在“两个中国”、“一中一台”路上越滑越远的刹车功能。自此以后，李登辉利用国民党，放手推行“本土化”和“独台”政策，也埋下了日后国民党失去政权的重要根源。这才是国民党的悲哀，这才是台湾人的悲哀。
完成“本土化”权力部署（1）
李登辉的目标，是要在组织层面落实“省籍交替”、推进“本土化”，全面肃清非主流派。要实现这一计划，首先是在排除郝柏村后防止在党内还有影响力、也是本省籍、并且得到非主流派大老支持的林洋港出任“行政院长”。2月9日，时任“司法院长”的林洋港被请到“总统府”，心不在焉的李登辉在告知已让连战出任“行政院长”的决定后，随便说了句“反正你是要选（下一届‘总统’）的嘛！”就把林洋港排除出局。这是因为早在1990年3月12日“二月政争”时，李登辉公开表示如果他当选将“放弃连任”下届“总统”，林洋港当仁不让，宣称要在6年后参选。
赶走郝柏村、摆平林洋港，连战出台的阻力基本清除。连战出自政治世家，祖父连横有大作《台湾通史》存史，父亲连震东曾活跃台湾政坛40年。连家极其富有，连战在“立法院”的财产登记中记有20亿新台币，有人估计连家实际财产高出几倍。连战是留美政治学博士，32岁出任台湾大学政治系教授兼政治系主任，34岁当选为“十大杰出青年”，39岁出任台驻萨瓦尔多“大使”，40岁当选为国民党中央委员并出任中央党部青年工作会主任，42岁出任中央党部副秘书长、“青辅会主任”，以后任过“交通部长”、“行政院副院长”、“外交部长”，作为蒋经国一手提拔的“青年才俊”，与沈君山、钱复、陈履安一起被称为“政坛四公子”，党政资历完整。连战一出台就格外引人注目。
连战全家。（前排左一为连战的父亲连震东，后排右二为连战）1993年2月23日，连战任“行政院长”的提案在“立法院”通过，3月1日新“内阁”正式就职。此次“内阁”调整，完全由李登辉操盘，“行政院长”连战只不过是李登辉的“一个执行长”而已。此次“内阁”变动幅度超过李登辉主政以来的数次“内阁”变动，也是台湾当局40年来变动幅度最大的一次，“总统府”、党务系统及“行政”、“监察”、“考试”、“立法”“四院”直至“省政府”均受波及。在此前后，原“行政院副院长”施启扬接替蒋纬国任“国安会秘书长”，“接班四人帮”中最后一人终被调离原职。因此，此次“内阁”改组实际上是主流派第一次搭班子。
李登辉经过5年摸索，结束了用人上的过渡期和因为非主流派对抗而产生的临时观念，亲自考察，长期培养，多层推敲，终于拉出自己的队伍，形成“李登辉时期”的基本权力架构，作为在今后较长一段时期内，依靠和使用的基本力量；作为推行“独台”路线、从事“务实外交”、振兴台湾经济、与大陆既发展关系又进行对抗的干部基础；作为完成国民党“本土化”、清理非主流派的政治核心。
“连战内阁”的成立，标志着行政当局完成“本土化”。此波高层人事调整后，“五院”中惟有“监察院长”陈履安是大陆籍，“行政”、“立法”、“司法”、“考试”“四院院长”连战、刘松藩、林洋港、邱创焕全部为台籍人士。连战并成为国民党逃台40余年来第一位台籍“行政院长”，这样国民党主席和“总统”（为同一人）、国民党中央党部秘书长、“行政院长”已经全由台籍人士所出任。尽管在本届“内阁”中，外省籍仍占20人，本省籍占17人，但从重要“部会”大都由本省籍掌握的情况看，标志着大陆籍势力与本土势力的力量消长对比发生了根本性的逆转和变化，台籍本土势力全面执掌台湾政权的新时期来临。
政府系统“本土化”的完成，导致非主流派退出了行政系统，但不等于双方就此停止政治斗争。1993年8月，按照惯例，国民党要召开第十四次代表大会，两派都不会放过此次进行较量的最佳时机。主流派的目标是通过会议，组织围剿非主流派的大会战，将非主流派势力压制到最小的程度；非主流派的目标是通过会议，集合反李势力，制止主流派无限度的扩张。
会议筹备过程中发生两大激烈争论。一是关于“扩大当然党代表案”，二是关于“国民党党章修改案”。并且在第十四次代表大会的召开过程中激烈交锋。
1993年8月16日到22日，国民党第十四次代表大会在台北召开。此次会议是在结束第十三次代表大会开创的“后蒋经国时代”的背景下，在“宪政改革”实施3年、政党政治不断完善的情况下，在国民党面临分裂的危机中召开的。
大会听取了“行政院长”连战所做的《务实笃行，开创新局》的政务报告，中央党部秘书长许水德所做的《恢宏建党百年精神，再创民主千秋大业》的党务报告，“陆委会主“我心永平”是连战一生的性格写照委”黄昆辉所做的《重建民主自由、均富、统一的中国》的两岸关系报告，“外交部长”钱复所做的《推展全方位外交，五年来成果丰硕》的国际情势报告。大会通过了《中国国民党党章修改案》、《中国国民党政纲》、《十四大宣言》、《现阶段政治任务之提示》等五大议案。
会议对国民党党章进行了重大修改，把国民党的属性由“革命政党”改为“具有革命精神的民主政党”，规定党代表任期4年，“全代会”每2年举行一次，增设副主席，“当然党代表”法制化，主席实行票选和任期制。会议选举李登辉为主席；同意他提名的“副总统”李元簇、“总统府资政”郝柏村、“司法院长”林洋港、“行政院长”连战为副主席；选举吴伯雄、宋楚瑜、章孝严、施启扬、许水德等210人（原定为180人）为中央委员，张朝权、曾蔡美佐等105人为候补中委；增聘谢东闵、许历农等28人为中央评议委员会主席团主席；增聘196人为中央评议委员。8月22日，大会进行闭幕式。次日进行一中全会，通过由李登辉指定的“总统府资政”俞国华和李焕、“总统府秘书长”蒋彦士、“考试院长”邱创焕、“立法院长”刘松藩、中央党部秘书长许水德、“台湾省主席”宋楚瑜、“内政部长”吴伯雄、“外交部长”钱复等15人为“当然中常委”；票选“行政院副院长”徐立德、“经建会主委”萧万长、“立法委员”关中、“立法院副院长”国民党第十四次党员代表大会，是党内政治斗争十分激烈的一次王金平、“侨委会委员长”章孝严、“陆委会主委”黄昆辉、妇工会主任兼救国团主任李钟桂等16人为中央常务委员。
完成“本土化”权力部署（2）
第十四次代表大会开得并不平稳，整个过程暗潮汹涌，变化莫测。第十四次代表大会的召开，标志着“后蒋经国时期”全面结束，国民党内成功地实现了权力决策阶层的替换；标志着非主流派已失去在党内大规模抗争的实力；标志着国民党“本土化”基本完成。在李登辉看来，从组织、人事上已经对“外来政权”国民党进行了初步整顿。
与“台独”联手（1）
李登辉主政后，同时三面出击。一是在党内清理异己，压制不同意见，把非主流派的势力和影响压缩到最小限度。二是在两岸关系上，一边发展两岸各种交流，一边强调“分裂、分治”，凸显台湾的“政治实体”，走向国际争取“实质独立地位”，在背离一个中国原则道路上越走越远。三是进行政治体制改革，全力扭转蒋家父子式的专制统治，仿效西方政治体制重组台湾地区的政治结构。在这一场由“专制政治”向“多元政治”的演变中，岛内的政治体制发生重大转变。
随着国民党内部权力结构的重组，李登辉和主流派开始控制全局，台湾当局对“台独”的态度和立场起了根本变化，由蒋家父子时期对“台独”势力的严厉管制和依法惩处，转向放任自流和朋比为奸，“台独”势力登堂入室，空前嚣张。
台湾出现“台独”怪胎，有着特殊的原因。
首先，国民党有着不可推卸的责任。台湾光复后不久发生的“2·28事件”，给台湾同胞造成严重的心灵创伤。国民党当局在上世纪50—60年代间推行省籍歧视，台湾人民产生出难以摆脱的“二等公民的屈辱感”，“台独”势力将其作为宣传“国民党是外来政权”、“省籍矛盾就是民族矛盾”的依据。国民党实施“三不政策”，两岸互不往来，得以维持“中华民国在台湾”，国民党的这种“独台”政策刺激了“台独”的发展。特别是李登辉主政后，对“台独”势力姑息养奸，宣扬“中华民国在台湾存在”、“管辖范围为台澎金马”，造成了“独台”和“台独”的合流。
其次，由于台湾所处的地理位置和近代史上台湾被外国强占所带来的两岸长期隔绝的事实，容易被“台独分子”利用来作为鼓吹“生命共同体”、“台湾民族”的思想和观点。近代以来，台湾人民先是遭受外国殖民者的压迫，光复后又遭受国民党的残酷统治，因而产生了摆脱受异族蹂躏和受外省人排挤的区域性群体意识，有着强烈的“出头天”的意愿，希望当家做主，希望掌握自己李登辉（中）与彭明敏（左）、陈水扁（右）在一起的命运。这种“出头天”在“台湾意识”的作用下，分裂情绪和意识随之产生。
第三，美国等西方反华势力，为制衡、削弱中国，早在上世纪50年代就提出“台湾地位未定论”，80年代又提出“台湾主权待定论”，90年代美国前驻华大使李洁明更是提出“中国对台湾主权观过时”的谬论。不仅如此，日本、美国成了“台独”势力的孳生地和集中地。更有甚者，美国以支持国民党当局在台湾的统治为筹码，一再要求台当局放松对“台独”的限制，为“台独”势力迁回台湾和在岛内滋长、蔓延创造条件。所以说，美国、日本等国际势力的支持、帮助，是“台独”产生、发展、泛滥的重要原因之一。
在20世纪90年代之前，台湾岛内的“台独”活动，基本处于非法和地下状态，生存不易，活动更难，因而主要是在海外存在和发展，美国和日本等成为“台独”的主要庇护地，出现过在日本活动、以廖文毅为核心的“台湾再解放联盟”、“台湾独立联盟”和“台湾共和国临时国民议会”等“台独”组织，在美国活动的有“台湾人的自由台湾（三F）”、“台湾独立联盟（UFI）”、“全美台湾独立联盟（UFAI）”和“全球台湾人争取独立联盟（独盟）”等“台独”组织。海外的“台独”活动，在90年代之前，由于台湾当局对“台独”势力依法严厉制裁，所以岛内受海外“台独”势力的影响不大，成不了气候。
在岛内政坛上，最早提出“公民自决台湾前途”主张的，是1971年12月29日“基督教长老教会”总干事高俊明在《台湾教会公报》上发表的“对国是的声明与建议”一文，声称“台湾的主权是属于台湾人民的”。此一口号，后来被党外势力和民进党接过去，作为竞选和问政主题之一。李登辉上台后，“台独”的政治环境开始宽松，民进党加快了“台独”的步伐，在1988年4月召开的“二届一次临时全会”上，通过了“4·17决议”，公开宣称“台湾国家主权独立”。1990年6月，民进党抛出“民主大宪章”，主张两岸为“两国两府”；10月间，在民进党“四届二次大会”上，又通过“台湾主权决议案”，以“事实主权”来否定“法定国家主权”。1991年8月，民进党召开“人民制宪会议”，通过“台湾宪法草案”，明确提出“建立台湾共和国”，在10月召开的第五次代表大会上，公然将此主张纳入党纲，声称“基于国民主权原理，建立主权独立的台湾共和国暨制订新宪法，应交给台湾人民以全民投票方式选择决定”。至此，正如当时新当选的民进党主席许信良所称，“民进党就是台独党”。尽管从1995年初起；民进党内不断有人出来主张淡化“台独”主张和发展两岸关系，但是“台独”这一基本立场没有改变。
岛内外“台独”合流，是80年代末和90年代初“台独”势力和民进党的重要活动之一。李登辉和台湾当局对“台独”的政策，由蒋家父子时期依法制裁转向“宽让和忍让”后，海外“台独”分子纷纷突破国民党当局“出入境黑名单”的控制回台，组织“台独”活动。
“台独”势力为实现向岛内发展计划，1986年11月14日，民进党海外组织代表团公开闯关回台。1988年8月19日，“世台会”第15届年会在台北县召开，与民进党联手举行“台湾人之夜”活动，这次会议是岛内外“台独”势力“大合流”之始。次年“世台会”在高雄召开第16届年会，“会长”李宪荣偷渡回台。1989年9月28日，许信良由福建外海偷渡入台，但被判刑6年8个月。1989年底“独盟”副主席郭倍宏突破黑名单的限制，闯关潜入台湾，造成当时风靡一时的“郭倍宏旋风”；1991年10月间“独盟台湾本部”成立，郭被推举为“第一副主席”。
与“台独”联手（2）
1990年6月28日，李登辉建议的“国是会议”召开。他邀请“台独”代表人物彭明敏、陈唐山、蔡同荣等参加会议，这无疑是宣布已经放弃对“台独”人物的制裁，等于宣布“台独”势力可以返台活动参政议政。对李登辉的“恩赐”彭明敏并不领情，以“政治目标不一致”为由，拒绝参加会议。1991年10月，“独盟台湾本部”成立，“独盟主席”张灿被推为第一任主席。12月间他闯关回台，以“叛乱罪”被捕，时隔不久张被释放，活跃在“台独”阵营和台湾政坛。“独盟”在台“现身”，公开成立组织和公开活动，可以说海内外“台独”合流已经完成。
1990年11月起，岛内的“台独”团体召开多次沟通会议，决定联合起来，在“分进合击”的原则下，推动“主权独立运动”。海外“台独”组织在施明德出面召集下，于1990年11月进行了几十年来海外“台独”组织的首次大整合。与此同时，岛内外的“台独”势力又于1991年3月和6月，分别在马尼拉、日本千叶进行了两次“海内外乡亲恳谈会”，联手推动“台独”运动。在马尼拉会议上，各种“台独”势力明确决定“帮助民进党发展”，“力促民进党成为台独主力”。1992年“台独联盟”提出“独盟应在民进党之下推动台独”，在此原则下，海外“台独”组织的重要头目大多加入民进党。“独盟主席、副主席、秘书长”等人已为民进党员，“独盟”成为民进党内主要派别之一。“台湾民主运动海外组织主席”许信良即两次出任民进党主席；“台湾人公共事务会”的核心成员蔡同荣、杨黄美幸、谢聪敏等人成了民进党的骨干分子。
李登辉不仅支持“台独”势力返台活动，而且还于1991年5月17日取消了打击“台独”的法律依据“惩治叛乱条例”和“刑法第100条”。“台独”势力向岛内转移，两股“台独”合流，与李登辉为代表的国民党当局的纵容密切相连。正是李登辉的“独台”主张，成为内外“台独”势力合流的大背景，成为“台独”势力和民进党进行“台独”活动的大前提。
“台独”势力在岛内立足后，