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在控制两岸关系的机构成立后，李登辉当局又制订了一系列推行“实质台独”、甚至“两国论”的路线、政策、法令和法规。1991年2月23日，台湾当局公布了“国家统一纲领”（简称“国统纲领”）。“国统纲领”共分为前言、目标、原则、进程四部分，关键的“统一进程部分”又分为“近、中、远程三个阶段”。“纲领”强调，“中国的统一，其时机与方式，首应尊重台湾地区人民的权益并维护其安全与福祉，在理性、和平、对等、互惠的原则下，分阶段逐步达成”。“统一进程”分三个阶段，在近程阶段中，提出“在互惠中不否定对方为政治实体”、“两岸应摒除敌对状态，并在一个中国的原则下，以和平方式解决一切争端”、“在国际间相互尊重，互不排斥”等“三个前提”实现后，方能进入中程阶段，两岸人民迫切希望的“三通”则属于中程阶段的范围。纲领声称，在中共有善意回应之后，才可进入协商统一的远程阶段。“国统纲领”是台湾当局40多年来公开提出的第一个关于“国家统一”的方案，实质上是一个十分明显的“独台纲领”，不过是“一国两府”或“一国两区”的翻版。“国统纲领”还明确提出了近程阶段的“三个前提”，实质上是对台湾拖延统一、搞“两个中国”的主要借口加以系统化和标准化。所以，“国统纲领”提出的阶段、前提、条件，无非是一个“拖”字，是要“拖以待变，拖中有独”。
1991年4月30日，李登辉宣布终止持续了43年之久的所谓“动员戡乱时期”；同时着手修订或废止与“戡乱体制”相关的150多种法律、法规。1992年7月16日，“立法院”三读通过策划4年之久、屡受争议的“台湾地区与大陆地区人民关系条例”。这些律令的实质是，全面规范日益频繁的两岸民间交流活动，在想限制又没法限制的情况下只有进行严加管制。
在上述机构和政策的指导下，两岸开始进行事务性谈判。在“海基会”成立以前，两岸民间的事务性接触已经开始。为解决两岸交流中出现的问题，1989年12月16日，大陆海峡两岸经贸协会与台湾海峡两岸商务协调会在香港举行了首次会议，双方就有关事宜签订了“协议书”。1990年7月4日，两个协会在北京举行了第2次会议，并设立了调解仲裁、商标专利、法律服务、工商咨询4个专业委员会。同年9月，两岸红十字会首次在金门进行商谈，达成海上遣返问题的“金门协议”。
具有官方背景和授权的民间中介机构“海基会”和“海协会”成立后，两岸民间这种事务性、技术性和功能性的接触商谈便主要由两会来进行。从1991年4月28日起，“海基会”副董事长兼秘书长陈长文率领访问团抵达北京起，与“海协会”进行商谈，两会先后进行了17次谈判。其中，1992年3月，“两岸文书验证”及“建立两岸挂号信函查询补偿事宜”进行磋商，开始涉及“一个中国”的表述问题。10月28日，两会又派出代表在香港举行第2次磋商，双方在一个中国原则上形成的共识，被台湾当局推翻。两会于1992年11月16日和1993年3月分别在香港和北京举行的商谈中，大陆代表最后同意台湾当局提出的“一个中国原则由两会各自采用口头方式表述”的意见，促成就在事务性商谈中各自以口头方式表述“海峡两岸均坚持一个中国原则”一事达成共识。双方同意各自表述“海峡两岸均坚持一个中国”，为下一步两会商谈提供了政治基础。
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1992年1月8日，“海协会”致函邀请“海基会”董事长或秘书长到祖国大陆来访问。同年8月4日，“海协会”会长汪道涵也向台湾“海基会”董事长辜振甫发出“汪辜会谈”的邀请，希望“就当前经济发展及双方会晤诸问题，交流意见、洽商方案”。8月22日，辜振甫接受邀请。但此后因台湾当局反对将“一个中国”原则写入“两岸公证书使用查证”和“两岸挂号函件丢失查询补偿”两协议，一再拖延“汪辜会谈”的时间。
1993年初，祖国大陆为促成“汪辜会谈”，同意各自表述“一个中国”和会谈在第三地进行的要求，台湾当局没有拒绝的理由。此时，台湾当局也有意通过提高两岸商谈层次，显示台湾与大陆“对等政治实体地位”。
1993年3月18日，台“行政院陆委会”正式公布了《辜汪会谈背景说明书》，称这次会谈是“两岸政府正式授权之民间中介团体高层负责人首度会面”，其性质为事务性和功能性，不涉及政治问题。经过3次会谈，到4月26日，关于“汪辜会谈”的一些技术性大陆“海协会”会长汪道涵（右）与台湾“海基会”董事长辜振甫（左）交换签署四项协议的文本细节达成协议。
4月27日至29日，“汪辜会谈”在新加坡正式举行。海峡两岸关系协会会长汪道涵在与台湾海峡交流基金会董事长辜振甫首次会谈时，提出了关于两岸经济交流合作、科技文化交流和两会会务的具体意见。在近3天的会谈中，双方分别就上述议题交换了意见，并于29日上午正式签署了4项协议，即：《汪辜会谈共同协议》、《两岸公证书使用查证协议》、《两岸挂号函件查询补偿事宜协议》和《两会联系与会谈制度协议》。在这次会谈中，双方还商定了1993年内两会事务性商谈的一些议题，如关于“违反有关规定进入对方地区之人员的遣返及相关问题”、“共同打击海上走私、抢劫等犯罪活动问题”、“两岸海上渔事纠纷处理”、“知识产权保护”和“两岸有关法院之间的联系与协助”等5项议题。
“汪辜会谈”是两岸隔绝40多年后的第一次高层正式会谈，它在两岸关系发展史上具有极为重要现实意义和历史意义，对推动两岸关系向前发展起到了积极的作用。如果不是台湾当局后来故意制造事端，破坏两岸关系，“汪辜会谈”会继续进行，两岸各种交流将会有更大的发展。
“汪辜会谈”后，两会就此次会谈的后续事务性问题进行副秘书长级和副会长级会谈。祖国大陆方面为再次推进两岸事务协商，解决有关问题，于1993年底提出进行第2次“汪辜会谈”的建议。1995年4月，台湾当局正式同意举行第2次“汪辜会谈”。同年5月26日，“海协会”唐树备副会长一行赴台北，就第2次“汪辜会谈”与“海基会”焦仁和副会长进行预备性磋商，双方达成6点共识，并决定第2次“汪辜会谈”于7月20日在北京举行。但不久后，李登辉公开到美国大搞分裂祖国的活动，祖国大陆方面不得不做出暂停两会商谈的决定。
在两岸成立两会及建立正常接触渠道的过程中，两岸经贸关系得到了迅速发展，民间交流深入展开，文化艺术体育交流范围也在不断扩大。台湾当局也从开放探亲起步、被动应付，逐步走向大陆政策系统化、法治化。在两岸民间交流上，祖国大陆全面开放，一开到底，热烈欢迎；台湾当局则是逐步放宽，规定各种附加条件予以限制，因而使得两岸交流呈现出不均衡状态。两岸交流发展过程说明，没有祖国大陆的推动，两岸关系不可能取得如此快的进展和如此多的成果；如果没有台湾当局的限制和干扰，两岸交流将会取得更多的成果，发展得更快。
“一个中国”变调（1）
一个中国原则是国民党在特定的政治环境中，维持党内政治生态平衡、反对“台独”的政治基础。李登辉背叛一个中国原则，推销“两国论”，把国民党说成是“外来政权”，并且利用手中的权力强加给国民党作为党的指导思想，引起党内思想混乱，信念动摇。党内每次分裂固然有权力之争的背景，但是关于“台独”和“反台独”的政治理念之争也是重要原因。反对“台独”的人既被剥夺政治权利，又失去了在党内反对“台独”的自由，只得无奈之下离党而去。这是李登辉希望看到的结果。
李登辉的分裂主张，最集中地体现在大陆政策与一个中国原则问题上。“一个中国”成了搞“两个中国”、“一中一台”的招牌，成为他想方设法极力摆脱的精神枷锁。在“两国论”提出之前，李登辉混淆、否定一个中国原则的动作一个接一个，而且不断升级。
一是在两岸关系的定位上，由“一个中国”走向建立“两个国家”。李登辉自1988年1月上台后，他把蒋家父子坚持40年的“一个中国政策”放弃殆尽，一步一步走上“独台”的分裂道路。在接收蒋经国政治遗产时，李登辉当时也继承了“一个中国”原则。这是因为，他如果只要蒋经国留下的权力而不要“一个中国”的政策，则无法确立自己在国民党内和岛内的统治地位。所以他在上台后的第一次记者会上明确表示：“中华民国的国策，就是只有一个中国的政策，而没有两个中国的政策。”李登辉当选“总统”后，领导地位得到巩固，便开始推行带有李氏印记的内外政策。李登辉公开发表谈话称：“愿意同中共进行政府对政府的对话，对话必须在一个中国、政府对政府和双方地位平等的基础上进行。”“一个国家，两个政府这是现实”。所谓“一国两府”，即是在“一个中国”原则下，突出海峡两岸各有一个必须相互承认、对等的、合法的“政府”。这与蒋氏父子时代坚持的“中华民国政府是代表中国的惟一合法政府”显然不同，是李登辉为脱离“一个中国”原则而迈出的第一步。
1991年2月发表的、由李登辉主导制定的“国家统一纲领”，提出“不否定对方为政治实体”。同年5月10日，随着“动员戡乱时期”的结束，原来对中国共产党的诬称“叛乱团体”已不再适用，李登辉表示：“将视中共为控制大陆地区的政治实体，称它为大陆当局或中共当局。”“台湾已经是一个主权独立的国家，国名就叫中华民国”，“中共必须承认台湾是一个对等的政治实体”。以“一个中国、两个对等的政治实体”为两岸关系定位，比“一国两府”的用意更为危险。此一主张的提出，表明李登辉在脱离“一个中国”原则上又迈出一步。
1992年8月1日，“国统会”按照李登辉的指示重新解释的“一个中国涵义”，在正式报告中称“‘一个中国’应指1912年成立迄今之中华民国，其主权及于整个中国”，另一方面声称：“中国处于暂时之分裂状态，由两个政治实体，分治海峡两岸”，“中华民国目前之治权，则仅及于台澎金马”。上述结论，在表面上仍维持了蒋氏父子所坚持的“一个中国”的前提，实际上却提出和阐释了“分裂”、“分治”的新概念。对此，李登辉进一步说：“我主张中华民国在台湾，始终没讲过一个中国”；“一个中国是我们追求的目标，但这是将来……中华民国目前统辖台澎金马，拥有绝对而且完整的主权与治权，这就是为什么我说‘中华民国在台湾’的原因”；“目前的中国属于分裂，是一项不容否认的事实，中华民国在台湾，中共在大陆，应属平等的政治实体”。李登辉解释的要害是，“中华民国主权及于整个中国”已经虚化，“中华民国”已被“中华民国在台湾”所取代，从而也就取代了“一个中国”。1993年11月21日，台湾“经济部长”江丙坤依李登辉的指示，在西雅图召开的亚太经合会会议上代表台湾当局发表了“关于两个中国政策的声明”，公开提出“中华民国和中华人民共和国是两个互不隶属的主权国家，台北是以‘一个中国’为指向的阶段性两个中国政策”。“阶段性两个中国”是李登辉公开打出“两个中国”招牌的开始。
李登辉不断冲击“一个中国”原则，其用意越来越清楚。1994年3月底，李登辉以与日本作家司马辽太郎对谈的形式，表达了他关于两岸关系和台湾定位问题的主张。他毫无隐讳地说，台湾不是中华人民共和国的一个省，统治台湾的国民党政权是外来政权，他要充当《出埃及记》中的“摩西”，暗喻要带领台湾人走出中国，建立“台湾人的国家”。不久，李登辉又以接受台湾《自由时报》专访的形式，更直截了当地否认“一个中国”原则，称“现阶段是中华民国在台湾与中华人民共和国在大陆”；“中华民国在台湾是一个民主的独立主权国家”，“真正主权在民的国家”，台湾的“主权在所有的2100万人民”。李登辉长期以来在两岸关系、台湾定位问题上的变化，欲盖弥彰式的表白，至此完全露出底线。这就是图谋使一个中国，变为“一个中国”、“一个台湾”。
李登辉确实想充当“台湾的摩西”，踏上分裂祖国的不归路。1994年7月台湾当局发表的“台海两岸关系说明书”和1997年2月发表的“一个分治的中国”说帖，以“分裂分治”为名公开背弃一个中国原则。因此，自1992年初至1993年11月间，分别提出“分裂分治”、“对等的政治实体”、“中华民国主权及于全中国，李登辉支持陈水扁但治权及于台澎金马”、“中华民国在台湾”、“以一个中国为指向的阶段性两个中国”等口号，混淆一个中国定义，公开否定一个中国原则。
“一个中国”变调（2）
自1994年始，李登辉开始利用各种机会鼓吹分裂理论。是年4月30日至5月2日，台湾《自立晚报》全文登载了李登辉与日本记者司马辽太郎的谈话。李登辉在这题为“生为台湾人的悲哀”的“对谈”和前后的一系列谈话中，第一次系统地阐述了他的“台独”主张。李登辉声称，“中国这个词也是含糊不清的”，“中国共产党把台湾省归为中华人民共和国的一个省份，这是奇怪的梦呢”。他别有用心地说：“‘这之前为止掌握台湾权力的，全部都是外来政权’，最近我已不在乎如此说。就算是国民党也是外来政权呀！只是来统治台湾人的一个党罢了。”在“对谈”中，他首尾都以《旧约·圣经》“出埃及记”中率犹太人穿越红海、返回故土重建家园的摩西自比，以此隐喻李登辉自己也想率领台湾人“独立建国”。人们正是从这篇“对谈”中开始认识李登辉的分裂思想的。
1994年7月，台湾当局召开的“大陆工作会”正式公布了“台海两岸关系说明书”。“说明书”把海峡两岸所谓“分裂分治的根源”强加给中国共产党，把今天海峡两岸分离局面说成是中国共产党“武装叛乱”所造成的；称两岸的分裂分治是“两种不同的政治、经济、社会制度与生活方式之争”，“今天中国之所以不能统一，是因为大陆的政治制度”，煽动台湾人民对大陆的不信任感。该“说明书”攻击“一国两制”是“假中国统一之名，行兼并台澎金马之实”，说什么“‘两制’乃是任由中共宰割的一种权宜措施，‘一国两制’的目的，是要‘中华民国向中共全面归降’”。该“说明书”就是企图以“制度不同”为借口拒绝接受祖国大陆“一国两制，和平统一”的主张，为两岸统一设置障碍。
此外，李登辉一直把“主权在民”作为维持其统治的理论基础。他声称400年前台湾是“无主的土地”，甲午战争后台湾是“日本的殖民地”，第二次世界大战后台湾即由“外来政权统治”。“中国这个词也是含糊不清的，19世纪以来，主权问题就不断地被讨论着，主权两字是危险的单字。”“现阶段是‘中华民国