，在返航途中用雷达发现了吕…108号潜艇。起初，指挥官命令“拉比”号护卫舰前去攻击，但未能成功，最后仍由“英格兰”号将其击沉。
这时，一艘满载着所需弹药的护卫舰开来，“英格兰”号等3艘护卫舰补充弹药后，同新来的第4艘护卫舰一起，又回到原来的海域。这回，把这4艘护卫舰编入一个由护航航空母舰和驱逐舰组成的协同反潜群。5月31日凌晨，当发现吕…105号潜艇时，协同反潜群的指挥官故意让“英格兰”号待命，以便给其它舰只提供一个荣立战功的机会。可是其它舰只的攻击均未成功，这时才令“英格兰”号出击。该舰仅仅齐射一次刺猾弹，就击毁了这艘潜艇。当有关这次作战行动的报告送到华盛顿时，金海军上将当即回电：“‘英格兰’号护卫舰战绩卓著，美国海军期望涌现更多这样的军舰。”
参加帛琉作战和菲律宾作战
在1944年9月进攻帛琉群岛之前，“光轮鱼”号潜艇除对佩勒刘岛和雅浦岛进行照相侦察外，还向这两个海岛遣送了侦察队。因为在雅浦岛上陆的4人未能返回潜艇，所以美国海军后来就没再使用这种登陆侦察的方法。
哈尔西对如何使用潜艇问题的想法，与斯普鲁恩斯的看法有所不同。哈尔西虽也同意把潜艇配置在狭窄海域，但他认为在开阔海域设置潜艇巡逻线可望获得更大的战果。因此，他要求除派4艘潜艇监视重要海峡外，还须派遣9艘潜艇在菲律宾群岛和帛琉群岛之间设置两道巡逻线。于是，把9艘潜艇编成3个“狼群战术编组”，每个战术编组把2艘潜艇（共6艘）配置在第一道巡逻线，剩下的1艘（3个编组共3艘）配置在第二道巡逻线。由于上述潜艇没有发现什么重要目标，这种被称为“哈尔西水族馆”的潜艇部署方式，美国海军以后就没再使用。
关于美国潜艇在莱特湾海战中的作战情况，前面已经作了较为详细的介绍。我们还记得，正是西南太平洋部队所属的“海鲫”号和“鲦鱼”号潜艇，于1944年10月23日最先发出“日中央编队来袭”的电报，接着又把栗田舰队的重巡洋舰击沉2艘，击伤1艘。这天上午，“鲷鱼”号潜艇在马尼拉湾附近海域重创“青叶”号重巡洋舰。25日晨，当哈尔西指挥的第38特混舰队在英加诺角海战中向北追击小泽的航空母舰编队时，洛克伍德命令两个“狼群战术编组（一个称为“克拉里突击队”，另一个称为“罗奇袭击队”）前去断其后路。小泽北部编队已受伤的“多摩”号轻巡洋舰就是被“克拉里突击队”的“贾劳”号潜艇击沉的。
击沉“金刚”号和“信浓”号
在几乎没有水面舰艇进行配合的情况下，美国潜艇袭击日本大型舰只的作战活动也是卓有成效的。尤其是击沉“金刚”号战列舰和“信浓”号航空母舰的事绩，是应该在这里提一提的。
1944年11月葬身海底的“金刚”号战列舰（31000吨），是被美国潜艇击沉的唯一的一艘战列舰。11月21日，“海狮”号潜艇（艇长伊莱·赖克海军中校）在台湾以北约40海里的海域发现“金刚”号战列舰。雷达最初搜索到该目标时，距离太远，值更官竟把它误为陆地。当再次发现时，雷达显示的目标逐渐接近，这时才向艇长报告。午夜刚过，天空多云，但能见度良好。赖克艇长判断，这支日军编队约有战列舰2艘、巡洋舰2艘和驱逐舰多艘，可能是开往日本的。于是，赖克决定用雷达跟踪目标，从水上接近敌人。当美潜艇试图占领有利的鱼雷发射阵位以目力观察目标时，只见海面上波涛起伏，浪花飞溅。2时56分，赖克在2700米的距离上，使用艇艏鱼雷发射管，向日编队中的前导战列舰发射6条鱼雷，然后右满舵转向。2时59分，又从舰艉鱼雷发射管对准第2艘战列舰发射3条鱼雷，接着全速撤离。当赖克艇长观察日军的情况时，发现这支编队仍以18节航速照直前进，感到非常失望。波涛汹涌，海水冲打舰桥，甚至从指挥塔的升降口流入舱内，但“海狮”号对这些全然不顾，紧紧跟踪目标。4时50分，已被第一次发射的鱼雷击中的前导战列舰开始减速，逐渐掉队，便由2艘驱逐舰护航，以12节航速航进。此后不久这艘战列舰（“金刚”号战列舰）就停在海上不动了。
当“海狮”号重新占领发射阵位时，看到耀眼的闪光，这是“金刚”号的弹药舱在爆炸，火光照得整个海域一片通亮，“金刚”号开始沉没。于是，“海狮”号立即追击其它目标，但因风急浪高，未能追上。直到战后艇员们才知道，“海狮”号第二次发射的3条鱼雷，其中1条偏离了要攻击的战列舰，而击沉了1艘驱逐舰。
约于一周后，上述辉煌战绩竟被“射水鱼”号（艇长恩赖特海军中校）击沉“信浓”号航空母舰的大捷所冲淡。“信浓”号当时是世界上最大的一艘军舰，其排水量为68000吨。原是作为超级战列舰“大和”号和“武藏”号的姊妹舰开始建造的，后来在施工过程中改为航空母舰。该舰1944年11月18日开始服役，10天后就被击沉了。“射水鱼”号在东京以南150海里处发现“信浓”号。当时该舰从横须贺正向濑户内海航进，准备在对空防御比较安全的吴港进行舾装。11月28日20时40分，美潜艇从雷达发现这艘航空母舰和4艘警戒舰只，便立刻进行跟踪。如果这个舰群不进行大角度的防潜曲折运动，“射水鱼”号就一定会失掉目标。凌晨3时，日航空母舰改变了基准航向，使美潜艇位于日航空母舰的前方。3时16分，日航空母舰进行防潜曲折运动，反而使“射水鱼”号潜艇占领了有利的阵位。3时17分，恩赖特艇长在不到1300米的距离上，从右舷70度，发射6条鱼雷。6条似乎全部命中，起码有4条击中目标。
“信浓”号航空母舰之所以沉没，不仅是因为舰员没有经验，而且是因为这艘军舰本身就没作好航行准备。应该水密的舱门还没加水密衬垫，各种管道通过舱壁的地方也没加以密封，海水从这些地方源源灌入舱内。舰上还没安装蒸气抽水泵，甚至连手摇抽水泵也少得可怜。舰员士气低落，军纪松驰。在这种状态下，这艘巨型军舰的沉没就是难以避免的了。日本海军的一艘新航空母舰在投入海上作战之前就被美国潜艇击沉，这对于把打击日本战斗舰艇的潜艇战推向高潮是一个有力的促进。“信浓”号落了个这种下场也是无可奈何的。象这样一艘大型航空母舰，对日本海军来讲已经没有什么用处。由于缺乏训练有素的航空母舰飞行员，在莱特湾海战中已把残存的4艘航空母舰当作诱饵而舍弃了。
负担救生任务
美国潜艇部队除了肩负着对敌斗争的任务外，还担负着救生任务。在制定吉尔伯特群岛的登陆作战计划时，洛克伍德将军曾收到一份建议：使用潜艇援救落水的飞行员。他立即表示同意，因而建立了一个救生组织，并取得很大成绩。截至战争结束，共救出飞行员504人。执行任务的基本方法是将潜艇部署在适当的水域并使迫降的飞行员知道潜艇的位置。受伤飞机的飞行员尽量驾驶飞机在潜艇附近迫降，然后由潜艇将飞行员按到艇内。担任救生任务的潜艇还大力援救陆军飞行员，尤其是从马里亚纳群岛起飞击轰炸日本的B…29重型轰炸机的飞行员，有时因故落在海上，潜艇为援救他们而作出了显著的贡献。
这种救生工作并非总是轻而易举没啥危险的。例如，“鲻鱼”号潜艇驶入沃累艾环礁后，救生艇员乘橡皮筏，冒着敌狙击兵的射占，把迫降的海军战斗机飞行员从敌岸接到潜艇上。尤为感人的，是1944年6月潜艇援救落水飞行员的事迹。“魟”号潜艇（艇长是C·卢米斯海军少校）根据落在关岛附近的一位飞行员报告的位置前去援救。当“魟”号潜艇驶到达出事地点时，发现日军的岸炮正在轰击橡皮筷子上的飞行员。显然，潜艇不能浮出水面，卢米斯艇长便伸出两个潜望镜，一个用来观察，另一个用来拖带落水飞行员的橡皮筏。起初，那位飞行员似乎莫明其妙，“魟”号潜艇冒着密集的炮击，向落水飞行员接近3次均未成功。后来再次接近，当卢米斯把潜望镜伸到飞行员的眼前时，飞行员才抓住潜望镜。“魟”号潜艇将飞行员拖到岸炮射程之外，浮出了水面，把飞行员接到艇内。
日本潜艇的特殊用法
日本和美国一样，往往使用潜艇遂行特殊任务。可是，有些执行特殊任务的潜艇是日本海军所独有的。例如，袖珍潜艇、搭载小型侦察机的潜艇和由一名敢死队员驾驶的所谓“回天”人操鱼雷等，均属这种特殊兵器。这种兵器是由大型潜艇携带到现场，用来实施近距离攻击的。战争初期，日本曾经使用过几次袖珍潜艇，尤其是在马达加斯加重创英国战列舰“拉米伊”号，取得了引人注目的战绩。后来，日本海军没再使用这种特殊潜艇。到战争后期，新设计的“回天”人操鱼雷又投入使用，这是一种与“神风”特攻机相辅相成的海军兵器。人操鱼雷在防守乌利西群岛时，虽以潜艇供应舰为攻击出发点用过数次，但仅有一条“回天”色雷击沉油船1艘。
搭载飞机的潜艇曾多次完成空中照相的侦察任务，还有一次是在美国俄勒冈州的森林里投了几颗燃烧弹。但由于艇载飞机的起飞和回收都很困难，这种搭载飞机的潜艇便未被广泛使用。日军还企图使用伊…400型潜艇（3500吨，可搭载3架飞机），对巴拿马运河地区进行袭扰。但是，当这种潜艇开始服役时，战争已接近尾声。
日军有时使用潜艇进行袭扰活动，但其战略价值甚微。偶尔还用潜艇为水上飞机加油，以延长其战斗活动半径。1942年，数艘日本潜艇在北美洲西海岸附近击沉几艘舰只，并炮击了温哥华岛、阿斯托里亚和圣巴巴腊等地附近的油库，引起人们的惶恐不安。另外，有数艘潜艇试图从海上与德国取得联络，但是只有伊…8号潜艇成功地往返于日德之间。
美国潜艇战绩卓著，而日本潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。日本的吕型潜艇吨位小，较陈旧，显然比美国的S级潜艇差得多。但是，新造的伊型潜艇则完全可以与美国的大型潜艇媲美。战争爆发时，美国及荷兰在太平洋和远东地区的潜艇在数量上与日本的大致相同。然而，美国的潜艇大部分是S级的，而日本潜艇则多是伊型的。伊型潜艇的战斗力比S级潜艇几乎强一倍。
此外，日本的鱼雷比美国的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，日本潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期，日本潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。然而，日军在潜艇作战方面的失误，主要是最高统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。日本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，日本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
德国曾经强调指出，潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器，并再三敦促日本使用潜艇袭击盟国的护航运输队。日军对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。而美国潜艇则对日本的货舱不断进行袭击，使日本的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下，日军对美国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾，依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。
盟军开始实施越岛作战以后，日军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后日本潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给，日军统帅部根据陆军的要求把潜艇当做补给船来使用。一些性能很好的潜艇，逐渐被用来担负这种很不适当的任务。当时，盟国部队的战斗活动越来越远离本国基地，而更加接近日军基地。尽管如此，日本潜艇的战斗力不但没有提高，反而每况愈下。第二次世界大战中日本虽然使用了潜艇，可是并不真正了解这种主要兵器的潜在威力，这在古今战史上也是罕见的。
袭击日本护航运输队
当日本潜艇每况愈下时，美国潜艇连连击沉许多日本舰艇。然而，最引人注目的战果还是美国潜艇对日本赖以生存的海上补给线的破坏。对日本来说，海上运输是一个至关重要的问题。因为日本控制的原料产地没有工业，而在工业地区又缺乏资源。日本必须把原料运回本国进行加工，然后再把成品送给海外各地的部队以供战争消耗。在这种情况下，日本的海上运输主要有两条航线。一条是从满洲经由日本海或者黄海，把铁和煤运往日本。另一条更重要的航线是从南洋资源地区，经由台湾和琉球，把物资运回日本本土。只要日本船只能在这两条主要航线上畅行无阻，往返货运就会顺利进行。但在南洋资源地区的作战行动告一段落后，南洋资源补给量迅速减少，南下的日本船只多是装货不足或者空船运行。而在日军把战场扩大到南太平洋以后，就需要有许多船只把物资从日本本土直接运到南太平洋地区。这时，主要航线也有两条：一条从大阪到帛琉；另一条从东京、横滨经小笠原群岛、塞班岛、特鲁克岛至腊包尔，后来又延伸到所罗门群岛。
然而，在南太平洋地区卸载的船只无货可装，只能空船返回日本。日本当局从未用过三角形的航线，即载货的船只从南洋资源地区驶往日本，卸下货物，然后装上军需物资开往南太平洋，卸载后不直接返回日本，而是空船驶往南洋资源地区。若果用这条航线，每艘运输船的空船航程只占其整个航程的三分之一。日本当时实际采用的航线，使每艘运输船的空船航程或仅载有少量货物的航程竟占其整个航程的一半。换句话说，日本所采用的是一个倒V字形航线，而日本本土则位于这条航线的顶点。如果日本采用三角形航线，就会使其在航的船只发挥更大的效用。唯有从巴厘巴板至帛琉、特鲁克和腊包尔的一条辅助航线不是V字形的，日本油船沿这条航线为其前方舰队补给油料。这样一来，美国潜艇就有更多的机会袭击日本的运输船只，使其运输能力减少百分之八至百分之十。
日军袭击珍珠港后未过几个小时，美国当局就下令对日本船只实施无限制的潜艇战。这使那些平素按照国际法训练出来的潜艇艇员们感到大吃一惊，他们认为这是破坏了国际法。回想起来，美国当初参加第一次世界大战的理由，实际上就是反对德国宣布的无限制的潜艇战。如今，华盛顿下达了这一命令，因而美国潜艇的官兵必须重新认识这个问题。这个命令毕竟是符合实际的，因为在现代的总体战中，禁运品和非禁运品已经没有什么明确界限。战时，一国的所有船只都会用来为战争服务。日本的油船和货船装载着石油、铁、锡、橡胶、米和煤等重要战略物资。这些船只与日本的战列舰和航空母舰一样，都是其战争机器的重要组成部分。
在战争的头几个月里，美国潜艇的主要活动区域是菲律宾周围的海域、日本以东的海域、四国和九州之间的丰后水道以及四国和本州之间的纪伊水道等海域。有几艘潜艇在从马尼拉经台湾至日本的航线上袭击了日本船只。英国和荷兰把有限的几艘潜艇配置在马六甲海峡附近，对航行在仰光和新加坡之间的日本舰船进行了袭击，取得很大战果，共击沉日本军舰16艘（约3000