火力准备时间最长的不过是几个小时而已。这是因为那里拥有发达的陆路交通，可将抗登陆部队迅速集中到登陆地域加强防御。从1944年装备部队的武器来看，当时还没有可以迅速摧毁坚固设防阵地的手段。
在进攻南马里亚纳群岛的战役中，美军战死5000余人，日军战死近60000人。马里亚纳战役后，日军失掉了通往加罗林群岛的航空中继站；而美军则取得了继续西进的后勤基地以及潜艇基地和航空基地。美军在马里亚纳群岛建立潜艇基地，便于破坏日本本土与南方资源地之间的海上交通线；在马里亚纳群岛建立航空基地，就可使B…29型远程轰炸机轰炸东京附近的工业地区。对日本来说，马里亚纳群岛的失守是结束这场战争的开端。但是，盟国的决策人物并未意识到这个问题。许多人看到，日军甚至在处于绝对劣势的绝望情势下也不投降，塞班岛的日本平民百姓宁可集体“玉碎”也不当俘虏，因而他们得出结论：只有在日本本土直接登陆，并灭绝日本的军队和国民，才能征服日本。
这种设想是不正确的。日本天皇和其他当权人物清楚地知道，日本必须迅速投降。东条内阁垮台后，由铃木贯太郎组阁的日本政府，本应领会天皇的意图，早日进行和平谈判。但是，日本军事传统的束缚和怕丢“面子”的顾虑使日本当局在尔后的整整一年的时间里，没能为结束战争而采取必要的步骤。从盟国方面来说，早在1943年初，罗斯福总统和丘吉尔首相就在卡萨布兰卡会谈中对日本提出了无条件投降的要求，这就无法再提什么条件作为谈判的基础了。
进攻菲律宾的前奏
当斯普鲁恩斯、特纳和史密斯等人正忙于进攻马里亚纳群岛时，尼米兹从南太平洋把哈尔西调来，命令他接替斯普鲁恩斯指挥中太平洋部队，以便腾出手来拟制即将到来的菲律宾登陆作战计划。为了作好进攻菲律宾的准备，尼米兹希望哈尔西指挥的部队于1944年9月15日前，占领帛琉群岛的佩勒刘岛（位于西加罗林群岛）及其以北的恩古卢岛、乌利西群岛和雅浦岛，并在那里建立前进基地和后勤基地。
此外，还责成哈尔西支援麦克阿瑟西南太平洋部队准备实施的下列作战：9月15日进攻新几内亚岛和棉兰老岛之间的摩罗泰岛，10月15日进攻摩罗泰岛与棉兰老岛之间的塔劳群岛，11月15日进攻菲律宾群岛南部的棉兰老岛，然后于12月20日进攻菲律宾中部的莱特岛。至于在菲律宾北部的吕宋岛登陆的时间，将视上述几次登陆作战的进展情况和速度而定。
以上就是对日作战的基本计划。但是，参谋长联席会议的成员，尤其是海军作战部长金将军，对经由菲律宾群岛向日本接近这一作战方案的正确性抱有怀疑态度。采用这种一步一步地向日本接近的打法必须付出高昂的代价，而且一定会使战局的发展缓慢。这只能说明把“逐岛作战”的战法又拣了回来。可是，在第5舰队能够绕过封锁日军设防的要地，并跨越千余海里实施进攻以来，盟军已经放弃了“逐岛作战”的战法。因此，参谋长联席会议要求，麦克阿瑟部队在棉兰老岛登陆后立即在那里建立航空基地，以便削弱吕宋岛的日军航空兵力，然后与尼米兹的部队联合作战，准备进攻台湾和中国的沿海地区。
这种越岛战略，将为封锁荷属东印度与日本之间的海上交通线提供一个同吕宋岛一样有利的基地；只要发动这么一次攻势，就可获得便于进攻日本本土的前进基地。与在菲律宾进行旷日持久的争夺战相比，这样既可迅速打败日本，也可早日解放菲律宾。
对于参谋长联席会议的上述意见，麦克阿瑟将军表示强烈反对。1944年7月，在火鲁鲁奴军事会议上，他在罗期福总统面前申述说；成千上万的菲律宾游击队员正在敌后进行袭扰，菲律宾的人民几乎均可投入这场解放菲律宾的斗争。如果我们绕过菲律宾，对友好的民众和岛上的美国俘虏见死不救，他们只好在死亡线上挣扎，在暴虐的日军统治下忍受凌辱。这就是美国不信守尽早解放菲律宾的诺言，从而使东方人感到美国又抛弃了菲律宾。
罗斯福总统认为麦克阿瑟的上述意见是有道理的，但是，直到9月11日美英联合参谋部去谒见参加第二次魁北克会谈的罗斯福总统和丘古尔首相时，还未正式作出最后决定。
这时，斯普鲁恩斯、特纳和史密斯几位将军返回珍珠港休息，并拟制下一步的作战计划。太平洋舰队所属的指挥官作了某些更动，原中太平洋部队改为美国第3舰队，由哈尔西海军上将接替斯普鲁恩斯担任舰队司令官；西奥多·威尔金森海军中将接替特纳担任第3两栖作战编队司令官；盖格少将由于盖格将军在关岛作战中耽搁的时间太长，而不能直接参加拟制进攻西加罗林群岛的作战计划，所以进攻帛琉群岛、乌利西群岛和雅浦岛的海军陆战第3军，后来就由在塔拉瓦登陆作战中威名远震的朱利安·史密斯中将来担任军长。接替史密斯担任海军陆战第3军军长。
唯有米彻尔海军中将根据他本人的愿望，继续担任快速航空母舰特混舰队（这时已改称为第38特混舰队）的指挥官。上述指挥官的调动和部队番号的变更，很容易使日军误认为第3舰队和第5舰队这两支强大的兵力在中太平洋交替出现。
正当美英联合参谋部在魁北克开会时，哈尔西乘旗舰“新泽西”号战列舰，率领第38特混舰队对菲律宾中部岛屿反复进行了空袭，以便对即将实施的摩罗泰岛和佩勒刘岛的登陆作战进行战略支援。这次空袭的战果相当可观：第38特混舰队击毁敌机约200架，击沉货船12艘和油船1艘；而美军仅仅损失舰载机8架和飞行人员10人。
哈尔西发现菲律宾的中部岛屿不过是“一个设防较差，防御能力较弱的空壳”，立即向尼米兹发出急电，建议取消夺取雅浦岛和帛琉群岛的作战计划，并把准备参加上述登陆作战的地面部队交给麦克阿瑟指挥，投入莱特岛的登陆作战。尼米兹同意不夺取雅浦岛，但主张进攻帛琉群岛的作战仍按原定计划进行，并把哈尔西的建议向魁北克的美英联合参谋部作了报告。因此，参谋长联席会议就此问题征求了麦克阿瑟的意见。麦克阿瑟表示同意尼米兹的上述主张。于是，美国参谋长联席会议决定取消雅浦岛、塔劳群岛和棉兰老岛的登陆作战计划，命令麦克阿瑟和尼米兹组成联合部队，提前两个月，于1944年10月20日在莱特岛实施登陆作战。
因此，尼米兹命令正同陆军第24军驶往雅浦岛途中的东部突击编队改变航向，开往马努斯岛；尔后，转属于麦克阿瑟的西南太平洋司令部。海上合成部队的指挥权，由一个战区指挥官转移到另一个战区指挥宫，这既显示了计划的灵活性，也说明了战区的指挥官具有优良的协同精神。西部突击编队虽然继续前去进攻帛琉群岛，但是已经接到通知，炮火支援舰群、护航航空母舰舰群、运输舰船及其警戒兵力，一埃完成帛琉群岛和乌利西群岛的作战任务后，立即转归麦克阿瑟指挥。
这样一来，美国第3舰队实质上就剩下策38特混舰队了兵力减少后的第3舰队，除第38特混舰队外，还辖有第30特混舰队的第8特混大队，即第3舰队的后勤供应舰大队。该大队编有油船、载运补充飞机的护航航空母舰、舰队拖船、弹药补给舰和警戒舰只（驱逐舰和护卫舰）等。它在指定的海域与第38特混舰队会合，进行海上加油和补给。，其它兵力已被调空。这些被调走的部队转属麦克阿瑟指挥，准备对莱特岛进行突击。与此同时，第38特混舰队的4个特混大队在海上积极行动，以支援摩罗泰岛和佩勒刘岛的登陆作战。
把西南太平洋部队和中太平洋部队在9月中旬所实施的登陆作战加以对比，就可看出一个值得研究的问题。若从通过岸滩天然障碍物所造成的危险区和障碍区来看，攻占摩罗泰岛是太平洋战争中最容易的一次登陆作战。但是，为了突破佩勒刘岛上极其复杂的防御体系，盟军却付出了巨大的代价（登陆兵的伤亡率近40％）。这是美国战史上伤亡率最高的一次登陆作战。
第7两栖作战编队载运28000名陆军部队，绕过设防坚固的哈马黑拉岛，出其不意地在摩罗泰岛登陆。同时，第3舰队和第7舰队的舰载机群以及驻比阿岛和农福岛的第5航空队，已把日军的防御阵地封锁起来，经过2小时的舰炮火力准备，迫使数百名守军撤至丘陵地带。在摩罗泰岛有难以越过的礁盘，齐腰深的淤泥浅滩，而且没有适于铺设道路的珊瑚，再加上暴雨不断，所以工程进度较慢。尽管如此，工兵部队仍然在摩罗泰岛修建了两个轰炸机机场和1个战斗机简易机场，以便届时掩护菲律宾登陆部队的右翼。
攻占小如弹丸的佩勒刘岛（位于摩罗泰岛东北，相隔500海里）是一场相当艰苦的作战。美军登陆部队绕过了驻有25000名日军的巴伯尔土阿普岛（帛琉群岛的主岛），在佩勒刘岛登陆。但是，在仅有4英里长的佩勒刘岛，也驻有日本10000余人，其中约有半数是第14师的精锐部队。此外，佩勒刘岛的守军遵照大本营的7月指示，千方百计地贯彻新规定的防御方针。日军命令岛上的抗登陆部队指挥官：“必须在水际滩头迎击并歼灭敌登陆兵”。盟军的基本战法是集中兵力，实施由舰到岸的突击上陆并进行火力支援，这使日军到处受到严重损伤。
日军新的作战方案是根据周密的计算，实施纵深防御。在水际滩头配置一部分兵力，只是为了迟滞美军的登陆行动。主要的防线设置在岛上腹地，以免被猛烈的舰炮火力所摧毁。这道防线利用不规则地形的各种有利条件，构筑了纵横交错的阵地。这是一道精心设计而又充分利用了物力的坚固防线。日军认为，应该尽量保存预备队，以便在适当时机实施反击，那种高喊“万岁”进行冲杀的战术是没有多大用处的，要使每个守备队员都能死得最有价值，以自己的生命换取对方的巨大损失。
对佩勒刘岛进行3天猛烈的舰炮火力准备，彻底摧毁了水际滩头的各种障碍物，以及岸上丘陵地带的一切看得见的防御设施。当海军陆战第1师向海滩冲击时，其损失的登陆艇大部分是被日军火炮击毁的。这些炮兵阵地构筑在东北走向的山脊的背阴斜面上。在敌人不断从山脊后面进行炮击，并从主要防线多次发起反击的情况下，海军陆战队迅速巩固了登陆场，并夺取了机场。但是，当登陆部队向东北的山背突击时，又遇到了新的抵抗。在这里，日军钻入500多个人工的或天然的岩洞之中进行抵抗。这些岩洞之间多半都有通道，有的岩洞还在洞口装有铁门，所有的岩洞部用草木巧妙地加以伪装，非常隐蔽。
这时，担任留船待命预备队的步兵第81师正在航渡之中，前去进攻邻近的恩古卢岛和较远的乌利西群岛。对美军来说，幸运的是恩古卢岛防御薄弱，而乌利西群岛则毫无设防。因此，盖格将军能够把进攻恩占卢岛的部队中的一个团立即派住佩勒刘岛，以增援进攻受阻的海军陆战队。美军使用火箭筒、炸药包和由坦克携带的远距离火焰喷射器，来对付日军这种新的防御手段。但是，要歼灭守岛的全部日军却是一个漫长的、付出很高代价的战斗过程。实际上，这里的战事直到第2年2月才算结束。
不过，在此之前，美军飞机早已开始使用佩勒刘岛和恩古卢岛的两个机场，而盟军舰舶也把帛琉群岛北部的科索尔水道用作临时锚地了。或许有人怀疑，美军用这么大的代价（战死近2000人，负伤约8000人）换取这几个小岛是否值得。可是，如果帛琉群岛完全留在日军手中，它就会给麦克阿瑟对菲律宾的进军造成真正的威胁，这是毫无疑问的。兵不血刃就轻取了乌利西群岛，这是非常有利的。因为它给太平洋舰队提供了一个重要的锚地和补给基地，在很大程度上取代了马朱罗、夸贾林以及埃尼威托克等基地。中太平洋部队此后的作战，至少有一部分是以西加罗林群岛为基地的。
当登陆部队在马努斯岛和霍兰迪亚进行集结时，盟军的航空兵力和海上兵力就已开始实施封锁莱特岛的作战。盟军的航空部队从南太平洋和中太平洋的基地对马绍尔群岛和加罗林群岛中尚为日军占据的岛屿进行了袭击。第20航空队的B…29轰炸机和克莱尔·谢诺尔特少将指挥的第14航空队的中程轰炸机，从中国西部起飞，对台湾和中国沿海地区的目标进行了空袭。肯尼将军指挥的远东空军，则从新几内亚岛、比阿岛和摩罗泰岛的基地出发，袭击了日军的南翼，对棉兰老岛和荷属东印度的日军机场反复进行了空袭。
美第3舰队负责压制日军的北翼，10月10日，长驱直入，奔袭了冲绳；11日，轰炸了吕宋机场；12日，又开始对台湾的航空基地进行了持续3天的空袭。美航空母舰的舰载机使这一地区的舰船和机场设施遭到很大损失，并击毁日机200余架。日本的鱼雷机从本土起飞，经由已抢修好的冲绳机场，刚刚飞抵台湾，就受到了严重损失。美国舰队的上述空袭活动虽然取得了成功，但是“堪培拉”号重巡洋舰和“休斯敦”号轻巡洋舰却遭到了鱼雷攻击，“休斯敦”号已丧失了航行能力。是指第二次世界大战中建造的那艘“休斯敦”号军舰，从前的那艘“休斯敦”号是重巡洋舰，这一艘是轻巡洋舰。“堪培拉”号重巡洋舰是美国第一艘以外国城市名称命名的军舰。
日军的这一战果是微不足道的，可是它的飞行员却洋洋得意，满以为获得了巨大战果，他们向国内报告说，击沉航空母舰11艘、战列舰2艘和巡洋舰3艘。日本国内也深信无疑，提灯游行，大肆庆祝，并通过东京广播电台把这一虚构的胜利播放到全世界。哈尔西利用敌人被虚假胜利引入想入非非的情绪，设置了一个圈套。他命令第3舰队的大部分舰只从台湾海域暂时撤走，仅仅留下2艘受伤的巡洋舰和一个特混大队，以便诱出日本舰队，进行海上决战。
丰田司令长官险些中计。他把所保存的较有战斗力的舰载机部队全部派去支援岸基鱼雷机部队，以期完成那种虚假的胜利。他还命令由巡洋舰和驱逐舰编成的第5舰队从日本本土南下，“以歼灭残敌”。但是，日军的远程侦察机为了确实查明海战的结果，在海上搜索的过程中，终于发现了美国第3舰队所属的其他几个特混大队，并报告说没有一艘明显受伤的航空母舰。哈尔西的计谋既然已被识破，日本的第5舰队便谨慎地撤向琉球群岛，而它的航空部队则对已经受伤的“休斯敦”号进行最后一次袭击，又击中一条鱼雷。这次作战日方称之为台湾海域空战。就此结束。2艘受伤的美国巡洋舰因损管工作得力而没有沉没，终于被顺利地拖回乌利西锚地。
美第3舰队给予日岸基航空兵和舰载航空兵以严重打击后，便向莱特岛附近的预定海域驶去，以便支援进攻菲律宾的作战。自10月11日至16日，哈尔西率领的航空母舰编队共击毁日机约350架，自己损失飞机89架。
进攻莱特岛
10月10日至15日，进攻莱特岛的登陆部队主力分成数个梯队从马努斯岛和霍兰迪亚先后出发。17日和18日，登陆先头部队派出突击队在莱特湾湾口的岛屿上陆，以保障正在接近中的登陆部队翼侧的安全。18日，扫雷队和水下爆破队在莱特岛登陆海滩的附近水域开始