新党团结、清廉、战斗力强的政党形象大打折扣，一些原先对新党抱有希望的支持者也开始由希望变为失望，逐渐回流国民党。新党的民意支持度也逐年降低，由1996年的10％逐步下滑到1999年的3％—4％。
三是票源流失。在2000年3月举行的“总统”选举中，新党在“反扁恐独”的心理下，公开号召新党的支持者全力支持独立参选人宋楚瑜。以宋楚瑜为党主席的亲民党成立后，不仅新党的部分公职人员为了政治出路等原因，纷纷投靠亲民党，新党苦心经营的选票与地盘也有全盘被亲民党接收的危险。亲民党为了自身的发展，不断争取新党优秀人才，进一步加剧了新党的泡沫化危机。
总之，新党的出现，是李登辉制造国民党内恶斗的结果，是国民党分裂、全面走下坡路的开始。
党内大老出走（1）
国民党第二波分裂潮出现在第一次直选“总统”时期。“总统”公民直选是李登辉的既定方针。他通过“三阶段修宪”，定于1996年3月举行台湾第一次“总统”直接选举。
和早年做学问时认真严谨一样，李登辉在政治改革上当然也是深谋远虑。作为台湾地区的一位政治活动家，他不会轻易对某一政治体制进行无意义的修正。他之所以极力主张进行“公民直选总统”，是有多种政治考虑的。
对岛内，完善政党政治制度。李登辉上台后，看到各界反对最为激烈的，是往日存在的蒋家父子独裁和国民党专制统治；看到最易在社会上获得民心的，也是修正、取消以往的专制体制。李登辉为学者起家，本身没有蒋经国推行专制独裁的资本，还不如结束专制制度，实施“宪政改革”。政党政治的基本要求，则是建立“三权分立”的政治体制和所有行政长官和“民意代表”的直接民主选举。因此，李登辉要搞“宪政改革”，必须在逐步调整政治机构的同时，实行“公民直选总统”。其次，即使继续实行“国大代表”间接选举“总统”方式，也和第一届“资深国大代表”时期大不一样。在改选后的“国大代表”中，国民党籍“国大代表”不会像以前的“资深国大代表”为蒋经国背书那样，为李登辉当选“总统”承担义务；在野党籍“国大代表”更不会选举执政党的候选人出任“总统”。也就是说既然“国大代表”选举“总统”也要冒风险，还不如直接由选民选举，因为国民党在动员、组织、调动选民方面，毕竟要比在野党更有成效。只要当选“民选总统”，行使权力时力度大增，可以“民意”挡住在野党的进攻，让在野党失去攻击的着力点。既有利于扩大自己的权力，也有利于为由“当然执政党”向“选举型政党”转化的国民党争取时间。在已经实施47年貌似民主实为专制方式选举“总统”的台湾地区，谁决定“公民直选总统”无疑会得到别人无法相比和超越的政治资本，成为台湾舆论所说“台湾的华盛顿”。
对国际，谋取“国际实质独立地位”。李登辉上台后，施政重点有三，分别是岛内政治革新、重新定位两岸关系、谋取台湾“实质独立地位”。李登辉为争取台湾“实质独立地位”和“国际法人资格”，无所不用其极，实施“总统”民选则是其中一项。在李登辉看来，“民选总统”是西方衡量国家主权的标准。按照他的“务实主权论”，“人权包括国家主权以及政治的自主”，“从世界发生的各种问题看，尊重各地区人权的问题，包括主权的再解释，以及政治的自主，是建立世界新秩序很重要的条件”，而“公民直选总统”显然是“最高的人权”，只要实行“总统民选制度”，也就拥有“国家主权”，这显然是把具体法律（人权）和立国之本（主权）混淆在一起。其次，“民选总统”是西方衡量“政治民主化”的主要标准。一个地区有没有民主，能否实现“民选总统”是主要考察点之一，这显然过分看重了行使民主的形式。因为世界上的民族文化和传统习惯是多种多样的，所以实施民主的方式也是多种多样的，没有必要千篇一律地遵循某种形式而否定另外的形式。第三，“民选总统”容易受到西方的认同。第四，如果当上“民选总统”，可以从西方得到更多的支持。不可否认的是，西方亲台势力对李登辉上台后台湾地区出现的政治革新思潮，十分欣赏，如果实施公民直选“总统”，无疑是向西方亲台势力提供了最好的广告宣传。西方亲台势力一方面借此宣扬台湾已经实行“民选总统”，应该是“主权独立国家”；另一方面借此大做文章，大肆宣扬台湾所谓的“民主成就”、“政治改革奇迹”。对于李登辉来说，也可以凭借“民选总统”头衔，凸显台湾“事实独立”，有利于到国际间活动。
对大陆，宣示“分裂分治政治实体”。李登辉上台后处心积虑、妄图解决的就是台湾与大陆划清关系问题，并为此做出一系列动作，声称四百年前台湾是“无主的土地”，“中国是一个含糊不清的名词”，“国民党是一个外来政权”，“中国从未在台湾收过一毛钱的税”。在李登辉看来，无论是理论上解释，还是现实中落实，无论是反复声明，还是行动中抗拒，要想宣示台湾拥有“独立主权地位”，要想宣示“中华民国在台湾”，只有割断台湾与大陆的天然脐带，取消国民党当局逃台后带去的以“统一的中国”为核心的政治象征，将建立在“一个中国”基础上的“中央民意机构”和政治体制加以篡改。其中，最为关键的无非就是变更最高领导人产生方式，直接在台湾地区由全民投票选举“总统”，也就是说李登辉不想当从蒋家父子手里继承、以“中国”为主体和内涵的“国民大会代表”选举的“总统”，而是要从体制上确定海峡两岸为“分裂分治的政治实体”，确定“一个分治的中国”。其次，借“民选总统”来彰显所谓祖国大陆为“不民主地区”。台湾当局无数次地攻击大陆政治不民主，对社会主义制度有着刻骨的仇恨。第三，借“民选总统”来掩盖破坏两岸关系的罪名。李登辉一直缺少发展两岸关系的诚意，他之所以在大陆政策上放宽一些限制，并非是为了发展和推动两岸关系，而是进一步退二步，为祖国统一的完成设置障碍。他当上“民选总统”后，就可以对种种干扰、破坏两岸关系正常发展的行为，打出“民意”的招牌；拒绝“一国两制”时，可以“民意”为借口。第四，借“民选总统”增加与大陆谈判时的筹码，以“民选”为依据，凭借“民意”要挟。李登辉只要不搞“两个中国”，只要在“一个中国”内规范自己的行为，“民选”或是用其他台湾人民接受的方式，选举台湾地区最高领导人，都是无可非议的，正是他的“民选”有着许多说不清道不白的潜台词，所以大大降低了李登辉主持“宪政改革”的政治价值。这样走下去，他不可能成为“台湾的华盛顿”，只能成为“台湾的摩西”。
党内大老出走（2）
国民党内关于“总统”选举的风波不断，核心是李登辉打压非主流派和进行实质分裂活动，最后导致国民党内不断出现分裂。
就在李登辉一直为“公民直选总统”造势、奔波之际，他本人却在不断声明不再连任下届“总统”。1990年3月3日至1995年1月8日，李登辉先后11次表示不再连任“总统”。他情真意切地表示：“6年后本人和李元簇先生就要退休了，为什么呢？年岁已经大了，没有那个脑力和能力来做这些事情”；“1990年我就任第8任总统时在记者会上说，本人任期满了以后，如果按宪法规定再任6年，那就太长，我会变成一个打瞌睡的总统”；“我讲一次不算数？还要我讲几次！”。
李登辉如此明确地表明不再连任，不愿当“瞌睡总统”、“糊涂总统”，声明“６年后和李元簇一起退休”、“对不连任没必要再做说明”，实质上只是继削弱非主流派权力之后上演的“权谋连续剧”而已。他宣称放弃连任，主要是他的本性在起作用。此人自上台后，靠权术和谋略行使权力，借“本土化”搞“独台化”，借“民意”压制不同意见，借“民主”行使独裁，借“修宪”图谋分裂，借“拓展生存空间”图谋“国际法人资格”。此次如此明白宣布不连任，当然并非是不想连任，只是为了更好地连任。
然而，待“连战内阁”出台、“新国民党连线”出走、党内非主流派的挑战基本结束，党政军各领域和各权力中心都已落到主流派手中，李登辉的权力基础已经稳固。在“宪政改革”推行、“中央民意代表”改选结束、“第三阶段修宪”完成、省市长选举完毕与公民直选“总统”已成定局后，李登辉马上口气一转，立场出现一百八十度的大拐弯。
1995年4月27日开始，李登辉接连表示要参加下届“总统”选举，并且攻击谁要他放弃连任谁就是搞阴谋。他恬不知耻地说：“诚信，是一些不要李登辉出来选的人，才这样讲，李登辉不选，他们才最好，我都没讲过，还没讲要不要选，有些人已经不要我出来选。但要不要选总统我还没说就闹，要闹得人心不安。如果这样就能使得人心不安，可见改革的阻力有多大，这也正是民主的代价之一。”这就是曾经为台湾各界所关注、为非主流派抓住不放的“诚信”问题的由来。
身为台湾地区最高领导人的李登辉，如此健忘，无视诚信，确实让人意外。
1994年12月3日第１次省市长直接选举结束，岛内各党各派随即进入“总统”选举狂热期。国民党内也是一样，各派政治力量开始较劲。公开放风参选的有之，如林洋港；公开暗示参选的有之，如李登辉；暗中准备参选的有之，如陈履安。还有高玉树与林穆严、李志仁和曾仕强等有意参选。在野党方面有民进党的彭明敏和谢长廷出面参选。
1995年下半年对台湾来说，是多事之秋。6月李登辉到美国活动，引起两岸关系高度紧张，两岸的各类正常接触、商谈停止。因此，“两岸关系”成为贯穿岛内政治运作的主题。李登辉为首的分裂势力，借机指责党内反李势力是“勾结大陆”，是压制“本土势力”。
1995年8月22日至23日，国民党召开第十四次代表大会第二次会议，会议通过了国民党“总统”、“副总统”提名办法，并票选新一届中常会成员。闭幕式后，李登辉宣布与连战搭档，一起竞选连任下届“总统”。李登辉的动作，使得台湾朝野角逐首届民选“总统”的态势更为明朗化，亦使得国民党内部的权力争斗更加激化。
李登辉正式宣布连任后，党内的高层人士纷纷表态拥戴。“行政院长”连战、“台湾省长”宋楚瑜、“高雄市长”吴敦义称李登辉参选是“顺天应人”，“肯定会得到民众的拥戴”。与此同时，李登辉的几大“桩脚”也展开了辅选活动。“总统府秘书长”吴伯雄以其客家人身份负责“凝聚客籍票源”；中委会秘书长许水德则肩负“整合党内票源，充分利用党务系统全力造势辅选”的重任；宋楚瑜“勤耕全省护票”；吴敦义“巩固南部江山”；黄大洲则“深入台北基层争取票源”。这5人被称为李登辉的“辅选５虎将”。
对李登辉的参选举动，非主流派强烈反弹，执意参选的国民党副主席、“总统府资政”林洋港在国民党第十四次代表大会第二次会议闭幕后，随即召开记者会，发表《走出一条庄严的民主大道——我为何不参加党内初选》的声明，抨击国民党“又走错了一大步”，质疑“在民主的路途上，国民党为什么这样甘于落伍”，认为国民党“是否分裂主要责任在李主席”。国民党副主席郝柏村则指责李登辉参选无助于党的团结，并嘲讽地说“李主席原本有机会成为国民党的华盛顿，他如果退选，所能得到的正面效应绝对超过再当四年的总统”；目前的局面，“不仅国民党将走向分裂，且两岸关系也会更加严重”。
民进党并不感到意外。党主席施明德不无讽刺地说李登辉“仅以一分钟宣布参选”，方式实在草率，与其身份、地位及“总统”的庄严性十分不相符，有“落荒而逃”感觉。彭明敏阵营则指国民党内“总统候选人”的选举模式是“黑箱作业”，而李登辉逼退林洋港，也将为国民党留下纷扰不安的变数，意味着国民党内新一波权势之争的开始。新党趁机批李，认为李宣布参选连任“违反诚信原则，立下极坏的民主示范”，呼吁“所有理念相同的人应该结合力量，共同奋斗”。声称“新党愿意出面整合所有反对李登辉竞选连任的势力，争取民众的支持”。
党内大老出走（3）
李登辉不顾各界要求“世代交替”的强烈呼声、违背“只做一任总统”的承诺，全力封杀党内其他人选，决意参选“总统”，其目的则是要在“民意”基础上建立起新的强人统治，推动“台独”政策，实现其充当“台湾的摩西”的图谋。
在参选“总统”问题上，最早表态的是林洋港。早在“二月政争”中，解散“林蒋（纬国）联盟”、礼让李登辉出任“总统”后，在李登辉红口白牙说出“不连任下届总统”时，林洋港就明确表示要竞选下届“总统”。1994年7月林洋港在“司法院长”期满后，专心于参选事项。1995年11月15日，与国民党的另一位副主席郝柏村一起正式宣布，以“公民连署方式”搭档竞选下届“总统”、“副总统”。
林洋港作为台籍政界大老，出道远早于李登辉。只是因为李登辉主政后，一心扑在巩固自己权力基础上，容不得同为“台籍双雄”之一的林洋港，对包括林洋港在内的非主流派采取拦、卡、压的手段，极力压缩他们的权力和影响，引起非主流派的激烈抵抗。非主流派在接连败北之际，“总统”选举无疑成了战胜李登辉、东山再起的机会。由于国民党只能提名一组候选人参选，已非李登辉莫属，林洋港不甘放弃机会，只有冒着被党纪严厉处分的危险参选。
林洋港个人参选是没有问题的，问题出在选择搭档“副总统”人选上。在“监察院长”陈履安宣布参选后，林洋港有意选他为副手，不料陈履安在1995年9月6日公开回绝林洋港的“林陈配”计划，作为后辈的他还“教导”林洋港应留在国民党内“好好改造国民党”。以后又出现过与新党原先推出的“总统候选人”王建煊、新党“立法委员”陈癸淼、“中华奥委会主席”张丰绪、学者胡佛和吕亚力搭档参选的计划，均胎死腹中。在林洋港山穷水尽之时，只得重新考虑早在8月间“总统府资政”谢东闵、孙运璇等有意推动的“林郝配”方案。在梁肃戎、许历农、蒋纬国等国民党非主流派大老及新党的全力撮合下，在林洋港的一再劝说恳求下，郝柏村几经“大我与小我的挣扎”，最后抱着“跳火坑”的心情接受林洋港的邀请，愿意同林洋港一起上演“竞选剧”。
“林郝配”对外宣布后，李登辉讥讽说，这样的结果“很有趣”。国民党中央党部秘书长许水德表示，“林郝配”对国民党固然有些伤害，但没有人们想像的那样强烈，大家应“平常心”看待。文工会主委简汉生发表了低调且含蓄的声明，批评“林郝配”有违政党政治规范与精神，希望他们“为了党的整体利益与前途”，“能再有所深思”。考纪会主委金开鑫表示，两位副主席联�