在德国空军的部分增援部队抵达后，英国一支由4艘船只组成的运输船队于1月6日经直布罗陀驶往马耳他和希腊，担任护航的是H舰队的2艘战列舰、1艘航空母舰、4艘巡洋舰和若干艘驱逐舰。大约与此同时，英国地中海舰队的“厌战”号和“勇猛”号战列舰、“光辉”号航空母舰以及7艘驱逐舰从亚历山大出发，前去接应这支运输船队，并为马耳他与亚历山大之间的其他运输船队担任护航。为了策应运输船队的行动，驻马耳他的英国飞机于1月8日袭击了驻那不勒斯的意大利舰队，炸伤了“朱利奥·恺撒”号战列舰，迫使它和“维托里奥·维内托”号撤向距此战略要地较远的斯培西亚。在这次袭击之后，“维托里奥·维内托”号便成了意大利唯一可以作战的战列舰了。直布罗陀的H舰队白天经受了来自撒丁岛的意大利飞机的攻击，于1月9日晚安全返航，将运输船队移交给3艘巡洋舰和几艘驱逐舰，由他们护送前往马耳他。那天晚上，担任护航的巡洋舰击退了意大利驱逐舰的攻击，击沉意舰一艘。但英国的一艘驱逐舰被水雷炸伤，只好被拖往马耳他。翌日，一支意大利舰队从斯培西亚出发前往西地中海搜索H舰队，可是，H舰队这时早已驶离意舰的搜索范围。
驻亚历山大的英舰队于1月9日夜间同来自直布罗陀的运输船队会合了。1月10日中午，他们在马耳他以西遭到了来自西西里的约50架“斯图卡”式俯冲轰炸机的袭击。意大利的飞行员通常从高空实施攻击，而德国飞行员则不同，他们冒着密集的防空火力，以高超的技术抵近目标后再实施攻击。德机集中火力对付“光辉”号航空母舰，并多次击中目标。“光辉”号靠操纵其发动机来掌握航向，向马耳他驶进。尽管德机下午的攻击使“光辉”号上燃起了大火，但它仍然于当天晚上驶抵马耳他港。第二天，“格洛斯特”号和“南安普敦”号巡洋舰在返回亚历山大的途中被敌机炸伤，后者损伤严重，不得不被己舰击沉。
在马耳他，“光辉”号又多次遭到敌机的袭击，但海军船厂的工人们临时将它修复。1月23日夜，它悄悄地驶离了马耳他港，并安全抵达亚历山大。由于“光辉”号必须前往美国进行大修，而“鹰”号又不能使用，地中海舰队一度缺少航空母舰。英国海军部立即将“可畏”号航空母舰从南大西洋调往地中海。
德国空军平均每天对马耳他进行3…4次攻击；同时，他们也没有忽视地中海东端。1941年1月底，德机从多德卡尼斯群岛起飞，开始向苏伊士运河投布大量水雷。2月份，运河不得不经常停止通航。由于德国空军的干预，经过短暂的一个月时间，地中海的局势便发生了逆转。
英国舰船在地中海上航行是极端危险的。唯一能够向中东的英国陆军提供补给的航线是绕过好望角，然后通过红海与苏伊士运河。但这是一条非常漫长的航线。这些绕道好望角，被称作“温斯顿的特使”的定期运输船队专为中东司令部运送兵员、补给品、坦克和弹药。实际上，这条航线也并不安全。除了来自大西洋德军的明显威胁外，意大利在苏伊士东南部也有相当强大的兵力，其中7艘驱逐舰、2艘摩托鱼雷艇和8艘潜艇驻泊在印度洋的基斯马尤和红海的马萨瓦。1941年1月，英军在舰队的支援下开始从肯尼亚和苏丹发动攻势，以期将意大利军队从东非驱逐出去。2月，意大利放弃了基斯马尤港；4月初，英军夺取了马萨瓦。意大利的两艘驱逐舰被“鹰”号航空母舰上的鱼雷机炸沉，另一艘搁了浅。驻东非的意海军的残余舰艇不是被凿沉，就是仓皇逃离。于是，美国总统便根据中立法案要求红海向美国船只开放。这样一来，英国的运输船队在接近其目的港时也可以免遭敌人的攻击。
在随后的几个月中，英国地中海舰队经受了最严峻的考验。由于德国对希腊的武装干涉，希腊政府同意了英国陆军和空军在希腊本土作战，为了援助希腊作战，韦维尔在尚未到达的黎波里塔尼亚边境时就不得不停止前进。尽管如此，英国战时内阁仍然认为，援助希腊的政治意义高于一切。于是，护送3个步兵师和1个装甲旅及其补给品的重任便落到了地中海舰队的肩上，它必须向爱琴海投入大量的兵力。所以，它几乎没有力量去对付前往利比亚的意大利运输船队。结果，英国在北非的地位岌岌可危，因为在3月间，意大利的舰船运载着隆美尔的非洲军通过了地中海。
英国援助希腊的第一支运输船队于3月5日驶往比雷埃夫斯，以后平均每三天有一支运输船队驶往那里。3月26日夜，意大利的用于爆破的汽艇在苏达湾炸沉了一艘英国巡洋舰。几天之后，意大利的一艘潜艇又击沉了另一艘英国巡洋舰。但是，在大约6周的时间内，英国地中海舰队向希腊完好无损地运送了58000名部队及其装备和补给品。
马塔潘角海战（1941年3月28日…29日）
在德国人的迫使下，意大利海军计划使用他们最后一艘能够作战的战列舰“维托里奥·维内托”号以及8艘巡洋舰和许多艘驱逐舰去攻击前往希腊的英国护航运输队。据德国空军第10航空军声称，他们已重创英国的“厌战”号和“巴勒姆”号战列舰。所以，意大利海军以为，英国在这个地区只有一艘战列舰可以同他们抗争。根据这个错误的判断，意大利舰队在安杰洛·亚基诺海军上将的率领下贸然出航。
3月27日上午，德国和意大利的岸基飞机在海上进行了搜索，但没有发现目标。中午左右，意大利舰队在西西里以东大约80海里处被一架英国水上飞机发现和跟踪。鉴于这种不利的情况，意大利海军司令部命令北翼的巡洋舰战斗群在主力部队发起攻击之前与其会合。3月28日晨，“维托里奥·维内托”号战列舰在克里特岛西端以南海域，在驱逐舰的警戒下正向东南方向航行。在它前面7海里处是一个由3艘巡洋舰和数艘驱逐舰组成的战斗群；在其东面25海里处是一支由5艘巡洋舰和数艘驱逐舰组成的北翼战斗群。
由于预先得到在意大利的英国情报机构的警告，坎宁安上将已采取了措施准备对付意大利的挑衅。他将在航的运输船队遣返后，便命令H·S·普里德姆…威佩尔中将率领他的巡洋舰与驱逐舰编队驶离希腊，并于3月28日晨在克里特岛以南同他会合。3月27日天黑以后，坎宁安上将乘坐“厌战”号战列舰，率领“勇士”号、“巴勒姆”号战列舰和新到的“可畏”号航空母舰，以及9艘驱逐舰从亚历山大港出发。
3月28日凌晨，“可畏”号上起飞的搜索飞机发现了意大利的巡洋舰战斗群。几乎与此同时，“维托里奥·维内托”号上的一架侦察机也发现了普里德姆…威佩尔的轻型编队。几分钟后，普里德姆…威佩尔又发现了一支意大利轻型编队。正如在日德兰海战中一样，双方指挥官都不知道对方的主力编队就在附近；而且也正如日德兰海战中的贝蒂将军一样，普里德姆…威佩尔转而将他所发现的敌人轻型编队引向坎宁安的战列舰那里。于是，双方在海上边打边跑，战斗持续了将近一个小时，但双方都无命中。8时55分，鉴于意舰快进入英国岸基飞机的作战半径，亚基诺便命令他的轻型编队停止战斗。普里德姆…威佩尔则折身紧紧跟踪撤退的敌舰，以免失去目标。为了防止英国轻型编队遭到敌人的伏击，坎宁安命令“可畏”号对意大利尚未参战的巡洋舰战斗群实施鱼雷攻击。但由于距离太远，在鱼雷机尚未到达目标上空时，战局又发生了巨变。11时，普里德姆…威佩尔的旗舰“奥赖恩”号上的嘹望哨发现了“维托里奥·维内托”号，紧接着“维托里奥·维内托”号用15英寸（381毫米）的火炮准确地向“奥赖恩”号进行射击。在“维托里奥·维内托”号战列舰和意巡洋舰的夹击下，普里德姆…威佩尔在烟幕的掩护下调头南下。这时，“可畏”号上的鱼雷机才赶到现场，并对意大利战列舰实施了攻击。尽管它们没有命中敌舰，但却阻止了亚基诺的追击。随后，“维托里奥·维内托”号战列舰在英舰的追击下以25节的航速向基地驶去。
为了迟缓敌舰队前进，以便使英国战列舰追赶上来，“可畏”号航空母舰在随后的数个小时内对意大利舰队进行了反复攻击。15时20分，一条鱼雷命中“维托里奥·维内托”号，使它暂时停了下来。但一个半小时之后，它又以19节航速继续前进。在这同时，坎宁安命令普里德姆…威佩尔率巡洋舰以30节的速度加紧追击，试图同逃跑的意大利舰队保持目力接触。而战列舰编队则以最大速度（24节）紧紧尾追。由于英国人对“维托里奥·维内托”号的航速低估了4节，因而英舰队的截击航向远离了目标。为了补救这一不测之事，坎宁安下令“可畏”号的鱼雷机再次对敌进行攻击。结果，这些飞机成功地拦截了意大利的“波拉”号巡洋舰，而意大利的主力编队却继续逃往基地。
经过上述一系列的海上较量，战斗趋向缓和。普里德姆…威佩尔因错误地判断了敌舰的航向和航速，在驶过受伤的“波拉”号之后，失去了与敌舰的接触。随后赶到的英国战列舰将回头援助“波拉”号的意大利巡洋舰编队误认为英舰。但英舰队很快纠正了这种错误，遂与意大利巡洋舰编队进行了交战，并击沉3艘巡洋舰和2艘驱逐舰，其中包括“波拉”号巡洋舰。其余的意大利军舰后来安全地返回了基地。
马塔潘角这一战，英国在战术上取得了较大的胜利，英方几乎没有遭受什么损失。尽管“维托里奥·维内托”号侥幸逃脱，但英方还是击沉了意大利3艘巡洋舰和2艘驱逐舰。英国的一艘巡洋舰受到轻伤，另外还损失了一架飞机和一名飞行员。德国空军的飞机姗姗来迟，虽对英国舰队进行了袭击，但对英舰没有造成损失。
在地中海的局势似乎处于暗淡时期，英国舰队居然获得如此巨大的胜利，这极大地提高了地中海舰队和英国国民的士气。这个胜利具有重要的战略意义，它使意大利舰队不敢贸然驶出港口，肆意干扰英国舰队在希腊和克里特岛附近海域的活动。
希腊和克里特岛的失守
英军待在希腊的时间并不长久。4月6日，德国陆军从保加利亚侵入南斯拉夫南部地区和希腊。当时，在地中海地区，英国皇家空军只有80架战斗机，另有2个中队的远程轰炸机可以在夜间从埃及出发执行任务，而德国空军的第4航空军却有800架飞机支援作战。在兵力居优势的德军包围下，希腊和南斯拉夫的军队开始后撤。4月17日，南斯拉夫投降。希腊人已经断定他们要失败。为了使国家不再遭受战争的蹂躏，希腊国王提出了非正式建议，要求英国不再向希腊派遣部队，并撤走已在希腊的英国部队。英国战时内阁立即同意从希腊本土撤军。于是，所有驻希腊的英军开始退到搭载港。4月24日，希腊投降。就在这一天的夜晚，英军开始撤退。
这次撤退甚至比敦刻尔克撤退还要艰难。为此，英国地中海舰队出动了7艘巡洋舰、20艘驱逐舰、21艘运输舰，还有许多小艇。由于4月初比雷埃夫斯港内有一艘军火船爆炸，致使港口被炸毁，英军只好设法从雅典地区的三个滩头和伯罗奔尼撒半岛的三个滩头撤退。为了避免遭受敌机空袭，担负撤运任务的舰船奉命于天黑之后一小时靠近滩岸，并于3时前离开。整个撤运工作持续了6天之久。在撤运过程中，没有任何飞机担任空中掩护，各搭载港又非常分散，而且组织工作也不如敦刻尔克撤退时组织得有力。在这次行动中，英国舰船的损失惨重。但是，50000多名英军最终得到了挽救。此外，希腊海军的1艘巡洋舰、6艘驱逐舰和4艘潜艇也逃往亚历山大。
尽管英军被迫撤离希腊，但他们仍决心扼守克里特岛。鉴于克里特岛是控制东地中海航运的战略要地，英国战时内阁决定不惜一切代价守住克里特岛。他们把从希腊撤出的大批部队用于加强克里特岛的防御。但是，除了舰队能够提供备件的那些飞机之外，英国绝大多数飞机因损失了备件全部撤回本土。另一方面，克里特岛距德国在希腊新建的空军基地只有60海里，距东面的卡尔帕托斯岛上的意大利机场只有45海里。很容易遭受敌人的空袭。
5月20日黎明，预料之中的德国进攻终于发生了。由530架飞机和100架滑翔机运送的第11航空军的16000名空降部队担任主攻；接着，7000名预备队则从海上运往克里特岛。8时，滑翔机由运输机拖曳着，将部队运送到马利姆机场西部；15分钟后，伞兵部队开始在机场以东降落。截至这一天终了时，第7空降师的5000名空降兵已全部着陆。马利姆机场虽然仍在英国的炮火控制之下，但已部分落入德军手中。雷西姆农和伊拉克利翁机场也遭到了德军的进攻，但攻势并不那么猛烈，那里的英军守住了阵地。翌日，德军利用马利姆机场不断增加兵力，但许多飞机降落时撞毁在布满弹坑的机场上。
为了防御敌人从海上对克里特岛进攻，坎宁安上将将他的兵力分成三个战斗群。两个由巡洋舰和驱逐舰组成的战斗群，白天分别停泊在克里特岛以东和以西海域，以便在夜间或敌舰出海时在克里特岛北面巡逻。英国的主力战斗群包括“勇士”号和“厌战”号战列舰、1艘巡洋舰以及8艘驱逐舰，他们负责提供全面支援。5月21日夜，一支巡洋舰编队在克里特岛西端附近海域巡逻时，在该岛以北20海里处遇到一支入侵的德国小型艇队。英舰一举击沉其中的15艘，艇上所载部队4000人均被淹死在海中。由于弹药不足，这支英国巡洋舰编队撤向西面与战列舰编队会合。与此同时，向西北方向巡逻的另一支英国巡洋舰编队击沉另一支德国运输船队的几艘小船，并将这支运输船队赶跑。
鉴于当时天已大亮，英舰的弹药不足，加之又遭受敌机的猛烈袭击，英舰队指挥官对敌人运输船队的撤退已感到满足，因此，停止了追击，向西南方撤退，并请求战列舰编队给予支援。可是，当英国的两支编队还未来得及会合时，两艘巡洋舰就被炸伤。13时30分，轴心国的飞机命中“厌战”号战列舰，炸沉一艘驱逐舰。英编队派出两艘巡洋舰前去援助负伤的驱逐舰，其中一艘于15时50分在基西拉海峡被敌机炸沉。约一小时之后，又一艘战列舰被炸伤。在尔后的两个半小时的战斗中，另一艘巡洋舰两次被命中，最后终于沉没了。在这一昼夜的激战中，无一名德军士兵从海上到达克里特岛。然而，尽管英国地中海舰队有效地抗击了来自海上对克里特岛的入侵，但5月22日，德国的空降部队修复了马利姆机场，并开始以平均每小时20架次运输机和拖曳式滑翔机的速度向岛上运送部队。
在随后的几天中，英军在海上和陆上的战斗大为失利。5月23日，前往亚历山大的两艘驱逐舰被敌机炸沉。26日，在攻击卡尔帕托斯岛上的机场时，“可畏”号航空母舰和另一艘驱逐舰遭受重创。在陆上，德军在向苏达湾突破，那里的英国守军开始越过山地向南部海岸的斯法基亚撤退。那天深夜，英军决定撤离克里特岛。次日晨，“巴勒姆”号战列舰在掩护轻型兵力撤离苏达湾时被击伤。
和从希腊撤退时一样，克里特岛的撤退不得不在夜间进行。5月28日，遵照坎宁安“坚持到底，决不能撇下陆军不管”的指示，3艘巡�