之为建武将军，“配给资力以防之（诸葛长民）”。
安帝义熙八年（412）冬十月，刘裕以王镇恶为前锋，授其轻船百艘。临行前，刘裕告诫王镇恶：“若贼可击，击之；不可击，烧其船舰，留屯水际以待战。”
王镇恶乃苻坚名臣王猛之孙，自是计谋多端。他首先派人烧掉刘毅在江津的大小船只，自率步卒全船上岸，直奔江陵城杀来。半路，有人问兵将何人，王镇恶均遣人说是刘兖州（刘毅）亲军。因此，一路之上没有任何惊扰和阻挡。
离城五六里远，刘毅亲信将领朱显之正好带兵要去江津，与王镇恶军打了个照面后，心起怀疑，问：“刘兖州何在？”
王镇恶军士回答：“在后面。”
朱显之心疑，径直策马向后军赶，却不见刘毅影踪。同时他发现这些兵士皆携带攻城器械，鬼鬼祟祟。远望江上，江津船队燃烧的大火正烧红半边天。大叫一声“不好”，朱显之掉转马头奔回城里向刘毅报告，并下令关闭各个城门。
王镇恶和他手下兵士跑得也不慢，几乎是和朱显之同时疾驰入城，因此江陵诸城门未及落闸，王镇恶军已经冲入。几番恶战，刘毅退入牙城，仍与司马毛修之等督士卒力战。刘裕送与刘毅的诏敕及赦文，刘毅看都不看，均立时烧毁。
刘毅手下有不少建康士兵，而进攻的台军（都城卫戍军）与这些人中不少都是中表亲戚，“且斗且语”，双方一面格杀一面交谈，才知此次刘裕本人真的是率军亲来，“人情骇散”，渐渐不支，傍晚时分，刘毅听事厅前的卫兵已散败而去，勇将赵索也阵亡。
刘毅的亲兵仍旧忠于职守，“犹闭东西阁拒战”。半夜，毛修之由于先前与刘裕有私交，知事不济，自己带人逃走。刘毅自率几百兵士，也从北门突围，一路与王镇恶兵士勇斗，杀伤殆尽，至江陵城北二十多里的牛牧佛寺时，身边已无一个从人。
刘毅紧拍寺门，要入内躲藏。寺僧隔着门缝表示拒绝，说：“从前我师傅收容了逃跑的桓蔚，被刘卫军（刘毅）下令杀掉，现在，我们实在不敢收留陌生人。”
七年之前，刘毅平灭桓氏，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。
刘毅愣了半天，叹道：“为法自弊，一至于此！”眼见逃藏无地，刘毅在寺门边找了棵歪脖树，自缢而死。转天早晨，有人发现刘毅尸体。人死罪不免，刘毅尸身仍被抬入江陵市内，斩首示众，兄弟子侄皆伏诛。
刘裕至江陵后，宽租省调，节役原刑，礼辟名士，至使“荆人悦之”，又打又拉，体现了政治家一贯的伎俩，成效不错。
“处理”了刘毅，刘裕下一个“惦记”的目标人物就是督豫、扬等六州诸军事、留守建康的诸葛长民了。
诸葛长民是琅琊人，“有文武干用，然不持行检，无乡曲之誉”。桓玄时，曾引用他为“参军平西军事”，不久就因贪污险些被罢免。刘裕等人伐桓玄，诸葛长民因为怨恨之故，踊跃相从，事成后被封为辅国将军。后来，诸葛长民又率众击败桓歆，其部下又击退慕容超于下邳，应该说是个具有相当军事谋略的小人。
刘裕伐刘毅，诸葛长民居中用事，骄纵贪侈，不恤政事，四处纳财收贿，家中美女珍宝无数，大营宅第，残虐百姓。由于所行多不法，诸葛长民很怕刘裕日后会纠劾他的罪行，其弟辅国将军诸葛黎民也劝说：“刘毅宗族覆亡，我们诸葛家也要有准备啊。趁刘裕未还建康，应该先发制人才好。”
本性贪财之人，拥易舍难，诸葛长民思来想去，犹豫不决，叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日欲为一布衣百姓，岂可得乎！”
私下里，诸葛长民修书给冀州刺史刘敬宣，表示要“共图富贵”。刘敬宣是名将刘牢之之子，一直做人小心谨慎，回书婉拒，并把诸葛长民写信给自己的事向刘裕汇报。刘裕闻之，更坚定了对诸葛长民的诛除之心。
为了试探周遭反应，诸葛长民趁上朝办公的时候，假装无意，问刘裕亲信刘穆之：“外边纷纷传言刘太尉和我有过节，是真的吗？”
刘穆之何其聪明，冷静答言：“太尉率军征行，把老母弱弟留在京城，托付给您，如果他对您有二心，能这样做吗”？
诸葛长民闻言，稍稍心安。即使如此，他仍是忧心忡忡，常对左右讲：“昔年醢彭越，前年杀韩信（喻指刘毅被杀），估计快轮到我了！”
刘裕确实也很害怕诸葛长民在建康先发制人，诸如挟持安帝、以自己家属当人质什么的，便制作各种假象拖延归期。同时，他又命军队、辎重日夜兼行，先返回建康候命。听说刘裕要旋师，诸葛长民等朝中百官好几天都从早至晚在城郊外的驿亭等候。刘裕怕中埋伏，迟迟不露面。深夜时分，刘裕得知属下大军已经布满建康城，于是连夜乘轻舟由水路急达建康，潜入东府。
转天早晨，忽然听说刘太尉已在府署办公，诸葛长民又惊又怕，赶忙亲自前往东府拜见。
刘裕见到诸葛长民，像没事人一样，笑谈如平日，命人大张宴席，两人在密室纵谈痛饮极欢。本来十二万分紧张，如今见刘裕如此友好地对待自己，诸葛长民终于把心放在肚子里，猛灌美酒，不停地搜索枯肠，找好听虚美的词语夸赞刘裕。数杯过后，诸葛长民站起来，刚刚要进新谀之语，早已埋伏好的刘裕卫士从背后一根绳子紧勒住这位爷的脖子。刘裕仍坐于原处，边饮酒，边笑看诸葛长民蹬腿摇手、舌突睛出的恐怖死状。
杀掉诸葛长民后，刘裕立刻派人干掉了诸葛长民的几位兄弟，斩草除根。大弟弟诸葛黎民“骁勇绝人，力斗而死”；小弟弟诸葛幼民逃于深山，仍被人告发擒斩。
金戈铁马气吞万里如虎从头收拾旧河山（1）
从头收拾旧河山——刘裕北上灭后秦
公元405年（安帝义熙元年），益州将侯晖等人趁东晋内乱之际，拥当地大族谯纵为主，称成都王，割据一方。谯纵称王后，又向后秦姚兴称臣，联合桓玄堂兄桓谦，不停进袭东晋，给荆楚之地造成很大威胁。
刘裕在击灭刘毅之后，立刻就破格提拔大将朱龄石，发大军自外水取成都，又发疑兵佯攻内水，使谯纵分兵弱势。公元413年（安帝义熙九年）6月，晋军攻破成都，谯纵走投无路，自缢而死。至此巴蜀皆平，重归东晋所有。
大胜连连之际，刘裕做事更加无所顾忌。宗室司马休之在荆州上流之地，“颇得江汉人心”，其子谯王司马文思在都城建康又“性凶暴，好通轻侠”，引起刘裕的忌心，派廷尉审验，杀掉司马文思的手下，并把司马文思执送给司马休之，意思是想让司马休之在江陵治所杀掉司马文思。毕竟是自己亲生骨肉，司马休之只是上表要求废掉司马文思谯王的封号，向刘裕写亲笔信道歉而已。刘裕“不悦”，于公元415年初在建康杀掉司马休之次子司马文宝、侄子司马文祖，发兵进攻江陵。
司马休之毕竟是宗室，立刻起兵抵拒，雍州刺史鲁宗之等人也起兵响应。刘裕初战不利，女婿徐逵之以及数位亲信大将战死，迫使他自己不得不亲自出面，于四月率大军渡江，一战大败司马休之四万军队，攻克江陵。无奈之余，司马休之父子以及鲁宗之等人逃往后秦依附姚兴。
至此，东晋国内再无与刘裕抗衡之人。朝廷下诏，授刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，并封刘裕第三子刘义隆为公爵，以刘裕之弟刘道怜为荆州刺史。
安帝义熙十二年（416）三月，后秦皇帝姚兴病死，太子姚泓继位，主懦国疑，终于让刘裕盼来了北伐平秦的最佳历史时机。
后秦皇帝姚兴，字子略，羌人，自太元十九年（394）即位起，共为帝二十二年。姚兴之父姚苌，是中国历史上人品最差的帝王之一。当年苻健开国不久，其大将苻黄眉杀姚襄后，俘姚苌，准备立时斩杀，幸亏当时同为大将的苻坚解劝，留姚苌一命，并以公侯之礼下葬了姚弋仲、姚襄父子，待姚苌可谓仁至义尽。淝水大败后，姚苌以怨报德，雪上加霜，不仅趁乱起兵反叛，最终还把苻坚大帝缢死于新平佛寺，十足缺德带冒烟。
姚苌晚年，常于宫中梦见苻坚率鬼兵来抓他，大半夜满宫殿乱跑，被卫士当成妖人，挺矛刺中阴部，流血不止。虽经包扎稍有好转，阴部感染，阴囊肿得像个大西瓜。死前，姚苌一直跪伏于床，不停向半空叩首，连连称：“臣苌，杀陛下者兄（姚）襄，非臣之罪，愿陛下饶臣一命。”
姚苌虽缺德，其子姚兴却是中国历史上少有的仁德帝王（当然，史臣以其非正朔）。
姚兴即位后，平灭苻登，大定关中，彻底清除了前秦残余势力。姚兴以儒兴国，劝课农桑，收用贤士，广纳善言。公元399年夏，由于当时国内天灾频频，姚兴做出自降帝号之举，这也是中国历史上少有的事情。同时，他礼敬宗室，惩治腐败，交好邻国，也曾作出一次割十二郡给东晋的友好举动。作为帝王，姚兴“车马无金玉之饰，后宫无纨绣之服”，十分勤俭廉平。而且，姚兴时代，也是佛教传入中国的一个高峰期，佛经翻译大师鸠摩罗什深为姚兴礼敬，“由是州郡化之，求佛者十室之九”。同时，姚兴的儒学教养已臻至境，是十六国帝王中具有极高修养和个人品德的佼佼者。
可喜而又可悲的是，帝王只要一有书生气，就缺乏大政治家的残忍和果于诛杀的气度，宽容过了头，有时就是给自己培养掘墓人。南凉的秃发傉檀、北凉的沮渠蒙逊、大夏的赫连勃勃、西秦的乞伏乾归等人，都因姚兴的宽宏捡得一命，狼子野心，脱逃即叛，纷纷反目成仇，竟也能从姚兴手下变出四个国家来。
姚兴晚年，也犯了那种柔仁帝王最易犯的致命错误，容忍阴谋夺嫡的儿子姚弼，差点酿成宫廷大祸。虽然最终姚泓嫡子继位，但所托非人，柔懦寡断，诚非乱世拨乱之主。
姚泓，字元子，“孝友宽和，而无经世之用”，这样一个柔懦的老好人，不幸生于十六国大伪乱世，他的出生就是个错误，坐帝王之位更是个天大的不幸。姚泓身上孝服还没有脱，后秦国内一片乱起，先有哥哥姚愔想夺皇位，后有弟弟姚懿、姚恢想杀他自代。赫连勃勃刚刚抄掠数郡满载而归，南面的刘裕又统大军气汹汹地杀来。“屋漏偏遭连夜雨”，姚泓日日紧锁愁眉，没享受过一天称王为帝的快感，只感“茫茫来日愁如海”。
刘裕伐秦大军，共有四路人马。目的地为许昌、洛阳的一路由王镇恶、檀道济所统领。目的地为武关的一路，由沈田子、傅弘之两人统领；水路两军，一路由沈田子、刘遵考由汴水经荥阳石门入河，为王、檀辅军；另一路由王仲德率领，由桓公渎自泗水入清、济，然后自清入河。刘裕本人后来也是经由王仲德军队的路线往前方推进的。
王镇恶、檀道济皆是能将，手下兵精粮足，一气攻拔项城、许昌等地，“诸屯守皆望风款附”。洛阳姚洸不听人劝，没有固守金墉，直搏晋军兵锋，几路大败，最终不敌，献城出降。
克复洛阳，刘裕更觉自己功高盖国，便派其左长史王弘还建康，“讽朝廷求九锡”。留守京师的刘穆之本是刘裕心腹，见到主公此种赤祼祼的篡位前举动，也“愧惧发病”，卧床不起。晋廷当然只能照办。安帝义熙十三年（417）年初，晋廷下诏，以刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王之上。“（刘）裕辞不受”。权臣就是会演政治戏，只是伸出一只触角，看看朝廷内外上下的反应而已。
当初，刘裕闻知卢循进逼建康，他从广固得胜归来途中，即有向朝廷索取太尉黄钺的举动，其属下大将朱龄石提兵伐蜀，形势未明朗之前，刘裕也曾向朝廷要加自己为太傅并总镇扬州。现在，伐秦未见其果，刘裕又试探朝廷加自己“九锡”，足见这个市井出身的大赌徒狡诈雄豪的一面。刘裕种种举动，如在正常朝代，朝臣们早就喧哗怒骂，以其为不忠不义，挟威自重，谋逆不道。但在当时，晋室已失人心，傻子皇帝木偶人一个，大家知道忠于晋室没有任何好结果，“人好逸而不惮劳，人好生而不畏死”，文武将士之所以不知疲倦地随刘裕东征西杀，都是想攀龙附凤，贪图立功于新朝，因此，刘裕权位愈重，他们的希望就越大。有此依恃，刘裕本人也就日益“胆大妄为”。
王仲德方面，东晋水军由清河入黄河，北魏滑台守将尉建竟然吓得连箭也不发一枝，弃城狂逃。晋将得便宜还卖乖，占领滑台后对外宣称：“我们本来想给魏国七万匹布帛借道伐秦，谁想到滑台守将弃城跑掉啊！”魏主拓跋嗣闻讯大怒，派兵济河，把尉建斩于军前，投尸河中，并质问晋军为何侵占魏国城池。
晋军当时不想与魏国为敌，多添仇家，便说等平秦后马上归还。太尉刘裕也假装卑词下意，表示：“洛阳，晋之旧都，一直为羌人所据，我们晋军来此只想进据洛阳修复陵庙。而且，秦人一直收留晋朝叛将，与晋为患，现在我们是借道伐秦，实不愿与魏国为敌。”
外交辞令虽然漂亮，晋、魏两国仍剑拔弩张，各怀鬼胎，密切关注对方的一举一动。
安帝义熙十三年（417）二月，刘裕从彭城出发，自引水军亲自参加北伐战争。
王镇恶、檀道济等人已合兵于潼关，对姚绍守军展开猛攻。姚绍是姚泓叔父，有谋善战，采取固守坚城的方法，希望孤军深入的晋兵兵老城下。同时，他又派大将姚鸾出兵切断晋军粮道，不料，姚鸾偷鸡不成失了脑袋，自己反被晋军偷营，数千秦兵连同主将一起被杀。
刘裕水军入清河后，将溯黄河西上，为避免与魏军摩擦，就假装客气，遣使魏国，表示要借路，姚泓窘急，后秦与北魏又有姻亲关系，忙遣使求魏国发救兵。
魏国君臣议事，大臣崔浩表示说：“姚兴已死，姚泓懦弱，刘裕乘危伐人，其志必取。如果我们遏止其军，刘裕心生愤恨，上岸北侵，我们魏国就是代秦受敌。现在，柔然在北侵扰，民又乏食，如果与刘裕开战，南北顾此失彼，不如听任刘裕西上，然后屯兵以塞其东。如果刘裕取胜，会因我们借道给他心存感激；如果刘裕战败，我们又有救秦之名，趁其撤退时还可攻击取利。”
拓跋嗣不听，以司徒长孙嵩督山东诸军事，遣振武将军娥清和冀州刺史阿薄干率步骑十万屯黄河北岸，以待晋军。
金戈铁马气吞万里如虎从头收拾旧河山（2）
刘裕水军入河后，见魏军沿河活动，也深感忧虑。王镇恶等人告急的使人来，他打开船窗，指着河边的魏军说：“我告诉你们攻克洛阳后等大军齐至才进攻，现在轻易进兵，又多出魏国敌军，我又该怎么分兵布将！”
气恼归气恼，岸边鬼魂一样的魏军不搭理还不行。他们一路随行，在北岸一直跟着刘裕的船队走。晋兵凡有小船因大风漂浮到北岸的，尽被魏兵箭射枪捅，一个不剩。刘裕派军去追，晋军刚上岸，北魏骑兵马快，登时跑个没影。晋军撤回到船上，魏军就又冒了出来，继续跟着船走。
五月间，