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面对这些严酷的事实，英军中东司令部的决策者在四月二十一日所要求的三个战斗机中队纯系纸上谈兵。迄今，克里特岛已被英军占领达六个月之久，但是现有的六千一百人的驻军根本不足以击退预料中的敌人的进攻。他们没有制订系统的防御计划；负责防空与海岸防御的兵力离需要还差得很远；运输设施很糟；通信联络很差；补给物资供应不足；部队居住条件差；现有机场设备不全，战备不充分，最糟糕的是没有使用这些机场的飞机。
英军撤离希腊后的计划
除了空运撤走的那些部队之外，英国海军从四月二十四日至二十五日的夜间到四月三十日至五月一日的夜间从希腊本土又运走了五万零七百三十二人。根据上级指示，绝大部分人在克里特岛登陆，以便加快撤退速度。由于英国当局决定把拯救人员置于首位，所以除步枪、机枪外，其他所有武器与装备都丢弃了。撤退部队的小部分直接运往埃及，可惜这次撤退也有新西兰第六步兵旅，该旅对保卫克里特岛是十分有用的。相反，运抵克里特岛的却是大量的丢弃武器装备的炮兵和其他特种部队，它们对保卫克里特岛的作战只不过是个额外的负担。
这是一次成功的撤退。它再次证明了英国海军的效能。这次撤退是在数量上占优势的德军不断施加压力的情况下实施的，而且制空权完全掌握在德国空军手中。
原来的计划是把这些疲惫不堪的人员转运埃及，但现在不行了。新任司令韦斯顿将军此时不得不尽量使用现有的部队，匆忙地堵塞了克里特岛防御上的最大缺口。目前，局势已变得更加紧迫，因为整个希腊都在德军手中，入侵克里特岛的危险似乎已迫在眉睫。
四月二十八日，新西兰部队司令弗赖伯格将军率领部分新西兰远征军抵达克里特岛。弗赖伯格以为对他的部队来说，克里特岛只不过是前往埃及的中转站。但是两天以后，韦维尔将军来到岛上，视察了岛上的防御设施，并任命弗赖伯格为那里的英希部队总司令。现在，弗赖伯格已是自去年十一月以来克里特岛上的第七任、也是最后一任军事指挥官了。显然，他是一位有办法应付危险局面的人。而克里特岛危险局面的形成则是英军一连串的权宜之计、姑息手段、软弱无能和德军强大的结果。弗赖伯格将军的任命以及要求新西兰部队留在岛上而不开往埃及一事，使英国与新西兰政府之间产生了某些龌龊而且新西兰政府很自然地要求，为了完成赋予它的任务，英国应该向新西兰部队提供一切必需物资，否则，就必须重新讨论要其部队坚守该岛的决定。丘吉尔不得不亲自斡旋才使得这个棘手的问题得以解决。
四月十七日，韦维尔将军得到伦敦的命令，准备撤离希腊本土，并为保卫克里特岛重新组织他的部队。同时，应尽量多地使用希腊部队执行这项任务。而且出于政治上的原因，英国还要在克里特岛扶植希腊国王，成立希腊政府5 月22日至23日的夜间，国王在南海岸圣鲁梅利登上了一艘英国驱逐舰。。
早在四月二十七日，英军中东部队总司令就获悉了德军在希腊本土备战情况的情报，情报表明德军将同时从海上和空中进攻克里特岛。翌日，在英国战时内阁举行的一次会议上，丘吉尔宣称，德国人企图把克里特岛与罗得岛作为空军基地把英国人逐出东地中海，并从那里进攻埃及沿岸水域的英国海军舰艇自4 月8 日起托卜鲁克一直被包围，只能从海上得到补给。。他继续说，这只是进一步向埃及本土发动进攻的前奏。同时，他对于英军能否顶住德军向克里特岛迟迟不发动的进攻表示怀疑。
这种担心只不过反映了军事专家们所普遍持有的怀疑态度。他们认真地权衡了保卫克里特岛的得失利弊，其中关键问题在于，是否把保卫该岛的部队用于北非，以期收复班加西。
坎宁安海军上将作为地中海部队总司令，于五月一日对整个局势作了估计。可能就是这种估计加强了英军保卫克里特岛的决心。根据他的观点，必须尽量阻止德军占领该岛，阻止的时间越长越好。这是十分必要的。其原因是，如果德军占领该岛，岛上的机场就会使德国空军轻而易举地对马耳他岛施加压力，并会给英国海军向马耳他岛运送补给物资造成更大的困难，而且德国空军将能在北非沿海海域投入更大的兵力作战。德军占领克里特岛还将使其能够更加容易地用轻型水面舰艇进攻塞浦路斯岛。英国皇家空军在克里特岛上的出现并不会影响在非洲沙漠上的作战，但要守住该岛，这却十分必要。
到此为止是否应坚守克里特岛的讨论就结束了。坚守该岛的决定已经作出。然而，英国人迫于形势的压力作出这样决定的说法可能是真实的，因为当时他们选择的余地确实很小。德军占领了希腊，从而也就在东南欧站稳了脚跟；它们仍在北非作战，并已踏上埃及的领土；在伊拉克，它们着手扶植亲纳粹的格拉尼总理上台；在叙利亚，丹灰将军正在为飞往伊拉克的德国飞机提供方便。最后，自本年年初开始，马耳他岛就不断地遭到德军第十空军军的袭击。德国空军已享有空中优势，英国必须竭尽全力阻止它继续夺取有利的空军基地。因为德军一旦占领这些基地，其空军就能对计划中的向中东的大规模进攻实施更有效的支援。
迄今为止，英军在克里特岛已经集结了足够的兵力，下一步需要讨论的问题就只是如何运进必需的物资与装备了。弗赖伯格将军在五月五日给丘吉尔的电报中宣称，只要给他足够的火炮、充分的补给物资和一定数量的战斗机，他就有信心用他的部队粉碎敌人的空降突击，守住该岛。但是，由于英国生产的飞机数量有限，再加上克里特岛的机场的设备很差，因此空军参谋长、空军上将查尔斯·波特尔爵士反对调拨飞机常驻克里特岛。只准备批准在那里建立一些供战斗机使用的前进降落场。毫无疑问，他是受了英国皇家空军在希腊所遭受的严重损失的影响，才作出这种决定的。五月九日，残余的英国皇家空军飞机从希腊本土飞入克里特岛，计有：马利姆机场二十四架；伊腊克林机场十二架。这些飞机大部分急需修理，但岛上却没有足够的维修设备。直到五月十三日，弗赖伯格将军手下只有六架“飓风”式飞机可以作战。五月十七日，他又得到十架。但是，此时德国空军对该岛的压力是如此严重，以致为了保存这些飞机免遭摧毁，它们又不得不飞返埃及。五月十九日，在德军开始进攻克里特岛的头一天，岛上仅有的四架“飓风”式飞机和三架“斗士”式战斗机都飞离克里特岛，前往埃及。
守军认为简易机场可能以后还会有用，因此没有一并毁掉，只是封锁了它们。后来证明这却为入侵者实施空降登陆作战提供了极其有利的条件。
当时的情况还证明，运送坦克加强该岛防御也是十分困难的。由于英军坦克在希腊以及对付隆美尔的非洲军时遭受了严重损失，由于伊拉克的局势仍然动荡不定格拉尼的行动由于德国没有进行有力的合作和提供足够的兵力而失败。希特勒的意图可从其1941年5 月23日对中东的指令中看得很清楚。为了增强伊拉克人的自信心和抵抗意志，他打算这样来支援格拉尼：提供武器弹药，派遣一个军事代表团（以费尔松将军为首的F 特业参谋团，该将军还是叙利亚联络代表团的负责人），以及派遣一支数量有限的空军部队。在克里特岛和北非发生了决定性事件的时候，伊拉克的动乱确实迫使英国人分散了兵力。，韦维尔将军仅可提供十六辆轻型坦克和六辆步兵支援坦克。但令人宽慰的是，英国皇家海军的“虎”号运输船队历尽了千辛万苦，勇敢顽强地穿越地中海，把二百三十八辆坦克与四十三架“飓风”式战斗机运抵克里特岛由于北非战场急需坦克，因此没有取道环绕非洲需花四十天之久的这一较长的航线。该运输船队用了5 月5 日到12日这几天时间由直布罗陀出发航行到亚历山大。据第10空军军说，这是自1 月以来的首次尝试。结果一艘载有五十七辆坦克和十架“飓风”式战斗机的商船蒙受了损失。。在这件事情上，丘吉尔对韦维尔逼得很紧，因为丘吉尔本人对“灼热”作战计划兴趣颇大“灼热”行动计划是对克里特岛进行预期入侵的代号。5 月13日丘吉尔建议再运送十二辆坦克到克里特岛去。但是韦维尔不同意，因为这十二辆坦克到达那里很可能太晚了。这是一个典型事例，说明政治领导人在危机时期甚至连小事也要插上一手。在德国方面这也是不乏其例的。。
希腊的撤退工作还未结束，出于坚守克里特岛的必要，海军就不得不转而集中力量执行新任务，即主要运送补给物资，同时也运送部队。四月二十九日至五月二十日期间，它就把一万五千吨的补给物资运送上岸，五月十五日夜，运送了一支部队在伊腊克林登陆，接着在五月十八日夜，又运送另一支部队在克里特岛南岸的延巴基翁登陆。这些行动必须在夜暗的掩护下实施，因为德国空军在昼间的压力日益增强。由于苏达湾基地的设施目前如此有限，以致英国的舰艇在克里特岛周围活动时，还必须以有四日多英里之遥的亚历山大港为基地。
一九四一年五月英国地中海舰队实力
四艘战列舰：“伊丽莎白女王”号、“巴勒姆”号”＊、“厌战”号＊、“勇士”号＊
一艘航母：“可畏”号＊
八艘巡洋舰：“格洛斯特”号＋、“斐济”号＋、“奥赖恩”号”＊、“阿贾克斯”号”＊、“佩思”号＊、“狄多”号＊、“水中仙女”号＊、“月亮女神”号
三艘旧巡洋舰：“考文垂”号、“加尔各答”号＋、“卡莱尔”号＊
一艘布雷舰：“艾布迪尔”号
三十艘驱逐舰：“纳皮尔”号＊、“尼扎姆”号＊、“坎大哈”号、“金斯顿”号、“金伯利”号、“凯利”号、“卡西米尔”号＋、“基普林”号、“凯尔温”号＊、“天后”号＋、“贾纳斯”号、“贾维斯”号、“豺”号、“美洲虎”号、“努比亚人”号＊、“艾赛斯”号、“帝国”号＋、“艾利克斯”号、“英雄”号、“霍特斯珀”号、“赫里沃德”号＋、“黑斯蒂”号、“哈沃克”号、“格里芬”号、“快轮”号＋、“引诱”号＊、“防御者”号、“斯图亚特”号、“航海者”号、“世仇”号
二艘小型护航舰：“奥克兰”号、“红鹤”号
注：＋在战斗中被击沉的舰只
＊在战斗中被击毁的舰只
为预防不测事件的发生，英国地中海舰队的部分舰只经常在海上巡弋；另一部分则处于高度戒备状态，一旦在海上巡弋的舰只因燃油短缺而活动受阻便立即出航。五月十五日至五月二十日期间，坎宁安海军上将把他现有的部队编为四个分舰队：第一分舰队在克里特岛以西海域活动，其编成内有两艘战列舰和五艘驱逐舰；第二分舰队在该岛的西北海域活动，其编成内有两艘巡洋舰与两艘驱逐舰；第三分舰队在该岛的东部海面活动，其编成内有两艘巡洋舰与四艘驱逐舰；第四分舰队在雷西姆农附近海域活动，以防敌人在那里登陆，其编成内有两艘巡洋舰和四艘驱逐舰。
除了这些分舰队外，在亚历山大港还留有两艘战列舰、“可畏”号航母（尽管它只有四架飞机可随时起飞）、两艘巡洋舰和数艘驱逐舰。此时，实际上只有七艘鱼雷艇在苏达湾海域活动。
英国人把五月十七日视为德国人最可能实施登陆的日子。弗赖伯格将军对其应变能力进行了认真的检查，并对德军可能发起的进攻作了估计之后，确定有四个地点对防御极关重要：三个飞机场和苏达湾周围地区。他对局势的估计并不是灵机一动的猜测，而是以提前获悉的德军的真实作战意图为基础的。四月二十六日情报部门得知德军将实施空降作战。五月六日，又掌握了这次空降作战的主要细节，包括可能发起进攻的日期。这是英国人在第二次世界大战期间首次比较幸运地提前获悉了敌人的作战意图。
弗赖伯格将军意识到，这四个防御重点之间的距离远、缺少运输工具、通信联络差，因此要加固防御阵地使守卫这四个地区的英军能独立作战。因此，从五月三日起，他把部队作了如下部署：驻伊腊克林八千零二十四人，由查佩尔准将指挥；驻雷西姆农六千七百三十人，由瓦齐准将指挥；驻苏达湾一万四千八百二十二人，由韦斯顿少将指挥；驻马利姆一万一千八百五十九人，由普蒂克准将指挥。
除去这些部队，他自己的参谋部还有四百零五人，另外还有五月二十四日至五月二十七日登陆的八百人。这样，弗赖伯格将军指挥的部队共四万二千六百四十人，其中包括一万零二百五十八名希腊人。但是，希腊军队的战斗力差，士气沮丧，纪律松弛，装备低劣。
弗赖伯格将军最感头痛的事是如何得到装备与补给。因为所有的补给物资必须由海上输入，而港口又不断遭到德国空军的袭击。开始还可以每日向苏达湾运人和卸载七百吨物资，可是后来下降到仅一百吨（根据计算，每月需向克里特岛的驻军提供二万至三万吨物资）。原因是只能使用三十节以上的舰船（巡洋舰与驱逐舰），只有这些舰船才能在夜暗的掩护下出入港口。到五月十九日，在苏达湾港已躺着十三艘被毁弃的舰船。英军的高炮连根本无法驱走德国空军的飞机。
可是，尽管遇到了重重困难，防御的准备工作仍在积极地进行：守军建立了防御阵地；伪装了坚固支撑点；设置了用以欺骗敌人的假阵地，并且很好地利用了复杂的地形。正因为如此，当德军最后发动进攻时，确实使其遭到惨重的损失。守军在如下方面也作了充分的准备；他们掌握了当前敌人的情况；尽一切努力熟悉了德国机降和伞降部队的情况及其战术；并向部队指明了战斗可能的进程。从五月十七日起，驻军开始处于高度战备状态。敌人的作战意图已路人皆知，所以在战略甚至在战术上根本不存在突然袭击的问题。
德军的进攻计划
“水星”作战是首次以德国空军为主，国防军三军相互配合的作战。这次作战的任务交给了勒尔将军指挥的第四航空队，其编成内有：冯·里希特霍芬将军指挥的第八空军军和施图登特将军指挥的第十一空军军。海军支援的作战任务交给了东南舰队司令舒斯特尔海军上将。
由里希特霍芬将军指挥的第八空军军在攻占希腊本土的作战中作用显赫，因此它对这次行动的总情况已了如指掌。由施图登特将军指挥的第十一空军军编成内的大部分部队不得不从德国的驻地和训练营地内抽调。在调动过程中，德军遇到了很大的困难，主要是技术方面的，例如在巴尔干非常缺乏交通线，而“巴巴罗萨”作战的运输量又很大等。但是尽管如此，到五月十四日，第十一空军军还是成功地在雅典附近集中完毕，并做好了战斗准备。德军还调集了十个“容”－52飞行联队，共五百零二架飞机，准备运送伞降与机降部队。
但是，空军地面部队却未做好准备，其数量也不足以完成任务。由于少数可以使用的机场必须分给第八空军军的轰炸机、俯冲轰炸机和战斗机使用，所以留给第十一空军军使用�