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在对国家的政策上，新政府也使出了高明的手段，并没去强迫另外地区的军人也参加政变，而是以利益来诱惑他们，让他们主动的参加政变，为以后统治全国打下了基础，同时也避免了更多的战乱与流血冲突。但是这种办法并不能彻底的控制印尼的所有地区，为以后局势的发展埋下了祸根。虽然这种政策能避免暂时的混乱，并且可以迅速的确立自己对全国的统治，但是这种统治只是名义上的统治，而不是实际上的，必然造成军阀混战，而且任何军阀错误的行动都将引来外国的干预，给新政府的生存造成巨大的威胁。所以这种政策是有利也有弊的，至于利大还是弊大，那就只有看发展才知道了。
新政府政策中最为残酷的就是对印尼共产党的清洗。这是自二十世纪后，印尼共产党最黑暗的时期。大量的共产党员都杀害，幸运的流亡到了国外，不幸的全都遭到了清洗。到清洗结束的时候，有超过50万的印尼共产党员被秘密杀害，另外还有40万的印尼共产党通过各种渠道流亡国外，而被宣布为政治犯的共产党员高大250万，这些人都被关进了监狱，其中大部分在政变时期被加害，另外都被宣判有叛国罪。最后能活着出来的绝对不超过百分之一。在这大规模的清洗中，印尼共产党几乎失去了所有的骨干，已经名存实亡。而且印尼人民，特别是那些因为原共产党政府的亲华政策而受到伤害的土著居民都对印尼共产党实亡。之后，印尼共产党再也没能恢复过来。
虽然政府是保证不会加害印尼华人，但是所有在印尼的华人都感到了危险。说明了，这次军事政变的主因就是印尼华人在国内拥有于其人口数量不匹配的社会地位。所以针对印尼华人的暴动是随时可能发生的，而且以现在才处理的新政府来说，是没有能力控制住一场大规模暴乱的实力。因此在印尼的华人，能想办法逃离的都逃离了这个不安全的地方，随他们而走的还有大量的资金，这更加剧了印尼的经济负担，如果所有的华人资金都撤离印尼的话，那么印尼的经济必然崩溃。而那些没能力离开，或者“舍不得”离开的印尼华人随时能感到周围印尼土著居民的敌意，能感到环境的危险，似乎血腥的屠杀场面即将到来了。
2029年3月4日，美国首先表示承认印尼新政府为合法政府，并且准备与印尼新政府建交。而美国也是第一个承认这个通过军事政变上台的政府的国家。在美国的带动下，那些亲美的国家都先后表示承认印尼新政府为合法政府。印尼新政府已经在争取国际社会的支持了。
同日，流亡到中国的印尼原政府成员强烈的谴责了美国这种支持军事政变的态度，并且表示自己才是印尼合法的政府代表。而中国以及与中国友好的国家都表示仍然会支持印尼原政府，印尼现政府为军事政变的非法政府。这下，世界分成了两派，都在为自己的首领，美国与中国摇旗助威。而欧洲与大俄罗斯虽然没表明自己的态度，但是都分别在背后向中国与美国表示将暗中支持。
美国这么积极的承认了印尼新政府，是不打自招的在说自己就是在背后支持军事这边的幕后黑手。当然，就算美国没这些行为，任谁都能想到美国在这次事件中所起的作用。美国已经在中东地区取得了成功，将中国的势力范围压了回去，现在美国当然不会放弃努力，只要是任何能打击中国，能妨碍中国崛起的事情，那么美国都是很愿意去做的。而且中国在前期的扩张中也有许多的缺点，特别是通过中东的战争，更是暴露了这些问题。当中国开始收缩自己的势力范围的时候，那么美国就绝对要来找麻烦。而苍蝇不叮无缝的蛋，印尼这个东南亚地区最不稳定的国家，以及在历史上，以及民心上与中国与最多矛盾的国家，就自然成了美国用来打击中国的工具了。
虽然世界都在紧盯着印尼的军事政变，美国也已经表明了自己的态度，但是中国仍然像以前那种样子，如同老僧入定一样，好像印尼的军事政变不关自己的事情一样，根本就不在乎。这当然不是中国真的不在乎，是中国需要时间。中国才帮助以色列将所有犹太人迁移到海南岛，现在正在帮这些犹太人建立自己的第二家园，而且中国海军在中东战争的时候，已经是超负荷在运转了，现在他们必须要得到休息，得到休整，就算士兵想去打仗，那些舰艇也需要维修的。所以中国现在需要时间来调整因为中东战争给自己带来的伤害与损失，需要有时间来调整自己的对外政策，更需要时间来调整自己的军事力量，为迎接美国随后而发动的多重打击做好准备。有了这些原因，那么就不难了解中国现在的行为与心情了。
第二卷 战国群雄 烽火狼烟 第六十五章 哭泣的群岛之国（三）
2029年3月5日，出了在苏门答腊岛北部的棉兰，加里曼丹岛西部的坤甸仍然是主要由华人组成的军队控制着外，印尼境内所有的军队都跟随首都的军事政变发动了政变，推翻了印尼共产党的地方政府，宣布效忠新政府。
正是因为有新政府的“宽大”与“优惠”的政策，所以印尼这些地方“军阀”们才能这么快的行动起来，附和发动政变。但是他们绝对是不甘于接受这个“稚嫩”的政府领导的，心中都有自己的小九九。当然，他们也不全是“听顺”新政府的指挥才发动政变的，原因是多方面的。
首先，印尼这种军事势力割据的局面已经是有非常“悠久”的历史的了，从印尼建国的时候开始，就存在各地方政府割据，中央控制能力低下的问题。这也是印尼的国情决定了的，在一个完全由岛屿构成的国家，要想很好的履行中央政府的统治能力，是非常困难与麻烦的事情。这种情况即使是在印尼共产党执政之后都没得到改善。从各方面来说，印尼共产党的统治绝对不是另外的共产党国家那样的强力统治，而是一种十分松散的统治结构。这当然，也是印尼的国情与国际环境决定了的。印尼共产党可以说是在中国的一手扶植下才上台，在印尼共产党上台的时候，中国军队几乎是控制了印尼全境。在这种外来势力的干预下，印尼各地方军阀迫于压力，必须承认印尼共产党的合法性，必须暂时服从与印尼共产党的统治，不然中国的军事力量绝对不会给他们反抗的机会。但是中国军队是不可能永远的呆在印尼，当中国人帮助印尼共产党完成了对国家权力机构的整顿后，就撤离了印尼。当然，在中国人的支持下，只要印尼政府不犯上大的错误，那么他的统治基础应该是坚固的。但是要想消除各地军阀，也是不现实的，印尼共产党从其特色上来说，只是印尼众多政党中最强大的一个政党，其国体也决定了印尼共产党绝对不是国家唯一的政党，也不能全面控制军队，那么印尼共产党就只是个政党，而不是代表全印尼的国家性质的机构。那么在这种情况下，印尼军阀割据的情形就得不到根本的改变，只要有机会，那么这些潜伏的军阀就随时可以浮上水面，取缔印尼共产党的地位。
其次，这些军阀虽然都统治了部分地区，但是都没实力来完成全国的统一任务。从性质上来说，发动军事政变，建立的新政府也是军阀中的一个。所以这些军阀间都是各有自己的优势，都不会服从与任何一个的领导，即使是服从，也只是在表面上的服从，在根本上，都是各做各的，只要不相互威胁到对方的利益，那就相安无事。如果利益受到了危害或者触动，那么这些军阀都不会放弃自己的利益，因来的当然就是战乱或者动乱了。而对中央的命令，当然是，有利的就执行，不利的就修改为有利的才执行，或者是根本就不听从。因此新政府要想每个地方军阀都听从中央的命令，那就必须要在政策上照顾到每个军阀的利益，这当然是非常不现实的，也不可能做到。
既然军阀都不受控制，那么印尼必然会发生动乱，只要有了动乱，那么就给了外国的干涉理由。
而由华人军队控制的两处地方，可以说是非常危险的，这两个地区的华人军队虽然控制了局势，但是却不能完全控制住土著的印尼居民，极有可能因为华人受到伤害，而报复到这些印尼土著居民身上。这样的后果无疑于给印尼这个已经装满了炸药的火药桶点上了根引信。
2029年3月7日，印尼国内这种仇视华人的局面终于得不到控制，印尼土著人压抑在心中对华人的仇恨终于爆发了出来。
坤甸市内的印尼土著居民爆发了大规模的游行示威，要求华人政府与华人军队马上向印尼土著居民交出政权与军权。随着游行与示威的扩大，华人军队为了控制局势，以免造成混乱，开进市区进行了隔离与疏散行动。
这些华人军队的到来，不仅没有起大防止混乱发生的作用，反而引发了混乱产生。当那些已经极端仇视华人的印尼土著居民看到主要由华人组成的军队到来后，第一想法就是，这些军队是用来镇压他们的，是来屠杀他们的，虽然事实并不是这样，但是这种思想已经是这些游行人群的主要想法了。而且，他们本来就仇视华人，现在看到华人组成的军队，更是火上浇油。在一些极端分子的恶意唆使与带动下，暴乱就发生了。
开始，这些游行人群还只是用石块，玻璃瓶向那些维持治安的警察与军人发动攻击，这对有全副防御装备的防暴警察与军人来说并不能造成什么威胁。如果只用这些东西来袭击警察与军人的话，事件是不会扩大的。但是随后一些极端分子，或者是别有用心的人用上了燃烧汽油瓶，这东西别看是土法制作，但是其威力是相当巨大的，人要是被烧到了肯定没什么好下场的，就是打到了装甲车与防暴车上，都极容易造成巨大伤害。面对这种情况，防暴警察拿出了催泪弹，烟雾弹，高压水龙头，甚至橡皮子弹来对付那些蓄意发动攻击的闹事者，以及驱散人群，以免造成更大的混乱。但是面对激动的人群，混乱的局势，再加上几个蓄意引起混乱的人在中捣乱，而又不想通过武力镇压来平息的话，要想避免混乱几乎是不可能的。如果在这个时候，真要想让局势失去控制，也是相当容易的。这不，几名蓄意搞破坏的人，就用私藏的枪械袭击了毫无准备的防暴警察，连续打死了数名防暴警察。当看到自己的兄弟被暴徒杀害后，最有涵养的人也不会制止住心中的怒火的。因此，本来是来控制事态的华人警察与军人控制不住内心的怒火，一场屠杀开始了。首先是于那些受害警察的同事开了枪。当不明事理的印尼土著居民看到警察已经向他们开火后，胆小的马上就逃离了现场，而被打死的土著居民的亲戚朋友就冲向了开火的警察，局势顿时混乱。当军队前来接替这些因为激动已经控制不住自己情绪的警察的时候，大量的武器已经分发到了那些无知的印尼土著居民手中，而这些人也用手中的武器开始向警察与军人开火。华人警察与军人为了避免遭受不必要的伤亡，退却到了由警车，防暴车，装甲车构成的包围圈后面。在抵挡住了印尼土著居民的冲击后，马上要求那些人交出手中的武器，当然在这个时候，是没人会把自己手中的武器交出来的，此时局势已经得不到控制。在过了时限之后，军队中的狙击手开始向那些手中仍然还有武器的印尼土著居民开火了。在生死存亡的时候，这些被包围的印尼土著居民发动了数次冲击，但是带来的后果就是更多的人倒在了军队与警察的火力下。当这场屠杀结束后，有超过2万名的印尼土著居民被打死，伤者不计其数。
从这次事件的过程中可以看出，这完全是由背后黑手在操控的，特别是那么多的武器被秘密的送到了普通居民的手中，那些蓄意闹事者在背后为扩大冲突进行的活动等都是最有力的证据。但是这并是所有的印尼土著居民所明白的，在他们心中，只知道是华人的军队在屠杀他们。
事件并没因此结束，暴乱虽然平息了下来，但是占人口大多数的印尼土著居民根本就不会“屈服”，而华人警察与军队也不能照顾到整个地区的每一个角落。在这之后一周内，几乎所有华人开办的工厂，商店，学校，医院都遭到了暴徒的袭击，一些比较分散的，或者是毫无准备的印尼华人被暴徒残酷杀害。那些集中了大多数华人的华人社区都组织起了自己的护卫队，负责保护华人的安全，而一些流落民间的武器也装备到了这些华人的手中。华人警察与军队也担负起了保护华人安全的职责，但是他们根本就没能力保护所有地区的安全，而且当局势扩大的时候，这些警察与军人几乎都站到了华人一边，帮助华人的自卫队与印尼土著居民展开了战斗。在坤甸市内，华人与印尼土著居民打起了巷战。坤甸市在血与火中燃烧与哭泣。
对这一事件，世界的反应当然是不同的了，中国要求印尼新政府必须保护好所有华人的安全与利益，不然中国不排除直接干涉的可能。同时谴责了那些蓄意要挑起印尼华人与印尼土著人冲突的恐怖分子，并且表示绝对不会放过那些杀害华人的凶手。而美国则谴责了印尼华人军队对印尼土著居民的屠杀，支持印尼新政府的政策。另外的国家一方面希望印尼新政府能控制住局势，另外也在劝中国要理智行事，不要冲动，以避免将印尼变成第二个越南。
而印尼国内的那些反华势力，在这件事之后，也都蠢蠢欲动。印尼国内的反华情绪极度膨胀，所有在印尼的华人都危险了。
第二卷 战国群雄 烽火狼烟 第六十六章 哭泣的群岛之国（四）
2029年3月9日，印尼全境内出新政府军队控制的爪哇岛外都发生了大规模的反华暴乱。印尼新政府也不能控制局面，因为发生反华暴乱的地点基本上都是地方军阀控制地区，虽然印尼新政府向中国保证过会保护所以印尼华人的安全与利益，但是在混乱的局势下，这只是张空头支票。几乎印尼的所有有华人的地方都得不到安宁，而印尼华人也陷入了血与火的考验中。
在苏门答腊岛上，出棉兰市仍然是由华人控制着外，另外的各大城市，只要由于华人居住，那么就有华人被杀害，华人妇女被强奸，华人商店，工厂等被焚烧。就算棉兰由华人控制着，但是，棉兰也遭到了暴徒的袭击，局势并不乐观。在加里曼丹岛上，局势几乎与苏门答腊岛一样，没有华人能安全的躲过这场灾难。坤甸市的巷战仍然在持续着，但是华人军队与警察已经坚持不了多久了，大量印尼土著人获得了武器，市区已经被这些暴徒控制了大部分，而华人所在的社区已经断水断电，如果还得不到外来援助的话，那么坤甸市必将成为华人的屠杀场。另外在印尼所有的地方，几乎都有暴徒在袭击华人，破坏与抢劫华人的一切物品。
当印尼暴乱发生的时候，中国政府已经向印尼新政府发去了最严重的抗议，表示如果印尼新政府不能保证印尼华人的安全的话，那么中国将帮其履行这一职责。同时，匆匆结束休整的两支航母舰队离开了香港，以最高速度向着印尼前进。中国空军也开始在印尼领海线上巡逻。而作为中国快速反应部队先锋的空降