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何心隐先建立了聚和堂，学者左东岭说：“聚和堂是比颜钧的萃和会更加严密的组织，不仅设有专职人员率教，率养，辅教，辅养，还具有经济方面的设施，可以看作是泰州学派的思想的社会试验。”“严格说来，聚和堂这样的组织是在政府管理之外另起炉灶。”何心隐后因领导聚和堂抗交税赋，并集体“拒捕，杀伤吴善五等六条人命”而被捕判刑，但他又通过泰州学派另一成员程学颜的关系，被释放出来。之后，何心隐就浪迹江湖，到处讲学，还参与过倒内阁首辅的政治活动。
王阳明的心学对晚明著名科学家徐光启的影响也很大，学者孙尚扬认为：“心学对徐光启的影响并未使他走上逃禅出世之路，这种影响大概只限于使他的思想具有基于善疑的开放性，从而使他既不拘于正统权威之说，亦不拘于自己已接受并较为偏受的理论（王学）。”
在当时，阳明心学极大地影响了士人心态和社会秩序。传统价值的崩塌引起人们强烈的幻灭感，人们否定程朱理学的理性意志，并企图消除其约束力。 那个时代特立独行的文人，如袁宏道、汤显祖、陶望龄、董其昌、就都是在这种风气和思潮影响下出现的，正当当时人所形容的“好为惊世骇俗之论，务反宋儒道学之说……其学以解脱直截为宗，少年高旷豪举之士，多乐慕之，后学如狂”。 在这样的社会思潮冲击之下，我们也就理解了为什么越是明代中晚期，士大夫的个性就表现的越是张扬，和皇帝的对抗越是激烈。
如李贽（1527～1602，其老师即为王艮之子，其思想受王畿影响也很深）说：“虽大圣人不能无势利之心。” 提出了更彻底的反权威精神：“夫天生一人，自有一人之用，不待取给于孔子而后足也。” “夫是非之争也，如岁时然，昼夜更迭，不相一也。昨日是今日非矣，今日非而后日又是矣。虽使孔子复生于今，又不知作何是非也，而遽可以定本行赏罚哉！”
李贽还认为人性本自私：夫私者，人之心也，人必有私，而后其心乃见；若无私，则无心矣。如服田者，私有秋之获，而后治田必力；居家私积仓之获，而后治家必力；为学者利进取之获，而后举业之治也必力。此自然之理，必至之符，非可以架空而臆说也。
汤显祖说：“天地之性人为贵，人反自贱者，何也。” 陈确说：“天理正从人欲中见，人欲恰到好处，即天理也；向无人欲，则亦并无天理之可言矣。”
当时的吕坤，认为对真理的认识人人有分，谁也没有权力垄断。他说：
道者，天下古今公共之理，人人都有分底。道不自私，圣人不私道。而儒者每私之，曰：“圣而默契圣人欲言之心，为圣人所未为，而吻合圣人必为之事。此固圣人之深幸，而拘儒之所大骇也。人之道”；言必循经，事必稽古，曰“卫道”。嗟夫！此千古之大防也，谁敢决之？然道无津涯，非圣人之言所能限；事有时复，非圣人之制所能尽。后世苟有明者出，发人所未发，
冯梦龙说：“又笑那孔夫子这老头，你絮絮叨叨说什么道学文章，也平白的把好些活人都弄死了”， 这和近代“五四”运动中《狂人日记》相似。
官至兵部尚书、太子太保的唯物主义思想家王廷相（1474～1544）说：“学者于道，不运在我心思之神以为抉择取舍之本，而惟先儒之言是信，其不为函关之鸡者几希。”他把“惟先儒之言是信”的人嘲笑成函关之鸡。
王廷相又说道：“儒者曰：天地间万形皆有敝，惟理独不朽，此殆类痴言也。理无形质，安得而朽？以其情实论之，楫让之后为放伐，放伐之后为篡夺，井田坏而阡陌成，封建罢而郡县设，行于前者不能行于后，宜于古者不能宜于今，理因时致宜，逝者皆刍狗矣，不亦朽敝乎哉？” 类似的思想，西方一直到19世纪黑格尔才系统地提出。
在提倡妇女解放和恋爱自由方面，谢肇制说：“‘父一而已，人尽夫也’，此语虽得罪于名教，亦格言也。父子之恩，有生以来不可以移易者也。委禽从人，原无定主。不但夫择妇，妇也择夫也。谓之人尽夫，亦可也。” “即今国家律令……妇再适者，无禁焉。淫者，罪止于杖而已。岂非以人情哉？抑亦厚望于士君子，而薄则于妇人女子也？”思想家李贽针对摧残女性的封建礼教，提出了某些妇女“才智过人识见绝甚”“男子不如也” 的观点。再如凌濛初说：
却有一件，天下事有好些不平的所在！假如男人死了，女人再嫁，便道是失了节、玷了名，污了身子，是个行不得的事，万口訾议；及至男人家丧了妻子，却又凭他续弦再娶，置妾买婢，做出若干的勾当，把死的丢在脑后不提起了，并没有道他薄幸负心，做一场说话。就是生前房室之中，女人少有外情，便是老大的丑事，人世羞言；及至男人家撇了妻子，贪淫好色，宿娼养妓，无所不为，总有议论不是的，不为十分大害。所以女子愈加可怜，男人愈加放肆，这些也是伏不得女娘们心里的所在。
对此，杜车别举了一些例子，现抄举一部分如下：
……总的来看，当时的社会非但不鼓励寡妇守节，反而是鼓励寡妇能够改嫁；如果妇女失贞的原因并非是其自己的责任，亲人的态度也很宽容；甚至确实是通奸放纵的情况，谴责的程度也并不特别严厉苛刻，相反有时候还给予一定同情谅解。
比如《警世通言》的第三十五卷《况太守断死孩儿》中讲的是明代宣德年间，一个丘姓人家，丘元吉，娶妻邵氏，夫妻两人非常相爱，丘元吉不幸病死，邵氏哀痛之下，发誓终身守寡，结果男方和女方的亲属，非但不鼓励支持，反而轮番上来劝说她不要守寡，“父母家因其年少，去后日长，劝他改嫁。叔公丘大胜，也叫阿妈来委曲譬喻他几番。那邵氏心如铁石，全不转移。……众人见他主意坚执，谁敢再去强他！自古云：‘呷得三斗醋，做得孤孀妇。’孤孀不是好守的。替邵氏从长计较，到不如明明改个丈夫，虽做不得上等之人，还不失为中等，不到得后来出丑。正是：作事必须踏实地，为人切莫务虚名。”
作者的态度，也分明是不支持寡妇守节的，所以才说“替邵氏从长计较，到不如明明改个丈夫”。
比如《初刻拍案惊奇》的第六卷《酒下酒赵尼媪迷花 机中机贾秀才报怨》中说贾秀才的老婆巫氏，被人用药迷昏后奸污，贾秀才得知以后，非但没有责怪，反而安慰她说“不要短见，此非娘子自肯失身。这是所遭不幸，娘子立志自明。今若轻身一死，有许多不便。”，后来贾秀才夫妻两人合谋设计报仇成功，“那巫娘子见贾秀才干事决断，贾秀才见巫娘子立志坚贞，越相敬重”。这也是妇女尽管失贞失节，但其亲人非但没有因此对她心生嫌弃，反而“越相敬重”的例子。
……这也可以看出明人在男女问题上通情达理的态度了，远不是后人所污蔑的那种森严苛酷。
在文学思想上，民国的周作人评价说：“假如从现代胡适之先生的主张里面，减去他受到的西洋的影响，那便是公安派的思想和主张了”。 民国著名学者刘大杰也评价道：“晚明和五四时代的新文学运动，精神完全相同”。
文字改革方面，方以智主张文字拼音化，他仿西文列汉字成字母，依照音韵变化列出《旋韵图》。他欣赏西方的拼音文字，希望中西方有朝一日能享同文之化。他设想进行文字改革必须先设立一个共同遵循的法则，进而“以近推远，以今推古”。方以智说：“数千载之下，亿万里之外，皆可以对翻，小则明文字之音义，一贯而知，大则知无声之原，以尽声音之变，和乐律，通鬼神，格鸟兽。” 这个主张比五四时期鲁迅等人的主张早了将近三百年。
在节制人口问题上，冯梦龙说：“不若人生一男一女，永无增减，可以长久。若二男二女，每生加一倍，日增不减少，何以养之？” 宋应星说：“一人两子算盘推，积到千年百万胎，幼子无孙犹不瞑，争叫杀运不重来。”
英国神父马尔萨斯在其18世纪末出版的《人口论》中提出“人口第二十五年增加一倍”，但明代徐光启在16、17世纪便不止一次地指出，人口“大抵三十年而加一倍”，“夫三十年为一世，一世之中人各有两男子”，说明中国人提出人口增长规律比马尔萨斯早一百多年。
明代思想家陆楫公然提出“奢侈更有利于经济发展”的观点，这是他观察到的“自然之势”：他说：“今天下之财赋在吴越。吴俗之奢，莫盛于苏杭之民。有不耕寸土而口食膏粱、不操一杼而身衣文绣者，不知其几何也？”“只以苏杭之湖山言之，其居人按时而游，游必画舫、肩舆、珍馐、良酝、歌舞而行，可谓奢矣。而不知舆夫、舟子、歌童、舞妓仰湖山而待爨者，不知其几”“要之，先富而后奢，先贫而后俭。”意思是正因有了这些所谓奢侈的活动，才为那些舆夫、舟子、歌童、舞妓提供了谋生条件，富裕之后才会奢侈，贫困了才会节俭，所以没有必要也不可能去禁绝奢侈。且不论此观点本身的对错，单从当时的时代来看，如此思想是相当激进和有创造性的，而西方类似明确表达出来的资本主义经济学观点则晚得多。
葛兆光在《中国思想史》中说：
当王学在短短的几十年中在士人中风靡开来的时候，另一种思路和取向，却更迅速地发酵膨胀起来，其内在的自然主义和追求自由的精神，渐渐越出了王阳明设定的极限，也超越了主流意识和政治秩序允许的边界。王畿和王艮的传人，尤其是所谓的“泰州学派”，渐渐成了最引人瞩目也是最有吸引力的王学代表，以后的很多王学极端主义学人，无论是否出自这二王的门下，都以对当时遵奉的历史传统与社会秩序的抨击和瓦解为目标，他们把俗人与圣人、日常生活与理想境界、世俗情欲与心灵本体彼此打通，肯定日常生活与巨人情欲的合理性，把心灵的自然状态当成了终极的理想状态，也把世俗民众本身当成圣贤，肯定人的存在价值和生活意义。如何心隐、罗汝芳李贽等人的思路和行为，就是对传统秩序的一种挑战，他们提出所谓“圣人之道无异于百姓日用”，而百姓日用即日常生活不仅被赋予正当性，甚至还被提升为“天性之体”，因此所有的戒惧、用功、提升、超越的意义都统统被消解，他们讽刺用功的人是多此一举，戒惧的人仿佛在佛头着粪，鼓吹“率性所行，纯任自然，便谓之道”，认为“不屑凑泊”、“不依畔岸”，只需“解缆放船，顺风张棹，无之非是”，因为他们已经把“心即理”的依据，放大到“心”的一切才是合“理”的，这叫“赤子良心”，这种天然就是合理的良心当然“不需把持，不需接续”，可以“不学不虑为的”。
葛兆光评价道：
晚明确实是一个相当复杂而且多变的时代时代，……各种知识、思想与信仰都在这个时代“你方唱罢我登场”，出现了相当自由的空间。……在王学差不多一百年的冲击下，思想界确实已经相当混乱了，似乎思想正处在一个重组的时代。可是无论我们如何评价王学，我相信，至少明代中后期王学在士人中的盛行，给中国的知识、思想与信仰世界带来的，是一种自由的风气，一方面，由于人们趋向于怀疑主义的思路，原本一统的意识形态被各种怀疑态度瓦解，思想世界出现了前所未有的裂缝，知识阶层逐渐建构了相当宽松的言论空间，另一方面，由于陆王之学更加尊重心灵的最终裁判权，所谓“东海西海心同理同”，则使人们趋向普遍主义真理观，又为一个新的多元思想世界提供了基础。
葛兆光紧接着说“这种趋势被突然打断”，并认为是官方的压制和内忧外患两个因素决定的。实际上，在经历百年多的流传和发展之后，王学已很难被官方意识形态真正压制住，造成“趋势被打断”之根本原因是明末的社会矛盾，特别是民族矛盾即满清入关。在经历刻骨铭心的“亡天下”后，明遗民如顾炎武、王夫之等反思和批判过分解放或自由的思想，如王夫之痛骂李贽祸国之深，认为他们是华夏沦亡的罪魁祸首。一道闪电说：
以个人自由，自然权力为意识形态基础导致了利己主义成为时尚。顾炎武和王夫之认为何心隐、李贽等人的学说，虽然揭露了伪道学，又整体瓦解了儒家道德体系和价值系统。又提不出建设目标，造成小人儒明目张胆的将放纵合理化，物欲横流，情色文化泛滥，士不知耻，言不及义。利己主义再不用伪装，无所顾忌地登堂入室。伪君子干脆抛下了最后一块遮羞布，成了真小人。
三、明代人对文明的认识和自信
在物竞天择、人由动物进化而来的观念上，明朝唯物主义思想家王廷相提出了物竞天择、弱肉强食的概念，可以说是进化论思想的先驱。王廷相说：“天地之生物，势不得不然也，天何心哉？强食弱，大贼小，智残愚，物之势不得不然也，天又何心哉？”
人物之生于造化。一而已矣。无大小，无灵蠢，无寿夭，各随气之所秉而为生，此天地之化所以为公也。……但人灵于物，其智力机巧足以尽万物而制之，或驱逐而远避，或拘系而役使，或戕杀而肉食，天之意岂如是哉？物势之自然耳。故强凌弱，众暴寡，智戕愚，通万物而皆然，虽天亦无如之何矣！
明末王夫之说：“中国之天下，轩辕以前，其犹夷狄乎！太昊以上，其犹禽兽乎！禽兽不能备其质，夷狄不能备其文……所谓饥则呴呴，饱则弃余者，亦直立之兽而已。”也就是说，中国这块地方，在轩辕以前，也就是夷狄，太昊以上，就是禽兽。在这里王夫之，已经提出了动物禽兽进化成人的概念。
明代的知识分子和官员普遍都有宏大的眼界，开阔的胸襟。王廷相说：“天，一也；天下之国，何啻千百，天象之变，皆为中国之君谴告之，偏矣。以为千百国皆应之，而国君行政之善恶，又未必一日月而均齐也。”
王廷相明确说“天下之国，何啻千百”，中国只不过是这千百个国家中的平等一个，认为如果天象之变都“为中国之君谴告之”，那就“偏矣”，也就是说是上天偏心，何以单独照顾中国呢？明末著名反清志士朱舜水说：“世人必曰‘古人高于今人，中国胜于外国’，此是眼界逼窄，作此三家村语。” 这说明当时明朝的知识分子对天下的认识已经相当开阔，眼界已经相当的宏大。不再把目光仅仅局限在中国本土，而是确切认识到中国不过是世界许多国家中的普通一个而已。
如孙瑴说：“近世有利玛窦，自欧巴罗国越八万里泛海而来。其言海外大国猥多，而西视神州，目为大眀海，居地才百之一，则瀛海之外，岂遂无方舆哉！” 瞿式穀说：“尝试按图而论，中国居亚细亚十之一，亚细亚又居天下五之一，则自赤县福州而外，如赤县福州者且十其九，而戋戋持此一方，胥天下而尽斥为蛮貉，得无纷井蛙之诮乎！” “曷微之儒先，曰东海西海，心同理同。谁谓心理同而精神之结撰不各自抒一精彩，顾断断然此是彼非，亦大舛矣。”
瞿式榖的开放眼界和包容心胸是值得称赞的。而这种心态在明代的主流知识分子中是相当有普遍性和代表性的。这些文人的言论，以及明政府对“四夷”的接纳和赏赐远大于进贡的事实，很好地反驳了所谓“孤立于其他伟大的文