戴笠在发现马汉三匿剑、投敌之事后，又发现他还有贪污的劣迹，非常气愤。但戴当时焦头烂额，要应付蒋介石的“端锅”方案，又要赴青岛再次与柯克会晤，还要赶往上海与胡蝶办理结婚事宜，最后还要回重庆汇报肃奸情况，参加8人小组会议，实在无暇分身。因而戴笠决定，先施缓兵之机，待机再处理马汉三的问题。
戴笠采取了一些措施，稳住马汉三，先索回了宝剑，又散风要重用马汉三。但马汉三已看出戴笠在放烟幕弹，马汉三明白戴笠早晚要收拾他。按军统纪律，他自己的下场必死无疑。无奈之际，他与亲信刘玉珠密商，认为只有杀死戴笠，才可平安无事。他知道戴笠将去青岛、上海等地，于是立即派刘玉珠去青岛，密施暗杀戴笠计划在戴笠的飞机上安放定时炸弹。
戴笠在离开北平前，已经充分预料“一锅端”方案给他将带来严重后果。所以在1946年3月10日于北平怀仁堂主持军统北平办事处记念周，在讲话时说了一番深有含意的话：“去年领袖叫我当中央委员，我坚辞不就，因为争权夺利，不配做一个革命者……最近中央开六届二中全会，十几天来所表现的情况，未出我预料之外。对调查统计局的问题，看来是毁誉参半的。有人叫要打倒我们，我不知道什么叫打倒，什么叫取消，我只怕我们的同志不进步，官僚腐化。如果这样，人家不打，自己也会倒的。作为我时刻所想的，是如何对得起先烈，如何保持光荣历史，决没有想到别人如何打倒我。我个人无政治主张，一切唯秉承委员长的旨意，埋头去做，国家才有出路，个人才有前途。”
从戴笠的这番话可以看出，他已做好应付“端锅”的准备，并也做好引退的准备。
3月12日，戴笠约见郑介民（当时在北平执行军调处负责），把军统家底和善后工作作了交待。
3月13日，戴笠赴天津处理军统特务贪污等案件。同时处理国民党第九十四军军长纳妾案件。
3月15日，戴笠返回北平，赴医院秘密看望杜聿明，商谈有关军统在东北地区工作配合问题。
3月16日，戴笠又赴天津，又于当日到达青岛。
3月17日，戴笠决定 11时起飞，赴上海与柯克会面。
此时刘玉珠已到达青岛，以军统局华北督导员身份，借口登机检查“安全”，预放一颗高爆力定时炸弹。
上午11时45分，戴笠登机起飞。起飞不久，即遇大雾，上海龙华机场也下大雨，不能降落。戴笠决定直飞南京。
下午1时零6分，飞机到达南京上空。1时13分，炸弹爆炸，飞机坠落于南京江宁板桥镇戴山。机上人员戴笠以下13人全部遇难。
3月18日，蒋介石获悉戴笠失踪，非常恐惧与紧张，马上令各有关单位寻找。
3月19日清晨，戴笠失事被证实。军统人员为戴笠等收尸。
3月21日，军统局总务处长沈醉专程去戴山勘查，找到了那把古剑，为以后查清戴笠之死找到了线索。
同时，各报刊载戴笠遇难消息，以飞机失事定调。
戴笠之死在国民党内部引起一片混乱，有人欢喜有人愁。
蒋介石刚开始如释重负，因为他再不必费尽心思抑制其人了。但是，随着时间的推移，蒋介石又逐渐产生了痛惜内疚和若有所失的感情。
蒋介石不得不承认戴笠是个特工奇才，蒋介石的江山稳固，戴笠是立下汗马功劳的。而且戴笠非常符合蒋介石的用人标准人才加奴才。他的才干在蒋的心中比任何一个国民党内的官僚都不逊色。而且他能了解、揣摩、执行蒋介石的任何企图，防患于未然。他已成为与蒋默契之极的心腹，军统也成为蒋介石须臾不能离开的工具。
戴笠一死，军统的接班人郑介民、唐纵、毛人凤都不能与戴笠相比，工作处处被动，不仅不能开拓发展，稳固蒋的统治，反而连维持现状都颇困难。戴笠死后共产党地下组织的发展，各大中城市频繁的学潮，民主党派的活动，都使蒋十分恼火。他认为，这是军统接班人不具备戴笠那样的政治头脑和政治手腕所致。因而每逢遇到棘手的麻烦时，蒋介石总想起戴笠，想起他处理事情干净利落、思考周全不给蒋带来政治后果、处处秉承旨意、时时体念自己苦心、双方默契协调几乎天衣无缝的种种长处。愈到后来，蒋介石愈感到戴笠的才干无人可以取代，蒋因而不时后悔把戴逼得太急，那时蒋介石还不知马汉三谋害内幕，总以为自己逼戴前来开会，才使他在恶劣气候中丧身的。
蒋介石的后悔心清转为了他对戴笠的悼念活动的态度上。
戴笠的悼念活动，在国民党的历史上几乎是空前的。其规模、声势，大的吓人。
1946年4月1日，军统在重庆隆重举行了追悼会。蒋介石亲自到会主祭，并在讲话中流下眼泪。在祭礼完成后。蒋介石开慰问军统烈士家属，大概是想起戴笠又再次含泪以泣。蒋介石很少流眼泪，这很可以反映他的心情。
随后，蒋介石下令在全国范围内为戴笠举行公祭。
从4月中旬到6月上旬，全国各省的各大城市纷纷举行公祭。北平、济南、贵州、重庆、成都、昆明、南昌、上海、合肥、无锡。兰州、广州、福州、厦门、长沙、桂林、西安、郑州、沈阳纷纷举行了数千人乃至5万人的悼念祭礼。各地主祭人均为国民党军政要员，如北平是军委会委员长北平行营主任、一级上将李宗仁，山东是省府主席何思源，贵州是省府主席杨森，四川分别由卫戍总司令王缢绪（上将）和军委员会委员长成都行营主任兼四川省府主席张群在两地主祭。江西是省府主席第七绥靖区司令王陵基（上将），安徽是省主席兼第十战区司令李品仙（上将），江苏是国民党第三方面军总司令汤恩伯（上将）……
因为蒋介石有旨意，所以这些要员心中明白蒋介石是有意把戴笠的追悼活动办得隆重些。
6月11日，国民政府发布命令，追任戴笠为陆军中将。
第二天，蒋介石亲率数百名军政大员为戴笠送葬。陪同蒋出席葬礼的有宋子文、陈诚、白崇禧、陈立夫、邵力子等。蒋介石亲送了题为“碧血千秋”的花圈，还亲笔写下了“雄才冠群英，山河澄清仗汝迹；奇祸从天降，风云变幻痛子心”，这很可窥见蒋介石失去戴笠的痛悔心情。
蒋介石着特级上将制服，亲至南京中山路357号军统办事处戴笠灵堂吊唁，又亲自护送戴笠灵枢至钟山灵谷守志公殿。送葬队伍除数百名军政要员外，还有数万人参加葬礼。送葬队伍一律素衣白马。蒋介石在葬礼上亲自致读长篇祭文，哀叹：“唯君之死不可补偿”。在朗读祭文时，蒋介石又一次流下眼泪。
两个月后，内战开始爆发。蒋介石却专门抽出时间，与宋美龄专程到灵谷寺凭吊戴笠，据说蒋介石一直面对戴笠遗像长时间凝视，也一直没有说一句话。
蒋介石在戴笠死后，曾有一次对人慨叹：戴笠“生为国家，死也为国家”。因为蒋介石在他的政治生命中每每依靠戴笠化险为夷，每当风云变幻之际，戴笠也会以自己的政治敏感，为蒋提供情报，出谋划策。蒋介石在戴笠死后，愈发感到了失去戴笠的重要性。因此蒋介石每每歉疚，也每每怀念戴笠。
凭吊之后，蒋介石决定亲自为戴笠选择风水绝佳的安葬地。毛人凤。沈醉等陪同蒋介石走向灵谷寺后山选址。但因宋美龄穿高跟鞋不适崎岖山路，蒋介石表示以后再来。
半个月之后，蒋介石在毛、沈陪同下，再到灵谷寺后山选址，走来走去，直到满头大汗。
1947年3月17日，戴笠灵枢正式安葬。蒋介石派陈布雷为代表致祭。戴笠棺木人穴后，毛人风与沈醉商定，怕人破坏，用水泥炭渣搅拌灌注，将整个墓穴与棺木凝结为一体。
1949年，毛人凤觉得戴笠生前与共产党作对，罪恶太重，怕解放后掘尸毁墓，便计划迁葬到台湾。但因水泥灌注大结实，无法可想，只好放弃。其实，戴笠墓穴在解放后并未遭破坏，一直完好，沈醉在解放后被关押11年以后特赦出狱，曾数次去探视，至今无损。
戴笠的老母一直不知道戴笠已死，由毛人凤一直模仿戴笠口气逢年过节发电报祝贺，以造成戴笠留在人间的假像。戴母在五十年代初期死于大陆，她一直以为戴笠无恙。戴笠之子戴藏宜因与戴笠之弟戴春榜杀害中共地下党员华春荣等罪行，解放后被政府镇压。戴笠儿媳郑锡英及三个孙子、一个孙女，回衢州娘家，不久隐居上海。孙女在回衢州之前送人。
1953年初，一直不能忘怀于戴笠的蒋介石，在台湾站稳脚跟后，开始寻找戴笠遗属，命令毛人凤不惜代价将戴笠遗属和后裔从大陆接到台湾。
毛人凤奉蒋的指示，派保密局特工从台湾潜至上海，与潜伏在上海市公安局的特务接上关系，找到了郑锡英一家，并为四人办好了去香港的出境证。1954年初，因前来接应的特工必须带领她们出境赴台，郑锡英只好将次子送给别人，让特工顶替次子之名，带她和另外二个儿子。同至香港，再至台湾定居。
蒋、戴之间的恩怨至此结束。
1948年，马汉三、刘玉珠等谋杀戴笠内幕被发现，蒋介石怕公布有损于军统和国民党声誉，便只以贪污罪等将马、刘等三人处决。
6．树倒猢狲散
戴笠死后，军统局撤消，改组为国防部保密局。
1946年国防部各厅局正式于7月1日成立，但军统局直到10月1日才宣告撤销结束，正式改称国防部保密局，蒋介石手今国防部第二厅厅长郑介民兼局长，原军统局主任秘书毛人风任副局长。
蒋介石离不开特工组织，所以他准备对戴笠“一锅端”也并不是取消特务组织，只不过对戴猜忌，嫌他权力过重、势力过大而已。所以呼吁取消特务机关日渐高涨之时，蒋也并不是真心要取消，只是表面应付而已。
本来，中统、陈诚等派系均想打倒军统，进而瓜分。但由于宋子文、胡宗南等实力人物的保护，加上蒋介石觉得，打内战和维护自己的统治，军统还是有作用的，因而主张保留下来。但是，他考虑军统的招牌已经臭了，所以很有必要改头换面，换个招牌，以遮人耳目。
当时，国防部成立时，各厅局名称、组织机构、人员编制、经费等都已决定，唯独军统划归国防部起什么名称，大费脑筋。经过反复研究，蒋介石才批准使用保密局这一名称。
蒋介石最为关心、最费神的问题，是军统局的接班人能不能象戴笠那样，把经营了十多年的这一特工机构很好的领导起来，继续运转起来，以便继续为他效力。他一直认为郑介民、唐纵。毛人凤三人比不上戴笠，也不能使他完全放心，他也只能挫子里拔将军了。
另一个使他头疼的问题是军统开支问题，战时可以由他开特别费，再一个是戴笠很有办法，靠自筹维持。但战后不能再随便开特别费，毛人风也没有戴笠那样的神通。蒋介石多次找毛人风研究，最后决定军统接收的日伪敌产和现金不上交国库。自己开办企业，将盈利作为经费。但蒋介石煞费苦心研究出的这条计策，却由于军统经营不善，利润越来越少。所以只好实行“汰弱留强”的缩编方针，大量裁员，仅军统送往各地军官总队的特务就达两万多人。机构也有的合并，有的裁撤，军统再也没有戴笠时期的鼎盛辉煌了。
蒋介石在保密局成立不久，便招集全局高级干部训话，除大力赞扬戴笠并强调要向他学习外，更着重强调保密局以后的工作任务。
蒋介石认为以后主要的敌人是共产党，他强调同共产党的斗争比过去同日寇和汉奸作斗争要困难的多，每个人必须全力以赴，如果稍为松懈，不只危及党国，而且会死无葬身之地。他反复要求保密局多研究一些办法，多出一些主意，随时总结经验和教训，更好地担负起这项直接与共产党作斗争的任务。
这是蒋介石为保密局工作任务定的基调。
但是，军统局在戴笠生前，由戴笠一手握生杀予夺大权，他的权威无人敢与之匹称。故尔他的号令一下，雷厉风行，效率很快。但戴死后，群龙无首，军统内马上分三派开始争权夺利，以郑介民为首的广东派，以毛人风为首的浙江派和以唐纵为首的湖南派斗争颇为激烈。最后由毛人凤派获得胜利，独掌保密局大权。
但毛人凤的资历比戴笠还要低，原先只不过是县政府的小职员，被戴笠吸收进军统。由于他是戴笠的小学同学，后来逐渐加以培养，做看家工作。他也没有戴笠与国民党内部广泛的社会关系，与蒋介石也不亲密，也不具备戴笠那种才干。因而他只能守成基业，而没有什么大的作为和发展。这也是蒋介石不满意的地方。
但毛人凤在屠杀共产党人方面，比戴笠有过之而无不极，这也受到蒋介石的欣赏。
蒋介石尽管仍然保留了军统，但吸取戴笠生前功高震主、尾大不掉、势力膨胀的弊端，使保密局缩编后，在体制和权力方面都受到了限制。另外，蒋介石采取分而治之的办法，将原来由军统控制和掌握的公开机关都予以撤消，如货运局水陆交通统一检查处、经济检查队等。军统所控制的两个最大机关警察系统和军队谍报系统，也由蒋介石划出去，由警察总署和军令部二厅管辖（后期厅长由与军统毫无关系的侯腾任厅长）。
加上军统内部三派的斗争，一直争执不休，使军统实力大为消耗，从此一蹶不振。
解放前夕，军统面临崩溃，不少军统老人感于蒋家王朝即将溃灭，纷纷自谋出路，脱离军统。有一部分人与中共早就联系，一旦解放马上弃暗投明。一部分人参加起义投诚。也有军统老人如交警总局局长周伟龙企图调部队擒获蒋介石，投向人民，被毛人民发现密捕枪杀。另外一大批军统高级干部被解放军俘虏。
毛人凤在解放前夕制造了多起屠杀事件后，率一部浙江派军统骨干逃往台湾。
毛人凤在临逃往台湾前，奉蒋介石命令，在大陆布置了不少潜伏组织和特务武装，建立所谓“反共基地”，但终被扫清。
解放后，保密局又多次组织特务骚扰大陆，都未获成功。
由蒋介石所授意、戴笠一手创建的在中国大陆纵横了十八年的庞大特务王国，终于随着蒋介石在大陆的彻底垮台，被彻底赶出了中国大陆。
军统的后期领导人毛人凤、唐纵、郑介民到台湾去以后，逐渐被蒋介石排挤，由蒋经国主持特务工作。不过台湾后来的特工单位，很多骨干仍然是军统分子，证明这一特务组织确实是蒋家王朝最得力的保卫者，在蒋介石的统治过程中，确实发挥了其它手段所不能发挥的作用。
所以，蒋介石到台湾后，仍然强化特务统治，只不过他将所有特工单位都由他的儿子蒋经国来主管，以防止危及他的统治。
蒋介石在撤离大陆前，曾布置了一系列暗杀活动，交毛人凤执行。毛人凤秉承了蒋的旨意，策划过暗杀李宗仁、傅作义阴谋，还暗杀了陆大校长杨杰、北平市长何思源和参加起义的军统老人、湖南警察局长刘人爵等活动。
他遵照蒋介石的指示，更加疯狂的破坏共产党组织，1947年夏，他指挥保密局特工破坏了中共北平地下党组织的电台，致使保定、沈阳、西安、兰州等地党组织被破坏，一百多名地下党员被逮捕杀害，只有极个别党员如陈布雷的女儿陈琏等被保释。地下电�