不几日，两宫太后发布懿旨，对以奕訢为首的从中央到地方的全部洋务派高级官员的成绩提出嘉奖，表示朝廷对大兴洋务的支持。洋务派人士士气高昂。
然而奏折中提出的聘请外国教习和让翰林院的编修、检讨、庶吉士们也入馆演习，触动了当时顽固守旧势力的神经。同治六年正月二十九日（3月5日），山东道监察御史张盛藻的一封上疏引起了轩然大波。他认为，科学是不值一提的“技巧”，让科举正途出身的士人去拜洋人为师、学西学，那是污辱“斯文”；朝廷要自强，只要政治贤明、注重练兵筹饷，加之臣民具有“气节”就可以了。
这一在奕訢等洋务大员看来是荒谬可笑的说法其实代表了大多数封建士大夫的心声。正二月间，京城迅速流传着各式攻击奕訢的联语、纸签，其中最著名的一条是：
鬼计本多端，使小朝廷设同文馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类为师。
奕訢“鬼子六”的绰号由此而来。
国内顶尖的理学大师、同治帝的老师兼内阁大学士的倭仁更是洋洋洒洒千言，从传统的治国思想出发，称“立国之道，尚礼仪不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺”，并将科学等同于中国古代的神秘诡谲的“术数”，认为中国知识分子向西方学习、拜洋人为师无异于一大耻辱，反对这种“变而从夷”之事。
张盛藻的话可被驳斥，但倭仁的话不能不引起两宫太后的重视。慈安、慈禧特旨召见了倭仁、徐桐和翁同龢，询问为何反对设馆，三人未能给个很好的解释。慈禧很是不悦。但京师前门又出现了贴纸：
未同而言，斯文将丧；孔门弟子，鬼谷先生。
道出了顽固守旧势力对教育改革的恐惧心理。同文馆的设立，无疑是敲响了封建士人的丧钟。两宫太后将倭仁的奏折交由总理衙门评议。
奕訢主持下的总理衙门毫不客气，痛驳倭仁等人不识时务的论调。称改革是大势所趋，若不改革，近些年尚可苟安，而数十年之后则中国几无御敌之能力。并援引洋务重臣的话：坚船利炮均由科学而来，中国要自强，必须本末兼学；而招收学员习西学，正是为了“读书明理”、“存心正大”，抵抗洋人。倭仁若真正讲“气节”、讲卧薪尝胆，就应该支持改革。奏折最后，奕訢故意将倭仁一军，请旨饬令倭仁立即“酌保数员”，并“另行择地设馆，由倭仁督办讲求”，与同文馆“互相砥砺”。否则“仅以忠信为甲胄，礼义为干橹等词”，而称“可折冲樽俎，足以制敌之命，臣等实未敢信”。
奕訢他们知道，倭仁的保守思想和言论是得到守旧的满族贵族、官僚士绅和许多八股士子拥护的。但为了振兴国家，他们不惜冒天下之大不韪，上折阐明变法思想和变法的决心，字里行间充满了发愤图强的意志。果然，上谕发抄之后，卫道士们哗然，倭仁更是啼笑皆非，无言以对，只好向朝廷回奏，称自己“意中并无精于天文算学之人，不敢妄保”，恳求朝廷撤回以前的奏议，不再反对设馆和聘请外籍教师授课。
第十三章 力排万难办洋务（4）
奕訢并未就此罢休，他再给倭仁出个难题，希望他能换换脑筋。奕訢奏请太后准许倭仁在总理各国事务衙门行走，要他直接参与为其所深恶痛绝的“洋务”活动。这可急得倭仁食难下咽，夜不安枕，急忙找来徐桐、翁同龢商量对策，决意辞去这“不光彩”的职务，并想告假归里。倭仁屡疏恳辞，奕訢再三驳斥，致使倭仁无法申辩，只好硬着头皮走马上任，“中途故坠马，遂以足疾请假”。
这场斗争，使顽固派的气焰有所收敛。然而一波刚平，又起一波。这年恰逢华北天气一直干旱不止，京师又突现疫情，顽固派乘机反扑，将此天灾人祸来比附洋务派的改革，大肆渲染是他们的改革触怒了天意。并由候选直隶知州杨廷熙呈递条陈，详述其事。这份奏折是洋务派和顽固派思想分化的集中体现，是继倭仁之后顽固势力对改革的又一次明目张胆的阻挠。
慈禧看后非常生气。立即命军机处起草上谕，驳斥杨廷熙的上谕，并于同日发往内阁。措辞严厉，痛诋倭仁等人的守旧主张，旗帜鲜明地站在了洋务派一边，表现了对洋务运动的完全的支持。这份上谕也是对数月来关于是否添设天文算学馆，学西学，办洋务的大辩论的一个总结。
对倭仁，慈禧又专拟一上谕：
“倭仁奏病未痊愈，请开缺调理一折。倭仁不必给假，一俟气体可支，即以大学士在弘德殿行走。其余一切差使均著无庸管理。”
倭仁见此折后，大舒一口气，终于可以不到自己讨厌的总理衙门上班，不同洋鬼子打交道了。这个老夫子也终于告饶了。
奕訢和慈禧通力合作，配合默契，坚决抵制顽固守旧势力，保证了变法的顺利进行。与倭仁等相比，风华正茂的奕訢和慈禧表现出对新生事物的兴趣和干一番事业的决心是不足为奇的。在慈禧和地方大员的积极支持下，洋务运动终于得以较为顺利地开展。一些新生事物逐渐出现在中华大地上。
1861年，在安庆，第一座军火厂安庆军械所成立。
1862年，在天津，编练第一支近代陆军；在北京，设立第一所翻译学校京师同文馆。
1865年，在上海，第一座大型兵工厂江南制造总局成立。
1866年，在福州，第一所近代海军学校福州船政学堂成立；在福州马尾，第一座造船厂福州船政局成立；同年，第一个欧洲政府考察团出洋考察十余国。
1868年，第一个巡回大使团出国。
1870年，开始筹建中国第一支近代海军——北洋水师。
1876年，建成第一条铁路吴淞铁路（不久又被拆毁）。
1877年，第一届赴欧海军留学生出洋；第一座煤矿台湾基隆煤矿成立，同时开平矿务局在天津成立。
1879年，第一座电报线北塘至天津40英里电报线架设成功。
1890年，上海机器织布局正式开工。
前期以“自强”为目的，洋务派创办了一批近代军事工业；后期以“求富”为旗帜，为解决军事工业在资金、燃料、运输等方面的困难，又创办了一批近代民用工业，包括工矿业和运输业等。这场运动是在与顽固守旧势力的斗争中进行的，虽说是一场地主阶级的自我改革运动，却带有鲜明的资本主义倾向，是衰朽王朝显露出的一线生机、活力和希望。这种变革图强御侮的爱国主义精神是值得肯定的。
第十四章 整顿吏治的矛盾（1）
同治元年，正逢三年一度的京察，这是新政权产生之后的第一次京察。所谓京察，就是由吏部对京官的政绩进行考核，然后根据官员的考核结果决定官员的升降去留。奕訢认真领导了这次京察，并借此大刀阔斧地进行了一次吏治整顿。
其实，整顿吏治的工作早在政变成功之初就已经开始。那是咸丰十一年十一月二十六日（1861年12月27日），夜色渐沉，忙碌了一天的奕訢从军机处回到恭王府。刚到家，传报兵部满侍郎庆英求见。庆英先是吞吞吐吐地说了些闲话，然后从怀中取出两大包金子，恳求奕訢收下。身为堂堂议政王的奕訢，大权在握，眼里只有天下，怎么可能把区区两包金钱放在眼里，于是坚持不受。庆英误以为奕訢之所以不收，是出于“无功不受禄”的意思，于是和盘托出来意。原来，他因在兵部挪用公款而被议罪，兵部拟给予降职二级处分，特请恭亲王在两太后前议政时“格外开恩”。
奕訢想，这个庆英，真是个官迷心窍。念其是为母亲治病而挪用公款，按律是应当革职的，官职降两级已属法外开恩了。一番劝导之后，无效，庆英依然长跪不起，恳求奕訢为他开脱。这下可惹恼了奕訢，他猛地站起身来，一只拳头重重地捶在了桌子上，声色俱厉道：“好你个庆英，如此处置，已经是格外开恩了，你不思图报，反而步步紧逼，要挟本王，真是太胆大妄为。快滚！”
庆英见王爷动怒，灰溜溜地逃离了恭王府。望着桌上的两包金子，奕訢陷入了沉思。嘉庆、道光以来，吏治日益腐败。当国的前有曹振镛、后有穆彰阿之流，只知招权纳贿，贪赃枉法，却不思为国分忧解难，致使外夷入侵，内匪作乱，大清江山满目疮痍。我大清已经失去了往日的强盛之势，以致用了近十年之功还未将那帮匪民镇压下去。这固然有刁民犯上的因素在里面，根本原因又何尝不是这些贪官污吏搜刮盘剥所致？目前剿匪当然是第一要务，但只是头痛医头、脚痛医脚之策，治本之道当为整顿时下盛行的官吏拖沓溺职、投机钻营、贿赂成风、骄横不法的风气，只有这样才能提高整个行政队伍的办事效率。想到此，一个构想在奕訢心中产生了。但是，他万万没有想到，正是自己制定的这个计划，砍掉了自己的股肱之臣，使自己与慈禧的矛盾浮出水面。
第二天，奕訢把庆英所为向两宫太后言明，同时把两包金钱呈上，并请求整顿吏治。慈禧应允了奕訢的提议，随即发布上谕，将庆英由降职两级改为革职，并交刑部严办。同时声称，新朝初立，积弊累累，朝野应当勤于政事，清廉为民。这年正逢三年一度的京察，也是新政权统治下的第一次京察，希望朝野百官密折上奏军机处，评判优劣。所有京察事宜，着议政王领军机处办理。
此谕一下，朝野震惊，大家心里明白，恭亲王可不是好惹的，此次京察怕是要动真的了。
不久，各地密折即如雪片般的飞向军机处。有人参劾直隶顺天府治蒋大镛收受贿赂，把持专权；大兴县知县白维贪劣不良，积案滥押；永清县知县王锡琦加征苛派，贪酷害民。奕訢派大学士周祖培前往查实，于是马上将这三位劣员一起革职，交刑部审讯。贵州田兴恕奏报：已经将官军内部侵吞军饷的副将廷胜、临阵脱逃的候补都司姚复钺、侵渔厘捐的候补府周钟秀军前正法。奕訢估计这种现象在军队是普遍存在的，随即通令各路军营，凡此等情弊，将着统兵大臣随时严查，按律惩办。从地方到军队，从汉族官吏到满族封疆大吏，一律毫不宽贷。
咸丰十一年（1861年）十一月十九日，满族大员、云贵总督福济被革职。原因是在西南少数民族起义之时，企图以叩谒咸丰帝梓宫、当面陈述军情为由，临阵脱逃。接着，又有满洲镶红旗人乐斌被革职充边。此人大略识些字，公事案例，阅之不甚了了，因善于结交当道，结党营私，一再升职，至陕甘总督。平素以吃酒看戏为事，奸占仆妇，宠信幕丁，捏报军功，滥行保荐，为数十年中所未有玩法营私者。经人弹劾，奕訢立即派吏部尚书麟魁和军机大臣户部尚书沈兆霖前往查实，即遭惩处。此外，陕西巡抚瑛棨、山西巡抚英桂也分别因剿捻不力而遭申斥和警告。
第十四章 整顿吏治的矛盾（2）
政变后不久开始的这些吏治整顿工作预示了这一次京察的严肃认真。
同治元年，京察自上而下进行。首先对包括议政王在内的全体军机大员和内阁大学士进行考评，然后是部院大臣。奖惩大权归于两宫皇太后。官声、成绩突出者，给以破格提升；安排年富力强者于重要岗位；对平庸衰朽者，勒令其退休。其中有相当数量的满族官员被勒令休职和降级。素食尸位的京官减少了，官员年龄普遍年轻化了，办事效率也提高了。在考察京官的同时，对地方官吏的考察也同时在进行，同样是品评优劣，赏罚分明。
就在奕訢大刀阔斧、雷厉风行地进行吏治整顿的同时，一场在奕訢和西太后慈禧之间隐藏的斗争已经展开了。
垂帘之初，奕訢以议政王的身份，总揽朝中大权，部院大臣遇事必先与议政王奕訢相商，惟奕訢意见是从，这一切，慈禧看得一清二楚。而奕訢“希冀垂帘其名，而实权归己”的心思，慈禧也当然不会不知道。权力欲极强的慈禧是不会听任奕訢的权力日益扩张、重演肃顺擅权局面的。只是大乱当前、“发捻横行”之时，尚需利用奕訢主持内外事务，所以慈禧一直隐忍未发，但她时刻都在监视着奕訢的一举一动，默默地窥伺着时机的到来，以图巧妙地削弱奕訢的势力。就在奕訢集中精力在内政外交方面大展宏图，力挽危局的之时，慈禧趁其不备，给予奕訢沉重一击，连折奕訢的两位股肱大臣：何桂清和胜保。
何桂清，云南昆明人，道光进士。历任翰林院编修、太仆寺少卿、太常寺卿、户部右侍郎、浙江巡抚、两江总督。1860年5月5日江南大营全军溃败，两江总督何桂清在常州主管饷事，拥兵自卫，坐视不救。陈玉成部进攻常州，何桂清见大事不妙，希图逃脱。先将其父亲和两妾秘密送至通州，然后张榜禁止常州市民迁徙，并封锁各城门。城内百姓见何桂清要逃跑，绅民耆宿数百人手执香烛赴辕门跪请何桂清留下共同抗敌。何桂清见出城受阻，遂令所率部队开洋枪扫射，民众死者十九人。何桂清逃亡苏州，苏州巡抚拒绝其进城并上疏奏劾，咸丰帝闻何桂清事后大怒，谕令革职严审。何声言借兵助剿，逃到上海，在继任江苏巡抚薛焕的庇护下，“高卧不行”。不久，英法联军进犯北京，咸丰帝逃往热河，何桂清一案遂被搁置。
当此整顿吏治之机，给事中郭祥瑞、御史卞宝第等上疏，此案又被重提。并令新任两江总督曾国藩派员速押何桂清来京候审。曾国藩曾与何桂清因争夺江浙地盘事，积怨甚深。接到旨意后，他立即派李鸿章去办此事。同治元年（1862年）春五月，逮何桂清入刑部狱。
主持办理此案的刑部直隶司郎中余光焯是常州人。鉴于其家乡绅民恨何桂清入骨，同时也为了给被击杀的执香跪拜父老19人讨回个公道，定罪时拟斩立决。奏上之后，诏大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议讨论，均同意刑部的决定。
此时，一道上谕以何桂清曾任一品大员为由，提出对其应该慎重用刑，如果存有疑义，当各陈己见，这给了何桂清一线生机。原来，第二次鸦片战争时期，何桂清曾同奕訢的岳父桂良一起在上海同英国谈判，受到桂良的赏识。另外，何桂清在办理洋务问题上常与奕訢相契合，杀何桂清，奕訢颇为惋惜，因而奕訢有意救他。此道圣谕一发，大学士吏部尚书祁嶲藻、工部尚书万青藜、通政司王拯、顺天府尹石赞清、府丞林寿图、九卿彭祖贤、给事中唐壬森、御史高廷祜、陈廷经、许其光、李培祜等，纷纷上疏为何桂清辩解翻案。
刑部审讯时，何桂清也为自己申辩，称自己之所以退至苏州，乃是受江苏司道所请，以保饷源重地，并指出有薛焕等四人的禀牍为证。清政府于是令曾国藩查实何的证词，曾国藩与何桂清素有矛盾，速查后回复道：苏常失守，卷宗已经荡然无存，且督抚权重，司道受其掣制，必会极力逢迎和隐饰，因此对禀牍有无，不必深究。明确表明赞成重罚何桂清。
第十四章 整顿吏治的矛盾（3）
慈禧认为剪除奕訢的这一羽翼的时机已经成熟，于同治元年十月二十一日（1862年12月12日）发布谕旨，声称何桂清身犯二罪：一是弃城逃跑，二是避匿达二年之久。命刑部于同治元年十月二十六日将何桂清处决。
如果说杀何桂清奕訢内心只是隐隐作痛的话，杀胜保则令他�