解放军并没有闲着的意思，一面加紧调整作战方案，一面派出侦察机对台湾实施空中侦察。台湾方面对于不断出现的侦察机是无可奈何，原来这些侦察机都是歼侦…8。它由歼8早期型改装的侦察机，保持了歼…8高空高速的特点。由于远程预警系统被破坏了，因此歼侦8只有在接近台湾岛时才能被发现，能留给台军实施拦截的时间就不多了。
歼侦8在飞越台湾上空时，飞行高度经常达到万米以上，这个高度越出了台湾方面在空袭中得以保存下来的地面防空武器的最大射高。能够达到这个高度并有机会实行拦截的，只有战斗机。然而令台湾飞行员头痛的是，解放军总要进行大量的佯动后，让人无法预先知道侦察机何时从何处冲来，采用什么航线，目标是那里。而且这时歼侦8的飞行速度多达2倍音速以上，这个速度不仅令台湾飞行员难以适应，也使其飞越危险区的时间很短，常常是台湾战斗机还没有来得及拦截，歼侦8已经返回安全区。更可怕的是，解放军经常以侦察机为诱饵，引诱台湾的战斗机出战，然后加以伏击，这让人防不胜防。
7月13日下午3点，“中场休息”结束！经过精心准备之后，解放军的新一轮空袭开始了！
解放军二炮部队最先“发言”，数十枚巡航导弹竞相出击，紧接数枚老式地地导弹腾空而起。二炮部队准备继续“清理库存品”。空军的战机开始起飞。这一切没有能躲过美国人的眼睛，美军空中预警飞机时刻注意着台海上空的每一个变化。
美国人的情报一送达台军指挥部，战斗警报即随之发出，于是台湾各机场都响起了战斗警报声，飞行员迅速登机，起飞迎战。台湾空军所有能够参加战斗的战斗机立即紧急起飞，台湾飞行员虽有决一死战的决心，但心情与昨天相比已大不一样。今天早晨的惨败在台湾飞行员心中留下了很深的阴影，悲观、失败的感觉早已占据了飞行员的内心世界，正如一位飞行员对当时的回忆那样：“大家的士气低落到了极点，笑声早已消失了，当空袭警报响起时，除了拼命一战之外，我什么都不敢想了。”
正当台湾空军战机紧急起飞之时，解放军二炮部队的地地导弹就到了，万幸的是全是些老式地寺导弹，精度极差，没有一枚击中重要设备，而且数量很少，一个机场只落下一、二枚。这时机场上并没有停放多少飞机，飞机都是从机库内直接冲向起飞跑道，中间并不停留，同时人员多已进行了掩体。导弹攻击造成的损失很小，甚至可以说是毫无战果，但目的已经达到，导弹攻击成功的制造了混乱，整个起飞过程受到了不小的影响，也给对手造成很大的心理压力。
与此同时，解放军战机已越过海峡中线，如以前那样，台军战斗机立即迎上来，不同的是这次迎战的战斗机数量明显少了。
空战从一开始，台湾空军就处于明显的劣势。数量处于绝对劣势，也谈不上什么质量优势。还有信息不灵使台湾飞行员得不到有效的指挥，只能依据指军中心提供的简单信息来判断情况，谈不上什么整体配合。台湾飞行员发现原先那种强调远程交战的观点并不合实际情况，许多在理论上可行的战斗方案，在实战中并不实用。由于没有及时可靠的情报支援，他们无法先对手起飞，抢先占据有利位置，往往等他们起飞迎战，解放军机群已越过台湾海峡，他们处于非常不利于的位置。对于视距外的远程交战来说，抢占有利的位置并不是决定胜负的关键，可是台湾海峡太狭窄了，只要几分钟双方就会相遇，留给飞行员确认情况、判断、决定，以及锁定目标、发射导弹的时间就非常的有限了。往往进行一轮远程导弹攻击之后，就要进入近距格斗战，甚至远程导弹刚刚发射，就必须进行近距格斗了。可对于近距格斗战来说，抢占有利位置是决定胜负的关键一条。先行起飞的飞行员可以采取先向东飞，与对手拉开距离，然后再转向实施攻击，这样可以多发射几枚远程导弹，可对于最后起飞的飞行员来说，一起飞就要与对手开战，根本没有抢占有利位置的机会和时间。
为加强防空能力，台湾特意以“高雄”号为首的一支舰队开入台湾海峡，希望利用舰上的防空导弹和雷达加强防空力量。“高雄”号是台湾拥有的最先进的军舰，属于从引进的4艘“基德”级战舰中的到货的第一艘，也是唯一的一艘，其余的几艘还没有交货。
“高雄”号正与4艘“成功”级护卫舰组成一个编队，正低速度在离海岸线不远的地方游荡，这是“高雄”号舰长梅军辉作出的决定，他认为这里水浅，大陆的潜艇是不到这里活动的。潜艇被台湾海军认为最危险的对手，必须时刻提防潜艇，尤其是台湾附近海域出现潜艇踪迹之后，提防一点还是好的。此时他的心情可谓中忧心重重，原来美国人答应提供的新式雷达和新导弹还没有到货，现在该舰装备的依然是建成时装备的SPS…48E型三坐标雷达和“标准”防空导弹，按理说这种雷达的性能不错，只是有事没事就出故障，今天没出故障，可是面对天上的数百架飞机，雷达很快就不分敌我了，结果只发射了几枚“标准”导弹就再也不敢轻易发射了，不击中己方战机比击落敌机更重要。令人生气的是，发射的几枚“标准”导弹无一命中目标，检查原因时，才是他们太急了，没到“标准”导弹的有效攻击半径就发射了导弹，这时梅军辉才发现自已有点太紧张了，于是告诫自己不要再紧张了。
“报告，发现敌机靠近！”雷达兵报告道，他刚刚混乱的雷达屏幕上发现了情况。
“多少架？距离？飞弹准备！”机会又来了，梅军辉一边询问，一边下达了命令。
“12架！距离72！”距离还有72公里，还不到“标准”防空导弹的有效射程，梅军辉再次告诫自已不要心急。
梅军辉正耐心等待时，可是雷达兵报告道：“敌机返航了！”
“什么？”糟了！敌机发射完导弹返航了！“小心飞弹！准备发射干扰弹！”梅军辉马上意识到了问题，急忙下达了命令。
果不其然，不久雷达就发现正在接近的导弹，这到没有让他感到心惊，让他心惊的是，导弹的数量太多了，雷达显示的是“一大片”，分不清数目。实际上接近的反舰导弹总数是48枚C802，由12架“飞豹”携带，每架4枚C802，这些“飞豹”在距“高雄”号100公里的地方发射了导弹，然后返航了。
面对如此多的导弹，没有人不会心惊。如何对付正以接近音速的速度飞来的导弹？舰上的“标准”导弹属于早期型号，不具备反导能力。干扰弹发射了！可惜只有几枚导弹上了当，大部分子导弹依然飞向预定的目标，原来这些导弹的制导系统经过了许多改进，性能提高了不少。近防炮开火了，“高雄”号上装有2座6管20毫米近防炮，可要对付这些几乎是同时到达的导弹，可谓是杯水车薪，“高雄”号上的近防炮仅仅击落了2枚来袭导弹，一枚反舰导弹就击中了“高雄”号，165公斤的半穿甲弹头轻松地击穿了舰体，然后在舰体内爆炸。对于这艘万吨级的战舰来说，一枚C802导弹所能造成的破坏是有限地，可接下来又有4枚C802导弹击中了“高雄”号，如此打击是“高雄”号所无法承受地。
“高雄”号水线下的舰体虽然没有受到破坏，没有大量进水，但舰上燃起了大火，火势已无法控制，很快军舰就失去动力。“不必救火了！快点抢救伤员！准备弃舰！”梅军辉无奈地下向全体舰员达了命令，可是火势太大了，最终还是有部分被困在机舱内出不来了，然而没有机会再救他们了，大火正向弹药库蔓延，随时有发生大爆炸的可能。“弃舰！”他下达了最后的命令，于是舰员放弃了救援行动，纷纷弃舰逃生了。当梅军辉登上了救生艇，最后望一眼他的军舰时，他禁不流下了眼泪，不仅他，所有的舰员都流泪了。最后他不忍心再看下去，将头转向其它方向时，他发现整个舰队都完了！4艘“成功”级护卫舰都被击中了，正在下沉，水面上都是等待救援的人。这时他的身后突传来了一声巨响，“高雄”号的弹药库爆炸了。
台湾失去了它最好的军舰。如此惨重的损失，让台湾海军再也不敢将大型军舰开入台湾海峡，全部主力舰不是躲在港口内，就是躲到远离大陆的外海。
完成台湾海峡“大清扫”之后，解放军的攻击机群再次对地面目标实施轰炸。此前巡航导弹已“光顾”过台湾防空部队的阵地，这次依然如上午那样，台湾方面还是没有有效的拦截方法。
虽然巡航导弹的攻击令台军地面防空部队损失不小，但地面防空火力依然不弱，甚至较之于早晨有不少加强，看来台湾方面加强了机场等重要目标的防空力量。但这次防空部队显然有点犹犹豫豫的，不敢轻易开火。原来在上午的战斗中，台湾的地面防空兵多次误将己方飞机击落，超过10架战斗机被自己人击落了，这让本就处于兵力劣势的台湾空军无法承受。台军指挥官严令防空部队在未确定敌友之前不得开火。为避免误伤，防空部队变得犹犹豫豫的，误伤的事确实是少了，但许多战机也因此失去，许多次台湾飞行员将对手引进了己方地面防空火力的范围内之后，可是地面防空部队不是不开火，就是太晚了。
这次解放军吸取了上午的教训，改变原来的空袭方案，大量使用反幅射导弹攻击台军的防空雷达。直到在上午的战斗中受到反幅射导弹攻击之后，台军才发现解放军使用的反幅射导弹远比想象的先进，这才想起如何防御反幅射导弹的问题，此前对此一直没有真正重视过。按常规的方法，雷达突然关机，可以摆脱反幅射导弹的跟踪，这是一种最原始的方法，对于装有记忆装置的反幅射导弹无效，除非雷达关机后立即机动，可惜台湾装备的雷达机动能力太差。实施干扰也是好办法，可惜台湾准备不足，能够使用的方法都很简单，实际效果非常不理想。结果台军雷达不是关机，就是被摧毁，使许多防空导弹无法使用；只有高炮还能用，不过也因炮瞄雷达无法使用，只能实施人工瞄准，效率大为下降。
不依靠雷达制导的“毒刺”等型号的导弹被大量的使用，不过这些导弹存在着射程短的问题，对于高空目标无能为力，好在解放军对地攻击的主角是强…5，所以还是很适用的。然而强…5绝不是靶机，强…5凭借着优异的低空突防能力，对目标实施了猛烈的攻击。飞机噪音一直令人头痛，降低噪音已成为飞机设计的一大趋势，然而解放军飞行员将噪音变成一种“武器”，当飞机从超低空，以尽可能高的速度飞过时，那噪音得让人受不了，巨大的噪音中许多人的耳朵流出了血，更不要说由此产生的心理压力，心跳加速、呼吸困难、动作也慢了，甚至犯错误。面对突然从地平线上冒出的强…5，许多人还没有准备好发射手中的“毒刺”导弹，强…5早已投完弹，消灭的无影无踪了。
为给潜艇部队的活动提供方便，台湾海的反潜机航空兵基地被列入重点打击的目标，其实这有点多余，台湾海军的反潜航空兵第一大队的S…2T反潜机能飞的只剩下8架，至于新采购的P…3反潜机，只有8架交货，现在能飞的只剩3架；第二大队的反潜直升机能飞的也不多了。
这次台湾的主要港口也被列入攻击目标名单，不过出于登陆作战以及战后的台湾重建工作的考虑，攻击部队接到了不得破坏港口设施的命令，只要求他们击沉几只船，将港内的其它船只“吓”走。为了执行这一仅将“船只赶走”的任务，2架“飞豹”对高雄实施了攻击，每架“飞豹”对高雄港内船只各发射了2枚C701反舰导弹，这时港内停留着的因各种原因而没有离开的商船象靶子一样，导弹发发命中，4艘商船被击中，可惜C701反舰导弹的威力较小，没有一艘船被击沉。
与此同时，另2架“飞豹”对台湾的另一个大港基隆港发动了攻击，攻击也是成功的，不过这次有点意外，一艘船被击中后发生爆炸，那是一艘天然气运输船，而且当时是满载的，导弹引爆了船上的所装载天然气，制成大爆炸，。爆发声可谓“惊天动地”，港口附近的许多房屋的玻璃被爆炸声震破了，人们可以从很远的地方看到爆炸所形成的烟柱。好在，除天然气运输船上船员全部遇难外，没有制成太大的伤亡
。此次爆炸事件又为西方指责中国提供了一个好借口，理由是中国破坏自然环境。
高雄港与基隆港受到攻击的消息产生了巨大的影响，许多正前往台湾的船只调头了，还留在台湾的船只也纷纷离开了，台湾的海运因此受到了巨大的影响。
解放军还对台湾的电力系统发动了攻击，攻击的目标不是发电站，而是输变电系统。这些目标很容易从空中用肉眼发现，进行攻击也很容易了，效果也好，只要摧毁几根输电线杆或变电站就可以让至少一条输电线路中断。电力是现代文明的动力，大规模停电除对士气有影响外，对台湾经济的影响更大，对台湾输变电系统的攻击行动被一位西方经济学家称为：“这几乎要了台湾经济的命！”
占数量优势的解放军采取轮翻作战，一批战机的油料和弹药消耗的差不多了就返航，由另一批战机接替其任务。而台湾的战斗机则只能在战斗的间隙找个机会在附近的机场或公路跑道上降落，然后立即隐蔽起来，以免受到来自空中的攻击。由于没有新的兵力接替来它们的任务，天空很快被解放军控制了。
经过连续2个多小时的轰炸，解放军确信任务已经超额完成之后，才停止轰炸，激战随之结束。虽然这一次，解放军付出的损失也不小，但与所取得的战果相比，还是微不足道的。
13日中午时分，“海龙”号正在潜望镜深度低速潜航，艇长葛新正通过潜望镜观察着水面上的情况。现在他要做的是最终确认目标，声纳不久前发现一大型目标正向他们驶来，可潜艇的声纳可以确定船的位置、航速等情况，要确定船的国籍等，只能用人的肉眼。他终于看清楚，那是一艘大型集装箱货船，从船身上的标志看，那是中国远洋运输公司的船，通过与资料的核对，进一步确认这一点，并且知道该船的船名为“黑河”，是往返于中美之间的定期货轮，属于可攻击的目标范围内。经过仔细的侦察，他确信附近还没有解放军的舰只或飞机，于是决定实施攻击。
“黑河”号的几位船员正在船甲板上聊天，这时一位船员突然大叫到：“那是什么？”并且用手指明着左弦外的海面，其它几位船员顺着他所指的方向望去，发现不远处的水下有一个东西，看上去象一条“鱼”，但后面带有不太明显的航迹，它正高速冲向“黑河”号。
“黑河”号船长正好从这里经过，他也跟着望去，当过海军鱼雷艇艇长的他，马上大叫道：“鱼雷！”
可惜发现的太晚了，他的话音刚落，船就被鱼雷击中了。只听着一声巨响，随之整个船体就发生了剧烈的震动。突然之间发生的变化使船员们有点惊慌失措，不过大家很快就恢复了清醒，当即组织了自救。鱼雷击中了货船上的一个已经空了的机油舱，爆炸形成了一个�