德国结盟是得不到任何好处的。作为日本海军，在当前准备极不充分的形势下，应极力避免刺激美国、以美国为敌、同美国作战，应集中全力解决中国事变，不应再添敌人。山本对陆军狂热分子极力主张与德国结盟忧心忡忡，他说：〃照这样下去，日本势必被卷入战争，而且是以美国为对手。〃
当时，在日本海军中，随着永野修身海军大臣的辞职，海军省被山本五十六和米内光政的人所控制，执行比较稳定、务实的政策；而过去强硬的舰队派人员大都集中于军令部或在舰队中任职。山本与米内光政在海军炮术学校任教时曾是同事，二人经常在一起吃饭、练剑，关系比较融洽。在观点上二人也比较一致，皆倾向于条约派。在永野辞职时，山本为了在内阁中同陆军相抗衡，极力说服永野推荐米内作为他的继任者。就这样，米内才担任了海军大臣。
在米内和山本主持下的海军省，在对美国的战争准备上，比陆军更理智，考虑得更深远一些。还在1937年12月12日发生〃珀内〃号事件时，山本就采取了低调抚慰美国的政策。那是在日本攻克上海正向南京发展的时候，美国炮艇〃珀内〃号载着美国使馆的最后一批人员和一群西方记者，拖着美孚石油公司的3艘驳船正撤离烈焰四起的南京城。中午1时，日本海军航空兵奥山上尉率领1个中队的轰炸机向〃珀内〃号扑来，尽管炮艇上有他们可以清楚看到的美国国旗，但已被战火烧狂了的法西斯分子，还是欣喜若狂地向炮艇冲来。
〃他们在丢炸弹，隐蔽！〃主舵手大声喊道。舰长进入操舵室，几秒钟后操舵室就被炸弹〃轰〃的一声掀开。甲板上，新闻记者诺曼·艾利本能地抓起摄影机拍摄。他不难看清飞行员的面孔，但使他吃惊的是，日本人明明看得见美国国旗，还是不停地轰炸。20分钟后，两条驳船中弹起火，〃珀内〃号则在长江的浊流中下沉。这时，副舰长阿瑟·安德斯代替受伤的舰长指挥。安德斯由于喉部受伤而不能讲话，只得在一片被血染红了的纸上潦潦草草地写上〃弃舰〃二字。当舰上的最后一批人在江边芦苇荡里隐藏起来时，一艘日本汽艇溯江而上，用机枪向那艘正在下沉的军舰和两边江岸猛烈扫射。两名美国水手和一名意大利记者丧生。幸存者也面临着严峻的考验：他们还得在日本人追赶的情况下坚持两天才能到中国军队前沿。
〃珀内〃号被击沉了的消息激怒了美国人，也使山本出了一身冷汗。因为熟知美国历史的山本十分清楚，本世纪初美国参加的三场有名的帝国主义战争之一——美西战争，就是因〃梅因〃号被西班牙击沉而爆发的。山本十分害怕此时与美国发生纠葛，因而在日本外相照会美国大使馆〃深表歉意〃并愿意赔偿一切损失的同时，山本也发表声明：〃这次事件的责任全在日本方面，海军应该诚恳认错。〃并将事件的直接责任者海军第二联合航空队司令三并贞三少将免职查办。美国由于还不想马上与日本交战，也急于使这场危机冷却下来，所以只简单地相信了日本说的日机弄错了〃由内〃号的国籍的解释，在日本向美国交了一张2214007·36美元的赔款支票后，整个事件就算了结。这总算了结了悬在山本心头上的一桩心事。
可是事隔不久，陆军就要与美国最讨厌的敌人——德国缔结针对美国的条约，这自然不能为山本所同意。本来与德国结盟的意图在于压迫苏联，以有利于日本尽快结束在中国的战争，而现在又要同英、法、美为敌，这岂不是违背初衷？山本基于这一理由，支持海军大臣米内光政在内阁会议中持强硬态度。但陆军也不相让，11月1日，德国正式提出条约草案。11月11日，首、陆、海、外、藏五相举行会议，会上新外相有田八郎就与德国结盟问题作了谅解性的说明，强调〃本协定主要是针对'苏联'，但英法等国一旦加入苏联方面则即成为对象，英法等国本身并不是对象。〃由此会议才通过了促进早日缔结日、德、意三国协定，并决定参考德国方案，迅速制定日本方案。但大岛浩与陆军坚持接受德国方案，不同意只把苏联作为对象。走投无路的近卫内阁，不得已刚过新年便于1939年1月4日提出辞职。
1月5日，枢密院议长平沼骇一郎出面组阁。在新组建的内阁中，海军大臣米内、陆军大臣板垣和外务大臣有田等主要阁臣皆未变动。刚刚成立的平沼内阁碰到的主要问题仍是三国同盟问题。1月6日，德国向日本与意大利重新提出三国同盟方案，其内容与1938年11月1日提出的方案完全一样。这一次平沼内阁打算在很大程度上满足德国的愿望，但仍没有走得像陆军所要求的那么远，只是答应可扩大到苏联以外的〃第三国〃，但如德国直接攻击苏联以外的第三国，而苏联未参战时，日本仍要视情况决定是否援助德国。
这一妥协不为陆军中的右翼分子所满足是在预料之中的。刚升任驻德大使的大岛浩和驻意大利大使白鸟坚决要求完全接受德国的方案，并在与纳粹外长里宾特洛甫谈判时，以欺骗手段答应了德国的要求。对此有所察觉的天皇，特意训令平沼首相，如果驻外机构不服从国内训令时应召回或作适当处理。为此内阁迫不得已，改变了过去以电报发出训令的办法，而采取派遣由外务、陆军和海军组成特使团的办法，直接到国外去传达国内的指令。
特使团于2月下旬前往德国和意大利，向大岛和白乌两位大使传达国内关于缔结三国同盟条约的指示。然而，可笑的是这两位大使不仅不服从政府的指示，反而向外务省提出要按照德国的要求，以苏联以外的第三国为对象，包括武力援助在内。由于两位大使在外拒不执行国内政府的命令，并分别答应里宾特洛甫和齐亚诺说，在德、意与英法开战时，日本将负有参战的义务。这是明目张胆地无视国内指令，超越权限的独断专行。海军大臣米内光政在山本五十六的支持下，坚持要将大岛和白鸟召回国内，但遭到陆军的反对而未果。
到了5月，德国外交部条约局局长高斯提出了妥协案。这个妥协案虽然在表面上作了若干让步，但实质上却和过去的德国方案没有什么区别。5月7日，五相会议研究了高斯方案。陆相和首相主张立即接受，但海相米内坚决反对。为讨论三国同盟问题，平沼先后召集了70多次五相会议，每次都毫无结果，一直到8月下旬，平沼辞职。当时社会上袭用江户时代的做法，编了一首打油诗来形容平沼的窘境：
平沼碍难买斗米，
只好——
今日买半斗，
明日买五升。（五相、五升日语发音相同，意为今日五相，明日复五相。）
德国等得不耐烦了，而日本的答复就像日本人喜爱的一种套箱一样，箱子里面还套有更小的箱子。于是5月21日，对于日本的迟疑已急不可耐的德国，便先和意大利缔结了〃钢铁盟约〃。在这一形势下，日本国内法西斯分子掀起狂热的反英运动，海军首当其冲成为他们攻击的目标，尤其是山本五十六更成为他们所痛恨的对象。由于海军大臣米内光政一向寡言少语，看起来十分木讷、柔弱，在社会上有〃金鱼大臣——装饰〃之称，因此对海军的非难主要集中在好斗的山本身上。社会上到处传言，说山本是米内的真正后台老板，指责山本是阻止签订三国同盟的〃绊脚石〃和幕后策划者，是〃亲英美分子〃。就连他参加了一次英国大使馆的电影晚会也受到大肆攻击。
其实事情远不是如此简单。日本海军很早就已经确定美国为其假想敌国，而且在为最后与美国决战作着严格而精心的准备。早在1936年9月，海军即任命了预备役海军大将小林脐造为台湾总督，把长期以来一直由文官担任的台湾总督一职改由海军武官担任。接着又在1938年4月，在总督府内新设了一个专门负责筹划南进政策的海军武官府，为最后实施南进作准备。1939年2月，帝国海军完成了对海南岛的占领，3月又占领了南中国海战略地位十分重要的中国南沙群岛。海军的目标是确保日本国家的战略资源，只要日本海军一旦可以——哪怕是短暂的在太平洋上占据优势，它就可以夺取马来亚的橡胶和婆罗洲、荷属东印度的石油而免于从西方进口。那时，也只有那时，它才可以向西方国家挑战，同他们公开较量。
显然，山本等人和陆军的不同之处就在于如何寻求最有利的时机和最佳的方案，以确保日本立于不败之地，称霸西太平洋。从这一点而言，山本所代表的势力，较之陆军的无谋，更加阴险狡诈。事后的历史也证明了这一点。然而，无论山本五十六是如何地从日本帝国扩张的利益出发，在目前的这场争论中，却明显地处于少数人的地位，因而经常受到攻击也就并不奇怪了。在右翼政党大日本生产党的一个团体的决议中，还专门有针对山本五十六的内容：鉴于山本在海军中影响甚大，成了一些人的精神支柱，现在海军的观点和态度主要取决于他，〃要搜集山本次官私生活方面的材料，即他同他的情妇——新桥的艺妓梅龙间来往的情况，以此作为突破口，在社会上把山本搞臭，破坏他的形象。〃
关于山本和他的情妇艺妓梅龙间的关系，当时在日本社会上确曾引起过注意。梅龙原名河合千代子，1904年出生于名古屋，父亲是东京一家公司的股东，因而随父母生活在东京。1923年东京大地震，她家的财产一毁而光，只好随父母又迁回名古屋。由于生活潦倒，一贫如洗，难以维持生计，全家曾打算一起自杀。虽然自杀未成，但不久父母双亡。千代子只身一人再度返回东京，并与一马贩子私通。由于千代子在与马贩子来往的同时，还暗中私通别的男人，为此遭到马贩子的毒打与折磨。最终因不堪马贩子的折磨，她于1932年28岁时来到新桥当了艺妓，并取艺名〃梅龙〃。
日本的艺妓不同于一般的妓女，她们主要靠歌舞、三弦等技艺获取客人的欢心。千代子虽然因为入门晚，技艺一般，但模样长得俊俏秀丽，颇有几分姿色，加之她机灵聪明，深懂女人如何讨得男人喜欢的手段，在当地很有一些名气。
在日本海军中，与艺妓打情骂俏、寻欢作乐的事是家常便饭。受这种风气的影响，山本也不例外，一经常到东京新桥一带的艺妓馆冶游，打发时间，其〃八毛钱〃的外号就是在新桥花柳界叫响的。当时艺妓为顾客修指甲，每人十个手指收费一元，而山本因在日俄战争时炸掉两个手指，只有八个手指，只能收费八毛，遂有〃八毛钱〃之称。
山本是在1933年的一次宴会上与千代子认识的。当时山本的官衔为少将，任第1航空战队司令长官。那天山本穿的是白色西装。吃饭的时候，千代子突然发现山本很费劲却打不开盛汤的碗盖，便主动上前帮忙说：〃来，我帮你打开好吗？〃
就在千代子伸手想去接碗时，无意中发现山本的左手少两根指头，大感意外，不由得一愣。
善于察颜观色的山本，看出了千代子那瞬间的表情，以为是在嘲笑自己，遂很反感地说：
〃我自己来吧！〃拒绝了她的帮忙。
这一次不愉快的见面并没有给山本留下什么深刻的印象。一年之后，在山本赴伦敦参加裁军谈判前的一次宴会上，他又见到了千代子。
千代子急忙向山本道歉：〃那天的事让你多心了，实在对不起。〃
山本本来对她很有些不满，但在此后的交往中，年近50的山本却很快就被她的漂亮、机灵所吸引。两人遂产生爱慕，结为知音，一直到山本战死。山本与千代子的关系，从他出使伦敦后给她的信中可见一斑：
〃回忆这如同在梦境中度过的三四年中的往来，特别是在想到今后十年、二十年的未来的时候，不能不使人感到：人生如梦转眼就是百年。什么功名、富贵、爱情、憎恶，这一切的一切，不过都是过眼烟云，就像晨露一样，转瞬即逝，似有若无。
〃想象得出你是如何的寂寞、孤独。有许多人，自从他们来到人世，就受着世俗观念、社会羁绊所束缚，饱受痛苦，欲死不能。他们犹如沦落天涯的孤儿，连仁慈的上帝也不把他们视为宠儿，去怜悯、同情他们。每当我想到这些，深感人生的一切，不过是虚幻、无聊。
〃在道理上，虽然的确如此。但在现实的生活之中，我又因同你结识，得到你的温暖和理解而感到幸福。我把你视为我的娇妹、知音，当然也是情人。你身体的瘦弱，使我深感不安。在这里，我用'不安'一词，绝不是简单地来安慰你，而完全是站在你的角度上来衡量。在客观上，也是我发自内心的自我反省，或者说是自我嘲讽。
〃每当我想到你那娇艳多姿的身影，就使我无法抑制内心的恋念之情。相信你能理解，我之所以决定前往伦敦，完全是出自于甘愿担负起国家兴废、民族图存重责之心。那时，虽然我们就要分离了，但我们之间急速发展起来的炽烈的感情，还是使我无比兴奋，热血沸腾。眷恋的烈火在不断地燃烧着我的身心。到了伦敦之后，我不得不把全部身心都倾注在会议上。遗憾的是，随着时间的推移，特别是回东京之后，我才发现，不用说一般的社会舆论，就连海军中的上层，对会议也并不感兴趣，漠不关心。派我前去，不过是应景而已。这怎能不使我心灰意冷呢！在东京工作，实在感到苦闷、无聊，难以忍受。
〃实际上，是你的力量，倍增了我慰你之心。我恨不得插翅飞入你的怀抱，为你减轻孤独寂寞之苦。但有时我又感到，我作为一个须眉男子，在你面前表现得那样脆弱温柔，又未免有些难为情。因此说，一定会有辜负你的信赖和期待的地方，这也正是我痛苦之所在。
〃以上肺腑之言，我只能直言于你，千万不能泄漏出去。〃
不管是在哪个国家，私生活对每个政界和军界的人物都是极为隐秘的。极右分子现在想到这一招，应当说是非常厉害的手段。无奈倔强的山本根本不买帐。
一次，一些极右分子传话给山本，说要向全社会揭发他的私情，山本听罢大不以为然地说：〃难道你们不拉屎放屁吗？假如你们之中有人不拉屎放屁，也从未和女人有过云雨之情的话，我倒要见识见识，听听他的高论。〃
极右分子见这一手段不行，便改以恐吓、暗杀手段。当时在海军军令部任职的泽本赖雄曾问山本：
〃我听说你收到不少恐吓信，是真的吗？〃
〃是的。〃山本答道，〃更有甚者竟说第二天就把我弄死。不过，我认为，杀了我并没有用，丝毫也改变不了海军的观点和立场。本人深信，我的后任次官会和我说同样的话。即使换上5个甚至10个新的次官，也不会改变海军的主张。〃
当时海军省经常收到〃宣言书〃、〃请愿书〃、〃劝辞书〃和〃锄奸书〃。有一份胁迫山本辞职的〃劝辞书〃这样写道：海军次官山本五十六阁下：
日英一战势在难免。此战，乃以吾皇道建立世界新秩序之圣战。断绝与英邦交，缔结日、德、意三国军事同盟，乃吾帝国当今务须采取之紧急国策，舍此无以赢战。然，现今国内尚存一段依附于英国之保守势力，实为已亡〃幕府〃之续尔。贵官即亲英派之首，且勾结海相米内，竭力阻止维新国策之遂，实出尔等之私利，现已昭然于天下。尔等之所为，使我帝国海军面临堕为重臣财阀私