在法庭对松井石根的审讯中，他的辩护律师组织了一系列反证证人，试图为他所犯下的罪行进行开脱，试图证明被告是一个热爱和平的“好人”。
松井石根的辩护律师伊藤清和马特斯不仅睁着眼睛说瞎话，而且还抛出了《对检察官季南之意见书》，强词夺理说：“季南检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑……”
中国检察官向哲浚愤怒至极，他当庭展示了一叠资料，其中有《曼彻斯特威报》驻华记者田勃烈当时的报道，以及南京外国侨民在日记中对当时日军暴行的大量记述等。向哲浚说：“在中国军队停止了一切抵抗，南京市完全由被告松井石根指挥下的军队控制后，日军的暴行和犯罪，却一直无人控制地延续了40多天。”
接着，美国检察官莫罗出庭讯问，他指控以松井石根为首的日军使中国南京居民深陷极大的痛苦和暴力之中，妇女遭到野兽般的奸淫，一群群日军暴徒用枪弹、刺刀不停地制造举世罕见的死亡和恐怖。
忽然，松井石根的辩护律师打断了莫罗的指控，并要求把结论性的言词从庭审笔录中删去。季南起身大声驳斥：“这个事件就是被称之为现代战争史上独一无二、惨绝人寰的南京大屠杀！为什么要删去！”
终于，松井石根再也坐不住了，他开始亲自为自己辩护。
他恬不知耻地辩解说：“我始终坚信，日中之间的斗争是亚洲大家庭中兄弟间的争吵，这同哥哥经过长期忍耐赶走不听话的弟弟没有什么两样。”“至于南京有过大屠杀，我是在日本投降后才第一次听到。此时对此负有责任的人不是已去世就是在关押中，而且有关文件也在一次火灾中烧掉了。”
松井石根的话音刚落，他的美国辩护律师布鲁克斯立即接上话茬：“法庭需要的是证据。可是十分遗憾，竟死无对证了！”
莫罗质问松井石根道：“你作为进攻南京的最高指挥官，怎么能说后来才听说发生这种‘过失’呢？”
松井说：“攻打南京时，我正在距该城140公里的苏州卧床养病，并不知道他们违抗我的命令，竟干出这般暴行来。12月17日到达南京后，我从宪兵司令部那里第一次听到这种意外事件，我立刻下达了命令，敦促各部队调查此事件并严惩肇事者，因此，把全部罪责都加在日本军官头上是不公正的。”
日军成立“宪兵队”，是因为在当时南京国际安全区工作的西方人士将自己看到的日军暴行写成“备忘录”，通过外交途径向日军当局每天提出两次抗议的结果。
检察官问松井：“看到过这些备忘录吗？”
松井答道：“看到过。”
检察官问：“采取了什么行动？”
8．惨 剧（3）
松井说：“我出过一张整饬军纪的布告，贴在寺庙门口。”
检察官再问：“你认为在浩大的南京城内，到处杀人如麻，每天成千上万的中国男女被屠杀、被强奸，你这样的一张布告会有什么效力吗？”松井石根无言以对。过了一会儿，他说：“我还派了宪兵维持秩序。”
检察官追问道：“有多少名宪兵？”
松井答：“记不太清了，大约几十名吧。”
检察官讯问：“你认为在好几万日军到处疯狂杀人、放火、强奸、抢劫的情况下，这么少的宪兵能起到制止作用吗？”
松井想了半天，低声说：“我想，能够。”
于是，法庭传讯证人。证人根据他所目睹的事实，证明当时南京全城总共有日本宪兵17名，而就是这17名宪兵，非但不制止日军的任何暴行，而且他们自己也加入了暴行的行列。
卫勃审判长又传讯了侵华日军的南京警备总司令中岛今朝吾。中岛今朝吾原是日军第16师团长，这次未被作为甲级战犯起诉，他作证说：“松井大将曾命令第16师团，对中国军民进行残酷的扫射……到15日深夜，光是下关码头一地就杀死中国军民两万多。此外13师团的山田支队，更以补给困难为由，把两万多中国军民俘虏通通枪杀。”
接着，原在南京国际安全区工作的史波尔出庭作证：南京沦陷后，日军潮水般地涌进南京城内，杀人、纵火、强奸！第二天，他和国际委员会主席雷勃及秘书史密斯，曾专程到日军司令部，请求他们阻止这种行为，但并没有得到响应。于是他们将这种种暴行做成备忘录，通过外交途径每天向日军当局提出两次抗议。然而日军当局不予理睬，任其部下肆虐如故。
但布鲁克斯律师仍坚持说：“认定被告松井石根为最高直接责任者的证据仍然不足。”向哲浚早就料到这点，他从卷宗里取出了《攻克南京城纲要》原件，当庭展示道：“这份资料是1937年12月10日，被告松井石根在进攻南京前夕给谷寿夫、牛岛、中岛和末松四个师团长下达的命令，上面有他的亲笔签名。他在《攻克南京城纲要》这一作战命令中声称：‘南京是中国的首都，占领南京是一个国际上的事件，所以必须作周详的研究，以便发扬日本的威武，而使中国畏服！’请特别注意‘畏服’的含意。”
在如山的证据和证人面前，松井石根无言以对。
1948年11月，远东国际军事法庭以无可辩驳的事实，宣告松井石根率领日本军队在南京犯下滔天罪行。远东国际军事法庭判决书对战犯松井石根所犯的罪行做了如下认定：
松井石根是日本陆军的高级军官，他在陆军中具有丰富的经验，理应知道在中国南京发生了什么事情。……他是知道这类暴行的。他既有义务、也有权力控制自己的军队和保护南京的不幸市民。由于玩忽职守，他必须对南京大屠杀承担责任。
日本侵略者制造南京大屠杀的罪行终于大白于天下。
◆ 历史不能忘记
梅汝璈在他的回忆录中对“南京大屠杀”的判决做了详细的叙述：
远东国际法庭的判决书最终认定：“1937年12月13日早晨，当日军进入南京市内时，完全没有遭遇到抵抗。”“日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这个城市。”“南京市像被捕获的饵食似的落到了日本人的手中；该市不像是被有组织的战斗部队所占领的；战胜的日军捕捉他们的饵食，犯下了不胜计数的暴行。”“日军单独地或三两成群地在全市游荡，任意杀人、强奸、抢劫和放火，当时任何纪律也没有。许多日军喝得酩酊大醉，在街上漫步，对一点也未开罪他们的中国男女和小孩毫无理由地不分青红皂白地予以屠杀，终致大街小巷都遍地躺着被杀害者的尸体。”“中国人像兔子似的被猎取着，只要哪个人一动就被枪杀。”“由于这种不分青红皂白的屠杀，在日方占领南京的最初两三天的工夫，至少有12 000名非战斗员的中国男女和儿童被杀害了。”“在日军占领的最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达２０万以上。”
法庭的语言是慎重的，估计是保守的。但是，考虑到日军灭迹伎俩的狡黠和多样化，法庭在判决书中还是郑重声明：“这个数字还没有将被日军所烧毁了的尸体，以及投入到长江或以其他方法处死的人们计算在内。”
以上这些认定都是法庭根据确凿可靠的证言而写入判决书的。然而，仅仅从以上几句话里已经可以看出日军是怎样地穷凶极恶、无法无天，以及数十万呻吟于敌人铁蹄下的南京无辜同胞其命运是何等地黑暗悲惨！判决书上的这寥寥数语不啻是一幅活生生的“人间地狱写真图”。
据2003年中国南京大屠杀纪念馆公布的调查统计数字显示：在南京，遭到日军屠杀的中国军民总人数是30多万人。
就在远东国际军事法庭审判进行的过程中，中国政府对日军在南京犯下的暴行也同时进行了审判。1947年4月26日，松井石根的部下，最先攻入南京制造屠杀惨案的第6师团指挥官谷寿夫在南京被执行枪决。
在1937年的日本《东京日日新闻》上曾刊登过一张照片，这是在日军攻入南京不久拍的。刊登这张照片是为了赞颂他们所谓的大日本皇军攻城掠地的武士道精神。照片上的两个日本军官向井敏明、野田毅持刀而立，威风凛凛。他们刚刚进行了一场比赛，比赛的项目是杀人，看谁砍的中国人头颅最多。
8．惨 剧（4）
1948年1月28日，中国军事法庭对向井敏明、野田毅进行审判后判处他们死刑并在南京执行枪决。
但是对南京大屠杀事件负最高的直接责任者还是松井石根，他是当时日本华中方面军司令官，又是攻占南京的最高统帅。只要他不故意纵容部下，南京大屠杀事件便不可能发生，即使发生，其规模亦会小得很，时间亦会短得很。因此，正如远东国际法庭所认定的，松井石根应该是南京大屠杀案的主犯和祸首。
对这样一个灭绝人性、不负责任的敌酋，远东国际法庭判处其绞刑是完全符合正义要求的举动。
其实，对于南京大屠杀，日本天皇、日本内阁、日本大本营都负有严重的责任。因为，假使不是他们有意地默许和放任的话，该事件早就被制止了，也不会持续这么久。从根本上讲，假使不是他们发动侵略战争的话，这类的大屠杀或任何战争暴行都不可能发生。因此，法庭认定：侵略是人类最大的罪行，是一切战争罪行的总和与根源。
每个中国人都不能因时间的流逝而忘却这桩中国历史上罕见的浩劫。相反地，中国的子孙后代都应该牢牢地记住日本军国主义者在中国犯下的滔天罪行，并从中吸取血与泪的教训。
9．大 戏（1）
在远东国际军事法庭的审判中，日本军国主义的血腥内幕越来越多地被揭露出来，其独霸亚洲、统治世界的野心和阴谋一点点暴露在光天化日之下。随着太平洋战争阶段审理开始，法庭进入了庭审中的最后一个高潮：那个自杀未遂的日本军国主义头子、战争元凶东条英机被推向前台。由于希特勒和墨索里尼已死，东条英机成为二战后中仅存的最大责任者，也是惟一能说明挑起战争真相的人。这是人们期待已久的。
◆ 战争元凶东条英机被推向前台
从远东国际军事法庭开始审判以来，舆论一致认为，预计一定会被判处死刑的战犯只有东条英机一人。作为燃起太平洋战火的最大责任者，东条英机可谓千夫所指，就连关押在巢鸭监狱的其他战犯都不想接近他。监狱中的东条英机孤家寡人，只好把全部的精力花在写口供书上。
自远东国际军事法庭开庭以来，日本观众席上每天都座无虚席。一时间，远东国际军事法庭的旁听券洛阳纸贵，甚至还出现了黑市倒票现象，特别是在东条英机受审的那些天，法庭旁听券的黑市价格竟然卖到了800日元一张。在当时，一个普通日本人一个月的薪水也就是500日元的样子。
美国人摩拳擦掌，他们要一笔笔清算日本军国主义政府发动太平洋战争的罪行。美国检察方面要全力以赴地在法庭上证明：日本对美国的战争行动是蓄谋已久的，他们发动太平洋战争是违反国际法的犯罪，是不宣而战。
在短短的几天时间里，检察方面向法庭提交了150份证据文件，揭露日本在开战前从事的外交阴谋活动。检察方面对日美开战前的日本决策动向做了严密立证，并请出了包括美国国务院事务顾问巴兰坦在内的一批美国高级军政人员出庭作证。
1947年12月26日，远东国际军事法庭开始对东条英机进行审理。世界各主要媒体的文字记者和摄影记者早早就守候在法庭上严阵以待。远东国际军事法庭的贵宾席、旁听席都坐满了人。麦克阿瑟的夫人和女儿、庭长卫勃的夫人也前往法庭旁听，东条英机的夫人和他的两个女儿也出现在旁听席上。
整个法庭被紧张的气氛所笼罩。东条英机自己也知道，这是他最后的机会。
1947年12月26日下午，东条英机的辩护人清濑一郎穿着高腰军靴开始陈述。他声明，除了东条英机自己作证外，辩护方面不打算请任何其他证人出庭作证，也不打算提出任何证据。
清濑一郎在陈述中概括了东条英机口供书的要点，完全否定了大东亚战争的侵略性质。清濑进一步强调说，不要忽视了口供书中所主张的，即二战中的日本政策不是侵略，而是为了各民族的独立，为了使各民族从殖民地中解放出来。
清濑一郎的气焰十分嚣张，此人原本是为日本侵略出谋划策的“国策研究会”成员，战前还是议员。公然搬出诸如“中国排日”、“为了防共”、“建设大东亚共荣圈”等谎言，为罪犯粉饰。他钻英美法律的空子，胡搅蛮缠。更有甚者，他居然在这份冗长的口供书封面上，偷偷摸摸地擅自加上了“此乃一历史文件也”的字样。
法庭发现了清濑一郎的手脚，卫勃当庭严厉斥责他说：“1941年10月，东条英机才受命组阁，何以见得这是一篇历史文件？就这样一篇东西，还配称作历史文件吗？！”
但是，尽管如此，法庭为了维持公平审判的原则，并没有做过多干涉。接着，法庭传唤被告东条英机。
在例行公事的宣誓后，东条英机开始朗读自己的口供书。这份口供书长达220页，四易其稿，弥漫着一股日本记者形容的“东条腔调”。口供书朗读了3天，除了开头部分是他自己朗读之外，其他部分由美国辩护律师布鲁韦特代为宣读。
口供书主要内容是东条英机为自己和日本军国主义辩护。东条英机的口供书立刻遭到国内外的批判、攻击。美国的《纽约时报》斥责东条的自卫战争论是强盗理论。
东条英机的供词洋洋五万余言，叙述了他当首相的四年中有关国家决策及军事决策等问题，他想方设法回避自己是主要决策者的事实，千方百计推脱责任，否认侵略性质，把侵略行动硬说成是自卫。
◆ 盘问
1947年12月30日，引人注目的首席检察官季南反驳盘问开始了。季南通过盘问，使侵略者的荒唐逻辑暴露无遗。
季南：“被告东条！我对你不叫大将，这你也知道，因为日本已经没有陆军了。”季南的问话咄咄逼人，震动了法庭。东条的辩护律师立刻向法庭提出抗议，认为季南的话不合时宜。法庭驳回了辩护律师的抗议。
季南：“你是否承认犯有侵略战争罪？”
东条狡辩地说：“‘大东亚共荣圈’不是侵略，日本对外战争是‘自卫自存’，是为了‘解放东亚民族’。”
“战争在中国进行，那还有什么自卫可言？杀戮200万以上的中国人，都是出于自卫的考虑吗？”季南质问道。
东条无言以对。
季南：“日本为何肆意破坏华盛顿关于限制海军军备的九国公约？”
东条：“先打个比方，给10岁的孩子一套合身的衣服，可当他满18岁的时候，衣服绽开了。”
季南：“但有可能将那件衣服缝缝补补使它合身———难道你不认为可以这样吗？”
9．大 戏（2）
东条：“但个子长得太快，孩子的双亲来不及缝补。”
季南：“1942年的‘巴塔丹死亡行军’，强迫战俘在酷热的气候中长途跋涉，大批被弄得筋疲力尽的俘虏在‘行军’中遭到毒打、刺杀和枪杀。对此你负有什么责任？”
东条：“按照日本的习惯，执行特定任务的司令�