第14军（第37师和第40师）。
此后，巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路，但因日军在吕宋岛南部还有机场，所以不能走这条航线。1月7日凌晨，当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时，遭到日军飞机的袭击，“博伊西”号旗舰险些被击中。当天下午，1架“神风”特攻机突破密集的防灾炮火，撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨，巴比编队刚一驶进吕宋岛海域，就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击，使“加达山湾”号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久，另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚，威尔金森编队又遭受袭击，“基特昆湾”号护航航空母舰被特攻机撞中，受到重创。同一天，“澳大利亚”号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务，但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击，两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后，飞来3架“神风”特攻机，其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆，另1架撞到已经受到重创的“哥伦比亚”号轻巡洋舰上。当天下午，“神风”特攻机对“密西西比”号战列舰进行了俯冲，死伤多人。而“澳大利亚”号更不走运，遭到了第5次撞击。
在此期间，登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外，几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术，仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动，所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退，准备在山地进行抗击。到9日日落前，登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间，当仁牙因湾内的舰船施放烟幕，企图避开日机的空袭时，约有70艘胶合板制造的日本摩托艇，携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁，仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动，使美军的1艘步兵登陆艇沉没，并使1艘运输船，1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。
1月9日夜至10日凌晨，哈尔西大胆地率领第3舰队通过巴林塘海峡，深入到南中国海。麦凯恩的航空母舰特混舰队负责压制吕宋岛北部的日军机场，但中间有一段空隙时间，“神风”特攻队便趁机飞临仁牙因湾，对出入该湾的登陆输送队的舰船进行了撞击。“神风”特攻机于1月10日击伤盟军船只2艘，12日击伤9艘，13日又击伤3艘。向时，也对第7舰队开始进行猛烈的袭击。1月3日至13日，日军飞机（其中大部分是神风特攻机）先后击伤盟军舰船43船，其中重创18艘，击沉4艘；击毙人员738名，击伤约1400人。
哈尔西率领舰队进入南中国海的目的是袭击日本舰队。据估计，包括“伊势”号和“日向”号战列舰在内的日本舰队，可能驻泊在金兰湾。哈尔西认为，只有歼灭这支舰队，民都洛岛至仁牙因湾的海上补给线才能确保安全。1月l2日，麦凯恩舰队的舰载机出动近1500架次，对印度支那沿岸附近海域进行了搜索，但未发现日本舰队的踪迹。其实，日本舰队早就对此有所察觉，不久前已经转移到林加锚地。大量的日本舰船集结在那一带海域，很容易遭到袭击。第38特混舰队的飞机在这次空袭中共击沉日舰44艘，其中包括12艘油船及“香稚”号轻巡洋舰。同时还击毁100余架日军飞机。15日，美航空母舰编队的舰载机又空袭了台湾西南部的高雄港，虽因能见度不良，战斗活动受到影响，但仍击沉驱逐舰1艘和运输船1艘，重创油船l艘，并击毁日机34架。
次日，这支编队对中国沿海地区，尤其是对香港集中进行了袭击。但由于恶劣天气的影响，战斗行动部分受阻，加上遭到密集防空炮火的抗击，损失飞机22架。这次空袭的战果是击沉货船1艘、油船1艘、重创船只4艘，击毁飞机13架。
1月17日，快速补给舰群在吕宋岛以西海域对第38特混舰队进行海上加油。后来，当东京电台向全世界广播“美第3舰队被困在南中国海已成瓮中之鳖”时，哈尔西便利用黑云密布的夜暗时间，悄悄穿过巴林塘海峡，再次出现在太平洋上。
根据统帅部的原定部署，哈尔西应率舰队回乌利西基地，以便把指挥权交给斯普鲁恩斯。在此之前，哈尔西率领舰队再次对台湾进行了空袭，击沉油船和货船各5艘，击毁飞机60余架。这一次，日军出动飞机进行了反击，1颗炸弹击中“兰利”号轻型航空母舰，“神风”特攻机撞击了“提康德罗加”号大型航空母舰和担任警戒的“马多克斯”母驱逐舰。“兰利”号的破损不甚严重，仍能坚持战斗。但是，遭到“神风”机撞击的舰只却不得不在警戒舰只的护航下，撤回乌利西群岛。第38特混舰队的其余舰只则往东北方向驶去，以便对冲绳岛进行照相侦察，为下一步的登陆作战进行必要的准备，1月25日，第3舰队在完成支援麦克阿瑟西南太平洋部队夺取菲律宾的任务后回到乌利西群岛。哈尔西对此感到非常满意，他在给第3舰队官兵的告别信中写道：“我为你们的功绩感到骄傲，这种心情是难以用语言表达的……你们打得太出色了。”
第3舰队返回乌利西锚地后，中太平洋部队和西南太平洋部队的进攻路线开始分开。长时间配属给第7舰队的大部分舰只重新归尼米兹指挥，以便向北发动攻势，直指日本本土。与此同时，麦克阿瑟则准备向南进攻，以便收复尚为日军占领的菲律宾所属岛屿，攻占荷属东印度群岛。
解放菲律宾
当第1军在仁牙因湾东北的丘陵地带牵制住山下奉文所属部队的时候，第14军便向马尼拉推进。1945年1月29日，第7两栖作战编队在吕宋岛西海岸的苏比克湾附近遣送约3；0000登陆兵上岸，而且也未遭到什么抵抗。这部分登陆兵上岸后，既可以阻止日军撤至巴丹半岛，又可以保障友军从北面攻入马尼拉。两天后，又有8000名美军在马尼拉湾南部登陆，以便从西南方向攻入马尼拉。第14军从北面发起的最后突击，在海军陆战队两个飞行大队的支援下进展迅速。航空兵对地面部队成功地进行了直接航空火力支援，从而消除了陆军指挥官的疑虑。2月4日，第14军已经进至马尼拉城下，日军在这里有16；000名海军陆战队和5；000名陆军部队负责守城。这里的巷战是逐条街道、逐个楼房进行争夺的，甚至进行白刃格斗，战斗整整持续了一个多月，直到守军全部被歼才告结束。马尼拉市已变成一片废墟。
在攻克马尼拉市的3个星期之前，盟军为夺取马尼拉的港湾而采取了积极的行动。2月15日，有一个团战斗队冒着日军的微弱抵抗，在巴丹半岛的最南端上陆。次日，一个由伞兵组成的团战斗队和一个营登陆队，密切协同，向哥黎希律岛要塞发动了进攻。出乎意料的是夺取该要塞的战斗用的时间较长，而且付出了巨大的代价。其原因之一是侦察情报不够准确。原估计日本守军为850人，而实际上比估计的人数多5倍。盟军于3月初才占领这个要塞，而马尼拉港口的其它几个岛屿直到4月才被占领。在清扫卡萨布兰卡、巴勒莫、那不勒斯、瑟堡和勒阿弗尔等港口的水雷障碍中曾发挥重要作用的威廉·沙利文准将，在此之前一直忙于指挥马尼拉港的清扫作业。对于沙利文来说，这次清扫作业是这次战争中最困难的一次，因为日军以几百艘沉船堵塞了该港。在马尼拉港恢复正常使用之前，从黎牙实比登陆的盟军部队已经占领了吕宋岛的东南半岛，这就使盟军的海上运输可以安全地通过圣贝纳迪诺海峡，保障了对吕宋岛上美军的补给。
在克鲁格将军的第6集团军把山下奉文的170；000名残余部队向吕宋岛的山区压迫时，金凯德的第7舰队便协同艾克尔伯格将军的第8集团军扫荡菲律宾各岛上的残余日军。但是，这一作战行动违背了参谋长联席会议的作战意图。参谋长联席会议原想把这项作战任务交给菲律宾人自己去完成。然而，由于麦克阿瑟所属的部队当时并无其它战斗任务，参谋长联席会议就没再提出什么异议。
自1945年2月下旬至4月中旬，巴比将军的第7两栖作战编队在菲律宾中部及南部地区，先后进行的登陆战斗不下于38次。但是，这些登陆战斗的规模都比莱特岛和吕宋岛两次登陆战役的规模小得多。虽有几个岛屿防守较严，但是日军统帅部认为菲律宾必定要失守了，所以几乎没再给予空中和海上的支援。而且根据新的战术原则，日军守备部队已不在水际滩头拼死进行抵抗，而是尽最大可能死守城市，迫不得已时，则将其炸毁，然后撤到山区。结果，大批日军死于饥饿和疾病之中，这比战斗减员还大得多。到战争结束日军投降时，幸存的守备队员已所剩无几。
在一次接一次的登陆战斗中，最初是2月28日在巴拉望岛实施登陆战斗，接着又于3月10日在棉兰老岛西端的三宝颜进行登陆。在实施这两次登陆作战时，盟军的航空兵阻止了日军水面舰艇编队从苏拉威西海及南中国海向菲律宾中部的袭击。此后，美军就相继收复了班乃岛、内格罗斯岛、宿务岛、保和岛及菲律宾中部的一些小岛。与此同时，盟军也从三宝颜向西南进军，几乎没有遇到什么抵抗就登上了巴西兰岛、塔威塔威群岛和苏禄群岛的和乐岛。这些岛屿以及巴拉望岛，都为麦克阿瑟下一步进攻婆罗洲提供了机场，以便进行近距离航空火力支援。
最后，美军才在棉兰老岛进行数次登陆作战。当时已有25；000名游击队员活跃在这个岛上，控制着岛上百分之九十五的地区，将42；000名日军守备部队围困在各城市和几个据点里。因此，美军登陆的主要目的是支援游击队完成歼灭日军的任务。美军分别从该岛的西海岸、北海岸和南海岸三个方向登陆，然后向纵深挺进，把日军分割开来，使其不能连成一片。接着，美军又把日军从城里赶到该岛的腹地，以利于菲律宾游击队对其进行围歼。这项作战一直持续到战争结束。
英国海军进入太平洋
1943年9月，意大利舰队投降后，英国海军总算向印度洋派来了几艘军舰。到1944年1月，詹姆斯·萨默维尔将军指挥的英国远东舰队才以锡兰斯里兰卡。为基地展开战斗活动。根据英国的要求，尼米兹将军把美国的“萨拉托加“号航空母舰暂时借给萨默维尔将军使用，以便向远东舰队传授航空母舰的作战方法。1944年春，萨默维尔率领包括“萨拉托加”号和“卓越”号英国航空母舰在内的舰队，奇袭了苏门答腊岛和爪哇岛的日军基地及其周围地区。
随着德国潜艇战的失败和盟军在法国登陆的成功，1944年夏季以后，英国海军在大西洋和地中海已无仗可打。因此，美国参谋长联席会议敦促英国派遣其海军部队，接替麦克阿瑟所辖的第7舰队前去支援澳大利亚部队的作战，准备在婆罗洲实施登陆。收复婆罗洲，既可夺回日军控制的主要油井和炼油厂，又可为远东地区的英、美舰队就近提供充足的燃料。
英军参谋长委员会同意了上述意见，并着手拟制收复婆罗洲的作战计划。然而，美国宣布要在1945年进攻日本本土的作战意图后，英国首相丘吉尔认为，英国应象美国参加北非、意大利和法国登陆战役那样，也参加进攻日本本土的登陆作战。为此，他提出在美方的指挥下，派遣英国舰队参加太平洋作战。罗斯福总统接受了他的要求。金将军和尼米兹将军对这一决定颇感震惊。在他们看来，第一，英国舰艇可在东印度群岛一带充分发挥它的作用，根本不需要来到太平洋战场。第二，英国的航空母舰既不是为了支援大规模登陆作战而建造的，也未受过这方面的训练。第三，尼米兹的后勤供应舰编队尽了最大的努力，才勉强满足美国太平洋舰队在后勒方面的需要。所以，金将军坚决主张，如果英国海军要在太平洋参加对日作战，就必须有自己的后勤供应船队。英国答应了这个条件。可是结果并非如此，英国太平洋舰队所属的补给船只，大部分仍是美国提供的；英国航空母舰的舰载机也都是美国提供的，因为英国舰载机的战斗活动半径太小，不适于远程作战。
经过丘吉尔首相同罗斯福总统的磋商，夺取婆罗洲的作战由澳大利亚部队和第7舰队负责，令麦克阿瑟任总指挥。英国海军最新的舰只经由印度洋开赴太平洋，编入尼米兹将军指挥的舰队。英太平洋舰队在航渡途中，于1944年12月和1945年1月，用航空母舰的舰载机对苏门答腊岛的炼油厂进行3次空袭。其目的在于，使入侵缅甸的日本守军失去航空燃料的来源，并借以获得对日作战的战斗经验。当时，留在印度洋的是英国和盟国的一些比较陈旧和航速较低的舰船，由这些舰船组成了东印度群岛舰队。
东印度群岛舰队的首要任务是对1945年5月初在仰光实施的登陆担任海上掩护，并支援英军在缅甸的作战。陆上作战的情况很快就朝有利于英国的方向发展，在英军尚未登陆之前，日军就撤离了仰光。此后不久，支援缅甸作战的5艘驱逐舰曾经大显身手。有一天，这支驱逐舰编队追击一艘日本军舰，据悉这艘日舰已被护航航空母舰的一架舰载机击伤，当终于追上该舰时，天色已黑，且已进入马六甲海峡水域。这时，英驱逐舰编队忽然在正前方发现一艘重巡洋舰，这就是莱特湾海战中栗田中央编队的“羽黑”号重巡洋舰。这几艘驱逐舰在日舰猛烈的炮火下，一面进行曲折运动，一面接敌，将日舰围在中间，从不同方向发射鱼雷，终于将其击沉。
婆罗洲作战
麦克阿瑟部队进攻婆罗洲（加里曼丹）的作战是从攻占该岛东海岸的打拉根开始的。其目的是占领油田和机场。第7两栖作战编队的部分舰艇一面规避日军的袭击，一面清扫上陆岸滩附近的水雷和障碍物，作业时间长达数天。1945年4月30日，一部分登陆兵首先在附近小岛上陆，在岛上设置火炮，以便支援主力部队登陆。5月1日（登陆日）拂晓，由美国和澳大利亚的巡洋舰及驱逐舰组成的突击舰群，在福雷斯特·罗亚尔美海军少将的指挥下，驶抵打拉根，把18；000名登陆兵送上岸滩，其中大部分是澳大利亚部队，其余的是英国部队与荷兰部队。日本守军约为2；300人，在战争的后期，他们通常不在水际滩头进行任何抵抗，而是一面向腹地撤退，一面进行顽强的抵抗，甚至进攻部队已经登陆了一个多月，还得请求派驱逐舰给予炮火支援。直到战争结束时，日军的部分残余部队仍在负隅顽抗。
6月10日，为在文莱地区实施登陆作战，罗亚尔的特混大队向文莱湾的北海岸遣送大批澳大利亚部队登陆。这次登陆战斗也和以往一样，首先是进行大规模的扫雷作业，然后是兵不血刃地登上岸滩，可是，越向腹地推进，遇到的抵抗就越大。唯一的变化是，有几架日本飞机进行袭扰，然而并未造成多大损失。7月1日，美军宣布占领了北婆罗洲。
同日，艾伯特·诺布尔美海军少将指挥第7舰队的一个突击大队，把澳大利亚的一个加强师遣送到盛产石油的巴厘巴板（濒临望加锡海峡）附近上陆。该大队编有护航航空母舰3艘、巡