暗中却派开封知府蔡京率杀手埋伏在暗处，只要王珪稍有异议，就将他杀死。王珪胆小怕事，是出了名的“三旨宰相”（他上殿奏事称“取圣旨”，皇帝裁决后，他称“领圣旨”，传达旨意是“已得圣旨”）。见蔡确相问，王珪便慢吞吞地回答：“皇上有子。”言下之意是要立赵傭。王珪这一次却很有主张，蔡确无法，便只好四处张扬，说他自己有策立大功，却反诬高太后和王珪有废立赵傭之意，此事在后来给他招来大祸。
不仅朝中大臣另有打算，赵颢和赵頵也极为关注选立皇储一事。他们时常去皇宫探视神宗病情，看过神宗后，赵颢还径直去高太后处，试图探听或是谈论些什么。神宗只能“怒目视之”，似乎也察觉到弟弟们的意图。到了神宗弥留之际，赵颢甚至还请求留在神宗身边侍寝。高太后见两位亲王居心叵测，为防万一，便命人关闭宫门，禁止二王出入神宗寝宫，实际上是要他们断了念头。同时，加快了立赵傭为储的步伐，还暗中叫人秘密赶制了一件10岁孩童穿的黄袍，以备不时之需。
这年三月，在大臣们前来觐见时，高太后当众夸赞皇子赵傭性格稳重，聪明伶俐，自神宗病后便一直手抄佛经，为神宗祈福，颇是孝顺，还将赵傭所抄佛经传给大臣们看。大臣们齐声称贺，高太后立即命人抱出赵傭，宣读神宗诏书，立赵傭为皇太子，改名赵煦，皇储之争总算平静下来。数日后，神宗去世，皇太子赵煦即位，改元元祐。从此，太皇太后高氏垂帘听政，掌握大权达8年之久。
高太后被后人誉为“女中尧舜”，但她在政治上却极为盲目和固执。神宗时代，高太后就是变法的主要反对者之一，她曾与仁宗曹皇后一司马光像
起在神宗面前哭诉王安石新法败坏祖宗家法，害苦天下百姓。高太后垂帘后的第一件事就是召回反对变法最坚决的司马光。司马光在神宗变法时隐居洛阳达15年之久，百姓都知道他日后可能复出，称他为“司马相公”，而许多赋闲在家的反变法官员也很钦佩他，这些人是司马光执政后更化的主要力量。司马光被召回朝廷后，立即打出“以母改子”的旗号（以神宗母高太后的名义来变更神宗朝的政治措施），全面废除新法，史称“元祐更化”。司马光废除新法之彻底，不能不说他带进了自己10多年政治上郁郁不得志的个人情绪的影响。然而，高太后却不仅一味信任司马光，委以重任，还在司马光死后，将其反对变法的措施执行到底，并起用大批反对派官员如文彦博、吕公著、范纯仁和吕大防等人，又将支持变法的官员吕惠卿、章惇和蔡确等人逐出朝廷，从而激化了统治集团内部的斗争。
高太后在哲宗即位时，一再表示她性本好静，垂帘听政是出于无奈，但她却丝毫不放松手中的权力。在高太后垂帘时期，军国大事都由她与几位大臣处理，年少的哲宗对朝政几乎没有发言权。大臣们也以为哲宗年幼，凡事都取决于高太后。朝堂上，哲宗的御座与高太后座位相对，大臣们向来是向太后奏事，背朝哲宗，也不转身向哲宗禀报，以致哲宗亲政后在谈及垂帘时说，他只能看朝中官员的臀部和背部。到了哲宗17岁时，高太后本应该还政，但她却仍然积极地听政。而此时，众大臣依然有事先奏太后，有宣谕必听太后之言，也不劝太后撤帘。高太后和大臣们的这种态度惹恼了哲宗，哲宗心中很是怨恨他们，这也是哲宗亲政后大力贬斥元祐大臣的一个原因。
尽管高太后和大臣在垂帘时没有考虑哲宗的感受，但他们并不放松对哲宗的教育。高太后任吕公著、范纯仁、苏轼和范祖禹等人担任哲宗的侍读大臣，想通过教育使哲宗成为一个恪守祖宗法度、通晓经义的皇帝，尤其是让哲宗仰慕仁宗，而不是锐意进取的宋神宗，因为仁宗创下了为士大夫津津乐道的清平盛世。此外，高太后在生活上对哲宗的管教也很严格。为避免哲宗耽于女色，高太后派了20个年长的宫嫔照顾他的起居，又常令哲宗晚上在自己榻前阁楼中就寝，相当于限制了他自由活动的空间。但元祐四年（1089）十二月，民间却传出宫中寻找乳母之事。大臣刘安世得知后大惊，哲宗此时才14岁，后宫竟然寻找乳母，是否是皇帝沉溺声色？刘安世上奏章，告诫哲宗自重。另一大臣范祖禹直接上疏高太后，言辞极为激烈。高太后对外解释说，是神宗遗留下的几个小公主年幼，需要乳母照顾，但私下却将哲宗身边的宫女一一唤去审问。哲宗后来回忆说那些宫女们个个红肿着眼，脸色惨白，他心里很害怕，后来才知道是刘、范暗中告了状，而自己却浑然不知。高太后的这些做法虽然目的是为了照顾和保护哲宗，但却使得哲宗感到窒息，无形中增强了他的逆反心理。
更让哲宗难以接受的是，高太后对待其生母朱德妃也过于严格，甚至是苛刻。或许是她有着某种隐忧，担心哲宗母子联合起来，威胁到自己的地位。朱德妃出身寒微，幼时遭遇极坎坷，其生父早逝，她随母亲改嫁后，却为继父不喜，只得在亲戚家长大。朱德妃入宫后，初为神宗侍女，后来生了哲宗、蔡王赵似和徐国长公主，直到元丰七年才封为德妃。朱德妃温柔恭顺，对高太后和神宗向皇后一向都毕恭毕敬。元丰八年十一月，朱德妃护送神宗的灵柩（ｊｉù）前往永裕陵，途经永安。当时，大臣韩绛任河南知府，亲自往永安迎接灵柩。朱德妃走在后面，韩绛也去迎接。高太后知道了此事，竟勃然大怒：“韩某乃先朝大臣，你怎能受他的大礼？”吓得朱德妃淌着眼泪谢罪。哲宗即位后，向皇后被尊为皇太后，朱德妃却不能母以子贵，只被尊为太妃，也没有受到应有的待遇。在如何对待朱太妃问题上，朝廷中曾有不少意见。有人想趁机拍高太后马屁，欲降低皇帝生母的等级，以凸显垂帘的太皇太后。有人想着将来终究是哲宗掌权，主张尊崇朱太妃，以显示天子的孝道。但高太后却另有打算，想压制一下朱太妃，直到元祐三年秋天，才允许朱太妃的舆盖、仪卫、服冠可与皇后相同。哲宗亲政后，立即下令母亲的待遇完全与皇太后向氏相同。从哲宗生母的待遇问题上，可以看出其间夹杂着复杂的政治斗争背景。
高太后和元祐大臣们所做的一切，对于哲宗来说，负面影响非常大。哲宗早慧，八九岁时便能背诵7卷《论语》，字也写得很漂亮，颇得父亲神宗的喜爱。元丰七年三月，神宗在宫中宴请群臣，时年9岁的赵傭随同。赵傭虽然是第一次经历这样的场面，但却表现得极为得体，得到父亲的夸赞。哲宗即位后，辽朝派使者来参加神宗的吊唁活动，宰相蔡确因两国服饰不同，怕年幼的哲宗害怕，便反复给哲宗讲契丹人的衣着礼仪。哲宗先是沉默不语，待蔡确絮絮叨叨讲完，忽然正色问道：“辽朝使者是人吗？”蔡确一愣：“当然是人，但是夷狄。”哲宗道：“既是人，怕他做甚？”言辞极锋锐，蔡确无言以对，惶恐退下。
少年老成的哲宗面对不将自己放在眼中的高太后和元祐大臣，也会用他自己的方式表示反抗。每次大臣向哲宗和高太后奏报时，哲宗都沉默不语。有次高太后问哲宗为何不表达自己的看法，哲宗回道：“娘娘已处分，还要我说什么？”弦外之音就是自己无非是一个摆设而已。哲宗常使用一个旧桌子，高太后令人换掉，但哲宗又派人搬了回来。高太后问为何，哲宗答：“是爹爹（神宗）用过的。”高太后心中大惊，知道他将来必会对自己的措施不满。大臣刘挚曾上疏，让高太后教导哲宗如何分辨君子和小人。高太后说：“我常与孙子说这些，但他并不以为然。”高太后由此愈加担心，当然更不敢放下权力。
元祐八年九月，高太后去世，哲宗改元绍圣，大力打击元祐大臣，甚至在章惇等人挑拨下，直指高太后“老奸擅国”，欲追废其太后称号及待遇。也许在最初，哲宗对父亲神宗的理解只是出于崇敬，但元祐时期被冷落和忽视的经历加剧了他对元祐政治的不满，便极力推崇神宗。可见，在哲宗的政治抱负中，有着浓厚的个人感情因素，使得他的人生多了些悲剧色彩，也使得朝野上下的分野益发清晰。
政治漩涡中的新旧党
哲宗朝，无论是元祐时期，还是哲宗亲政后，最活跃的似乎都是朝中的大臣们。由于变法与反变法矛盾的延续以及哲宗与高太后的冲突，使得当时支持变法的大臣（新党）与反对变法的大臣（旧党）都无可避免地卷入激烈的党争，成为其中的主角，也就演出一幕幕令人叹息的悲剧。
在高太后垂帘的8年中，旧党不仅控制了整个朝廷，对新党的打击和倾轧也始终如一，从未放松过。旧党刘挚、王岩叟、朱光庭等人甚至竭力搜寻新党章惇、蔡确的传闻轶事，任意加以穿凿附会，对其进行诋毁，其中最典型的便是车盖亭诗案。
蔡确，字持正，泉州晋江人。神宗变法时，王安石见蔡确颇有些才能，便推荐他做三班院主簿。但蔡确长于见风使舵和阴谋诡计，当他见到神宗有疏远王安石之意时，竟不顾知遇之恩，上书参劾王安石。蔡确为了谋取高官，制造了多起冤狱。他自知制诰升至御史中丞、参知政事，均靠制造冤狱夺别人官位后得到。很多大臣都看不起他，而蔡确却自以为本事了得。神宗病危时，蔡确与邢恕欲立神宗同母弟雍王颢和曹王頵不成，反过来诬陷高太后和王珪有废哲宗之意，自谓有策立功。
高太后垂帘后，新党势力被排挤，蔡确也被贬出朝廷。元祐元年，蔡确罢相，出知陈州。次年，蔡确再贬安州。在安州游车盖亭时，蔡确写下了《夏日游车盖亭》十首绝句，诗被与蔡确有过节的吴处厚所得。吴处厚曾在蔡确手下为官，希望他推荐自己，但被蔡确拒绝了，由此怨恨不已。终于，吴处厚等来了报复的机会，他将蔡确的诗上呈朝廷，说其中“内五篇皆涉讥讪，而二篇讥讪尤甚，上及君亲”。诗中有“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”之句。郝甑山，安州人，唐高宗时的忠直之士。唐高宗曾想让位给皇后武则天，郝甑山上奏反对。吴处厚曲解诗意，说此处是将高太后比做武则天。而旧党梁焘、朱光庭和刘安世等人立即加以发挥，肆意攻击，并以“邢恕极论蔡确有策立（哲宗）功，真社稷臣”的言论相弹劾，高太后怒不可遏，将蔡确贬到新州。吕大防和刘挚曾以蔡确母亲年老，岭南路远，主张改迁他处，高太后却说：“山可移，此州不可移。”在当时，被贬往岭南，实际上如同被判了死刑。苏轼曾有诗云：“问翁大庾岭头住，曾见南迁几个回？”这是当时岭南实际情况的真实写照。蔡确被贬时，范纯仁对吕大防说：“岭南之路长满荆棘七八十年矣，今日重开，日后我们难免有此下场。”他还请哲宗向高太后求情，但哲宗依旧以沉默相抗议。哲宗亲政后便把大批元祐大臣贬至岭南，印证了范纯仁当日的忧虑。
车盖亭诗案是北宋开国以来朋党之争中以文字打击政敌面最广、力度也最大的一起文字狱，旧党利用高太后对蔡确等人的不满，捕风捉影，对整个新党集团进行一次次斩草除根式的清算。在蔡确被贬新州时，旧党将司马光、范纯仁和韩维誉为“三贤”，而将蔡确、章惇和韩缜斥为“三奸”。他们将王安石和蔡确亲党名单张榜公布，以示警告，同时对元祐元年被司马光斥逐的新党人员章惇、韩缜、李清臣和张商英等人再加以重贬，又铲除在朝的新党，如李德刍、吴安诗和蒲宗孟等人，都被降官贬斥。司马光的同僚及追随者们在高太后的支持下，欲给新党以毁灭性的打击，来巩固自己的势力。
但是，随着高太后的衰老和哲宗的成长，不仅旧党成员，连高太后也感到山雨欲来、新党复起的政治气氛。元祐八年八月，高太后垂危时，她告诫范纯仁和吕大防等人：“老身殁后，必多有调戏官家者，宜勿听之，公等宜早求退，令官家别用一番人。”实际上是已经预感到哲宗准备起用一批新人，要他们提前准备，尽早退出朝廷，以保全身家性命。后来事实证明，哲宗亲政后，凡是高太后垂帘时弹劾新党和罢免新法的官员几乎无一人幸免于报复。
哲宗亲政后，召回章惇、蔡卞、黄履和张商英等人。章惇等人曾是神宗变法时的重要人物，但在经历了元祐时期旧党的残酷倾轧后，他们的政治性格在党同伐异过程中遭到严重扭曲。当他们复出时，他们与亲政的哲宗一样，都有着强烈的报复心理，而章惇就是其中代表人物。
章惇，字子厚，浦城人。他博学善文，考进士时，其名次在侄子章衡之下，深以为耻，在竞争异常激烈的情况下居然再次参考。一次，章惇与苏轼外出游玩，走到一个深潭边，见潭下临万仞绝壁，有根木头横在上面。章惇请苏轼到绝壁上去题字，苏轼见绝壁下深不见底，当即摇头，连说不敢。章惇却从容地吊下绳索攀着树下去，在壁上大书：“苏轼章惇来。”上来后竟然是面不改色，神采依旧。苏轼拍拍他的肩膀说：“君他日必能杀人。”章惇问为什么，苏轼说：“能自判命者，能杀人也。”章惇听罢，哈哈大笑。
熙宁初，章惇得王安石赏识，被委以要职。后来，高太后和司马光废除新法，章惇与他们的冲突就越来越激烈，甚至还与司马光在高太后帘前争论，言辞极为尖锐。高太后大怒，刘挚、朱光庭和王岩叟等人趁机上奏指责章惇，章惇被贬出朝廷。
章惇返回朝廷后，不忘刘挚和王岩叟等人对新党的攻击，变本加厉地对他们进行报复。绍圣元年（1094），章惇在哲宗的支持下，将旧党的主要人物吕大防、刘挚、苏轼、梁焘等人贬到岭南。章惇还利用哲宗不满当年刘安世和范祖禹谏宫中寻找乳母一事，将两人也贬到岭南。绍圣四年，章惇等人频频上奏，哲宗又开始对元祐大臣进行新一轮的打击。已故的司马光和吕公著等人均被追贬和削夺恩封，哲宗甚至还要掘两人坟墓，由于大臣以“发人之墓，非盛德事”相谏才作罢，但两人后代都被牵连遭贬。仍在世的元祐大臣，均被贬出朝廷，后来几乎都相继到了岭南。
哲宗像章惇对旧党还采取了一个极严厉的措施，即编类元祐臣僚章疏，也就是把元丰八年四月以后所有攻击新党和新法的章、疏都予以排比分类，再给上章、疏的人依次定罪，此活动一直到哲宗去世时仍在进行。此外，章惇在贬逐元祐党人时，还以被贬者的姓名来定贬所。苏轼贬儋州，是因为苏轼字子瞻，“瞻”类似“儋”。刘挚贬新州，因为“新”字音近似刘挚字莘老之“莘”。黄庭坚贬宜州，因为“宜”字似其字鲁直之“直”字。而刘安世贬逐时，有人说刘安世曾算过命，说他命极好，章惇就在昭州上一指，说：“刘某命好，让他去昭州试试。”竟将人的生死视为儿戏，不幸为苏轼所言中。
新党对旧党的报复性打击与哲宗的鼎力支持是分不开的。哲宗不满司马光的“以母改子”，不满元祐旧臣早年对他的冷落，更不满高太后对他的种种压抑，因此，对旧党的仇恨心理不亚于元祐时被打击的新党。绍圣初，逢郊祀大礼，朝廷要颁布大赦诏令，通常连死囚都免去死刑。有大臣请示哲宗，可否赦免贬谪的旧党官员，哲宗回答得极为干脆，说决不可以。绍圣四年（1097），有人建议让谪居岭南