李登辉的重点是如何实现权力中心的大转移。把权力中心由蒋家阵地转移到李家阵地。为此，他一是严把党代表关，出席会议的大部分代表必须是切断蒋家脐带、能够支持李登辉的人；二是严把中央委员关，李登辉通过对半数中央委员候选人的提名及操控选举，控制中央委员会的目的已经达到；三是严把中常委关，亲蒋的中常委中有12人被换掉，中常会完成自第七次代表大会以来规模最大的一次改组。上述一切，都是在发扬“党内民主”的旗帜下进行的。
在以上人事结构调整中，可以看出国民党的政治和政权结构已经发生巨大变化。首先，李登辉的最高领导地位得到进一步确立。他继任“总统”是靠接收蒋经国的政治遗产，代理党主席险遭封杀，但此次却是以第十三次代表大会的形式选举为党主席并且主导会议，在党内的领导地位得到肯定。其次，亲蒋势力出现分化。第十三次代表大会的召开，变化最大的是蒋经国原设计的政治组合出现重大裂变。最有代表性的是，“接班四人组”中最为关键的中央党部秘书长李焕倒向李登辉，蒋经国信任的宋楚瑜更是充当倒蒋与拥李的先锋。第三，第十三次代表大会的“本土化”趋势十分明显，首次由本省籍人担任党主席，首次在中常委中本省籍成员超过半数，首次中央委员中本省籍成员超过1/3、由上届的近20％上升到383％。“本土化”开始于蒋经国上任之初，当时是为了缓和已经相当激烈的省籍矛盾。李登辉的“本土化”，着眼点是把国民党视为“外来政权”，为了改造“外来政权”，必须以本土势力来取代外省籍，巩固权力基础，同时为推行“两岸分裂分治”、建立“台湾中华民国体制”做准备。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派势力，国民党内从此不得安宁，台湾政坛从此不得安宁。
李登辉需要冲破的第一层扩权障碍，是打破“接班四人帮”。第十三次代表大会开完，配合中央党部换届，于7月20日完成“行政院”改组。李登辉决定改组“行政院”，以便把党政系统纳入新的轨道，“行政院长”由俞国华留任。李登辉留用俞国华的用意非常明确，利用不强势的俞国华的“空头院长”以减少对“总统”权力的牵制，把“内阁”成员尽可能换成亲李派，一是实现对“内阁”的控制；二是向“本土化”转化，在新“内阁”中，有“行政院副院长”施启扬等9位本省籍“阁员”。并且以此为基础，加快了党务、政治、军事及意识形态各个领域的全面“本土化”的步伐。
李登辉的目的是要逐渐清除“接班四人帮”。他在顺利主导中央党部换届和“行政院”改组后，认为逐渐清除亲蒋派的时机已经成熟。第一个削权对象，是“接班四人帮”中当时处境最不乐观的俞国华。一年多来，亲李派不断出面制造“俞国华是国民党的负债，而非资产”的假象，在四面楚歌的情况下，俞国华不得不于1989年5月17日向李登辉提出辞职报告。5月26日，李登辉顺水推舟，提名国民党中央党部秘书长李焕继任“行政院长”。5月31日，国民党方面宣布李焕“内阁”成立，6月1日，李焕转任“行政院长”，登上仕途又一高峰。李登辉主导的第二次“内阁”改组，以同意俞国华辞职、提升同为“接班四人帮”成员的李焕的形式，不露声色地“冷冻”俞国华，使得蒋经国安排的“接班四人帮”先失一将，这为李登辉从更深层次考虑权力基础和人事组合创造了条件。
李登辉更深的考虑是，在打压“接班四人帮”的同时，完成党政军系统的改造，扩大自己掌权的政治基础。他之所以拿出“行政院长”职位，作为调整重大人事的“中转站”，是因为“行政院长”是官场重臣、“顾命大臣”们求而难得的职位，可以以此为诱饵，进行调虎离山，实现巩固权力计划，调升李焕就是如此。如今，身为国民党主席的李登辉收回了李焕控制的党务系统，接替李焕“中央党部秘书长”职务的是宋楚瑜，宋楚瑜对党务系统进行了彻底改革，全面清除亲蒋势力，推行“本土化”。
被蒋经国当做“镇岛大将军”的郝柏村，已成为李登辉不得不防的人物。郝柏村于1981年12月调任“参谋总长”，1986年3月进入国民党中常会，成为中常会中惟一的职业军人。按照岛内军界的规定，“参谋总长”任期2年，可郝柏村竟然连任4届8年。李登辉担心的就是郝任职“参谋总长”时间过长、积累人脉资源过多。更让李登辉不放心的是，在蒋经国去世后，蒋家成员、特别是宋美龄女士对郝柏村分外信任，来往甚多，颇有把郝柏村当成减缓“非蒋化”进程保护神的涵义。郝柏村成为李登辉整治的“接班四人帮”中第三个被重新安置的对象。
重组权力核心（2）
1989年11月22日，郝柏村的“参谋总长”任期再次到期，李登辉用国民党中常会的名义决定郝柏村出任“国防部长”，遗缺由“空军总司令”陈龄接任。正在东南亚访问的郝柏村，接到此消息时，只有无可奈何。为保住郝柏村的兵权，宋美龄女士曾特意邀请李登辉到士林官邸会谈，此后还给李登辉写过两封信。郝柏村和宋美龄，显然高估了自己在国民党上层的影响力。李登辉决心未变，还是把郝柏村从具有调动、指挥军队权力的最高军令长官“参谋总长”的职位上拉了下来。
削除郝柏村的兵权，李登辉用的是调虎离山、明升暗降法。明升暗降指的是，“参谋总长”只是最高军令长官，而“国防部长”则“入阁”为政府系统最高军事负责当局，似乎是官升一级。正如李焕由“中央党部秘书长”调升“行政院长”一样，以提升职务来堵住你的嘴。调虎离山指的是，郝柏村在军队中起家，政治基础在军界，亲信党羽在军内，只要离开军令系统，已无调动一连一排、指挥一兵一卒的权力，对这位“一级上将”来说，等于削除兵权。“国防部长”只是主持当局政府的日常军事事务，其重要性远不及直接指挥军事行动的“参谋总部”。李登辉再次得手，与掌握党务系统、主导“行政院”改组相比，削除郝柏村兵权更有特殊意义，这就是“军中强人”离去，军中存在的、一直被人议论的“郝家班”失去台柱，这为李登辉在军中推行“本土化”、在中高级将领中实施“大换血”、推行以彻底改造“军队蒋家化”为目标的“十年建军计划”提供了前提。
李登辉全方位、多层次的清理异己、巩固权力行为，激化了党内矛盾，逼得一再遭到排挤的亲蒋势力起身反扑。1990年2月21日，又是国民党临时中央全会提名新一届正、副“总统”的日子。“总统”换届，成为亲蒋势力反扑的极好时机，当然会以“民主选举”、“参选竞争”为名进行拼死一搏。
在整个“总统”选举过程中，李登辉很有章法，步步为营，将亲蒋势力的进攻一一击溃。李登辉先是在1990年元月2日放风要让李焕出任“副总统”，在遭到痛恨李焕投靠李登辉的亲蒋派的激烈反对后立即终止。再是阻止蒋纬国竞选“副总统”。亲蒋派利用此次机会准备把蒋纬国扶上台，以限制李登辉的权力，在拥蒋一方为蒋纬国大造声势、广泛活动的喧闹声中，李登辉宣布将与“总统府秘书长”李元簇搭档参选正、副“总统”。
对此，亲蒋派决定公开抗争，这就是在国民党演变史上影响深远的权力斗争——“二月政争”。在政争热潮中，亲蒋派被称为非主流派，李登辉的亲信势力被称为“主流派”。在2月11日举行的国民党第十三届临时中央全会上，非主流派提出要以“不记名投票方式”决定候选人，主流派提出依照惯例“起立、举手方式”决定候选人，最后主流派的意见获得通过，“双李配”获得党内通过。这次会议是国民党逃台40年来党内爆发的一场最大的公开权力斗争。以这次会议为标志，国民党内部分裂成“主流派”与“非主流派”两大政治派别。
非主流派并没有罢休，决定改行他道，走连署之路。非主流派在郝柏村和李焕的策划下，打出的“总统牌”是省籍政治势力另一龙头老大——林洋港，“副总统”人选先是陈履安，后是蒋纬国。林洋港，大学毕业后即从政，1967年当选为南投县县长，在国民党第十一次代表大会上与李登辉同时进入中央委员会，在十一届四中全会上与李登辉同时进入中常会。以后，林洋港在换任重要职务时，他的遗缺都是由李登辉接任，只是李登辉当上“副总统”则远远走在林的前面。林洋港与李登辉一起被称为“台籍双雄”。非主流派打出林氏牌，用以对付李登辉的本省籍优势。“林蒋”出场，对“双李”构成很大威胁。
主流派一是尽力拉票，二是分化非主流派，三是请出政坛“八大老”斡旋，四是动员各种力量谴责非主流派。在“八大老”的“协调”下，非主流派虽然一度提出“有条件撤退”，即更换“总统”身边的“两宋一苏”（中央党部秘书长宋楚瑜、“国安局长”宋心濂、“总统府办公室主任”苏志诚），后又要求李登辉明确表示在当选“总统”后放弃执政党主席职位。李登辉看到非主流派已经开始退却，所以对他们的要求全面予以拒绝。
此时，已经被攻击为“台奸”的林洋港和非主流派已经只剩下“全面退却”一条路。3月9日，林洋港在台北宾馆发表声明，谢绝任何连署他出任“总统”候选人的美意；次日，蒋纬国独木难支，也宣布退选。“双李”成为惟一的正、副“总统”候选人。1990年3月21日，李登辉、李元簇在“总统”、“副总统”选举中分别以高票当选。这是台湾在结束蒋氏父子“强人政治”后第一次“总统”选举。李登辉在“国民代表大会”间接选举投票中高票当选，标志着大陆籍“法统”势力主政时代的结束，以李登辉为首的“本省独台”势力主政时代的正式确立。
李登辉当选“总统”后，立即改组任期还不到一年的“李焕内阁”。原因很简单，那就是要李焕退出政治中心。非主流派为了保住本派的利益，为了防止本派地盘再度缩小，所以不能再让出“行政院长”的职位。在整体利益面前，非主流派只有一致对付主流派。李焕及其支持他的人马，采取一连串“院长保卫战”。4月28日，“立法院长”梁肃戎出面邀约李焕、林洋港、郝柏村等非主流派大老餐叙，以迂回手法向李登辉表态支持李焕。以中生代增额“立法委员”为主体的“新国民党连线”，也频频展开造势活动，发动100多名资深和增额“立法委员”连署，向李登辉展示李焕在政坛的影响和实力，声援李焕连任。林洋港也三度公开表示支持李焕留任，向李登辉挑战。
重组权力核心（3）
李登辉一年前调升李焕到“行政院”，并非是重用李焕，主要目标是为了先除掉“接班四人帮”中的俞国华，再把李焕调出党务系统予以架空，为最终撤换李焕埋下伏笔。李登辉见非主流派反对情绪过强，只有利用非主流派来打击非主流派这一用过多次但十分有效的手法，接受元老陈立夫提议，任命内心极为反感的郝柏村出任“行政院长”。
1990年5月2日，在星期三的国民党中常会例会上通过郝柏村出任“行政院长”的提名。郝柏村出马，让绝大部分媒体和关心政治的人士跌破眼镜，民进党和一些舆论都抨击这是“军人干政”、“恢复军事统治”。但是人们马上从李登辉的决策中觉察到了李登辉的用意：堵住非主流人士的嘴，拔出眼中钉李焕，封杀林洋港，可谓是一石三鸟之计，这正是李登辉政治手腕高明之处。他不顾民进党和社会上的反对，在 5月20日宣誓就职时，提名郝柏村为“行政院长”。自此，李焕离开决策中心，如俞国华那样，开始过起“政坛闲人”的日子。“接班四人帮”基本被打破。
郝柏村上台后，针对台社会治安持续恶化、民众普遍感到不安和恐惧的情况，以“强势治安内阁”为口号，实施铁腕统治。一时间，治安状况有所改善，社会秩序渐入正常，“台独”气焰有所收敛。“李郝体制”在这一时期的合作，正如李登辉早先对“立法委员”所说的达到“肝胆相照”的境界，“总统府”与“行政院”度过1年多的“蜜月期”。但是，对于“接班四人帮”中的最后一位成员郝柏村，李登辉并没有就此住手，还是要彻底清除。
俗话说“欲加之罪，何患无辞”。李登辉为实现“一石三鸟”，把郝柏村扶上台，并违心地对郝大加赞扬，现在要郝下台，何患无辞。1991年8月以后，因为李登辉不让郝柏村参加军事简报会议俩人开始起矛盾。1991年下半年，“立法院”总质询时，“立法院”次级团体“新国民党连线”明显支持郝柏村，主流派的“集思会”若干“立法委员”则以猛烈炮火攻击郝柏村。台湾政坛上特有的“代理人战争”打响了。在关于蒋仲苓的授衔“一级上将”和刘和谦出任“参谋总长”问题上，俩人发生直接冲突。1991年6月，就职刚满一年的“郝内阁”，爆发“华隆案”，李登辉信任的“交通部长”张建邦因与翁大铭有财务上的纠葛被传讯而辞职，新任“交通部长”简又新上任不过半年又因“荣工处承包十八标工程案”所属8人被法院提起公诉，主流派趁机大做文章。
李登辉和郝柏村的矛盾正在不断加深。1992年3月，俩人终于在关于“修宪”中的“总统选举”问题上，是用民进党主张的“直选方式”、还是用国民党主张的“委任投票直选方式”问题发生严重对立。李登辉站在民进党的意见一边，郝柏村站在国民党意见一边，这让李登辉十分不满。“总统选举方式之争”，是国民党内主流派与非主流派自1990年“二月政争”以来最激烈的一次政争，郝柏村的转变深深激怒了李登辉。同年12月，李登辉又准备把“阁员”、“国防部长”陈履安调任“监察院长”，直到3个星期后才由“总统府秘书长”蒋彦士通知“阁揆”郝柏村，此事则是深深激怒了郝柏村。至此，双方的误解和对立已经很深，李、郝关系到了摊牌的地步。李登辉暗中部署，筹划逼郝下台方案。1月18日至1月28日，李登辉和郝柏村10天见面3次，屡屡正面交锋。李登辉面逼郝柏村下台，郝柏村当面抵制。
然而，李登辉运用手中的大权，结合民进党势力，还是击败了“军事强人”郝柏村。1993年元月29日晚，一败涂地的郝柏村只得发表辞职声明。2月4日，郝柏村率“内阁”总辞，同时出任国民党“中央政策小组召集人”。2月10日，国民党中常会通过了连战出任“行政院长”的决议，连战在李登辉5年间主导的第四次“内阁”改组中成为新的“阁揆”。李登辉与郝柏村由“肝胆相照”到“肝胆相裂”，是一场活生生的权力斗争，其结果，以郝柏村被迫缴械而告终。
郝柏村的下台，是李登辉策划、推行的“非蒋化运动”的结果，是非主流派的重大挫折。自此，非主流派全面退出国民党决策圈，国民党内失去了有效制约“国民党台湾化”、“李登辉独裁化”的力量，失去了避免国民党在“两个中国”、“一中一台”路上越滑越远的刹车功能。自此以后，李登辉利用国民党，放手