幕府的德川秀忠却又决然不能同意。原本派人求和便不是他的主意，而是德川家康留下的诸家老合议后向秀忠施加的压力造成，现下张伟那么许多过份的条件一抛过去，到正是给了秀忠出兵的借口。于是便在施琅到达日本外海的半个月后，幕府集中了所有的海军舰船，一共一百余船，加上一万多水军，企图一战而击溃施琅的台北水师。只是当时的日本海军早已不是九鬼嘉隆时代精锐，数十年风平浪静，无有战事。纵是当年强盛的日本海军尚不是朝鲜水师的对手，现下这些图具水师之名的旱鸭子们，又怎是打过数次大海战的台北水师的对手？
数次激战下来，台北水师一船未损，日本海军却被打的灰头土脸，落后的战船和战术思想根本触不到台北水师的皮毛，一艘艘老式战船依次被击沉，当最后一场长崎外海的决战之后，日军仅余十艘不到的小船逃离，此战之后，幕府遂放弃了海战破敌的狂妄想法，龟缩在陆地不肯出战，施琅虽已将整个日本封锁，又不断的炮击平户长崎等港口，只怕炸死炸伤的日本平民已过万人，可是幕府似乎只抱定了任你如何来，我只学乌龟的方针不放松，任是施琅四处开炮，弄的全日本怨声载道，幕府方面却是任何打算也没有。不但不和谈，似乎连反抗也懒得反抗了。
施琅因带着水师在海上飘泊已久，给养食物已是消耗的差不多，正巧又有张伟的使者前来讯问，便也不请示汇报，留下几艘小炮船，放上大船的给养火药炮弹，便直接将整个船队带了回来。张伟因见水师官兵皆是疲累不堪，到也不怪施琅自专，下令让水师官兵上岸休整，又给三卫步兵放假休息，便在那军营节堂召开军议，议定了水师休整完毕，便用水师舰队掩护一百五十艘运输船带着三万步兵登陆九州，攻占平户。
如此又忙碌了半月有余，准备给养、弹药，安排兵士训练登陆，准备船只马匹便于联络，指定三卫各自登陆区域，张伟有感于水师补给消耗过快，概因所带食物占了大量空间，淡水反倒装的不多，而英国教官居然提议在船上饲养活鸡活猪，道是当时西洋各国的远洋舰船都是如此处理云云，现下这三万步军数千水师，一天吃的喝的便是几十吨的载重，这可如何得了？只是现在却没有功夫搞什么铁罐头之类的保鲜食物，至于压缩饼干之类，那自然是想也不敢想了。
万般无奈之下，到果真依了英国人的建议，在船上弄了一些舱室，养了些活猪活鸡之类，何斌在船队出发前一日上船看了，大笑道：“志华，到不如弄些泥土，种些青菜什么的，那可更加的新鲜可口了。”
张伟横他一眼，道：“你这土包子，从来没有走过远路。中国人又能穷将就，闯南洋最多也就十几天的水程，是以咱们不知道这些。人家红夷动辄在海上飘泊行驶半年一年的，这此事听人家的没错。船上长期吃不到新鲜的疏菜和肉食，一则士兵容易得病，二则也易厌战。咱们又不能担保上了日本就能征集到大量食物，小心没过逾的，多带些总比不够吃来的好。”
何斌仍是笑了一阵，方又问道：“你此番定是随船去了？”
“不错，这场仗规模不小，我在家呆着不放心哪。也只得辛苦一遭了。”
何斌唔了一声，又问道：“台南留两千龙骧卫军，由林兴珠校尉领兵，台北留四千兵，由谁领兵？”
“张杰，我已先任命张杰为金吾卫左军的前将军，领兵驻守台北，我让他遇事常与你商量，该当不会出什么岔子。”
微微一点头，何斌自是无话，却又问道：“志华，你弄的那个军机处，看名字是处理军务，怎么此番大动刀兵，那吴仲则却是全无动静，还有军机处的其它军机，比如那吕唯风、袁云峰，怎么此时都不露面，军机军机，我看是政务才对吧？”
“这到也不是。廷斌兄，切莫误会，我设军机处，原本是要襄理军务，只是那些个军机们都是文官，现下虽了解打仗是怎么回事，也知道些军队上的日常事物，离真正的料理军务还早的很呢。那政务简单，他们原都是中下层官员，我提上来不过是帮着我处理一下日常事物。可笑这台北就有流言，说我要夺各层官员的实权，特别是要对付你。我令高杰捕了几个背地里饶舌的，送到金矿挖几年金子再说！”
“志华，我没有呷醋的意思。人家说上几句，也就罢了，何苦一定要捕人。防民之口，甚于防川，刚见你的时候，你不是也常念叨。再有，军机处我看很好，你平日里哪有那么多闲空，有这么些人帮手，又不怕他们揽权，也亏你想的出来！”
张伟一笑，便起身出门，往舱室外边行边走道：“廷斌兄，此一时彼一时也，为上位者才知道孔子诛少正卯的道理。言伪而辩，记丑而博……廷斌兄，再加上心达而险，行僻而坚，我在台湾不过是凭借武力领了这个位置，若是放任乡野的这些个儒生商人和有心之士加起来一并诋毁于我，难不成我终日杀人？这样还治什么政！所以……”
双手挥舞做一个手式，又向何斌笑道：“把一切敌对势力扼杀在摇篮里，不使其坐大。这可是我家乡的某种哲理，有时候，它是有道理的。至于放开言论，博采众人之长，还是等我威望实力到了某个阶段，可以真正掌控全局时，再说不迟。反正我早有言在先，不准台湾军民议论军政，逮了这些多嘴乌鸦，也不算是不教而诛。”
何斌跟在他身后，见他如此坚决，也只好熄了寻他说情的念头，只是想起坐在自已府中等消息的那些妇人们，猛打一个寒战，急步追上张伟，打定了主意随他一同混饭去也。
第二日却是选好的黄道吉日，三万大军出征在这台湾尚属首次，因这些军人家属大半都在台北，是以这一日码头港口除了黑压压的军队之外，尚有数十万沿途送行的平民百姓。
这么大的举动，自然是瞒不过台北知县史可法，原说这些事自然与他有关，他需出面安抚百姓，疏通街道，又需在后勤各事上多尽心力。只是他这个知县不但无权干涉台北卫所的军务，便是那民务，也被各个张伟自设的衙门蚕食干净。来台许久，竟然有许多台北百姓尚不知道皇帝派了知县来台，史可法无奈之余，到也佩服张伟的手段。只是每年伴食画诺，却实在令这位青年知县苦恼，他可不是那种拿了俸禄不想做事的庸材，更何况除了正常的知县俸禄，那张伟又禀报了朝廷，道是台北诸事繁芜，工厂商号众多，两位知县辛苦，又特地加了千两俸禄的银子给他。明朝官员俸禄之低，可以说是前无古人，后无来者，朱元璋和尚叫花子出身，只想马儿跑，又跑马儿不吃草，俸禄低的离谱，一个知县一年不过几十两银的俸禄，还需负担师爷书办的杂费，还要养家糊口，若是不贪污，那只有一家大小喝西北分。好海瑞是明朝有名的清官，母亲过生日，也只买的起半斤猪肉，死了连棺材也置办不起。这教官员们如何不贪？自洪武年间贪官就杀而不绝，官员贪污六十两以上处剥皮之刑，饶是如此，贪官却如那野草一样，春风一吹便又生，朱元璋曾纳闷道：“我捉住贪官没有估息的，全都杀了，却如何这些官员都不怕死，总是要贪？”
他只管自已抱怨，却不知道官员们也需吃饭，朝廷的俸禄低的离谱，不贪却又怎办？是以明朝吏治之坏，也是诸封建王朝之冠。史可法家境原是平常，现下被张伟困在台湾不得离去，到是每年千两的银子拿着，事情又少，银子又多，若是现代那些期盼着：“不工作，少拿钱，少工作，多拿钱”的人们得了他这个工作，那当真是梦里也要笑醒过来。他拿这银子有愧，原待坚拒不受，张伟却笑咪咪拿出朝廷恩准的批文来，道是不拿便是抗命，无奈之下也只得受了。这银子放在袋里，可也压在了他心上。于是张伟越是不肯让他办事，他越是拼了命的找事做，现下眼见张伟出兵，又将他体体面面晾在一边，史可法无奈，只得将朝廷给的全副知县的仪仗摆了出来，放在桃园镇至港口的大道之上，一则张伟此番出兵是为了倭乱，他这个大明知县自然要表态支持，二来也可借这仪仗疏导交通，也防着军人家属情绪激动，冲撞队伍。
张伟远远见了这位史书上有名的刚直能臣，民族英雄就这么傻呆呆的站在路口为他的军队开路，还一边微笑向打招呼的军官做揖回礼，心里只道声：“罪过！史宪之，这一向我得罪了。待过两年朝廷压力小了，我便将你这知县应有的实权给你，让你好好的一展报负，只是，你可别一心求去，那是条死路啊……”
就在大军登船之际，台北指挥使司衙门军机处的各军机却也正在会议，因张伟有
意压制军机处的规模，只拨了一处厢房给军机处权充处公入值之所，是以五六个军机加上十几个书办挤在三间厢房内，平时就有些狭小局促，坐议时各人都离了本身的坐位，挤在一处，就更加显的拥挤不堪了。
吴遂仲坐在主位主持会议，只是他仿佛有什么心事一般，一直低头不语，凝神沉思。其余各军机都是性格沉稳百练成钢的人，却也无人催促于他，各人也都攒眉咬牙，只待那吴遂仲发话。
直过了小半个时辰，呈遂仲方好象刚睡醒一般，一迭声道：“怎么没有人说话，今天召集会议，是要大家商议出个章程，大军出征，调集粮草分拨补给，安抚家属诸事，可都是咱们军机的事，大家说说看，怎么个处置法儿？”
那袁云峰原是何斌手下工商署的吏目，论起职务和地位，却是比当军机前的吴遂仲强了许多，只是此人才干虽有，无论金银钱谷厘金数目，都是弄的一清二楚，脾气却不大好，颇有些孤高自傲，在工商署并不讨何斌喜欢，故而军机处一成立，张伟令各衙门推荐军机人选，他到是第一个被推荐了过来。待后来全台上下知道军机处之重要时，袁云峰却已凭着自身才干，牢牢立稳了脚根，军机各有职掌，袁云峰自然是偏重财斌工商一块。此时吴遂仲动问，袁云峰便立时答道：“仲则兄，钱粮等物，张大人何大人早已准备妥当，咱们只需督促政务署和三卫留守的官儿们不要扯皮，妥妥当当的把物资发送，下拨，便是完成任务了。”
吴遂仲点头道：“是极。逸宸兄，此事就交给你办，若是有官吏不听招呼，敷衍了事的，大人有令，此番给与咱们先免后报的权力。逸宸兄，凡事定要亲力亲为，大人如此看重咱们，不可令他失望。”
袁云峰拱手一揖，以示知晓。那吴遂仲又分派其余各人任务，六名军机包括他自已在内，皆各领一块，各自对所领任务负责，这样事权分明，军机又只对张伟负责，张伟此番能够领兵出征，也是托了设立军机之福，不然的话，却又如何能尽然放心。
待会议结束，各军机便鱼贯而出，各自出门办事去也。袁云峰与吕唯风却是一路，他去分派调集军队补给，吕唯风却分派了巡查军营的任务，两人正好同路去那桃园军营，于是两人同车而行。因都是心机深沉人物，那吕唯风自出使日本儿狼狈而回后，颇得张伟的赏识，由一个小小书办升为军机要员，却从未见他露面骄色，仍是一副恬淡自若模样，袁云峰夙不喜与达官显贵交往，这吕唯风的性子却让他甚是欣赏，故而肯折节下交，两人若论私交，在军机里算是很不错的了。
因见吕唯风做闭目养神状，袁云峰忍不住问道：“季明兄，今日会议，怎么不发一言，现在又心事重重模样，什么事如此忧心呢？”
吕唯风只是闭目不理，袁云峰一急，便攀住他胳膊摇道：“季明兄！”
“唉呀，不要扰人清梦！”
“呸呸，大白天的，做什么梦，快同我说话！”
吕唯风无奈，只得张开双眼，目视着袁云峰正色道：“逸宸兄，难道你没有觉出来，吴遂仲神色有异，显是对张大人的安排不甚满意，嘿嘿，我只怕这军机处迟早取消啊。到时候，咱们哪儿来回哪儿去，因又任过要职，只怕日子难熬啊！”
袁云峰诧道：“怎么可能！大人新设军机处为他解劳，咱们做的不错。又是群议分别做事，不怕有人专权。大政方针都是按大人交办的来，连大明的内阁大学士也不如，又怎会突然取消呢。”
“哼，我看咱们这个衙门只是大人灵机一动，又因吴遂仲上的条陈不错，觉得他能参与军机，这才设立。现在经过这么一段时间，明眼人都看出来，军机处只理政务，不理军务，前几天我听说大人打算设参军处，选拔老练参军襄助军务，下设后勤、军法、军情、战略等署协助，你说说，咱们军机处是不是地位尴尬，是留还是不留？”
袁云峰细思片刻，却撇嘴嗤道：“我看你们成日不担心怎么办好手中差事，到是琢磨这些费尽心思，季明兄，咱们只管好生做事，还怕没有用武之力不成？我料类似军机处这种协调诸部门的机构必然要保留，至于换成什么名目，也是大人的事，咱们就别操这个心了。”
吕唯风心里不以为然，却也只得点头称是，两人换了话题，一路谈谈说说，自去办事提。
张伟此时却正在台北水师的旗舰镇远舰上，因舰长室最为轩敞宽大，张伟便占了原施琅的地盘，正舒适的躺在那铁床上向第一波登陆的神策卫诸将训话：“杀敌一千自损八百的事最蠢不过，炮弹能值几个钱？比人命贱的多了！你们的计划我看了，什么强攻，什么猛冲猛打的，一律不行！我的章程就是少死人，炮火准备要足，然后是延伸火力侦察，等到岸上敌人没有喘气的了，再行上岸。上岸后一遇抵抗，即刻后退，通知水师大炮，再行轰击，一直待陆战野炮上岸，再配合大炮推进。倭人火枪虽比咱们落后，却比明军火器差不多少，而且倭人中武士比明军士卒勇猛的多，又是在人家的土地上做战，你们得多加小心，凡有大意损兵折将的，我有情，军法却是无情！”
他的这些布置举措正合周全斌的心思，因笑道：“你们可听清楚了？”
诸将躬身答道：“唯大人之命是从。”
此时除张杰被任命为金吾左军前将军外，那林兴珠显然亦是占了个将军名额，只是没有宣示，其余三卫各军七名将军的名额尚没有分配，张伟有言在先，不论是校尉、都尉，日本一战打完后，择表现优异者任为将军，故而不论士兵的士气如何，这些各级将官们都是铆足了劲，打算在日本大干一场，挣了军功好更上一层。
张伟自是知道诸将心思，心中暗笑，只盼这帮丘八爷们在日本好好的大干一场，只是不能弄的千里赤地，将来还得来日本赚银子，建立殖民地什么的，把日本弄的没有人烟，那可是得不偿失了。
令这帮神策卫军官出去，免不得又召来舰上诸军官慰勉一番，其余各部军官分散各舰，不及亲自指示，好在做战方略大体上都已布置完毕，到也不需要再多啰嗦。船行数日，却已是到了日本九州外海，遇着留守停靠在九州的炮船，得知日本方面一直无有什么新的举措，至于内陆是否调兵至各个港口城市，却也无从知晓。张伟便令那几艘炮船回台北休整，又令水师齐集长崎港外，掩护陆军登陆。
因早前长崎�