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由于案件未得到解决，2月28日清晨，愤怒的群众便举行示威游行，要求“惩罚杀人凶手”。沿途的民众陆续加入，使整个游行队伍达到数万人之多。他们高喊“打倒陈仪”、“打倒贸易局”、“实施台湾高度自治”等口号，并沿街敲锣打鼓通告罢市。全市商行，立即响应，全部关门闭户，学生则全部自动罢课。渐渐地，群众的愤怒情绪已无法控制，游行示威转化为暴力行动。他们行至太平町一派出所前，该所警长黄某欲上前加以制止，受阻而激愤的民众便将其围住痛打，并冲入派出所内，捣毁所有物品。之后，游行队伍又向专卖局台北分局挺进，冲进局内打死该局职员2名，伤4名，并将局内的香烟、酒、家具、现钞，甚至汽车、自行车等都搬到街道上当众焚毁，一时火光冲天，整整一天都没有熄灭。下午，游行队伍又转赴长官公署陈情请愿。由于长官公署四周已经布置了大批武装部队阻止民众接近，激昂的民众不顾哨警的制止就冲了进去。突然公署楼上有机关枪向民众扫射，瞬间6名民众倒地，其中4人丧生，2人重伤，人群便迅速躲闪。但不到一个小时，分散的人群突然疯狂起来，许多激愤的民众对身穿中山装的贪官污吏追打，焚烧他们的汽车，其中为数不少的外省人公务员被殴打，真正的暴动由此开始。
28日下午3时，激愤的民众聚集在台北“新公园”，召开“民众大会”，决议彻底抗争。随即民众占据公园内的广播电台，播送台北缉烟血案的经过，号召全岛人民一齐奋起反抗。这一消息又经铁路站或邮电局的电话，一站一站，一局一局地传下去。3月1日起，事件迅速扩及中南部，两三天内，各地响应台北的行动纷纷出现，全岛各大城市及部分乡镇皆发生骚动，各地愤怒不平的民众攻击官署警局，殴打大陆人，发泄一年多来对国民党政权的怨愤之气。国民党军警人员开枪镇压，各地死伤的消息频频传出。
“缉烟血案”发生后不久，消息便传至基隆，愤怒的民众纷纷起来响应台北市民的起义。2月28日晚，即有市民进攻警察局，宪警及要塞司令部派兵开枪镇压驱散。3月1日，基隆要塞司令部颁布戒严令，市民以罢市、罢工、罢课对抗，全市顿时成为“死市”，只能听到军警鸣枪警告。3月1日至3日，无论市内或郊外，民众与军警的冲突频频发生，造成多人死伤。
2月28日晚，台中市民收听到台北市号召全岛人民起义的广播后，台中市参议会召集台中县及彰化市的参议员举行联席会议，决议支持台北市民起义，并提出两点要求：一是即时改组长官公署，二是即时实施省、县、市长民选。倘若长官公署不接受要求，便立即推动全岛性的罢市、罢工、罢课。3月1日上午，民众在台中戏院召开市民大会，台共领导人谢雪红被推为大会主席。参加大会的民众散会后在市中心举行示威游行，旋即攻击台中警察局，解除警员的武装，扣押局内的枪支弹药。下午，民众又攻击专卖局台中分局，焚毁局内财物后，再前往台中县县长刘存忠的官舍，但遭受枪击，造成死伤数名，民众因而更为气愤，冲入官舍把刘等官员痛打一顿，将其监禁于警察局拘留所。晚上，起义的民众攻陷“七五供应站第四支库”及“第三飞机厂仓库”，扣押了300多支枪支，俘虏了300多名官兵。3月3日，自发性组织起来的各武装队伍，夺取了台中市党、政、军机关，市长黄克立逃逸后被缉获，全市外省籍公务员及眷属300余名则被集中看管。随后，各武装部队经过整合，成立“二七部队”，控制台中地区。
3月1日，事件的消息传到嘉义市。下午3时，由台中南下的三辆卡车载来一批青年，在嘉义中心向聚集的群众报告事件的经过，并呼吁嘉义市民响应抗争行动。市民立即响应，各自编制队伍，以木棍、竹剑等当武器，分头袭击市长官舍与政府机关，殴打官吏，烧毁财物。接着袭击警察局并扣押局内枪械子弹。3月3日，“三民主义青年团”嘉义分团与嘉义市参议会联合举办市民大会，成立“嘉义防卫部”，这是当时全岛最大规模的民众作战部队。下午，嘉义“民众部队”攻击第19军军械库，并控制嘉义广播电台，晚上又攻陷了嘉义市政府。3月4日，“民众部队”约3000人大举攻击国民党军营及政府官员聚集的嘉义中学，经过一番激战，军营被攻陷。国民党军分两路逃走，一队逃向兵器库，另一队则进入嘉义水上飞机场内。民众部队追击败走的国民党军，围攻兵器库，经过一番激烈战斗，国民党军队投降。但国民党军队在投降前把兵器库炸毁，因而“民众部队”未能获得预期的大量武器。3月5日，嘉义的民兵与来援的台中队、斗六队、新营队等联合，合力向水上机场发动总攻击，占领水源地及发电厂，切断通往机场的水电。国民党军队觉得形势愈趋不利乃提议停战，并提出市民应将所携武器全部集中于警察局，向飞机场提供食物等条件，“民众部队”未加细想便答应停战。然而，这只不过是国民党军队的缓兵之计，到了下午，突然出现来自台北的飞机数架，投下大量武器、弹药、粮食等，国民党军队获得补给后，立刻发动反攻，遭遇突然袭击的“民众部队”，死伤300余人而败退，国民党军乃乘胜攻入嘉义市内。于是，两军就在嘉义市内展开了一场激烈的市街战，双方僵持了5天。由于从台中南下的援军及时赶到，“民众部队”又把国民党军赶到飞机场。在“2·28事件”中，嘉义地区可以说是冲突最严重、战况最激烈的地区。
不幸的“2·28事件”（2）
3月2日下午，台南市面上到处聚集游民学生。至深夜，市区开始骚动，有民众攻入派出所夺取枪支。3月3日下午，各派出所及第三监狱的枪支、海关仓库物品、警察局保安队武器弹药全为青年学生所接管。3月3日晚，来自台北的青年呼吁高雄市民起义，高雄市民随即响应，围攻警察局、派出所，没收大量枪支弹药。3月4日，“高雄市三民主义青年团”台湾人团员全部起义，许多青年学生公开1949年，国民党撤退台湾武装反抗。3月5日，青年、学生聚集于高雄中学，并编成部队，分头攻击宪兵部、陆军兵器库等，获得大量枪械、子弹，并俘虏了700余名国民党官兵。除了在寿山的“高雄要塞司令部”之外，全市的军、政机关均为民众军所控制。全市外省籍公务员逃入“高雄要塞司令部”。青年、学生与宪兵驻军双方发生激烈的冲突，学生死伤很多，学生最后弹尽援绝，趁黑夜突围逃出。
除此之外，新竹、屏东、宜兰、花莲、台东等地也发生了武装暴动，市民攻击警察局、驻军、官舍，抢夺武器的事件。
以上各地起义、暴动，性质并不一致。有些地方确是武装反抗，如嘉义的“民众防卫部”、台中的“二七部队”，高雄的青年学生兵，但有的地方却只是民众自行维持地方治安。在各地的行动中，参与的民众也相当复杂，包括青年学生、失业者、地方领袖，但也有地方流氓混迹其中。
由于不了解祖国大陆的现况，很多台湾同胞不可能把陈仪政权中的贪官污吏和自大陆来台工作的中下层职员区分开来，广大台湾同胞和国民党政权的阶级矛盾，在当时的历史条件下一度转化为“本省人”和“外省人”的省籍矛盾。因此在“2·28事件”中，各地部分愤怒的民众看到外省人就殴打，使许多无辜的平民百姓遭到池鱼之殃，结果是原先作为反抗对象的高官丝毫无损，遭殃的反是小公务员、商人、妇孺。另一方面，也有许多台湾人，在动乱中保护大陆人，或救助受伤的大陆人，也有不少“外省人”同胞认识到这是一场“打错了”的悲剧。
据研究，在事件中痛打外省人的，多数是台湾本地的流氓和从海南被日军征召入伍而在战后返台失业的台籍士兵。至于广大善良的台湾同胞却是保护“外省人”的。当时率新中国剧社在台北演出，住在台北市三义旅馆的戏剧家欧阳予倩先生，正好目睹了殴打“外省人”的这一幕悲剧：“有50几个人走进旅馆，叫男社员全到外边让他们打，经过旅社主人和两个台湾学生向群众解释，说他们只是剧社的演员，既非官吏，又非商人，群众才退去。”当然，应当承认，满街殴打外省人的情况，的确也激起了省籍矛盾。老记者王康年追忆当年他从馆前街一家旅社楼上窗口，“看到满街打外省人的景象，既气愤又伤心，我想不到台湾同胞竟如此残忍。冤有头，债有主，长官公署开枪杀人，你们去打长官公署好了，为什么找无辜的外省人出气。”欧阳予倩指出“事件是积愤触发的，排斥外省人，不过是一个小插曲。”
为了平息民众的愤怒，解决各地民众的暴动，3月1日，台北市参议会邀请“国大代表”、“国民参政员”及省议员等组织“缉烟血案调查委员会”，并建议行政长官陈仪筹组“2·28事件处理委员会”，由省内各参议员、“国大代表”以及商会、工会、学生、民众、政治建设协会等五方选出的代表组成。3月3日，“2·28事件处理委员会”召开首次会议，会中商定军队撤回军营，地方治安由宪警和学生青年组织治安服务队维持。随后，全省各地以县市参议会为主体的“2·28事件处理委员会”地方分会相继成立，竞相开会，并提出事件处置的对策与政治改革的要求。“2·28事件处理委员会”也逐渐由一个原本只是在平息事件、料理善后的临时组织，发展成一个开展政治改革运动的团体。3月5日，“2·28事件处理委员会”正式通过组织大纲，提出“改革台湾省政治”的宗旨；3月6日，“2·28事件处理委员会”发表的告全国同胞书中更指出，“2·28事件”的发生“目标在肃清贪官污吏，争取本省的政治改革”。3月7日，“2·28事件处理委员会”提出“改革方案四十二条”（后精简为32条），包括要求省自治、保障人民各项基本权利、撤销贸易局和专卖制度、废除苛捐杂税，接收日产由省政府自行处理等多项内容。行政长官陈仪一方面对“2·28事件处理委员会”的意见和改革纲领虚与委蛇，另一方面则电请蒋介石派遣整编21师的一个加强团来台“镇压叛乱”。3月8日中午，宪兵队第四团团长张慕陶与“2·28事件处理委员会”委员进行谈话，除肯定政治改革目标，呼吁勿牵涉军队之事以刺激“中央”外，并以生命担保“中央”决不调兵，“2·28事件处理委员会”当天就发表取消这32条的声明。然而，蒋介石派往台湾的21师已经出发，而这32条也就成为“反抗中央背叛国家阴谋”的罪证。
血腥镇压悲剧（1）
“2·28事件”只是一种自发的民变，并不是什么叛乱，其提出的口号也只是要求“民主”和“自治”而已，但是国民党当局却采取了残酷的镇压手段。南京政府接到陈仪有关“2·28事件”的报告后，无论是蒋介石还是其他高层官员，都认为要以叛乱案处理，派出军队坚决镇压。在国民党的残酷镇压下，“2·28事件”最终以失败告终，“2·28事件处理委员会”被当成非法组织解散，参与“2·28事件处理委员会”的成员被列为“叛乱首犯”或遭逮捕或被处死。
3月8日下午，就在张慕陶向“2·28事件处理委员会”保证中央绝不调兵的一小时后，国民党的增援部队第21师抵达基隆，接着从福州运来的宪兵第四团两个大队也登陆基隆港。同时，21师的另外3000名士兵则在高雄登陆。这些援军登陆后，便开始进行血腥镇压，状况十分惨烈。根据基隆市一名职员供述，在他亲自看到或听到的范围内，市警察局在要塞司令部的指挥下，抛入海中的市民达2000人；凡是被发现有日据时代的任何徽章、帽子、旗子及防空演习用的臂章，其家中的男人一概被抓。一位基隆市民事后讲述：“登陆的士兵对着码头工人与苦力，未加任何警告就突然用机枪扫射，瞬时有数十名、数百人的工人应声倒下，悲鸣与哀号声四起。市民见状便乱奔乱窜，慢一步的人就可能成为枪口的猎物。死伤者到处皆是。我的人生观与中国观一下子颠倒过来”。
3月8日当天，陈仪一听到援军登陆基隆后，立即下令解散“2·28事件处理委员会”，并颁布戒严令，开始由武装的特务、宪兵、警察抓捕“叛乱分子”。在铁路管理委员会执行任务的30多名青年学生则全体被捕，有的被刺刀刺死，有的被推出窗外。一位法官是这样讲述的：陈仪于8日下午，先派了一个大队包围中山堂，其中的一中队冲进中山堂内，将各楼各室正在处理各部门事务的学生、青年共200名，乱杀一阵。9日至13日之间，足足四夜，到处都有军队在开枪。马路上、小巷内，铁路边，到处是死尸。对于国民党援军的滥杀行为，美国国务院发表的《对华白皮书》中是这样记述的：3月9日起，在美国领事馆的宿舍前面，工人并未有任何挑衅行为，就被刺刀刺死。妇女从家中被拉走，老人跑出来抗议，即被两军人砍倒。服务于教会的一位加拿大籍护士，勇敢地在枪林弹雨中抢救受伤的人们，当她带领负伤者往医院的途中，军人就从后面开枪。有军人看到任何喜爱的东西，就掠夺过来，也抢夺行人的钱财。领事馆附近一带，许多商店主人被射击。
3月10日，国民党即将镇压台中市的风声不断传来，以致整个台中人心惶惶，秩序益加混乱。“二七部队”为避免冲突伤及无辜的市民，乃决定撤守埔里。3月13日，国民党军在林献堂等人的欢迎下进入台中市。虽然不敢公然镇压，但特务人员却暗中绑架、谋杀异议分子，并下令通缉谢雪红、林西陆、杨克煌等人。3月14日至16日，“二七部队”与大举进攻而来的国民党军展开激烈战斗，但寡不敌众，弹药也几乎消耗殆尽，乃于16日深夜解散，队员各自找寻逃亡之路。
嘉义市是这次起义中规模最大、战况最激烈的地方。3月9日，被包围在嘉义水上机场的国民党军队，派市长和省参议员刘傅到民众的“防卫司令部”讲和，条件与5日所提的同样：一是市民所携武器全部集中于警察局，不得使用。二是市民提供白米20袋、蔬菜水果3000斤。另一方面也派嘉义中学校长唐玄飞往台北请援。3月10日，“防卫司令部”再次答应，便于11日推举陈复志等12名代表，分乘两辆满载着食物、青菜和香烟的卡车运往机场。不料途中遭受国民党军队的埋伏袭击，除了三人逃脱外，其他代表尽被捕杀。失去领导者的民众军队，顿时陷于混乱状态，且遭受国民党军队的乘势反攻。12日下午，大批国民党军队空运到嘉义机场，立即在嘉义市内展开抓捕行动，有数百名市民惨遭杀害。
3月6日，高雄市“2·28事件处理委员会”为了减少牺牲，�