三十日，发动政变。同治与两宫皇太后，宣布在承德预先由醇郡王奕缮就之谕旨，宣布载垣等罪状：
（1）“上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹划乖张所致。载垣等不能尽心和议，徒以诱惑英国使臣以塞己责，以致失信于各国，淀园被扰。我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也！”就是将英法联军入侵北京、圆明园被焚掠、皇都百姓受惊、咸丰皇帝出巡的政治责任全扣到载垣等八大臣头上。
（2）以擅改谕旨、力阻垂帘罪，解载垣、端华、肃顺、景寿任，穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛退出军机。《清史稿·肃顺传》记载：此前，“肃顺方护文宗梓宫在途，命睿亲王仁寿、醇郡王奕往逮，遇诸密云，夜就行馆捕之。咆哮不服，械系。下宗人府狱，见载垣、端华已先在。”《清穆宗毅皇帝实录》记载：“以醇郡王奕管善捕营事。”这可能同奕逮捕肃顺事有关。
同治帝载淳（4）
十月
同治帝在大典上穿过的小朝袍初一日，命恭亲王奕为议政王、军机大臣。随之，军机大臣文祥奏请两宫皇太后垂帘听政。《清史稿·文祥传》记载：“十月，回銮，（文祥）偕王大臣疏请两宫皇太后垂帘听政。”命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝洌А⑽南槲蟪肌�
初三日，大行皇帝梓宫至京。
初五日，从大学士周祖培疏言“怡亲王载垣等拟定‘祺祥’年号，意义重复，请更正”，诏改“祺祥”为“同治”。“同治”含义可做四种诠释：一是两宫同治，二是两宫与亲贵同治，三是两宫与载淳同治，四是两宫、载淳与亲贵同治。
初六日，诏赐载垣、端华在宗人府空室自尽，肃顺处斩，褫景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛职，穆荫发往军台效力。据记载：“将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。”
初九日，载淳在太和殿即皇帝位。
二十六日，礼亲王世铎奏遵旨会议并上《垂帘章程》。懿旨：依议。于是，皇太后垂帘听政之举，舆论已经造势，章程亦已制定。
十一月
初一日，同治奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。垂帘听政之所设在大内养心殿东间，同治帝御座后设一黄幔（初为黄屏），慈安皇太后与慈禧皇太后并坐其后。恭亲王奕立于左，醇亲王奕立于右。引见大臣时，吏部堂官递绿头笺，恭亲王奕接后，呈放在御案上。皇太后垂帘听政，这在中国历史上，既是空前的，也是绝后的。在这里附带说一点。慈禧本来没有文化，但她注重学习。两宫太后命南书房、上书房师傅编纂《治平宝鉴》，作为给两宫太后的教科书，仿照经筵之例，派翁同龢等定期进讲。后来慈禧也能批阅奏章，但常有语句不通和错别字之处。
这次政变，因载淳登极后拟定年号为祺祥，故史称“祺祥政变”；这年为辛酉年，又称“辛酉政变”；因政变发生在北京，又称为“北京政变”。其时，“辛酉政变”的三个主要人物——慈安皇太后25岁，慈禧皇太后27岁，恭亲王奕30岁。
“辛酉政变”取胜的直接原因是：
第一，两宫皇太后和恭亲王奕，抓住并利用官民对英法联军入侵北京、火烧圆明园的强烈不满，对“承德集团”不顾民族、国家危亡而逃到避暑山庄的不满，而把全部历史责任都加到顾命八大臣头上。也把咸丰皇帝到承德的责任加到他们头上。从而两宫皇太后和恭亲王奕取得政治上的主动，争取了官心、军心、旗心、民心，顾命八大臣则成了替罪羊。
第二，两宫皇太后和恭亲王奕，利用了顾命大臣对慈禧与奕的力量估计过低而产生的麻痹思想，又利用了帝后虽是孤儿寡母，却掌握“御赏”、“同道堂”两枚印章——顾命大臣虽可拟旨不加盖这两枚印章却不能生效，两宫太后与奕可由大臣拟旨加盖这两枚印章便能生效的有利条件。
第三，两宫皇太后和恭亲王奕，抢占先机，先发制人，没有随大行皇帝灵柩同行，摆脱了顾命大臣的控制与监视，并从间道提前返回，利用自七月十七日咸丰死，到咸丰灵柩运到皇宫，其间74天的充分时间，进行政变准备。原定九月二十三日起灵驾二十九日到京，因下雨道路泥泞，而迟至九月初三日到京，比原计划晚了4天。两宫太后于二十九日到京，三十日政变，时间整整差了3天。这为她们准备政变提供了时间与空间，打了一个时间差与空间差。
第四，两宫皇太后和恭亲王奕，意识到并预感到：这是他们生死存亡的历史关键时刻，惟一的出路就是拼个鱼死网破。慈禧曾风闻咸丰帝生前肃顺等建议他仿照汉武帝杀其母留其子的“钩弋夫人”故事，免得日后皇太后专权。这个故事，《汉书·外戚传上》记载：汉武帝宠幸钩弋夫人赵婕妤，欲立其子，以“年稚母少，恐女主颛（zhuān）恣乱国家”。赵婕妤遭汉武帝谴责而死。汉武帝临终前，立赵婕妤子为皇太子，以大司马、大将军霍光辅少主，是为汉昭帝。但是，咸丰帝没有像汉武帝那样做，而是用“御赏”和“同道堂”两枚印章来平衡顾命大臣、两宫太后之间的关系，并加以控制。结果，这两枚印章被两宫太后所利用，打破了初始的权力平衡结构。
“辛酉政变”是君权与相权的一次大的冲突，表现了两宫皇太后和恭亲王奕的聪明才智。它的重大结果是清朝体制的一大改变。经过“辛酉政变”，否定“赞襄政务”大臣，而由慈安皇太后与慈禧皇太后垂帘听政，这是重大的改制。“辛酉政变”后，恭亲王奕为议政王，这是当年睿亲王多尔衮辅政的再现。但有一点不同：既由帝胤贵族担任议政王、军机大臣，又由两宫太后垂帘听政。这样皇权出现二元：议政王奕总揽朝政，皇太后总裁懿定。这个体制最大的特征是皇太后与奕联合主政，后来逐渐演变为慈禧独揽朝政的局面。随之产生一个制度：领班军机大臣由亲贵担任，军机大臣满洲两人、汉人两人。在同治朝，大体维持了这种五人军机结构的局面。
“辛酉政变”就满洲贵族而言，主要是宗室贵族同帝胤贵族的矛盾与拼杀。两宫皇太后特别是慈禧皇太后，主要利用和依靠帝胤贵族，打击宗室贵族，取得了胜利。
同治帝载淳（5）
同治皇帝在辛酉政变后，内有两宫皇太后垂帘听政，外有议政王奕主政，从而开始了同治新政。
同治新政
同治朝遇上了难得的历史机遇：在国内处于“太平天国”与“义和团”两次重大社会动荡之间，在国际处于英法联军与八国联军两次入侵之间，如同处在两次大风暴中间的缓冲期。同治之前的道光、咸丰，之后的光绪、宣统，都没有这样的有利条件。这就给同治朝实行新政提供了难得的机遇。日本明治维新也正在此时。两宫太后垂帘听政、议政王奕主持政务，互相配合，推行新政。在奕集团的主持下，新政的主要措施是：成立总理衙门、设立同文馆、办新式学校、派人出洋、办厂开矿、修筑铁路等，实行学习西方近代化举措，开始走向开放、进步。
（一）设立总理衙门。全称为总理各国通商事务衙门，一般称作“总理各国事务衙门”，于咸丰十年（1861年）十二月初十日正式批准成立。它的实际职能是总揽新政的中央政府机构，是面对世界局势、完全创新的机构。它不仅掌管清廷与各国间的外交事务，而且包括对外贸
易、海关税务、边疆防务、海军建设、新式工矿业，以及建新式学校、兴修铁路、矿务等，实际上它相当于清廷的内阁兼外交部。这是二千年来第一个专门处理外事的中央机构。总理衙门由亲王一人总领，实为首席大臣，其他大臣从军机大臣、大学士、尚书、侍郎等中指派充任。下设独立公所，计有英、法、俄、美和海防五股等机构。其中，俄国股，兼理俄、日两国外交事务；英国股，兼理奥地利交涉事务；美国股，掌办对美、德、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙各国交涉事务；法国股，兼理法国、荷兰、西班牙、巴西各国交涉事务；后设海防股，掌管南北洋海防等。总理各国事务衙门的主旨是办理同西方关系事务，创办近代化事业，它的出现是中国走向近代化的一个标志。随之，设立驻外使领馆。
（二）出洋考察。西方国家两次破门而入，清朝才被迫开门而出。中国走向世界，世界也走向中国。汉、唐盛世时，中国没有人走出过亚洲，法显和玄奘“取经”的“西天”，是印度而不是欧洲。明朝的郑和下西洋也没有到欧洲。清朝向西洋考察，开始于同治五年（1866年）。这年的春天，总税务司赫德要回国结婚，向奕请6个月假，顺便建议清政府派人到西方去考察。这正合奕的心意，于是上奏请派员出国考察并获准，从而有了清政府派斌椿等人走出国门的破天荒事件。
斌椿，《清史稿》无传，旗人。当时官员们对出国考察都不愿去，也不敢去，而63岁的斌椿报名应征。亲朋故旧以“云风险涛”相劝止，甚至有人以苏武被扣匈奴相告诫，但他决心亲自一试。斌椿是既受政府派遣、又为政府官员中赴西欧考察的“东土西来第一人”。同治五年（1866年）正月二十一日，斌椿率三名同文馆的学生及自己的儿子广英（为照顾其父同行），离京从上海乘轮船出洋，经过一个月零八天的航程，到达法国马赛。他在欧洲游历110多天，访问了法、英、荷兰、丹麦、瑞典、芬兰、俄国、普鲁士、挪威、比利时等国，于九月十八日回到北京。斌椿写出《乘槎（chá）笔记》，第一次记录下亲眼所见诸如火车、轮船、电报、电梯、机器印刷、蒸汽机、摄影、起重机、抽水机、显微镜、幻灯机、纺织厂、兵工厂等。还第一次参观并记述了欧洲博览会、芭蕾舞、大英博物馆、国家议院、近代报社、高等学院，以及法国的凡尔赛宫、凯旋门等。他看到了西方近代的科技与文明。
（三）培养洋务人才。开办外国语学校、实业学堂、近代军事学校、派遣留学生等。同治朝新式学校最早者是京师同文馆。从京师八旗子弟中选出10名学生，教员则由英国教士包尔腾担任。同文馆除了聘请洋人教授外语，还请徐树琳教授儒家经典。当时的工薪，汉文教员年薪100两，外国教师年薪1000两。同文馆学生膳食、文具全由政府承担，每月另发10两津贴。月课合格者奖银32两，季考合格者奖银48两，岁试及格者奖励72两。若三次考试都及格，共得奖银152两，加上每月津贴，每年得银272两。后奕请在同文馆开设“天文”、“算学”馆，“采西学”、“制洋器”，引起了京师内外的轩然大波。有人说：学“西技”是“舍本求末”，讲“气节”才是“强根固本”。也有人认为：设立同文馆将使中国传统丧失，令中国官员士子向外人学习技艺，不仅是一大耻辱，而且将使中国“变而从夷”。京师流传出一副对联：“鬼计本多端，使小朝廷设同文馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类师”。于是传称奕为“鬼子六”。前门外墙壁上出现“揭帖”，上写：“未同而言，斯文将丧”，此帖里嵌着“同文”二字，讽刺设立同文馆，中国将丧失传统文明。候补直隶知州杨廷熙呈递条陈道：“西学”乃“西洋数千年魑魅魍魉横恣中原”之学，请洋人为教员将使“忠义之气自此消”，“廉耻之道自此丧”。有人将当年春旱，渲染为“天道示警”，攻击是奕等人倡行“西学”而致，乃纷纷上折，要求同文馆停止招考。更严重的是，大学士、同治皇帝的师傅倭仁也上书反对。他认为：“立国之道，尚礼义不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。”又说：“古往今来未闻有恃术数而能起衰振弱者。”认为不必向外国学，以中国之大，“必有精其术者”。奕等递上驳斥倭仁的奏折：仅尚空谈，不切时务，中国将愈益落后。英、法皆小国，却几次打败中国，所恃者正是科学技术。朝廷一味因循敷衍，才一败再败。并请倭仁保举“精其术者”。倭仁保举不出人才，只好退让。由于两宫皇太后态度明朗，使攻击同文馆招生之风被压下去。然而同文馆的招生受到很大影响，原报名者98人，但参加考试者仅有72名，其中30人是为了有优厚奖学金而报考。半年后只余下10名学员尚能跟上学业，遂与原来在馆的八旗子弟合为一班。后在上海、广州也开设了类似的学校，招收满、汉子弟入学，只开设外语课，请美国人做教师。同文馆后来聘请美国人丁韪（wěi）良为总教习，开设化学、数学、天文、物理、国际法、外国史地、医学、生理学、政治经济学等课程，毕业年限改为8年，至此同文馆初具一所综合性高等学府之规模。作为第一所近代学堂开办起来后，它带动了其他近代学校的出现。该校在光绪二十八年（1902年）并入京师大学堂。它培养了一大批通“西学”的人才，其中仅驻外公使就培养出28人。
同治帝载淳（6）
同治朝开设的新式学校，还有江南制造局附设的机械学堂、福州船政局附设的船政学堂等。福州船政学堂又称“求是堂艺局”，是同治五年（1866年）由左宗棠主持福州船政局时附设。这所学校是近代较早开设的一所以学习自然科学为主的新式学校，同时又有军事学校的性质，以培养海军和造船人才为目的之一。
（四）派留学生出国。同治十一年（1872年），首批30名“幼童”奔赴美国留学，史称“幼童出洋”。同治年间留学之风兴起，与容闳（hóng）分不开。容闳（1828～1912年），广东香山（今中山）人，道光二十一年（1841年）入澳门马礼逊教会学堂读书，家长想让他学成后做买办。后该校教员、美国人布朗回美国时，容闳随他去了美国，成为近代早期留学生之一。他在美国先读中学，后入耶鲁大学，攻读4年，于咸丰四年（1854年）获该校文学学士学位后回国。同治九年（1870年），曾国藩任直隶总督，容闳为其幕僚和译员。他多次向曾国藩建议派遣留学生出国学习。同年，清政府批准了曾国藩等上奏派留学生的章程，决定派遣120名十二三岁幼童去美国留学，学习期限为15年，在上海成立留学出洋局管理此事。后以陈兰彬、容闳为正副委员，常驻美国，经管留学生事务。幼童留学生年龄一般在12～16岁，出国前在上海培训。因为当时风气未开，招生工作极难进行，幼童父母都不愿把孩子送到遥远的大洋彼岸去。如詹天佑，他的邻居在香港做事，向其父介绍留学招生一事，并劝他送詹天佑报名。但其父要儿子走科举正途，而不愿意出去留学。这位邻居再三说明去美国留学比科举进士有出息，并提出如果詹天佑去美国留学，就把女儿许配给他。他父亲才愿送子出国，当时詹天佑才12岁。后来詹天佑学成回国，修筑京张铁路，建滦河大桥，称著于世。幼童先受预备班半年教育，学习简单的英语，了解美国情况。学校要求极严格，学习差的经常受体罚，幼童们都很努力，完成了预期学业。同治十一年（1872年）夏，经过考试选拔，第一批幼童30名，在上海乘轮船出洋。从同治十一年到光绪元年（1875年），每年出国一批，每批30人，共有四