随着抗战后蒋介石在内战战场上的不断失利，陈果夫和他的CC派对蒋介石的忠心也开始有所动摇。
1944年，国民党六大前夕，在陈果夫、陈立夫的怂恿下，各地的CC派分子发动了一场反对朱家骅继续担任国民党中央组织部长，拥戴陈果夫重新上台的运动。
朱家骅出任组织部长是蒋介石点的将，于是CC派在大攻朱家骅的同时，也公开指责蒋介石不民主。
这时，蒋介石和美国在史迪威去留问题上正闹得不可开交，不想内部再起纠纷，而且蒋介石在未来的“六大”上继续坐“总裁”的宝座，需要CC分子的支持，所以只得向二陈和CC系妥协。
这样，朱家骅交权，陈果夫又重新担任了中央组织部长。
1945年春，CC系组织各种座谈会，该派成员在会上慷慨陈词，揭露各种政治时弊，甚至公开指责蒋介石。
陈果夫出任财政委员会主任和中央农民银行董事长，本是蒋介石让他离开政治的一种手段。而蒋军在第三次内战中连连失利，陈果夫抓住这一事实，对蒋介石政府的政治进行公开的批评。
1946年5月14日，陈果夫在日记中写道：“中国政治之不能上轨道，由于学无系统，亦无中心，学人群趋于皮毛之研究，各是其是，以至不能产生一贯之政策而成今日之局。”
1946年9月24日，陈果夫又在日记中写道：“政府之经济政策总行不通。一、为思想不纯正；二、有自私心者从中作弄；三、人事复杂，不能专心办事，事前亦不专心训练；四、事前未有准备；五、自欺欺人；六、人多而智识不足，三头六臂，如何可以做好。
陈果夫认为，造成国民党危机的有几种原因：
一、经济无办法；
二、下面基础太差；
三、留学生大半为自己，很难断定他们抱有爱国热忱；
四、文武官吏腐化；
五、上好大言者；
六、官吏习于欺骗。
陈果夫说的第五项，显然指的是蒋介石。
随着蒋介石军队在各个战场上的失败，陈果夫对蒋介石的批评指责更加尖锐。
1947年6月4日，陈果夫在国民党中央政治会议上，对与会者说：“现在情况很糟，问题不在下面，而在上面。各省主席均想做好，但制度、作风及革命工作无中心，无目标，自然会到此地步。”
蒋介石是国民党的领导核心，陈果夫声称“无中心”，显然是在指责蒋介石没有起到核心作用。
1947年12月28日，陈果夫又对蒋介石军事上的才能开始指责：“国共作战目的在经济，尤其在东北。此次攻势似甚严重，因煤与米均感困难，不能不守。”
“我由面缩成线，又有线缩成点，一切处于劣势。军力不够用，因为一重要原因，所用兵似不无问题。”
随后，陈果夫又对蒋介石的经济政策进行批评：“中央公布财政经济紧急措施办法四项，自力更生，我甚赞成，但无外援及充分准备，不免带些冒险性质，其中公务员薪水给定得太少，明定大洋一元，换取金元券二元，是物价在人民心理上比战前多加了一倍；而高级公务员薪水反而打了一个二折，比照战前则为一折，如何令人生活，将来毛病必自此起。”
1948年，蒋介石支持蒋经国在上海“打老虎”，蒋经国那种雷厉风行的手段，实际上是引起了整个国民党内部贪官污吏阶层的恐惧，所以，这些人群起而攻之，蒋介石只好停止了“打虎”运动。陈氏兄弟趁机推波助澜，最后把蒋经国赶出了上海。
解放战争后期，以蒋经国为首的三青团派逐渐崛起，企图以团代党。
二陈为此深感不安。
这天，二陈找来一些CC骨干分子密谋，大家认为，蒋经国的势力已不可忽视，这对掌管党的CC派来说，无疑是严峻的挑战。
最后，大家想出了一个妥协的办法，即“党”、“团”实行合并，与消弥三青团与CC派的矛盾。
国民党六届三中全会上，由庞镜塘等人提出了“党与团应统一领导”的提案，这一提案得到蒋介石的赞成，他也认为这是处理党团关系的最好办法。
蒋介石曾说：“党、团如再不合并统一，最后的结局惟有同归于尽。”
在国民党中常会上做出决定：“撤销三民主义共青团，归并本党。”
蒋介石为了表示不偏向三青团，便将统一事务交给陈立夫与吴铁城、陈诚具体办理，没让蒋经国插手。
1947年9月9日至13日，国民党六届四中全会暨中央党团联合会议在南京召开，会议通过了《统一中央党部党团组织案》，实现了党团合并。
二陈虽然被选为中央执行委员，但以蒋经国为首的大批原三青团骨干，却一跃成了国民党中央执行委员和中央监察委员。
二陈的如意算盘落空了，他们想合并三青团的企图被蒋氏父子代替了。
从此，“蒋家天下陈家党”的时代一去不复返了。
1948年岁尾。上海。
随着蒋家王朝末日的来临，国民党的达官贵人都开始清理财产准备外逃台湾。
此时，淮海战役已经结束，国民党以80万军队对共产党60万军队的决战，以失败而告终，平津战役打得正酣，人民解放军的大炮直指长江南岸，南京解放，全国解放已是时间的问题。
面临这种局面，陈果夫的病也一天天加重了。
一些亲朋好友来劝陈果夫到台湾养病，陈果夫故作镇静地说：“余实不能打算私事也。人生之命实不能由自己作主，如其事业可随便放弃，生命即失却主宰，余病多年而不死，即因有事业维系之故，今如放弃事业，即无命可逃。况且此时何能庸人自扰耶？”
陈果夫安慰别人，却安慰不了自己，他开始为自己的生命担忧了。
眼看病情一天天加重，连日吐血不止，再加战事慌乱，心境不佳，陈果夫精神恍惚，情绪颓废，整日不得安宁。
也许是耐不住疾病的痛苦，也许是不忍看到共产党的大炮打到上海，1948年11月15日，“不能打算私事”的陈果夫，终于拿起笔，给蒋介石写信，提出离开上海到台湾养病。
蒋介石见陈果夫确已到了苟延残喘的地步，况且也正好借此机会把他踢出政界，没加任何犹豫，当即批准。
陈果夫经过一段时间的清理财产，于12月6日晚上，登上中兴轮，前往台湾。
前来送行的有弟弟陈立夫和CC系的头头脑脑们。
陈果夫望着上海滩的万家灯火，望着上海城参差巍峨的楼宇，禁不住涌起一阵悲凉与酸楚，此次离开上海，何日再返回呢？十年？八年？也许是一辈子也回不来了。
陈立夫见陈果夫满脸的凄凉，也禁不住触景生情，想到了自己的命运，他强装笑颜地对陈果夫说：“上船吧。到台湾后好好静养身体，免得小弟牵挂。”
陈果夫长长地叹了一口气，无限惆怅地道：“人生如梦，往事如烟啊，曲直是非，自有后人评说，人命天定，何必自寻烦恼，还是自我珍重，贻养天年吧。”他朝陈立夫双手一抱，轮船启动了。
望着远去的轮船，陈立夫心中也涌起一股无名的惆怅。
2．忍辱相随
1949年1月1日，国民党中央广播电台播送了蒋介石发表的元旦文告，其中有一段文字曾引起争论：
“……只要和议无害于国家的独立完整，而有助于人民的休养生息，只要神圣的宪法不由我而违反，民主宪政不因此而破坏，中华民国的国体能够确保，中华民国的法统不致中断，军队有确实的保障，人民能够维持其自由的生活方式与目前最低生活水准，则我个人更无复他求，……个人的进退出处，绝不萦怀，而一惟国民的公意是从。”
元旦文告发表之前，陈立夫、谷正纲等CC的人曾提出删去这段文字，谷正纲甚至啕陶大哭，认为蒋不能下野谋和，以免影响人心。
但是，蒋介石没听他们的劝说，仍指示按原文发表。
陈立夫一字一句地听着广播，心如刀绞，万念欲灭，精神崩溃。他担心的不仅是国民党的成与败，更忧心的是自己的命运，如果蒋介石真的第三次“引退”，他将失去靠山，他苦苦经营的CC机构包括自己的命运，就日暮途穷了。
蒋介石为什么要发表这一文告呢？蒋经国在1949年1月1日的日记中，曾对此做了一个不尽符合实际的回答：
“父亲近曾缜密考虑引退问题，盖以在内外交迫的形势下，必须放得下，提得起，抛弃腐朽，另起炉灶，排除万难，争取新生。
“上年11月末起，长春、沈阳相继沦陷；徐蚌会战失败……我等全部撤离徐州，12月下旬，行政院长暨各政委又因币制改革而总辞，全国不安。
“上月24日，华中‘剿匪’总司令白崇禧电吾父亲，主张与共党谋和。李宗仁随即宣布和平主张，提出五项要求：
“（一）蒋总统下野；（二）释放政治犯；（三）言论集会自由；（四）两军各自撤退30里；（五）划上海市为自由市，政府撤退驻军；并任命各党派人士组织上海市联合政府，政府与共党代表在上海举行和谈。彼等并公开主张；‘总统下野后，由李副总统继承大任。’上月30日，白再发通电主和，河南省主席张珍，亦同日要求‘总统毅然下野”。在此中感迫胁持之下，以父亲生平抱负、人格及人性，无论如何，决不能接受。纵欲忍让为国，亦不能即时引退也。
“父亲因一面计划答复白崇禧等，一面发表文告，申述政府对和平的立场与具体办法……盖欲按即定计划，主动引退，且暗示军民作心理上之准备也。”
在蒋介石发表元旦文告的当天，新华社发表毛泽东《将革命进行到底》的新年献词。
l月14日，中共中央毛泽东主席发表关于时局的声明，声明提出八项条件，作为国共和谈的基础，条件如下：
一、惩办战争罪犯；
二、废除伪宪法；
三、废除伪法统；
四、根据民主原则改编一切反动军队；
五、没收官僚资本；
六、改革土地制度；
七、废除卖国条约；
八、召开没有反动分子参加的政治协商会议，成立民主联合政府，接受南京国民党反动政府及其所属各级政府的一切权力。
一个月以前，也就是在1948年12月5日，中共宣布了国民党43名头等战争罪犯，蒋介石列为榜首，陈立夫也榜上有名。
蒋介石再也坐不住了。
1949年1月21日，南京国民党总统府宽大的会议厅里，将星云聚，高官满座，国民党中央常务委员会临时紧急扩大会议在这一沉闷的气氛中开始了。
国民党总裁蒋介石，仍然和往常开会一样，最后一个到达会场，今日却失去了以往的威风凛凛，自命不凡。
蒋介石扫了一眼像霜打的庄稼一样耷拉着脑袋，坐在四周的同僚们，本来想慷慨陈词地发一通开场白，然后再光光彩彩地宣布“引退”，一见气氛如此低沉，只好也压低了语调：
“诸位同志，我党自孙中山缔造以来，在三民主义旗帜的辉映下，凭全党同志的精诚团结，浴血搏斗，历经艰难险阻，渡过了诸多难关，获得了国民真诚的拥戴，取得了剿匪与抗日的巨大胜利。”
蒋介石说到这里，有意识地停了一下，四周环顾了一下，见大家没什么反应，又接着说：
“但是，自民国三十六年来，由于种种原因，建国事业受到挫折，三民主义陷入迟滞，勘乱剿匪不尽人意。中正毕生革命，只知为国效忠，为民服务，实现孙先生遗志，从而履行革命者之神圣使命。
“为有助于国家的独立完整，有助于民国休养生息，有助于三民主义的发扬光大，我有意与共党息兵言和，决定即日引退，让德邻（李宗仁）代行总统职权，与共党进行和谈。”
蒋介石沉痛地宣布“引退”，有人很平静，有人却感到震惊。
谷正纲、谷正鼎、张道藩还没等蒋介石说完，就失声大哭。
张道藩站起来，一边擦眼泪，一边恳求说：“总裁不能引退！”
谷正纲忙跟着疾呼：“总裁应继续领导我们与共党作战到底！”
接着，顾祝同、何应钦、吴铁城、戴季陶、周至柔、桂永清、汤恩伯、吴鼎昌等也声泪俱下。
陈立夫对蒋介石提出“引退”，早就知道消息，但听到蒋介石自己宣布“引退”时，还是禁不住泪流满面，等大家都说完后，他站起来说：“委座乃我党之领袖，国府之栋梁，民族之精英，此时引退，对党对国对民，损失将不可估量，还望委座三思而后行。”
蒋介石见挽留自己的都是被毛泽东宣布的战犯，他培养多年的得意门生，多少得到了一点慰籍，但很快被凄凄楚楚的感情淹没了。
因为他比任何人都明白，东北失守，徐蚌失利，财政崩溃，党内腐朽，已到了不可收拾的地步。
激流勇退，把李宗仁推上台，自己操纵幕后，不失为权宜之计。
蒋介石振作精神，摆摆手说：“我已做出决定，请不必挽留，党国的前途，就拜托德邻和诸位同志啦！”
李宗仁本想说几句挽留的话，但又极不情愿，他略谦恭地说：“先生一走，恐怕德邻难以担此重任。”
蒋介石目不对人地说：“德邻老弟，你就不要推辞了！我决定五年之内不问政治，你只管放开手脚干，有困难我做你的后盾。”说着给蒋经国使了个眼色。
蒋经国立即将一份拟好的文件递给蒋介石，蒋介石接过文件递给李宗仁：“我这里拟了一个文告，你签个字即可就职视事。”
李宗仁接过文告看了起来。
“德邻老弟，办完移交，我就离开南京回溪口去，一切都拜托你了。”蒋介石皮笑肉不笑地对李宗仁说。
李宗仁展开文告：
“中正自元旦发表文告，倡导和平以来，全国同声响应，一致拥护。乃时过兼旬，战争仍然未止，和平之目的不能达到，人民之涂炭，局其有极。因决定身先引退，“以冀再战销兵，解人民倒悬于万一，特依据中华民国宪法第49条，‘总统因故不能视事时，由副总统代行其职‘权’规定，于本月ZI日，由李副总统代行总统职权。
元务望全国军民暨各级政府，共矢精诚，同心一翊赞李副总统，一致协力，促成永久元和平。中正毕生从事国民革命，服膺三民主义，自十五年由广州北伐，以至完成统一，无时不以保卫民族、实现民主、匡济民生为职志。同时即认定必须确保和平，而后一切政治、经济之改进，始有巩固之基础。
“故先后20余年，只有对抗日之战坚持到底，此外对内虽有时不得已而用兵，均不惜个人牺牲一切，忍让为国。往事斑斑，世所共见。假定共党果能由此觉悟，罢战言和，拯救人民于水火，保持国家之元气，使领土主权克臻完整，历史文化与社会秩序不摧残，人民生活与自由权利确有保障，在此原则下以致和平之功，此固中正馨香祝祷以求者也。”
李宗仁看完，签上了自己的名字。
蒋介石被心腹们的眼泪感动了：“诸位同志不要悲痛，我并不是真心想离开，撇开大家不管，共产党将锋芒对准我蒋中正，我暂时走开，由德邻来主持局面，形势很快就会好转的，到时，我们还会见面的。”
“先生什么时候动身，我们好到机场送行。”李宗仁说。
“是的，我们一起送委座国奉化。”陈立夫也附和着说。
蒋介石克制住自己，装出一副和善的样子：“大家公务都忙，就不必造了。”心里�