经过紧急商议，他们决定明日清晨一起前往南京，并约蒋介石的顾问澳大利亚人端纳同行。
那一晚，是孔祥熙进入南京最高决策层后最难熬过的一夜。窗外寒星点点，屋内灯火黯淡，孔祥熙辗转反侧怎么也睡不着。他脑海中不知为什么，总是浮现出张学良手持左轮手枪在大声训斥蒋介石的画面。
不行，得立即给张学良发电报，稳住这位年轻气盛的少帅，确保蒋介石死里逃生。
老谋深算的孔祥熙拿出在商战中揣度对方心态的技俩，披衣坐在写字台前，在一叠几十张信纸上写满了草稿，并且写一张扔一张；再写，不满意再扔……当时，孔祥熙想到给张学良发电报，也是有原因的。1922年春第一次直奉战争爆发，张作霖宣布“东三省人民自主，并与西南各省采取一致行动”，共同反对直系军阀。不料时隔不久，张作霖的奉系在战争中大败，于是撤回关外准备整军备战伺机反攻。此时，在广东的孙中山觉得这是一个机会，便密令孔祥熙到东北，代表南方革命势力和张作霖谈判，以求形成南北联合共同对付直系军阀的局面。就是在那时，孔祥熙第一次见到了少帅张学良。
孔祥熙在沈阳受到了张作霖、张学良父子的热情招待，孔祥熙在东北半月余；和张作霖张学良成了“知心朋友”，尽管彼此都知道是相互利用，但毕竟共同利益大于分歧。
孔祥熙进入国民党决策层后，仍和原来各大军阀保持着联系，私交甚好，如阎锡山、冯玉祥等，对张学良也是一样。当时，他想以私人身份给张学良发一电报，是想通过此举稳住张学良、说服张学良、感化张学良，使张学良不至采取过激的行动。至少可以摸清张学良的思想脉络，保持一条和张学良沟通的渠道。于是，孔祥熙在电报里这样写道：急！西安张副司令汉卿吾兄勋鉴：
密。顷由京中电话告知，我兄致弟电，虽未读全文，而大体业已得悉。保护介公，绝无危险，足徽吾见爱友爱国，至为佩慰！国势至此，必须举国一致，方可救亡图存。吾兄主张，总宜委婉相商，苟能有利于国家，介公患难久共，必能开诚接受，如骤以兵谏，苟引起意外枝节，国家前途，更不堪设想，反为仇者所快！辱承契好，久共艰危，此次之事，弟意或兄痛心于失地之久未收复，及袍泽之环伺呈请，爱国之切，必有不得已之苦衷，尚须格外审慎，国家前途，实利赖之。尊意如有需弟转达之处，即乞见示。先复布意，位候明教。
弟孔祥熙叩文亥沪寓印。
这封电报，态度比较委婉，措辞也不激烈，没有指责攻击威胁之词，反映了孔祥熙对这一事变的基本态度即和平解决的愿意。
当晚岂止是孔祥熙没有睡觉。12月12日这天夜里，对在南京的所有的军政大员来说，都是一个难眠之夜。
夜幕深深浅罩着六朝古都南京。
在南京何应钦的官邸客厅里，依旧灯火通明。
国民党中央委员云集于此，正在召开中央临时紧急会议，商讨处理“西安事变”的对策。
在这次国民党中央的紧急会议上，平时养尊处优、傲慢专横的国民党高级党政要员大都乱了方寸。他们都被西安事变的突然发生弄得目瞪口呆。据说戴季陶第一个站起来大叫大喊到：“对张学良一定要明令讨伐，张学良胆敢对委员长非礼，实属犯上作乱，大逆不道。如不明令讨伐，则主不为主，国将不国！”
这种极力明令讨伐的言辞激烈的演说，当场立即引起了共鸣，于是何应钦为首的主战派占了上风。这次会议决定：
（一）免除张学良的本兼各职，交军事委员会严办。所属部队，归中央军事委员会直接指挥。
（二）张学良背叛党国，交中央监察委员会议处。
（三）行政院由孔祥熙负责。
（四）军事委员会由原5人增至7人，并推举何应钦、程潜、李烈钧、朱培德、唐生智、陈绍宽为该会常务委员。
（五）军事委员会由副委员会长及常务委员负责。
（六）军队指挥调动由何应钦负责。
直至13日清晨，没有参加会议却被推举为国民政府行政院代理院长的孔祥熙才携宋美龄、宋蔼龄姐妹俩一起来到了南京。
当时，何应钦也不顾事先约定的礼节，急匆匆地闯进了孔祥熙的寓所，向他通报了昨晚会议的内容。
这时，宋美龄也来到孔祥熙的寓所。当听何应钦说已决定对张学良、杨虎城动武的决定后，立即和何应钦吵了起来。
宋美龄质问何应钦：“我问你，你大力主张讨伐是何用意？假如仗真的打起来，你能控制局势吗？你能保证救出委员长并保证他的生命安全吗？告诉你，无论谁要发动这场战争，都是对他的谋杀！”
何应钦本想安慰宋美龄几句，不料宋美龄却向他发起了“进攻”，“幸亏是你在领导这批饭桶。要是换了别人，我一定把他看成是异党和别有用心。现在首要的问题是如何保证委员长的安全，‘留得青山在，不怕没柴烧’。”
何应钦自然不敢得罪宋美龄，特别又当着孔祥熙的面。“那照夫人的意思是……”何陪着笑脸问。
“立即停止军事行动！”宋美龄斩钉截铁地说：“停止讨伐的命令，想尽一切办法把委员长救出来。把他活着救出来，活着回南京！”
“夫人，讨伐不是我一个人意见，是会议……”何应钦还想要滑头。
“会议又怎么样？我们可以重新开会。我和孔祥熙一同出席！”
“那倒不必，那倒不必……”何应钦说，“不过，据我所知，总参谋部已命令20个师出发了。”
“出发了也得调回来！”宋美龄把眼睛都气歪了。“何总司令，你想过没有？一旦爆发战争，西北方面决不会孤立无援。你好好想想，有多少省都希望你去讨伐，日本人也盼望着你去。这样矛盾就会更加激化，委员长的生命就更无法保证，中国就会大乱。谁希望中国现在大乱？你主张讨伐到底是帮助委员长还是在害委员长？”
“这……这……”何庆钦理屈词穷，鼻头上渗出了汗珠。
宋美龄又看了一眼孔祥熙说：“明天我就派端纳到洛阳，转道去西安。子文也快回来了，他回来后我们一同去。”
“夫人，”何应钦说。“可以让冯玉祥代替委员长做人质，让他去一趟好了。”
“不谁也代替不了我。我要亲自去，告辞了。”宋美龄不等何应钦反应，起身出了孔宅。
宋美龄走后，孔祥熙对何应钦说：“夫人的言辞激烈可以理解，我一会儿会去劝她。不过，对西北动武，军事解决问题，千万要慎之又慎。”
何应钦走后不久，苏联驻华大使馆秘书鄂山荫如约来到孔宅。
孔祥熙忙出门迎接，满脸堆笑。孔祥熙虽自小经商，但工于心计，对政治也极为精通。他急着约鄂山荫见面，就是想通过苏联的力量和影响来控制中国共产党，从而影响张学良和杨虎城，以期保护蒋介石的生命。如此可谓机关算尽，用心良苦。
上过茶后，孔祥熙真诚地对鄂山荫说：
“阁下想必已知道西安发生的事情。试想蒋委员长如果遇险，中国的亲日派必然得势，中国的人力物力将成为日本军阀向东北及世界扩张的资本，这对亚洲对苏联都将构成严重威胁。所以，希望苏联能通过自己的影响来保证蒋委员长的安全……。”
会见完鄂山荫后，孔祥熙又紧急召见了日本驻华领事须磨。含蓄地告诫其“西安事变”乃中国民众抗日情绪爆发使然，日方对此事应保持理智，不能乱插手，以免激怒中方，造成两国关系进一步恶化。
12月13日下午，孔祥熙匆匆吃了午饭就又赶到总统府的国民党中央会议室，参加政治委员会常务会议。此次会议的议题仍是怎样解决“西安事变”的问题。
会上，主战派和主和派展开了激烈的争论。何应钦自然是主战派，宋美龄上午对他的警告他并没放在心上。相反，他还把宋美龄要去西安的消息密告了日本人。所以，这次会议一开始，何应钦先声夺人先人为主，报告了由飞机侦察的西安的情况及军队中高级将领对此的反映。
孔祥熙则寸步不让，随即报告了在上海听到的“西安事变”的消息后，工商界的反映及希望和平解决的愿望。
于是两派各执一词，陈述利害，争论不休。如何应钦、吴稚晖等仍然主张立即讨伐，南京国民政府主席林森则以为先缓解为佳，孔祥熙亦说张学良是可以商量之人。
次日，会议继续且争吵继续，最后依旧是毫无结果。为此孔祥熙甚至和戴季陶吵得面红耳赤。
孔祥熙想军界力主讨伐，除了亲日派作祟外，忠君思想也是重要原因。平日里蒋一直对军队灌输效忠思想，一旦蒋本人遇难，部属无动于衷岂不荒谬。军人力主讨伐，也表明了对委员长的一片忠心。现在的问题是，有人想利用此及大做文章，以达到个人目的。因此，要多做工作，向高级将领陈明利害，考虑长远顾全大局，关键时刻切不可意气用事。
14月中午散会后，孔祥熙特邀冯玉祥到其住处密谈。孔祥熙知道，要想制止何应钦和桂系的战争叫嚣，必须有足够强大的军力来制衡，而现在掌握兵权的将军里，他能说上话的就是冯玉祥了。
当年孔祥熙奉孙中山之命赴北京同冯玉祥会面，二人一见如故，彻底长谈，从此成了十分要好的朋友。而且也正是由于受了孙中山及孔祥熙等当时的革命党人的影响，尤其是听了孔祥熙的劝说，当年冯玉祥才发动了北京政变，并从此走上资产阶级民主革命的道路的。当时去找冯玉祥将军之前，孔祥熙就已得知，冯玉祥在“西安事变”后曾立即致电张学良：“请先释介公回来，如世兄驻军陕甘别有困难，以及有何意见，均可公开陈述”，并表示愿意替蒋介石到西安去当人质。
于是见面后，孔祥熙开诚布公地对冯玉祥说：“我的意见你在会上都听到了，这个仗无论如何都不能打，和解是上上策，讨伐是下下策，于国、于党、于民、于委员长都不利。”
冯玉祥说：“此话正合我意。”
当下两个人还商量如何做好部队将领工作，以保持稳定以及请英美和苏联出面调停等事宜。
几天来，孔祥熙异常忙碌，代理行政院长一职给他以受命于危难之时之感。在和宋蔼龄商量后，他即秘密派人赴各地，打听各省实力派人物对西安事变的反应。表面上，他又做些官样文章，公开致电各地，极尽分化拉拢之能事，以便做到即抑制何应钦亲日派之势力，又从各方面对张学良和杨虎城施加压力。孔祥熙把这一套办法归纳为“乱其心，孤其势，怵之以力，动之以情”。
孔祥熙发出致各省市的通电，大都要求各地当局要“遵照蒋委员会长的既定方针，以最大的努力与全国上下共策国家之安全。”他还分别致电李宗仁、白崇禧、宋哲元、韩复榘、商震、沈鸿烈、阎锡山和刘湘等各省各军要人，从不同角度并以不同的口吻，或娓娓交心，或商讨救蒋之策，或暗示威胁，或封官许愿，企图彻底孤立张、杨于西安；使其成为共讨的孤军孤将。他要宋哲元“坐阵冀察”、“共挽时艰”；他致电韩复榘，告之“蒋公安全，以坚其信”，并“望韩专电劝张，祛除误会，免阅墙之争，招覆卵之祸”；旋又致电阎锡山“即电汉卿，促其反省”，并请阎考虑能否设法利用地利之便，将张学良接到太原，以阎做为中间人进行谈判。
在这盘险棋中，孔祥熙除了拉拢分化各地党政要员外，还通过各种渠道打听到了一些虽名望不高、官阶不大却可以加以利用的小人物。如有个叫冯钦哉的，只是个师长，他却几次致电对其表示关心和关注。孔祥熙如此作为例并不是为了礼贤下士。这个冯钦哉是山西人，和孔是同乡，又是杨虎城的十七路军24师师长，驻防在离西安很近的同州。“西安事变”发生的第二天，孔祥熙就给驻洛阳的64军军长樊嵩甫拍发电报，并请樊转交冯钦哉。电报中孔祥熙要冯钦哉站稳立场，在这事关党国安危的关头与蒋保持一致，并希望冯能在西北军多做疏导工作，及时将部队中的动态和西安的详细情况报告给他。
冯钦哉接到孔祥熙的电报后极为高兴，这个官迷原来日盼夜想的就是怎样才能抱住一个粗腿好升官发财。这次“西安事变”把命运之神送到了家门口，过去想高攀都高攀不上的孔祥熙竟主动发了电报给他，真是千载难逢的良机。当下，有奶就是娘的冯钦哉，立即背叛了的“救国主张”，同时为了表示对孔祥熙的忠诚，他还秘密会见樊嵩南，就自己所了解的西安及西北军的情况密报了上去，并明确表示要效忠蒋介石和孔祥熙，随时准备反叛参加“围剿”东北军，并设法收容影响门路军即西北军。
孔祥熙不久便接到了冯钦哉的来电。随后他亦立即给冯钦哉回电。在表达了对冯的欣赏佩慰之后，要求其将下一步的具体行动计划密报南京。
冯钦哉做为西北军中为蒋介石、孔祥熙卖命的内线，就这样与南京建立了联系。他一面复电孔祥熙，表示“希惠我南针，立即勉效驰驱”，一面与樊嵩甫联系，公开发表“声讨”西安的声明。这样，孔祥熙通过略施手腕，达到了分化杨虎城西北军的目的。
据说何应钦在得知樊嵩甫和冯钦哉密报孔祥熙一事后，极为恼怒。他立即打电话到洛阳，将樊嵩甫狠狠地训斥了一顿。
当时何应钦在电话中说：“你好大的胆子，胆敢瞒着我直接向孔院长告密。我看你这个军长是当到头了！”
樊嵩甫忙自己辩解说是孔直接打电报给他。他做为一个小官，实在不敢得罪。
何应钦命令地说：“今后凡属军情只能向我和刘峙长官汇报，不准再越级上报他人！”
精明世故的樊嵩甫又将此消息告诉了孔祥熙，并讨好说，他并未被何应钦吓倒。以后有了重要情况，第一个报告的仍是孔院长，只是希望孔院长保守秘密，不要向外界透露。
。孔祥熙是何等聪明，听出樊嵩甫话中有话。为了稳住樊，立即给樊嵩甫汇去大洋1万元，说这笔钱暂做为军事费用，以后还会再次追加，对其在南京读书的子女也会好好照顾。孔祥熙希望樊对南京中央政府和蒋孔忠心不改。对于冯钦哉，孔祥熙为了给其打气，还任命他为“渭北剿匪司令”，并派专人连夜送去巨款安稳军心。
冯接到委任状和巨款后，对天发誓要忠于孔祥熙，为南京卖力。这件事又可见孔祥熙其人的手腕之阴险。
有人说，孔祥熙在处理西安事变中使用了他在经商理财中的杀手锏金钱铺路，但在他当代理行政院长这段时间，到底有多少钱经他手流出，至今还是一个谜。但一般认为，宋子文是当时中国仅次于杜月笙的第二大富翁。孔家和蒋家分别排在第三位和第四位。孔祥熙又是财政部长，是蒋介石南京政府的大管家，拿出些钱来贿赂绝对不成问题。再说，依当时的情景，金钱对孔祥熙已不那么重要了。只要能保住主子，只要蒋介石能活着回来继续执掌大权，他的财源就仍旧如同不尽的长江之水，滚滚而来。
尽管南京政府当时封锁了一切从西安传来的消息：广播、报纸、宣传品和电报……但蒋介石在西安被扣的消息还是传了过来。一时间，南京城内谣言四起