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消除了北魏军的威胁后，晋军抓紧时间进攻潼关。姚绍屡战屡败，羞愤而死，临死前他将军权转了弟弟姚赞来代理。不久刘裕到达陕县，后秦军纷纷溃败，刘裕派沈田子带领一千多人当作疑兵，占领了青泥（今陕西蓝田）。
为了达到迷惑敌人的目的，沈田子让部下沿路插满旗帜。姚泓集结了数万军队，正准备袭击刘裕所在的陕县，当他看到沈田子的旗帜，就决定先消灭他以免除后顾之忧。沈田子手头只有一千多人，副将傅弘之就建议沈田子固守待援。沈田子说：“取胜之道，在于计谋，不在于士兵的多少。我军主力是步兵，敌人是骑兵，就算逃能逃到哪儿去？不如趁敌人没摸清我军虚实的时候发动进攻，说不定还能打胜呢。”于是沈田子就对手下说：“诸位远道而来，就是为了今日一战，我给大家打包票，过了今天，凡是幸存下来的，都会封侯！”晋军听了沈田子的激励，全部踊跃出击，打了秦军一个措手不及。姚泓带头逃跑，一直逃到了灞上才止步。后秦军被打得大败，晋军光是敌人的首级就缴获了一万多。刘裕本来想拿沈田子当诱饵吸引姚泓，自己从侧面进攻。没想到沈田子居然出奇制胜，刘裕不禁对沈田子大加赞赏，协助他一齐追击后秦的溃军，沈田子的军队缴获的姚泓的龙袍器物不计其数，人人都发了家致了富。
六
后秦和东晋在关中一带混战的时候，北魏皇帝拓跋嗣虽然远离战场，却对战事很是关心，他请崔浩对秦晋两国的情况做一下评论。崔浩说：“姚兴为人好虚名，不讲实际，姚泓懦弱多病，兄弟们大多不服，才会打内战。刘裕兵精将勇，为人老谋深算，此行必克姚泓。”
拓跋嗣听得心痒痒，就问崔浩：“刘裕这个人怎么样？和慕容垂相比他们哪个更厉害些？等刘裕占领了关中，我就派遣骑兵直取彭城、寿春，占领建康，如果这样的话，刘裕恐怕是应付不过来吧？”
崔浩说：“刘裕的才干远胜过慕容垂。慕容垂靠着父兄旧部，获取旧业，易如反掌。而刘裕出身微贱，毫无背景，就能消灭桓玄，复兴东晋，北擒慕容超，南杀卢循，从不失手，可见其才干过人。而我国西有赫连，北有柔然，陛下的将军们却没一个是刘裕的对手，不如静观其变。关中民风悍勇，必定不服江南来客，刘裕的战果八成要被赫连勃勃夺走。而赫连勃勃国破家亡，孤身一人投奔姚氏，为姚氏所倚重，可他不但不知感谢姚兴的恩义，反而背主作乱，趁火打劫。他为人残忍好杀，而且四面受敌，将来必不能长久。微臣认为，近世栋梁之臣里面，王猛是苻坚的管仲；慕容恪是慕容暐的霍光；而刘裕却是司马德宗的曹操。将来必定另起炉灶，陛下不妨慢慢等着东晋的垮台好了。”（崔浩的此番分析实在是精辟啊！）
拓跋嗣非常高兴，赏赐崔浩十坛美酒，一两水洗精盐。对崔浩说：“朕听了先生的高论，如同吃了食盐和美酒一样舒服，所以请先生共同享用。”（那时候精盐可能很少见吧？要不怎么一两精盐就可以换十坛美酒？记得俄罗斯人现在还有给贵客敬献面包和食盐的风俗，莫非是从鲜卑人那里传来的？）
沈田子用奇兵之计击败姚泓，将姚泓逼到了灞上。王镇恶等就带领着水军乘坐蒙冲小舰沿渭河逆流而上，直去长安。北方人没大见过船，以为船上都要有风帆才能航行。看到王镇恶的舰队没有风帆仍然行走如飞，以为有神仙相助，没人敢拦截。王镇恶轻易地占领渭桥，下令全体将士弃船上岸，任凭战船被水冲走。王镇恶对部下说：“我们的家属都在江南，这里是离江南万里之遥的长安北门，现在战船和粮食都被水冲走了，今天这一仗如果打胜了，我们还能回去，如果打败了，我们就会连收尸的都没有，你们看着办吧！”说完他就身先士卒，杀向长安城，大败姚泓军。王镇恶带着手下一直冲杀到姚泓的皇宫里，姚泓只好带领妻子儿女和文武大臣向王镇恶投降，结果全部被斩首（王镇恶是前秦第一谋臣王猛的孙子，他的此举是否有替苻坚报仇的意思呢？），后秦灭亡。历时三十三年。
刘裕消灭了后秦，没哪个国家再敢对他说半个不字，东晋的武运达到了建国以来的顶峰，比起淝水之战那会儿受前秦大军压迫时的窘迫样子已经是天地之别了。谢安如果还活着，当他看到刘裕这一副春风得意的样子，恐怕要被活活嫉妒死。
刘裕的赫赫军威把北凉的沮渠蒙逊吓得都要歇斯底里了。某次沮渠蒙逊手下一个叫做刘祥的官员有事来见他，这个刘祥也许是做梦娶到了媳妇，所以显得兴高采烈。沮渠蒙逊见刘祥居然一副喜滋滋的表情，不由得勃然大怒说：“你是不是听说晋军占领了关中心里很高兴啊？”就下令将他处死。
野心勃勃的赫连勃勃早就对关中地区垂涎三尺，他对手下说：“姚家本来就不是刘裕的对手，他们兄弟之间还要自相残杀，这样怎么能对付得了外人呢？刘裕在关中肯定也呆不长，他担心江南有变，必定要回去。等到刘裕走后我们就可以轻易地夺取关中了。”
果不其然，刘裕在军中突然接到他安排在建康的眼线刘穆之病死的消息，刘裕大吃一惊，任命自己只有十二岁的次子刘义真为安西将军镇守长安，并指派两武将王镇恶、沈田子，两文官王修、毛修之为参谋辅佐刘义真。
关中的百姓到现在还怀念前秦丞相王猛，王镇恶又是王猛的孙子，因此老百姓们对王镇恶都怀有好感，这样一来就招致了江南人对王镇恶的反感。沈田子因战功比不上王镇恶，对王镇恶尤其嫉妒。他对刘裕说：“王镇恶家在关中，此人不可轻信。”刘裕并不清楚他们有什么过节，再加上自己又急着要回建康，便随口说了一句：“我留守军队二十多万人，他想作乱也没能力啊，而且猛兽不敌群狼，你们这么多人还怕王镇恶一个（也许此时刘裕只是无心说了这么一句，他万万没想到这句话竟会造成多么严重的后果）？”然后就自带人马赶回建康去了。是役共损失二十万人，是刘裕惟一的一次败绩。南朝一开始就不是北朝的对手，和这次精锐尽失也有很大关系。司马光到这里又大加评论说用人不疑，疑人不用。千里之土，得之艰难，失之容易云云）
赫连勃勃听说刘裕回了建康，不由得欣喜若狂，军师王买德也对赫连勃勃说：“关中地形险要，而刘裕却用幼儿来镇守，这是上天赐予我们的礼物啊。只要我军用游骑占领潼关，断绝其归路，然后恩威并施，不愁晋军不灭。”赫连勃勃就派遣儿子赫连璝为先锋进攻长安，赫连昌进攻潼关，派王买德进攻青泥，自己带领主力随后而来。
赫连璝领兵杀到渭阳，沈田子急忙领兵拦截，他一看到胡夏骑兵那骠悍的气势就知道自己不是对手，没敢打就逃回来向王镇恶诉苦，遭到王镇恶的责备。沈田子对王镇恶怀恨在心，就在军营里制造流言说王镇恶要杀光南方人，自立为关中王。须臾沈田子所制造的谣言就在整个军营里流传起来，沈田子就以此为由刺杀了王镇恶，然后任命冠军将军毛修之接替王镇恶的职务，然后他又对外宣扬说自己是接到刘太尉密令让杀死王镇恶的。
刘义真虽然还只是个孩子，却始终觉得王镇恶不大可能造反。于是他就召王修来商量，王修一听就知道这都是沈田子搞的鬼，就预先埋伏下刀斧手，然后以商议军事为由将沈田子骗来，沈田子刚一进门就被砍死了。
罪魁祸首沈田子虽然已被除掉，但事情却还远远没有完，接下来又出现了更加离谱的流言，说什么“王镇恶要造反，由沈田子来杀；沈田子造反了，由王修来杀，要是王修造反了，谁来管？”谣言三传两传的刘义真可就坐不住了，赶紧派亲信去把王修给杀了。
刘裕刚走到彭城，后面就有信使送来关中内讧的消息，说道王镇恶、沈田子、王修都已被杀死，刘裕知道情况不妙，急忙派朱龄石立即出发去长安代替刘义真指挥军队，朱龄石临出发前，刘裕特别嘱咐他说：“你到了长安以后，就叫刘义真轻装速归，出了关中再慢慢走也不晚，如果关中守不住，你就和他一块儿回来，我也不会怪罪你。”
朱龄石日夜兼程地赶到长安后，发现那里已是一片狼藉。于是他赶紧催促毛修之护送刘义真快走。这个刘义真虽然只有十二岁却已经是吃喝嫖赌样样精通了，他临走前派士兵在长安城里狠狠抢掠了一把，强抢了大量的财物与妇女，装了几千车徐徐而回，一天下来满打满算才走了十里路。毛修之见大队人马的行军速度如此迟缓，心里急得火烧火燎的，赶紧跑去催促刘义真加快行军速度，刘义真没见过阵仗不知道胡人骑兵的厉害，根本就不吃毛修之这一套。刘义真的这种近乎儿戏的做法终于让他尝到了苦果。
行动迟缓的刘义真大军终于被赫连璝率领的三万铁弗骑兵给追上了，胡夏骑兵呼啦啦赶上来就是一阵大砍大杀。刘义真的车队走得慢，他的手下既要护着那些抢来的财产和女人，又想留下小命以后好好享受生活，根本就没有人舍得拼命。他们且战且走，好容易在黄昏时走到了青泥，却又被王买德统帅的骑兵迎头拦住了去路。前有堵截，后有追兵，晋军官兵们的精神完全崩溃了，胡夏铁弗骑兵对晋军展开了一场血淋淋的大屠杀。刘义真个子小，躲到草丛里别人发现不了，其他将士全部阵亡，毛修之也被胡夏骑兵给活捉了。
留守长安的朱龄石还不知道刘义真已经是全军覆没，长安城里的百姓早已被东晋官军的强盗行径伤透了心，他们团结起来把朱龄石赶出了长安，然后迎接赫连勃勃入驻。朱龄石就焚烧宫殿撤往潼关，在半路上又被赫连昌截住，想尽了一切办法也突不破胡夏骑兵的阻击圈，最终和弟弟朱超石一齐战死。至此东晋北伐军的二十万精锐损失殆尽，无一人到达潼关。
晋军在青泥惨败的消息传到了刘裕的耳朵里，宝贝儿子刘义真是死是活也不知道，刘裕又气又急，拍打着桌子宣布一定要北伐，谁劝都不行。不久刘裕听说刘义真孤身逃了回来，他的一腔热血都化为乌有，只好登城北望，慷慨流涕，以表怀念。
赫连勃勃进了长安，又称了回帝，下令把东晋阵亡将士的尸骨在长安堆成小山以作纪念，也称呼为骷髅台。在庆功宴上，赫连勃勃特地向王买德满斟一杯酒说：“先生往日的预言竟然全部实现，可以说是算无遗策。能得到皇帝的敬酒，除了先生又有谁呢？”（夏晋关中之战也是赫连勃勃和刘裕两位兵家大师的关门之战。打完这场仗后，二位都回国去安安稳稳地当起了皇帝。虽然双方都没有亲自出面，都是派儿子打仗，但战斗的结果却是赫连勃勃取得完胜，刘裕以全军覆没收场，其中值得回味的地方可是不少咧。以步兵为主的南军，收拾后秦骑兵是绰绰有余的，但要和赫连勃勃的那些装备精良、让人闻风丧胆的骑兵在平地上作战就很难讨到好处。看赫连勃勃打仗，每次出战，必定要给对手以重大打击，绝不会空手回来，十分过瘾。看来姚泓以骑兵对付刘裕，不是失策，而是技术不到家……）
刘裕虽然心中郁闷，但却始终没有找到报仇的机会。他回建康后做的第一件事就是毒杀晋安帝，另立了晋恭帝，不久他又废黜晋恭帝，自立为帝，改国号为宋。东晋司马氏历时一百零五年的傀儡历史，到此终于曲终人散。
后来刘裕又将晋恭帝杀死，并杀光了司马氏的后代。从这时开始，新帝国成立后，杀光旧帝国的后人就成为中国各个朝代都奉行的不成文的规则，广泛体现在政治、经济、军事和社会的各个领域。
刘裕北伐大事记
公元403年
8月，南凉、北凉、后秦联军攻破后凉姑臧，吕隆投降后秦，后凉灭亡（亡国九）。
11月，桓玄自称楚帝。
公元404年
2月，刘裕、刘毅、何无忌京口会盟，讨伐建康桓玄
3月，楚帝桓玄撤离建康。
5月，桓玄被杀。
10月，卢循占领广州。
公元405年
1月，东晋北府兵收复江陵。后秦姚兴尊奉佛教为国教，加封鸠摩罗什为国师。
2月，东晋益州谯纵叛变，建立西蜀（建国十七）。全中国九国并立。
4月，慕容超投奔南燕。
9月，南燕慕容德病死，慕容超继位。
公元406年
6月，南凉吞并后秦姑臧。
9月，南燕慕容超平定三刺史叛乱。
11月，南凉迁都姑臧。
公元407年
5月，后秦刘勃勃造反。
6月，刘勃勃建立胡夏，自称天王（建国十八）。全中国十国并立。
7月，后燕慕容云杀慕容熙，自称天王，北燕取代后燕。后燕灭亡（建国十九，亡国十）。
10月，胡夏刘勃勃进攻后秦、南凉。
11月，胡夏分别与南凉、后秦作战。南凉、后秦惨败。
公元408年
5月，后秦进攻胡夏、南凉，皆战败。
8月，东晋刘敬宣进攻西蜀，战败。
11月，秃发傉檀自称凉王。
公元409年
2月，南燕进攻东晋徐州。乞伏乾归逃亡，重建西秦。全中国十一国并立，为五胡十六国最乱时期。
4月，东晋刘裕进攻南燕。
6月，东晋进攻南燕于临朐，南燕战败，广固被围。
10月，北魏皇帝拓跋珪被儿子所杀。拓跋嗣继位。
公元410年
2月，东晋刘裕灭南燕，杀慕容超（亡国十一）。东晋收复山东半岛。
3月，东晋广州刺史卢循造反，卢循进攻何无忌于鄱阳湖，何无忌战死。
5月，南凉三攻北凉，战败，放弃姑臧。卢循击败刘毅，包围建康。
7月，卢循撤离建康，被刘裕追击。
8月，卢循徐道覆进攻荆州，被东晋刘道规、檀道济击败。
11月，晋军占领广州。
公元411年
2月，东晋军占领始兴，杀徐道覆。北凉占领姑臧。
3月，东晋交州军击败卢循。平定卢循之乱。
公元412年
6月，西秦政变，乞伏乾归被杀，乞伏炽磐继位。
10月，刘裕杀死刘毅。
12月，东晋朱龄石进攻西蜀。
公元413年
2月，东晋刘裕土断，国力增强。
3月，胡夏刘勃勃迁都统万城，改名为赫连勃勃。
6月，东晋朱龄石占领成都，谯纵自杀，西蜀灭亡（亡国十二），东晋收复四川地区。
公元414年
6月，西秦军突袭南凉，占领乐都，秃发傉檀投降，后被杀。南凉灭亡（亡国十三）。
公元415年
3月，胡夏、后秦、西秦、北凉、西凉互相进攻。
公元416年
2月，后秦姚兴病死，姚泓继位，后秦大乱。姚泓杀姚弼。
8月，东晋刘裕四路北伐，进攻后秦。
10月，后秦