入临战状态，时刻准备给予前来进犯的日本海军以决定性的打击。这恐怕是导致日本作战失败的一大原因。
战况判断的第四项（ 第二、三两项从略） 南云的第二判断是：中途岛敌空中巡逻主要是向西和向南，面不是向北和北西。南云的第三判断是：敌空中巡逻半径估计约为500 海里。更显得乐观可笑：“敌人尚未察觉我军计划，可以确信至少到5日晨为止我军不会被敌人发现。”这是何等孤傲自信、荒唐可笑的判断！其实，4日下午4 时40分和夜晚11时30分，日机先后2 次发现敌机踪影，但经过追击侦察未能如愿。如果南云的情况判断报告写成“有可能被敌机发现”，那么作为思想上的一种准备，岂不是更好吗？事实是，美海军已经非常清楚地探知了日本机动部队的企图并作好了反击的准备。
战况判断报告第五项更具危险性：“没有迹象表明敌航空母舰在中途岛附近海面。”日本机动部队司令官南云中将的这种判断是建立在盲目推测之上的，是没有任何根据的想象。为什么这样说呢？这是因为，日本舰队事先根本没有派出侦察机去搜索美航空母舰的行踪。直到进攻中途岛的飞机起飞之际才派出侦察机，并且是抱着敌航空母舰不可能前来袭击的想法去执行任务的。没有进行认真细致的侦察，是导致这次海战失败的直接原因。
对战况判断的第六项是，登陆作战之后，“如果敌机动部队敢来反击，我们可以转过头来迎击并有可能将其歼灭。”
战况判断的第七项是，“若敌基地空军敢来袭击，我截击机和对空炮火能够将其全歼。”
大本营对战况的判断也是过于乐观的。例如，大本营判断中途岛的美军守备部队兵力不过750 人，而实际上却是5000人；陆基航空部队约有飞机60架，加上刚刚增援的最多不会超过220 架，而实际上却是285 架有关资料记载，中途岛上美军拥有飞机120 余架。。由于错误地判断美守备部队为750 名，所以，大本营只派遣了一木支队的2800名士兵出击登陆。2800名士兵与5000名相拼杀，难免遭到毁灭性的打击。
临战前，上述七项对敌情的判断，真令人无法相信竟是出自半年前指挥奇袭珍珠港的足智多谋的南云司令官之手。不幸的是，战局结果恰恰与南云司令官的判断相反，遭到歼灭的不是美军而是日军。就当时日本拥有如此精锐的舰队而言，作出全歼美军的估计也是理所当然的。一切都应归罪于盲目自满和对敌人的“伏击”一无所知。
（五）将士骄傲自满——侦察不慎，遭敌暗算
6 月5 日凌晨1 时30分（ 日出时间为东京时间2 时东京时间2 时即中途岛时间4日5时。，南云部队到达中途岛西北230 海里的水域。1 时45分此为日本东京时间。中途岛时间为6 月4 日凌晨4 点45分。，空袭中途岛的战斗开始了，只见第一攻击波的战斗机36架、水平轰炸机36架、俯冲轰炸机36架，总计108 架飞机，在友永大尉的指挥下，气势威武、有条不紊地冲向黎明前充满朵朵白云的海空，向中途岛扑去。日机驾驶员都是奇袭珍珠港的勇士，虽然计划实行的是“强攻”方案，但个个都充满着必胜的信心。
机群腾空后不久，在友永机队的上空就出现了数架美PBY “卡塔林纳”式水上飞机，它们尾随在友永机队上空，在距离中途岛30海里处，突然投下巨大的照明弹——这是给中途岛上的美机发出的起飞信号。于是，美战斗机立即出击迎战，其余的全部飞到空中避难。
在日机群到达中途岛之前，从凌晨3 时45分到4 时10分，双方进行了25分钟的激烈空战，空战打乱了日机群空袭中途岛的作战计划。然而，连美国方面也不得不承认，空战中的日本“零”式战斗机的性能和飞行员的技术远远凌架于美“格拉曼”式战斗机之上。这次空战，日方仅仅损失飞机2 架，而美国却损失了40余架据有关资料记载：美26架水牛式战斗机被零式机击落了17架，击伤7 架，只有2 架在战斗后安全返航；108 架日本飞机只有6 架被击落。。确实显示了日本战鹰的高超技术。
空战的成功，打开了轰炸中途岛的通道。当日机飞抵中途岛上空时，只见机场上空空如也，没有一架美机！美地面部队也全部进入防空壕，唯一能够看到的只不过是砂地、机场和一些临时木板房。第一攻击波没有取得预期的战果。于是，永友发出了“请求进行第二次攻击”的电报，随即率机踏上了归途。空袭收效甚微的原因就在于美军早就作好了充分的迎击准备，这不是作战技术造成的，而是作战指挥官们思想麻痹造成的结果。
如前所述，南云海军中将错误的判断是：“没有迹象表明敌航空母舰在中途岛附近海面。”即便如此，为保证万无一失，他仍然派出了一批侦察机。作为一位深谋远虑的司令官，他理应再派出第二批乃至第三批侦察机，可是他没有这样做，其原因，一是对协助作战的增援部队寄以希望，但主要还是临战前疏忽大意，结果使极为重要的战前侦察搜索徒具形式。
原来，在进攻中途岛的日机群出发的同时，南云海军中将就向东北方向海面派出了5 路、向西南方向海面派出了2 路侦察机成扇面进行搜索侦察。它们是：“利根”、“筑摩”2 艘重巡洋舰上的零式水上侦察机各2 架（ 搜索距离300 海里，左侧向60海里） ，“榛名”上的九五式水上侦察机1 架（ 出航距离150 海里，左侧向40海里） 派往东北方向。航空母舰“赤城”、“加贺”上的攻击机各1 架，派往西南方向。但是，“利根”、“筑摩”的水上侦察机在关键时刻因弹射器发生故障，比预定的出发时间晚了30分钟。这是一个严重的非同寻常的失误。“筑摩”的六号机在搜索途中由于气候恶劣，不得不于3 时35分中途岛时间为6 时35分。返航。这一系列现象表明，日军的战前侦察是相当马虎草率的。相反，美军的3 架水上侦察机于凌晨2 时30分就发现了日本的航空母舰，并把日本航空母舰的动向迅速电告美机动部队。很明显，美国获取了先发制人的重要情报。
南云长官并不是海战的外行，再说，草鹿和源田参谋也都是极其精明的海战专家，所以，他们在派出向中途岛进攻的第一攻击波和第一批侦察机之后，立即布置了第二攻击波以对付有可能出现的敌航空母舰，其兵力除了由36架战斗机组成的空中巡逻队之外，还准备了36架99式俯冲轰炸机，36架97式鱼雷轰炸机，静候侦察机的情报。这确实是一个万全之策，如果“利根”、“筑摩”的侦察机按时出发的话，那么最迟到清晨5 时，这些智勇双全的侦察先锋（ 分别由久经战场的板谷、江草、村田等指挥） ，就一定能发现美特混舰队据有关资料记载。“筑摩”号的搜索机按计划本应该正好从美特混舰队上空飞过，然而，它由于起飞时的失误（ 据分析，也可能途中偏离了飞行航向） ，恰恰错过了这一良机。“利根”号的搜索机在回程搜索时才发现了美特混舰队。如果两机搜索时周密细致，或者搜索机能按时弹射起飞，后来发生的南云舰队的劫难是有可能避免的。，结果，误时30分，造成千古恨。
如果南云长官进行第二次侦察搜索，譬如说，在派出第一批侦察机之后，隔30分钟乃至1 小时再派出第二批侦察机作补充搜索（ 这是进行严格搜索的常规） ，恐怕在清晨3 时30分左右就会首先发现美国的一支特混舰队（ 航空母舰“约克城”，巡洋舰5 艘，驱逐舰5 艘） 。“利根”号的侦察机第一次发现美特混舰队是在它返航的途中，并立即向南云司令官发回了第一号报告。接着，又于5 时25分（ 中途岛时间4 日8 的25分） 发回了判明美舰队中拥有航空母舰的第二号报告。也就是说，日本失去了命运攸关的宝贵的2 小时，这2 小时的失误最终导致了日本失去了4 艘大型航空母舰。
现在，让我们看一看舰队作战的状况吧。
当时，在各艘日本航空母舰上整装待发的另一支由108 架飞机组成的机队，因为尚未接到发现美特混舰队的报告，显示出一副急不可耐的样子。就在这个时候，空袭中途岛的第一攻击波于清晨4 时10分（ 中途岛7 时10分） 发回急电：
“请求进行第二次攻击。”这是成功与失败的第三个关键。在这关键的时刻，南云终于下令对中途岛进行第二次攻击。尽管参谋之间对此展开了激烈的争论，结果，还是不得不服从“进攻中途岛是第一目的”这一作战指令。可以这样说，正是在这千钧一发的时刻所作出的决策，导致了南云长官最终在塞班岛自杀身亡。
这一命令将引起连锁反应。首先，飞机的武器装备必须全部撤换，因为在第二次进攻之前，除战斗机以外，其余72架战机都已换装成鱼雷和轰炸军舰用的重磅炸弹，而要作陆地进攻，就必须将鱼雷和炸弹全部卸下来，然后换成攻击陆地目标用的80号炸弹。道理很简单，从高空投掷鱼雷攻击地面上的军营、士兵、飞机是无法奏效的。4 时30分左右（ 中途岛时间7 时30分左右） ，弹药换装工作匆匆忙忙地开始了。就在换装工作即将顺利地结束的时候，来自中途岛基地的美机对南云部队展开了空袭。由于日机英勇作战，航空母舰巧妙躲闪，舰面炮火凶猛还击，终于击退了美机的顽强进袭。但是，当每一个人都想趁此机会松一口气的时候，如前所述，凌晨5 时25分，又传来了一个震惊人心的消息——“利根”号上的侦察机发回来的发现美航空母舰正在运行的报告。这时，出击中途岛的第一攻击波的机群已陆续返航，舰上正匆忙进行飞机的回收工作。另一方面，美特混舰队正在逼近，情形万分危急。南云手下的参谋们张皇失措，神经已经紧张到了极点，大家七嘴八舌，纷纷建议：“准备就绪的攻击机应该立即起飞！”“陆用炸弹不顶用了，必须重新换装鱼雷！”刹那间，参谋们之间展开了一场激烈的争论。争论结果，决定立即先将舰载机上用于轰炸陆地的炸弹，改换成轰炸军舰的炸弹和攻击军舰的鱼雷。命令一下，母舰舰面上乱成一片，就象蔓延的火舌眼看要烧到自己身上似的，人人惶恐不安，个个手忙脚乱。而在一个半小时以前，忙于把机翼下的鱼雷换成陆用炸弹的疲惫不堪的地勤人员，毫无怨言地再次拼命地给鱼雷机重新装雷换弹。
5 时45分（ 中途岛时间4 日8 时45分） ，南云中将向山本司令长官拍发了如下的电报：“5 时30分，发现敌航空母舰1 艘，巡洋舰5 艘，驱逐舰5 艘。位于中途岛10度，240 海里处。我们将驶向敌人。”
同时，南云又向各战舰命令：“收机作业完成后，我部队暂时向北挺进，捕捉并歼灭敌机动部队。”此时，日本航空母舰正全力以赴地作着进攻美舰队的准备。进攻的兵力编队如下：“赤城”、“加贺”各派出战斗机3 架、鱼雷攻击机27架；“苍龙”、“飞龙”派出战斗机各3 架、鱼雷攻击机18架，总共准备出击的战机达到102 架。
但是，要全部完成武器换装这一繁重的任务，最快也得需要2 个小时。6 时20分，当武器换装工作正在手忙脚乱地进行之际，美航空母舰的舰载机渐渐逼近了。事态越来越险恶，只是由于日机顽强地进行了空中拦截，舰队才暂时摆脱了危局。此时，在炮火硝烟中拼命地进行着起飞准备的攻击队，到7 时35分此时即中途岛时间4 日10时35分。据有关资料记载，准备就绪的时间是10时25分。，已经万事准备就绪。在这千钧一发的时刻，从“赤城”号母舰上起飞了第一架飞机。
然而，就在日机起飞的一瞬间，美俯冲轰炸机突然冲破云层，以迅雷不及掩耳之势向母舰扑来。刹那间，大型炸弹呼啸着径直向“赤城”、“加贺”、“苍龙”3舰飞来，在震耳欲聋的爆炸声中，整整齐齐排列在飞行甲板上的日机，瞬间被裹罩在一片火海之中，并引爆了母舰甲板上停放的鱼雷和炸弹。只见舰内舰外，大火蔓延，舰员使用灭火器拼死奋战，但杯水车薪，无济于事。如果美机这一致命的轰炸发生在舰载机全部离舰之后，这一空前浩劫也许能够幸免。当时，假如再有5 分钟，舰上准备就绪的102 架飞机就能全部腾空。因此，后来人们说是“5 分钟之差”，使日本大型航空母舰化为灰烬。而实际上，“5 分钟之差”只不过是众多的原因之一。中途岛海战的惨败，并不仅仅是“5 分钟之差”造成的，而是由于骄横自信、疏忽大意和缺乏精神和物质上的准备造成的。
日本的3 大航空母舰在转瞬之间全部报废完蛋了，唯有“飞龙”一舰完好无损。为了挽回败局，“飞龙”孤军奋战。7 时58分中途岛时间是10时58分。有关资料记载为10时40分。，“飞龙”号上的小林道雄大尉率领战斗机6 架、轰炸机18架，向美航空母舰“约克城”展开了进攻。结果，3 颗炸弹准确无误地命中该舰，使“约克城”遭到了重创（ 日方有18架飞机未返回） 。进而，10时30分中途岛时间是18时30分。有关资料记载为12时45分。，友永大尉率战斗机6 架、鱼雷攻击机10架奔赴预定海域，对美航空母舰“企业”号发动了决死进攻，致使该舰连吃3 枚鱼雷，失去了战斗力，最后沉入大海（ 后来判明，这艘航空母舰是“约克城”号） 。日机队指挥官友永以及日机8 架再也没有回返。
航空母舰“飞龙”为日本航空兵争得了荣誉，立下了丰功伟绩。然而，就是这样一艘象阿修罗阿修罗，是古印度神话中的一种鬼神，常与天神作战。一样活跃的航空母舰也未能幸免，终于在下午2 时30分（ 中途岛时间5 时30分） 遭到13架美舰机袭击，中弹后舰面燃起了冲天大火。舰员们眼看母舰已不可救药，便纷纷含泪离舰。5 日深夜中途岛6 日凌晨。，日本主力部队轻型航空母舰“凤翔”号上的1 架侦察机发现了仍然冒着浓烟，在海面上漂流的“飞龙”号母舰。南云海军中将立即派驱逐舰“谷风”前去营救，但“谷风”到达预定海域时，在茫茫大海上再也没有见到“飞龙”。
就这样，日本海军精锐的4 艘大型航空母舰在短短的1 天之内被彻底葬送了。与美国的“萨拉托加”、“列克星敦”并驾齐躯闻名世界的、被日本国民引以自豪的“赤城”、“加贺”、“苍龙”、“飞龙”4 艘大型航空母舰，在奇袭珍珠港战斗中立下了丰功伟绩之后仅7 个月，就匆匆地与世长辞了。这是做梦也料想不到的惨败。这一失败给日本海军的战斗力带来了无法估量的损失，对今后的战局产生了深远的影响。无怪乎南云长官以及二、三位参谋决心以身殉职（ 因多数人劝说才打消了自杀的念头） 。
不仅如此，日方除了丧失4 艘大型航空母舰之外同时，日重型巡洋舰“三隈”被击沉，“最上”号受重伤。，还损失飞机322 架，大量身经百战的优秀航空兵指战员也在这次战斗中死于非命。与日本遭到的巨大损失相比较，日本舰队击沉美航空母舰“约克城”号、驱逐舰“汉曼”号、击毁美机172 架据有关资料记载，美方公布自己损失飞机147 架；日方公布美方损失飞机179 架。的战果，只不过是一个小小的自我安慰而已。
关于战果报道，美日双方采取了截然不同的方式，美国方面，报纸上用了和报道珍珠港事件一样大小的铅�