和从希腊撤退时一样，克里特岛的撤退不得不在夜间进行。5月28日，遵照坎宁安“坚持到底，决不能撇下陆军不管”的指示，3艘巡洋舰和6艘驱逐舰从亚历山大驶向伊拉克利翁地区。这时，舰员们已疲惫不堪。英国的一艘巡洋舰在向目的地接近时被敌人击中，不得不退出战斗，其他舰只在那天晚上共搭载了4000名部队。返航途中，一艘受伤的驱逐舰由于其舵机失控，只好被废弃。此外，敌机还炸沉英国的一艘驱逐舰，炸伤一艘驱逐舰和两艘巡洋舰。有一枚炸弹在“奥赖恩”号巡洋舰上挤满人群的舰员餐室中爆炸了，炸死、炸伤所载部队540人。整个部队中，伤亡和被俘共计800人。
从克里特岛南岸的斯法基亚撤退的部队，损伤自然小一些。5月29日夜，4艘巡洋舰、1艘快速运输舰和3艘驱逐舰搭载了7000名部队离开了该岛，只有1艘巡洋舰受到损伤。与此同时，雷西姆农地区的英军向敌人投了降。第二天晚上，又有4000名部队从斯法基亚撤退，这次英国仍然只损失了1艘巡洋舰。
在这次撤退中，英国皇家海军从克里特岛挽救了17000名部队，但也付出了相当大的代价，3艘巡洋舰和6艘驱逐舰被击沉，另有1艘航空母舰、3艘战列舰、6艘巡洋舰和7艘驱逐舰被击伤，伤亡人数达2000多人。虽然英军一共伤亡了13000人，但由于他们的顽强抵抗，德国损失了400架飞机以及15000至20000名部队，其中包括德国唯一的空降师的5000名官兵。英国在克里特岛所进行的抵抗实际上挽救了马耳他，因为经过克里特岛的战斗，德国已没有空降部队可以参战了。
然而，在克里特岛战役之后，英国的地中海舰队的形势并不令人乐观。尽管在5月初一支由1艘战列舰、2艘巡洋舰和6艘新型驱逐舰组成的增援部队抵达地中海，可是，在6月初，英国地中海舰队只有2艘战列舰、3艘巡洋舰和17艘驱逐舰可用以作战。从亚历山大至马耳他的英国补给线的北侧受到了克里特岛上的德国空军的威胁。马耳他因补给不足，力量不断削弱，而轴心国通往北非的补给线却更加安全。
在中东地区，英国驻埃及的陆军部队的东翼和海军的油料补给也受到了威胁，4月初，亲轴心国的拉希德·阿里夺得了伊拉克政府的大权。18日，英国海军部队在驻印度的海军司令的率领下支援了在巴士拉的登陆，从而使拉希德·阿里很快逃往伊朗。根据双方达成的一项协定，英国和苏联的部队于8月开进伊朗，以防德军攻占这个国家。
在叙利亚，德国间谍在亲维希法国的殖民政府反英情绪的鼓动下活动猖獗。法国在叙利亚有一支小型舰队，它包括2艘超级驱逐舰、3艘潜艇、1艘小型护航舰和1艘巡逻艇，其中驱逐舰上装备有5门5。5英寸（140毫米）口径火炮，航速可达40节。为了对付法国这支小型舰队，英国地中海舰队派出2艘巡洋舰和4艘驱逐舰前往巴勒斯坦的海法。6月初。一艘快速武装运输舰在另一艘巡洋舰和两艘驱逐舰的支援下将英军运往叙利亚登陆；与此同时，其他英国和自由法国的部队则从巴勒斯坦向叙利亚前进。三天之后，双方签署了一项停战协定。但是，在海上战斗结束之前，法国的一艘超级驱逐舰重创了一艘英国驱逐舰，此外，法国的飞机重创了其他两艘英国驱逐舰，在另外两艘巡洋舰的增援下，英国军舰和飞机击沉一艘前往叙利亚为法国运送武器的超级驱逐舰，击伤两艘在叙利亚的驱逐舰。除此之外，他们还击沉一艘潜艇和两艘商船。
隆美尔发起进攻
正当英国妄图挽救希腊和克里特时，埃及边境上隐约出现了一场灾难。早在1941年3月，德国非洲军就已到达利比亚，但隆美尔首先关心的是如何阻止韦维尔对的黎波里的进攻。隆美尔本人于2月份到达利比亚，他到达后就致力于加强意大利的防御。他组织了一批小型近海船只，以的黎波里为基地向锡尔特港，后来又向锡尔特港以东250海里的阿里角运送补给品。由于意大利人没有沿利比亚海岸铺设铁路，他必须从海上进行补给。德国陆军总司令瓦尔特·冯·布劳希奇元帅通知隆美尔，德军必将在北非发动进攻，而且他不可能指望得到增援。然而，隆美尔感到德军要固守住沙漠中有限的几个目标是不可能的。如果他执行陆军总司令的指令，即便他夺取了班加西，也不可能守住它。为了获取一个阵地来保卫他的翼侧，他必须占领整个昔兰尼加地区。
虽然隆美尔曾下命令在5月底以前不准备发动一次即便是有限的进攻，但他担心延迟行动可能会使英军有机会加强阿盖拉…比尔·苏伊发防线。于是，隆美尔于4月2日发动了进攻。由于韦维尔已将其部分部队派往希腊，并被迫将驻利比亚最有战斗经验的部队换成了刚从本土调来的未经实战锻炼的部队，因而他抵挡不住德军周密组织的进攻，不得不下令部队后撤到班加西，而且必要时还将进一步后撤。
德军在发动进攻的当天就夺取了阿杰达比亚。后来隆美尔又按到报告说，英军已撤出班加西。正在这个时候，非洲意军总司令格拉齐亚尼将军考虑到隆美尔的行动已超出罗马指示的范围，并且在补给困难的情况下不可能得到支援，因而他企图行使他的权力，阻止隆美尔的前进。而隆美尔不愿失去这个有利的时机。正当他们为此争执不下时，隆美尔接到了德军最高统帅部的一封电报，最高统帅部完全同意他自行采取行动。此后，非洲军迅速向前推进，第二天便夺取了班加西。他们径直穿过昔兰尼加的凸出部，于4月8日抵达德尔纳，并夺取了该城，俘获了800名英军。
接着，隆美尔的部队继续向托卜鲁克挺进。当时英国的沿海舰艇中队正从海上向这个地区加紧运送增援部队。隆美尔对托卜鲁克发动的数次攻击均未获得成功，其原因除了英军的顽强抵抗之外，还由于他使用了没有战斗经验的意大利部队，以及德国空军只顾对托卜鲁克实施战略轰炸，而忽略了空中战术支援。于是，隆美尔决定绕过托卜鲁克，向位于埃及边境上的塞卢姆进攻。他希望在那里巩固德军的防线。到5月底，非洲军在塞卢姆…哈尔法亚…西迪俄马三角地区建立了一个坚固的阵地，企图在那里为进攻埃及积蓄补给品。
5月，一支代号为“老虎”的特别运输船队运载着238辆坦克抵达埃及。这是英国几个月来从直布罗陀首次成功地驶抵亚历山大的一支运输船队。有了这些坦克，韦维尔将军便可对隆美尔的阵地发起反攻。6月15日，英军在大量战斗飞机的掩护下实施反攻。这次反攻的代号为“战斧”作战。经过激烈的战斗，英军反攻失败。克劳德·奥金莱克将军取代了韦维尔将军，继任中东英军总司令的职务。此后，北非战线的形势稳定了数月之久，不论英方或者德方都没有足够的兵力发动一场进攻。由于托卜鲁克仍掌握在英军手中，隆美尔无法向马特鲁港的前哨阵地前进。在马特鲁有一个机场，如果隆美尔占领了该机场，他就能对亚历山大、开罗和苏伊士运河实施空袭。
1941年春、夏两季，英国的沿海舰艇中队在北非沿海担负着对被围困的托卜鲁克的物资补给任务。8月，沿海舰艇中队又承担了驻守托卜鲁克的19000名澳大利亚军队换防的运输任务，澳大利亚自治领政府打算用这支力量在本国抵御日本的威胁。因此，负担过重的沿海舰艇中队肩上的担子又进一步加重了。截至10月底，沿海舰艇中队完成了换防运输任务，同时还向托卜鲁克运送了8000吨物资。11月，奥金莱克终于发动了进攻，于12月10日为托卜鲁克解了围。两个星期后，英军抵达了班加西。在托卜鲁克被包围的242天中，沿海舰艇中队向这里运送了大约33000名部队、92门炮、72辆坦克和34000吨补给品；同时，还从这里运走34000名部队、7500名伤员和7000名俘虏。在整个这次支援行动中，沿海舰艇中队损失2艘驱逐舰、1艘布雷舰和24艘小型船只，另有6艘商船被击沉。此外，还有7艘驱逐舰、1艘武装运输舰、19艘小型船只和7艘商船被击伤。
补给战
1941年夏，北非的德、英双方都在加紧积蓄兵力。德国在巩固了他们在希腊、克里特和昔兰尼加的战果后，最大限度地动员了轴心国的海上运输力量向北非运送部队和补给品。为了阻止德国的战备物资源源不断地运给隆美尔，英国不得不依赖于马耳他。
马耳他约位于地中海的中心，它不仅作为舰船往返直布罗陀和亚历山大的一个中间停靠站，而且它正好横跨意大利至利比亚的通常航线。驻马耳他的战斗机和轰炸机迫使德、意运输船只不得不绕道航行，以避开英国飞机的空袭，从而极大地削弱了德、意向北非进行运输的能力。马耳他，作为英国舰队的一个基地，能够威胁意大利和德国的运输船队，迫使意大利舰队投入大量的护航兵力，而且不得不在缺乏空中掩护的情况下作战。当马耳他岛上的力量强大时，前往北非的轴心国的运输船只有将近五分之二被击沉到海底；当该岛上的力量薄弱时，轴心国有95％以上的运输船只安全地驶抵目的地。图11说明了马耳他在地理上的重要位置。
为了确保对马耳他的补给，英国决定每个月派出一支有强大护航兵力的运输船队前往那里，由于考虑到德、意空军可能进行猛烈的空袭以及意大利舰队的威胁，英国不得不对护航运输队提供强有力的空中掩护。在通常情况下，两支运输船队分别从直布罗陀和亚历山大出发，同时通过地中海。H舰队将直布罗陀运输船队护送到西西里海峡，而地中海舰队则将亚历山大运输船队一直护送至马耳他。尽管英国尽了一切努力，但由于敌人的猛烈空袭，运输船队经常不能顺利通过。
由于英国海军在希腊战役中损失严重，因而在1941年春末和整个夏天，它无法向马耳他派遣军舰。但是在其他几个方面，马耳他的形势有了很大的好转，这主要是因为在6月间德军将第10航空军从西西里调往希腊，以便将驻希腊的第4航空军的一半兵力抽调到俄国。同时，英国的潜艇和飞机不断地破坏轴心国通往北非的海上交通。在1940年的前半年中，轴心国向北非运送了大约2372000吨的物资，其中损失了近80000吨，损失率为3。4％，在后半年中只运送了1750000吨物资，但损失了将近400000吨，损失率为22。7％。
为了加强马耳他的进攻能力，1940年10月英国派出两艘巡洋舰和两艘驱逐舰组成K舰队进驻马耳他。11月8日夜，它们拦截了一支前往的黎波里的运输船队，该船队有7艘德国补给船，由2艘意大利巡洋舰和6艘驱逐舰担任护航。英国K舰队击沉了所有的7艘补给船和1艘护航的驱逐舰。第二天，英国潜艇又击沉了另一艘意大利驱逐舰。约两个星期后，K舰队的一艘巡洋舰和一艘驱逐舰发现了两艘油船和两艘护航的驱逐舰。结果油船被击沉，护航的舰只逃脱了。11月底，K舰队又增加了两艘巡洋舰和两艘驱逐舰，实力得到了加强。12月中旬，K舰队的4艘驱逐舰遇到2艘向的黎波里匆匆运送汽油的意大利巡洋舰。在英舰的打击下，这两艘意大利巡洋舰中弹起火。
1941年11月18日，英国第8集团军再次发起进攻，向班加西迅速挺进。由于轴心国的海上运输损失严重，部队得不到增援，隆美尔在出色地进行一次反击之后被迫撤退。他将部队一直撤到阿杰达比亚，等力量加强之后再继续进攻。
英国K舰队和其它驻马耳他部队的胜利以及德军在昔兰尼加的失利，使得德军最高统帅部重新考虑地中海的问题。尽管希特勒被他在俄国发动的战役弄得茫然不知所措，但其他将领，特别是雷德尔深知地中海在战略上的重要性。德国海军参谋部极力要求采取措施，以充分利用意大利舰队来保卫前往北非的运输船只。然而，1941年8月当希特勒着手解决这些问题时，他不顾雷德尔和邓尼茨的忠告，命令派遣潜艇前往地中海；而雷德尔和邓尼茨则希望在大西洋保持全力以赴的攻势。头两批潜艇先后于1941年9月和11月通过直布罗陀海峡，不久便突然出现在地中海。11月11日，U…81号潜艇击沉“皇家方舟”号航空母舰。12天后，U…331号潜艇又将“巴勒姆”号战列舰打发至海底，该艇在完成攻击后机动逃跑时失去了控制，安全下潜到820英尺1英尺＝0。3048米。的深度，这比它的设计深度还深490英尺。
接着，德国又采取了一些行动以加强地中海战场的力量。1月，希特勒派遣阿尔贝特·凯塞林元帅前往意大利任南方部队总司令。他命令凯塞林夺取并掌握西西里海峡的制海权与制空权。与此同时，希特勒还将第2航空军派往西西里。
为了将斗争坚持到底，意大利同意派遣重型军舰为一些重要运输船队护航，并企图进一步对英国港口实施攻击。1941年12月19日，意大利潜艇“希雷”号在亚历山大港发射了3条双人鱼雷（即一种带有可分离战斗部的袖珍潜艇）有些外文资料称“人操鱼雷”。，重创英国的“伊丽莎白女王”号和“勇士”号战列舰。约在同一时间，曾击沉“皇家方舟”号航空母舰的U…81号潜艇又击伤了英国的“马来亚”号战列舰，从而使英国地中海舰队无一艘能够作战的重型军舰。当时日本已经参战。由于日本飞机在几天之前击沉了“威尔士亲王”号和“反击”号战列舰，英国地中海舰队所损失的军舰也得不到补充。
更为糟糕的是，12月19日，K舰队的3艘巡洋舰和4艘驱逐舰在的黎波里附近海域闯入雷区，一艘驱逐舰和一艘巡洋舰被炸沉，另外两艘巡洋舰被炸伤。这场灾难的一个直接后果是，轴心国的一支大型运输船队安全地驶抵的黎波里。
由于轴心国采取了上述措施以及英军遭受到严重损失，轴心国在中地中海的海运情况有了很大的好转。因此，隆美尔又恢复了在北非的攻势，并在1942年的头两个月中夺回了昔兰尼加。与此同时，轴心国还加强了对马耳他的空袭。
尽管11月11日英国增援守岛的战斗机抵达了马耳他，可是12月份，敌人的空袭增加了一倍多，达到175次。在1942年的前4个月中，由于德国空军向西西里增派了大量飞机，德军每月对马耳他的空袭多达200至300次。3月底，一次可运载12架“喷火”式战斗机的英国“鹰”号航空母舰在进行维修。应丘吉尔的个人请求，罗斯福总统于4月初派遣美国“黄蜂”号航空母舰向马耳他运载飞机。该舰有很大的容量，大约可搭载60架“喷火”式战斗机。但是几天之内，这些飞机全部被摧毁。在那一个月中，德军向马耳他投下的炸弹多达6700吨。因此，英国不得不将那些尚能机动的水面舰艇撤离马耳他。英国潜艇凭借着油料与弹药继续活动，但5月初驻马耳他的最后一批潜艇也撤往亚历山大。5月9日，“黄蜂”号航空母舰再次向马耳他运去了60架“喷火”式战斗机，这些飞机在运抵后的当天和第二天便与敌机展开了一系列激烈的空战。在上述这些战斗结束时，凯塞林元帅认为他已完成了摧垮马耳他防御的任务。
1942年3月，马耳他濒于弹尽粮绝。在这种形势下，驻北非的所有英国部队全力以赴，试图保护一支运输船队顺利通过德军封锁。英国第8集团军对托卜鲁克附近的轴心国机场实施了牵制性的攻击。英国皇家空军攻击了昔兰尼加和克里特的机场，从利比亚�