安南之役的失败和刘宣一席话，其实也是一轮“神风”，又一次使倭国列岛免于灭顶之灾。
元军各行省军在潭州修整后，为报“奇耻大辱”，在至元二十三年（1285年）大举南伐，下命镇南王脱欢和左丞相阿里海涯平定安南后，扶投降元朝的陈益稷为安南国王。
六月，元朝大军一入境，安南王陈日烜“复弃城遁”，逃跑成习惯。
由于太子真金的病亡以及卢世荣被杀后元朝财力的捉襟见肘，忽必烈对安南之征心存犹豫。为此，吏部尚书刘宣又上言，指出：
“安南臣事已久，岁贡未尝愆期，往者用兵无功，疮痍未复，今又下令再征，闻者莫不恐惧。且交、广炎瘴之地，毒气害人，甚于兵刃。今以七月会诸道兵于静江，比至安南，病死必众，缓急遇敌，何以应之？又，交趾无粮，水路难通，不免陆运。兼无车牛驮载，一夫担米五斗，往还自食外，官得其半，若十万石用四十万人，止可供一二月军粮，搬载船料军需，通用五六十万众。广西、湖南，调度频数，民多离散，户令供役，亦不能办。况湖广密迩溪洞，寇盗常多，万一奸人伺隙，大兵一出，乘虚生变，虽有留后人马，疲弱衰老，卒难应变。何不与彼中军官深知事体者，论量万全方略！不然，将复蹈前辙矣。”
元朝的湖广宣慰司也上奏说民力已尽，不胜其困，希望“俟来岁天时稍利”再南伐。思考后，忽必烈同意，下诏止军，暂停伐安南。
但是，转年正月（至元二十四年，1286年），元朝“发新附军千人从阿八赤讨安南。又诏发江淮、江西、湖广三省蒙古、汉军七万人，船五百艘，云南兵六千人，海外四州黎兵五千，海道运粮万户张文虎、费拱辰、陶大明运粮十七万石，分道以进”，并设征交趾行尚省，由镇南王脱欢节制。
此次元军十万左右大军进攻安南，准备充足，水陆并进。除在思明州派人留守辎重外，脱欢自率一道兵马由东道女儿关入击，程鹏飞等人领兵从西道永平进攻，并令阿八赤率万余精兵为前锋军，直杀安南境内。元军水军从海道出发，在安邦口遭遇安南水军四百多艘，首战克捷，斩首四千多，活捉一百多，获敌船百余艘。获胜后，直趋安南。程鹏飞一军连夺老鼠关、陷河关、茨竹关，十七战全胜，杀伤安南军甚重。镇南王脱欢一军进逼茅罗港，安南的兴道王陈峻慌忙逃遁，元军攻克浮山寨。
脱欢稳扎稳打，留程鹏飞率兵二万守万劫，在普赖山至灵山沿线修筑木栅工事。然后，他下令乌马儿与阿八赤率元军水陆两军，直趋交趾都城。陈日烜当然故伎重施，带着世子等人脚底抹油，弃都而逃，跑到敢喃堡固守。不久，元军攻克敢喃堡，陈日烜父子又乘船遁入茫茫大海之中。元军诸军齐追，在天长海口扎营，“不知其所之”。见追不上安南王陈氏父子，军粮马上要吃完，元军只得还军升龙，并派出乌马儿率水军出港迎接张文虎等人的粮船，同时，派数股部队入山，杀人搜粮。其间，元军各个击破，攻克个沉、魏寨、磨山等多个安南军战略据点。
至元二十五年三月，脱欢自己率军往万劫方向回军，命阿八赤为前锋，又破三江口，夺取安南屯兵据点三十多处，斩首万余级，获船二百多艘，得米十余万石。乌马儿水军在海上遇安南水军千余艘，突前冲击，打破对方，并获米四万多石。但是，元朝水军并未接应到张文虎等人的运粮船，只得掉头返回万劫。其实，张文虎那只运粮船队，在绿水洋（今越南广宁）遭遇大批安南水军，只得沉粮于水中，遁回琼州。费拱辰粮队也在惠州出发后遇大风，漂往琼州。而徐庆那一只运粮船队，同样是遇海风不得进，被吹至占城，最后也只得去琼州靠岸。由此，元军的补给基本无望。
至此，元军在战争中虽获军粮十多万石，屡战屡胜，但进入安南的元军人数太多，人吃马喂，粮草后勤很快就成了大问题。更可怕的是，天气渐热，安南的气候对于蒙古人、北方汉人等兵士来讲是最大的敌人，很快疾疫流行，元军减员严重。与此同时，“诸蛮复叛，所得险隘皆失守”。
在这种情况下，诸将不得不向脱欢直言：“交趾无城池可守，无仓庚可食，张文虎等人粮船又不至。天时已热，恐粮尽兵疲，不能久支。为避免朝廷蒙羞，宜全师而还。”
镇南王脱欢很郁闷，老父忽必烈这次给自己第二次机会来攻安南，正是想让自己戴罪立功挣回面子，殊不料又无功而返。审时度势，他也只能下令退军。于是，四月间，脱欢命乌马儿率水军先还，并派程鹏飞等人将兵护送。他本人率军从陆道往回撤。
安南王陈日烜此时来了精神，集散兵三十万守御东关，控扼元军归路，“诸军且战且行，日数十合”，元军撤军路上危险重重，安南兵又在暗处，挖陷阱，放毒箭，元军死伤无数。脱欢运气好，最终从单已县走小路逃往盝州，最终得还思明州。但是，乌马儿一部水军就没那么好运气了，他们在白藤江正中安南军队的埋伏，又遭火攻，元军不是被杀死就是被烧死，命好的掉入江中淹死得全尸。乌马儿等将领也在交战中被杀，几万人的水军全被安南人包了“饺子”。
虽然取得大胜，安南王陈日烜也怕元军第四次重来，他得便宜卖乖，“遣使来谢，进金人以代己罪”，总算让忽必烈面子上稍稍过得去，有台阶可下。
损兵折将不说，耗费钱财无数，大元朝的脸面丢得精光。蒙古自起兵以来，灭国无数，驰骋无敌，偏偏在安南这小河沟一而再、再而三翻船，确实让忽必烈震怒不已。特别是对儿子脱欢，更是恨他不争气，“令出镇扬州，终身不容入觐”。
其实，安南这只“耗子”之所以能击败元朝这只“大象”巨无霸，无非是地形、气候起了决定性因素，与战争性质的“正义”、“非正义”一点儿关系都没有。此外，元军残暴的声名也最终使安南内部团结起来，一致“抗鞑”，最终阻止了元军征服的步伐。
老皇帝忽必烈对安南之败耿耿于怀，一直想伺机报复，并在1292年部署兵力，准备四征安南。诏令未下，忽必烈病死，安南终于躲过大劫。
忽必烈死后，元成宗即位，罢征安南。当时，陈日烜已死，其子陈日燇在位，遣使入贡，双方关系保持得还算可以。安南使臣也胆大，趁朝贡期间私自绘制元朝宫苑图样，暗中购买元朝地图与禁书。到元仁宗时代，安南人更加放肆，数万军队进攻镇安州，“杀掠居民，焚烧仓廪庐舍”，大掠而去。不久，安南王世子亲自带兵进犯养利州，又杀掠两千余人。此时的元朝早无昔日威风，特别“讲理”，最终双方在外交层面“解决”了问题，元朝吃下哑巴亏。但无论如何，从名义上，安南一直以元朝藩属存在着。
元朝帝王的“精神生活”——佞佛滥施
蒙古帝国兴起之后，施政残酷，赋税繁重，但在宗教政策方面却出奇的开放，允许“百花齐放”。当然，一切均有一个前题：为大元帝国服务！刀光剑影之中，十字架、降魔杵、道锣袄火，好不热闹。蒙古人本身信奉的宗教，是一种多神的萨满教，即女巫跳大神的那种原始宗教，占卜烧骨，驱魔治病，祈祷“长生天”，信仰“三魂”，形式比较低级。成吉思汗时代，中原汉地的僧人海云和道士邱处机等人深得青睐，但并非是这些人的道行和佛法让铁木真开窍，主要是老可汗想从这些人身上得取“常生不长”术，典型的蒙古实用主义思想。蒙哥汗时代，密宗大和尚那摩获得信任，并在1255年僧道第一次于和林举办的“大专辩论会”上击败道士，蒙哥汗为此宣布：“佛门如掌，余皆如指”，把藏传佛教置于儒、道两教之上。三年以后，僧道第二次辩论会开平之辩，由忽必烈主持，由于他本人的“上师”就是吐蕃人八思巴，倾向性明显，自然佛教又获胜。
八思巴像讲起元朝的藏传佛教，必定要讲八思巴这个人。此人是萨思迦派首领萨班的侄儿，七岁时即能诵经数十万言，“国人号之圣童，故名曰八思巴。”萨班去世后，这位少年便被拥戴为萨迦派第五位教主。1252年，八思巴在六盘山与时任“总领漠南军事”的蒙哥汗之弟忽必烈相见。由于要行军经过藏地，忽必烈把八思巴请来，本是想让他协助蒙军到藏地征集军需物资。八思巴婉拒，表示说藏地地广人稀，财源稀少。忽必烈恼怒，便想马上打发八思巴回老家。但是，由于忽必烈的正妻察必信奉密宗，便劝夫君说，八思巴功德盛大，应该把他留下。此前，察必刚刚接受了八思巴的“喜金钢灌顶”。“灌顶”本是古印度一种宗教仪式，即取四海之水灌洒于国王头顶以致福运，后为密宗借用，常以此仪式向人行传法灌顶和结缘灌顶。女人喜欢这些奇怪的仪式，察必受灌后把自己价值连城的一粒硕大珍珠“贡献”给八思巴，崇敬得不行。枕边风最硬，忽必烈又传八思巴入见。为了保住萨思迦派在藏的优势，八思巴历数自己宗族教派长期以来在吐蕃、西夏、印度等地的崇高地位。派人察问，一切属实，忽必烈大悦，与八思巴日见亲近。
在老婆察必撺掇下，忽必烈也想“灌顶”。关系好归关系好，八思巴非要忽必烈在仪式上跪受仪式，以弟子身份膜拜“上师”（即八思巴本人）。忽必烈不悦，蒙古人当时正在兴盛的巅峰，自然不愿意宗教凌驾于世俗王权之上。最后，还是察必提出一个折中方法：“听法及人少之时，上师可以坐上座。当王子、驸马、官员、臣民聚会时，恐不能镇伏，由汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师不下诏命。”这稀泥和得好，既让忽必烈脸面过得去，又给了八思巴在吐蕃“话语权”的实惠。皆大欢喜之余，1253年初，忽必烈在大营中接受“喜金钢灌顶”仪式。当时，“弟子”38岁，“上师”才16岁。
仪式结束后，忽必烈向八思巴“孝敬”了一块由巨大羊脂好玉雕成的印玺，并赠黄金白银珍宝袈裟无数。而后，有好长一段时间八思巴经凉州返回西藏，但师徒二人精神上的关系十分亲密。
忽必烈支持密宗、推崇藏传佛教的最初出发点，无非是想“因其俗而（怀）柔其人”，统战手段而已。但蒙古人一直缺乏健全的、高级的“精神生活”，佛教又“博大精深”，忽必烈很快就成为真正虔诚的佛教徒。中统元年（公元1260年），忽必烈继汗位后，马上封八思巴为国师，授其白玉大印，“任中原法主，统天下教门”。至元元年（1264年），忽必烈又设总制院（圣元二十五年改名为“宣政院”），负责蒙古的一切宗教事务，并让八思巴负责。所以说，忽必烈时代，八思巴成为元帝国的一切辖地的“精神领袖”，真正的“教皇”。藏传佛教，终于奠定了他们在蒙古统治地区的无上地位。
八思巴对元朝做的真正有实际意义的一件事，是至元六年奉诏创制蒙古新字，“其字仅千余，其母凡四十有一”。在此之前，蒙古人自己没有本民族文字，刻木结草记事而已。蒙古人兴盛后，主要以汉语和畏兀儿语传递文书和发布命令，“考诸辽（国）、金（国），以及遐方诸国，例各有字。今（蒙古）文治浸兴，而字书有缺，于一代制度，实为未备”，所以，八思巴的“蒙古新字”，终于填空了元朝“立国规模”的一顶大空白。由此，忽必烈“升号八思巴曰‘大宝法王’，更赐玉印”。八思巴“新字”，实际上是在藏文字母的基础上，又弄出整套方形竖写的拼音字母。由于他本人精熟梵语、蒙古语，又是学者出身，在弟子帮助下，鼓捣出这种文字方案，应该不是件很难的事情。但是，由于八思巴文难于习写，不能在帝国中下层以及汉人中间推行，元末渐废弃不用。现在，八思巴文的研究反而成为不少中外学者的“饭碗”，因为忽必烈时代不少公文、案牍、碑刻以及钱币上均有八思巴文，许多佛经也译成八思巴文。
1276年，八思巴回藏地。忽必烈依依不舍，一直把这位“精神导师”送到青海的阿尼玛卿雪山之下，二人才依依惜别。估计在大都八年多，大和尚得了“氧中毒”，四年之后，八思巴就病死，年四十六。忽必烈闻之震悼，赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”。基本把能用上的好字都用上了。
从八思巴本人讲，他不仅推动了蒙藏之间的关系，又加强了吐蕃藏地依附中原帝国的纽带，确实算个“好人”。而后，清朝帝王有样学样，进一步利用宗教关系加强了对西藏的统治，并推陈出新，创造出达赖、班禅等转世制度，确保了对藏地的统治。
此外，据元末作家叶子奇的《草木子》记载，忽必烈尊崇八思巴，还有以下的一个原因：
世祖（忽必烈）既定天下，从容问刘太保（刘秉忠）曰：“天下无不败之家，无不亡之国，朕之天下，后当谁得之？”刘（秉忠）曰：“西方之人得之。”世祖以八思麻（八思巴）帝师有功，佐平天下，意其类当代有天下。（忽必烈）思为子孙长久计，欲阴损其福，而泄其气。于是，尊其爵至于一人之下，万人之上。丰其养至于东南数十郡之财不足以资之，隆其礼至于王公妃主皆拜伏如奴隶。甚而为授记，藉地以发摩顶以足代马凳子以脊，极其卑贱。及其（八思巴）既死，复于西方再请一人，以袭其位，事之一遵其制。其所以待之如此者，盖所以虚隆其至贵之礼，冀阴消其天下之福，以延其（忽必烈的元朝）国家之命。岂知历数不可以虚邀，福禄为彼之妄得？
这种记述，很有可能也是忽必烈的一种心理因素，毕竟元朝皇帝都是大迷信之人。可见，后来的清朝达赖和班禅的转世制度，最早的灵感都是源于忽必烈。
由于八思巴受到如此宠遇，蕃僧在元朝国内的地位日益提高。这些人自恃能为蒙古帝王祈祷行愿，恃恩恣行，成为“色目人”中势力最大的一伙儿。忽必烈即位不久即颁诏书，下令各级官员、军队对藏僧“皆不准欺凌，不准摊派兵役、赋税和劳役”。密宗的殿舍，金牌使者也不能占宿，更不准向喇嘛庙“索取饮食和乌拉差役”，并且详细列明密宗寺庙不能占用的财产名目。
至于施舍赏赐方面，元朝皇帝对密宗僧人的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的汉人大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”而且，元朝基本上每位皇帝即位前，都要接受形式繁琐的藏传佛教仪式，“先受佛戒，方正大宝。”由此，元朝皇帝对藏僧赐物赐田，不计其数。举例来讲，据“虞集大护国仁王寺恒方碑”记载，这一处寺庙，就在大都城外拥有水地近三万顷，陆地三万五千倾，并占有山林湖泊鱼荡竹场等二十九处；泰定帝时，大天源延寺在吉安、平江二地就有一千多亩田为“永业”；元文宗时代，川地的大承天护圣寺，一次就获赐十六万九千多顷土地为“永业”。与之相较，云南一地，建孔子庙为学校，元廷仅拔地五顷。没过几年，这五顷地仍为当地的大德寺所侵夺。
由于地位尊崇，有地可图，藏僧来内地也络绎不绝。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用