大权被剥夺了。
至此，阎、冯、桂李才恍然大悟，原来他们都中了蒋介石的圈套。于是他们从相互攻击转为相互同情，并设法抵制编遣会议。在会议最后阶段，冯玉祥提出抗议，称：“刚刚打完仗，不是编遣军队的时候，应当先休整一个时期再编遣”。阎锡山也提议休会。蒋介石看到一时难以使各派就范，也只好宣布以后再开编遣实施会议。吵吵闹闹的编遣会议，到1929年1月25日终告收场。
编遣会议激化了蒋介石与各实力派之间的矛盾。地方实力派的首领认识了，蒋介石不把他们彻底搞垮是不会罢休的。他们不等宣布散会，即纷纷返回原地，积极准备力量，誓与蒋介石较量一番。于是，连年不断的派系混战又将开始了。
国民党新军阀混战是以蒋、桂之间的战争拉开序幕的。
1929年2月19日，桂系的武汉政治分会发出决议，撤免鲁涤平的湖南省主席兼18师师长职务。同时派叶琪的第9师，夏威的第7军向长沙进兵。鲁涤平措手不及，慌忙乘外轮逃往南京，桂军控制了湖南。至此，桂系占据了两湖，接通了广西，势成能攻能守、可进可退，要与蒋介石较量一番。这就是所谓的“湘案”。
蒋介石消灭白崇禧部的办法是，利用唐生智与桂系的矛盾，起用唐生智，驱逐白崇禧。白崇禧带到河北的李品仙、廖磊两部原是唐生智的主力军。白崇禧既想长驻河北，又想向西北发展，这引起部下的不满。唐的部下都想早日回到湖南家乡，又都觉得当桂系的军官不光彩。蒋介石抓住这个矛盾，广泛传播唐生智将要复职的消息。唐生智在上海也活跃起来，派人向蒋介石表示竭诚拥护中央。蒋介石不但答应唐可重新指挥部队，还赏以巨款，并促其立即北上平、津，收回旧部。
此时蒋、桂之战已在弦上，白崇禧计划率部南下浦口，配合李宗仁部攻蒋。但此时部队已不听白的指挥，并到处张贴“打倒桂系！”“打倒白崇禧！”“欢迎唐总司令东山再起”等标语。甚至把反桂迎唐的标语贴到北平、天津的火车车厢上。白崇禧在军中不能立足，化装由塘沽搭日轮逃走。
3月20日唐生智在塘沽登岸，受到旧部的欢迎。3月ZI日宣布讨伐白崇禧，蒋介石立即任命唐生智为第五路军总指挥。唐生智在北平顺承王府设立总指挥部。蒋介石扶唐倒自计划完全实现了，这等于砍去了桂系的一只手臂。
李济深是广西梧州人，在广东做官。在政治势力的划分上他属于粤系。广东财力充裕，但士兵的战斗力较差。广西较穷，士兵勇敢。李济深利用乡士关系，长期以来与桂系结为一体。广东支援广西经费，广西支援粤省兵力。李宗仁、白崇禧带兵远离广西之后，李济深与黄绍密切配合，使蒋介石无法插手两广。蒋介石要消灭桂系，不拆散粤、桂联盟是难以成功的，因此，蒋介石阴谋暗算李济深。
李济深本不想来南京参加三全大会。蒋介石以人格担保，特派吴稚晖、张人杰、蔡元培、李石曾四大国民党元老请李到南京来调停湘案。李济深信以为真。不料在3月21日晨，蒋介石突然下令将李济深逮捕，关押在汤山俱乐部。3月28日国民党三大闭幕的当天，蒋介石又派兵去抄了李济深在南京的住宅。全国编遣会议后，蒋介石到处阅兵、演习，向地方实力派示威，李济深曾为此电责蒋介石。蒋介石因而对李怀恨在心。
蒋介石无理扣押李济深，引起各方面强烈不满。帮助蒋介石劝说李济深入京的吴稚晖和张人杰，首先怒气冲冲地跑到蒋介石的面前斥责他的暴行，然后他两人搬到汤山与李济深同住，以表示抗议。蔡元培、李石曾也谴责蒋介石毫无信义。广东将领群情激奋，蒋光鼎、蔡廷锴等人联名致电蒋介石，强烈要求立即恢复李济深的自由。又电邀黄绍宏到广州商议对策。但这时蒋介石已派粤籍将领陈铭枢、陈济棠二人到粤活动，说服粤省将领服从中央。二陈以貌似公允的两面派手法，用避免牵人战争为理由，把桂系孤立起来。随后，蒋介石任命陈济棠为讨逆军第8路总指挥。陈济棠从此主宰了广东。
蒋桂战起，各实力派多为自己打算，3月29日，阎锡山发表通电，响应蒋介石的讨伐令。四川的刘湘为防止蒋介石以追击桂系为名进入四川，也声明讨桂。
冯玉祥在蒋桂战争中，采取两边应付的办法，桂系曾请冯协助反蒋，冯满口应允。蒋许给冯行政院长职位，冯为利所动，答应出兵14万助蒋讨桂。但冯在兵下徐州时，印刷了大批讨逆布告，却不印所讨之逆为何人，只印“贪赃枉法、横征暴敛、屠杀民众，迫害青年”之类的罪名。他的用意是蒋、桂谁败，就在布告上填写谁的名字，并企图先于蒋介石占领武汉。冯玉祥的这种态度，不仅害了桂系，自己也遭到蒋介石的暗算，受到双方责难。
蒋介石于3月29日亲自担任总司令，到九江指挥作战，讨伐桂系。何应钦任参谋总长。共出动3个军：刘峙的第1军，朱绍良的第2军和朱培德的第3军，并有14艘舰艇配合作战。
然而，蒋介石最拿手的办法是从对手内部收买叛将。蒋介石知道任何地方派系中都是派中有派，不可能没有矛盾。蒋介石采用以派制派的方针从内部分化瓦解，利用他手握中央大权的条件，许诺投靠者以高官厚禄，往往容易找到叛投者。这种办法瓦解对手能起到釜底抽薪的作用，见效甚快。
蒋桂战起之时，李宗仁从上海返回广西，白崇禧正从塘沽逃往广西途中，黄绍宏坐镇广西，致使武汉军中无主帅。武汉前线总指挥的大权交给了第一师师长李明瑞和杨腾辉。这时李明瑞和杨腾辉已被蒋介石买通。同时蒋介石又通过朱培德争取张发奎，任命张为第1路军右翼军总指挥·，任务是叫张发奎抢在冯玉祥的前面占领武汉。蒋介石手令：委任何键为讨逆军第4军军长，拨发该部给养70万元，并应允事成之后：湘省一切要请芸樵（何键字）负责。何键立即发电表示“竭诚拥护”中央。就这样，蒋、桂未经交战，桂系占据的湖北、湖南两省，从地方到军队，都已被蒋介石分化瓦解了。蒋介石的侍从副官郑介民在武汉市内指挥蒋系的特务，已经做好了内应的安排。4月6日，蒋介石到达武汉，他宣布：“兵不血刃而定武汉。”因为李明瑞带部队脱离了战斗，桂军几乎不战自退了。冯玉祥先于蒋而人武汉的幻想也破灭了。
蒋介石进入武汉之后，封官犒赏，发给李明瑞部大批现金。又在武汉召开的群众大会上，大骂叛逆。耀武扬威，不可一世。蒋介石还在武汉单独召开了冯玉祥的部将韩复榘，蒋氏夫妇“盛情”款待，当面许韩任河南省主席职，并赠数十万巨款，开始作瓦解冯部的工作。
从武汉败下来的桂系第4集团军的残部，在胡宗驿、陶钧、夏威的带领下，退到鄂西，想联络四川军阀杨森。蒋介石岂能容他们在鄂西立足，他命张发奎、朱绍良、夏斗寅部追击，同时发出招抚桂系的《告桂系军队书》，称：“官兵如带械归来，各赏洋五元；官兵如为待手来归的一律收容；如能杀了你叛逆长官来归的，必得重赏官级。杀了你连排长，赏银百元官升一级；杀了团营长赏银五百元，升二级；杀了师长总指挥来归的，赏银五千元，升三级。于是，胡、陶、夏三人顶不住蒋介石的武力与金钱双管齐下的手段，三人同时宣布下野，部队听候改编。桂系第4集团军至此全部瓦解。
蒋介石“彻底铲除”桂系的战争是从5月5日开始的。蒋介石限5月25日前占领柳州，他又从武汉跑到长沙督战。此前蒋介石也曾诱迫过黄绍宏叛桂投蒋，但黄未能听命。
李宗仁、白崇禧、黄绍宏在蒋介石的紧逼之下，决定争取主动，以攻为守。在蒋介石向广西进攻的同一天，5月5日，李宗仁在梧州打起“护党救国军”的旗号，由白崇禧、黄绍宏率兵分两路向广东进攻，企图对粤作战取胜后打开新局面。李宗仁则去香港联系其他反蒋力量。5月21日，粤、桂军在广东白念进行血战，桂军失败，退回广西。白、黄在广西虽反复作战，但无力抵挡蒋介石从四面八方调来攻桂的军队，6月，白崇宏、黄绍宏由广西南端的龙州败逃越南，待机再起。
蒋介石铲除桂系的方针及其阴险手段，引起国民党各派系的极大震动，并感到惊恐。迫使他们各寻出路：或者奋起反抗，或者委身投靠，或者以两面派的手法左右去逢迎。
蒋介石倒桂得手之后，他极力拉拢阎锡山，加紧攻击冯玉祥，采用的仍是各个击破的策略。
冯玉祥本想利用蒋、桂之战，抢先占领武汉。但被蒋介石所窥见，早有了防备。冯玉祥的打算落空，还增加了蒋介石对冯玉祥的怨恨，使蒋、冯之间的矛盾无法调和了。蒋介石占领武汉之后，立即调集了主力部队，准备进兵河南、山东，对冯系作战。
蒋介石为了铲除冯系，使出了全身的解数。首先，他开始大肆收买冯的部将。在武汉已把冯玉祥的老部下、最忠实的将领韩复榘收买。接着蒋介石又派人到襄樊，给石友三送去几十万元，进行收买。石友三本是反复无常的小人，立即答应听从蒋介石的指挥。后来，蒋介石又用同样的办法，收买了刘镇华、马鸿逵等部将叛冯附蒋。西北军在蒋介石的瓦解下发生了激烈的分化。其次，蒋介石广泛散布谣言，制造冯玉祥勾结苏联、要南攻蒋介石并向山西发展打击阎锡山的舆论，挑拨冯、阎关系，使阎锡山半信半疑。再次，蒋介石企图诱骗冯玉祥入京，使西北军群龙无首。当时，蒋接连电请冯玉祥人京供职。冯玉祥明确表示他不去南京的根本原因是“恐为李济深第二”。同时冯玉样在华阴召开军事会议，决定武装反蒋，冯自任“护党救国军西北路总司令”，要求各部收缩兵力，缩短战线，冯军从山东、河南一律撤至潼关集结，迎击蒋军。冯军西撤之时，将归德至马牧集段13座桥梁炸毁以阻止蒋军运兵。
5月8日，国民党中央政治会议推蒋介石为主席，23日，国民党中央常委会决议，革除冯玉祥的一切职务，永远开除党籍，下令查办。在这之后，国民党中央发表的各项文告中，称冯玉祥为“统一之梗”，“破坏革命”，“阴险成性”，“反复无党”，“勾结苏俄”，“背叛党国”，总之是“十恶不赦”。蒋介石对他这位“死生不渝如胞兄”的冯玉祥，大有寝皮食肉而后快之意。文的、武的、正面进攻与内部瓦解一齐向冯玉祥的西北军打过去，使冯玉祥的处境十分困难。
冯玉祥对蒋介石的强大压力，不敢贸然迎战，他突然宣布：“自5月27日起，所有各处电文，一概谢绝，从此人山读书，遂我初衷。”冯玉祥下野当然不是为了读书。目的是使蒋介石失去进攻西北军的借口，以保存实力，然后冯设法拉阎反蒋。冯玉祥这一招果然收到一些效果，蒋介石的武力进攻暂时停止了。但是，战场上的争斗立即转变为一场曲曲折折的蒋、冯、阎之间纵横的政治斗争。
阎锡山在蒋、冯冲突中，既媚蒋任冯，又拉冯抗蒋。媚蒋压冯，是想借蒋之力把西北军挤出豫、陕、他好称王北中国；拉冯抗蒋，是为了在蒋介石面前抬高身价，阻止蒋介石进攻晋系。蒋介石为了各个击破，紧紧拉住阎锡山先把冯玉祥赶下台，然后只剩下晋系就好收拾了。冯玉祥要想抗拒蒋介石，必须联合晋系方能立足。这就是此时蒋、冯、阎三角关系的微妙之处。
6月7日，蒋介石致电阎锡山，要求阎锡山帮助他进攻西北军，逼迫冯玉祥出洋，冯玉祥只“入山读书”是不行的。阎锡山表示不主张内战，提倡和平解决。并扬言他要与冯玉祥相偕下野出洋。随后，他派人到天津订购船票，到日本安排住处，摆出一副决心引退的样子。阎锡山曾多次邀请冯玉祥到太原共商反蒋大计，但冯玉祥怀疑阎锡山别有他图，不敢贸然入晋。冯看到阎的上述举动，消除了冯的怀疑。阎又派冯玉祥敬重的老友李书城向冯说项，冯玉祥即决心人晋。6月ZI日，冯玉祥为了表示诚意，特带上夫人李德全和女儿，从华阴山动身去山西，于24日到达太原，受到阎锡山的热情接待。
冯玉祥到山西后，阎锡山并不认真地与冯商讨反蒋大计，却派人四处活动，准备出国的服装用具，似乎阎、冯即刻就要手拉手起身出洋了。这下可急坏了蒋介石。果真冯、阎并肩出洋，无疑是使西北军与晋军联合起来，蒋介石的各个击破的目的就难以实现了。于是蒋介石又委任阎锡山为西北宣慰使，全权处理西北善后事宜。阎锡山对蒋的委任不加可否，却又以更强硬的态度向蒋介石提出，一定要与冯玉祥同时出洋，如果中央不批准，则坚决辞去国府委员的职务。蒋介石又急忙致电挽留阎锡山，并决定自己屈尊赴北平与阎锡山晤谈。这无形中使阎身价倍增。
6月25日，蒋介石到达北平，他要尽全力改变阎锡山脚踏两只船的态度。6月27日，蒋介石派吴稚晖、赵戴文、孔祥熙三人，带着他的亲笔信到太原见阎锡山，请阎锡山赴北平与蒋商讨处理西北善后事宜。阎锡山一面电请中央撤销对冯玉祥的处分，一面随同吴稚晖等人于6月30日来到北平。蒋、阎在北平经密谈，蒋介石委任阎锡山为全国陆海空军副司令，阎的地位在军队中途提高到蒋介石一人之下，万人之上了。阎锡山答应蒋介石尽快解决西北军，蒋、阎达成了共同对付冯玉祥的秘密协议。这时，阎锡山的阴谋才暴露出来。他是先把冯玉祥骗到太原，手握冯这张王牌与蒋介石讨价还价，一直要到蒋介石在北平许他任副总司令，价码才算要足了。
阎锡山于7月2日突然“得病”住进了医院，闭门谢客。7月4日他又退了去日本的船票。从此，阎锡山对冯玉祥也改变了态度。
他以冯住晋祠不便为名，将冯玉祥诱骗到建安村软禁起来。村庄四周派军队封锁，使冯与外界隔绝。
阎锡山背信弃义的行为，受到其他派系的谴责。说服冯玉祥人晋的李书城搬进建安村与冯玉祥同住，表示对阎锡山的抗议。
冯玉祥被阎锡山出卖，噬脐莫及，却又不甘心坐以待毙。他已知蒋、阎有了新的交易，也不露声色，只想设法拆散蒋、阎的勾结，以寻出路。他在软禁之中，设法授意留陕主持西北军的宋哲元，要他绕开阎锡山，直接与南京政府接通关系，向蒋介石靠拢。西北军将领对阎锡山的背信弃义十分愤恨。冯玉祥被扣在建安村，军饷无法解决。西北本属贫脊地区，穷困万状，亟待接济。他们得到冯玉祥的指令之后，感到靠拢南京也是一条出路。于是，西北军在7月中旬派参谋长陈琢如到南京求见蒋介石，表示西北军接受中央指挥，要求接济军饷。蒋介石认为西北军向他屈服了，瓦解冯系已经不需要借助阎锡山了。狡猾的蒋介石不知自己中了冯玉祥韬晦之计，于是，他派于右任、贺耀祖到西安宣慰与点编冯玉祥的部队，安抚冯的部将，供应军饷。为了笼络西北军将领，蒋介石下令把已经被免职的鹿钟麟、薛笃粥、熊斌、唐悦良等人又请回南京。亲自召见、宴请。8月17日特任命鹿钟麟为军政部长。8月22日又任命冯的另一亲信李鸣钟为全国编遣委员会遣置部主任。从此，蒋介石与西北军的关系由对抗转为密切了。
1929年8月，全国编遣实施会议之后，阎锡山开�