵酒”“好色”“贪财”和“尚气”四方面的具体行为和体现。《明史》记：“评事雒于仁进《酒色财气四箴》，帝大怒，召时行等条分析之，将重谴。时行请毋下其章，而讽于仁自引去，于仁赖以免。” 尽管万历很生气，却不能重罚雒于仁。 对这类现象，黄仁宇说：
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹元标和其他诤谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”。这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
当时曾任过礼部尚书的于慎行说“近世士大夫以气节相高，不恤生死，往往视廷杖戍谴为登仙之路。一遭斥谪，意气扬扬，目上趾高，傲视一世，正所谓意气有加也”。 大学士许国也愤慨地说：“迩来建言成风，可要名，可躐秩，又可掩过，故人竞趋之为捷径，此风既成，莫可救止。” 万历知道言官们的把戏，但却无可奈何，只得锻炼出忍耐的“好脾气”来。而在册立太子的问题上，万历和文官集团的争斗从万历十四年（1586年）就已开始。
到了1586年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无论次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的朱批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。
万历二十年，礼部都给事中李献可等人联合上疏逼迫万历表态，但他们竟把弘治年号错写成“弘洪”，神宗反击批复说“册立已有旨了，这厮每又来烦激，且本内年号错写，显是故违明旨，污戏君上，好生可恶，为首的姑着降一级调任外用，其余各罚俸六个月”。 内阁首辅王家屏接到批示后，却将批示原封不动地退回，并附上反驳意见把皇帝批驳得似乎一无是处。“对于首辅敢于封还御批，神宗十分不满，又不便于发作。” 最后干脆以沉默对抗。谁知王家屏对皇帝的沉默仍不依不饶，假称自己生病，进而以提出辞职来要挟。神宗哭笑不得，只得派一名文书官到王家屏私邸，表明自己态度，要王家屏出来办事。其手谕中说：“迩年以来，善事小臣狂肆不道，逞意激扰，姑以薄罚。卿为佐治，见此要名不义之徒，自宜调停厝处，缓词解谏，却乃径驳御批，故激朕怒，甚失礼体。及朕怒起，卿又不忍受，假疾具疏，文言求去。朕思卿真欲以此挟君废政，沽名逸卧，岂人臣之义哉！……方今国务多艰，卿忽然高卧，其心可安乎？卿既有疾，准暂假数日即出，入阁办事。” 即便如此，王家屏还是执意辞职，万历再三挽留仍无济于事。最后只得无奈放他回去。
“……在万历登极以后，虽然坐在他祖先坐过的宝座之上，但他的职责和权限已经和他的前代有所不同。他的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他却是在他的臣僚教育之下长大的。他的责任范围乃是这群文臣们所安排的。他的感情更需作绝对的抑制。这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文臣们就愈是称颂他为有道明君。
这样的一个皇帝，实际上已经不是国事的处置者，而是处置国事的一个权威性的象征。他应该做到寓至善于无形。如果他能够保持感情与个性的真空，经常演习各种礼仪，以增强抽象的伦理观念，他就和上述要求恰相符合。
多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。”
万历派出的矿税太监，是为应付皇宫日常支出和增加国家财政，但因触犯了商人阶层的利益，多被暴民活活打死，远无今人认为的那般风光跋扈。神宗却只能忍气吞声，息事宁人。如湖广民变中，数万市民包围陈奉的税监府，陈手下六人被投入江中淹死，锦衣卫被打伤，税监衙门被烧。最终结果却是暴徒和煽动暴乱的官员都未受罚，受害者陈奉反被撤消税监职务。
再如万历三十四年云南民变，同样是在地方官员的参与纵容下，一些暴徒把矿税太监杨荣处死后焚尸。神宗愤怒之下用绝食数天来表示抗议。 “近代的西方国家是政府镇压反政府分子暴动，然后反政府者用绝食来表示抗议示威，而在明朝的中国则是颠倒过来了，皇帝用绝食来向大臣文官表示抗议，这也真是只有明朝才会出现的奇观。”
然而，万历并没有因大臣的作对甚至漫骂而杀人；万历年间的大量国事都是万历处理的，大到万历三大征，特别是明日壬辰战争�