然而，华盛顿政坛的复杂微妙之处非一个耿直的军人所能够把握。如果罗斯福或诺克斯在位，这一任命当稳操胜券，但是，一切有利形势已经不复存在，而福雷斯特尔又无法令尼米兹产生信任。
果然，有消息说，海军部长福雷斯特尔否认曾推荐尼米兹为海军作战部长，他推荐的人选是海军副部长爱德华将军。尽管尼米兹对该消息的可靠性表示怀疑，但仍对此闷闷不乐。
说来凑巧，恰在这时，尼米兹的老朋友威廉·沃尔多·德雷克来到檀香山。德雷克曾在战争初期任尼米兹的新闻发布官，现在为〃盟军赔偿委员会〃杜鲁门总统的代表埃德温·波利工作。波利是帮助杜鲁门进入白宫的有功之臣，深得杜鲁门信赖。尼米兹马上决定利用一下这种关系。
尼米兹将心中的想法告诉德雷克，〃部长对我的出任不太热心，〃尼米兹说，〃我想听听你能否出主意帮帮忙。〃
〃正好有个机会可以试试，〃德雷克很愿意分担他尊敬的将军的苦闷，〃波利明天同我一起乘机赴日本，路过这里的时候，你可以与他会晤一次。他可是少数几位可以直接与杜鲁门通话的人。〃
波利如约而来，尼米兹与这位关键人物离开总部，驱车奔向海滩，在那里进行了单独长谈。在内容广泛的交谈中，尼米兹使他的客人相信，由他接任海军作战部长具有重要意义，他是最适宜担任这个职务的人。波利是个爽快而机敏的人，他答应了尼米兹的请求，立即给杜鲁门去电话。但杜鲁门的答复却不那么明朗，他说：〃我愿意帮助他，但福雷斯特尔坚持说他是一个顽固不化的德国人，他不适于担任这项工作，福雷斯特尔不想要他干。〃
显然，正是福雷斯特尔暗中作祟，搁置了已经答应的任命。
尼米兹那不达目的誓不罢休的军人作风此时开始发挥作用。一周之内，他返回华盛顿，要求自己完成3件事：动员海军的首脑人物支持自己；出席参议院的委员会并说明他的新立场；他不能让海军退避三舍，此时海军比任何时候都更需要强有力的发言人。
此时，在华盛顿，以艾森豪威尔为首的陆军正在不遗余力地宣传各军兵种合并的理由。而以杜利特尔为代表的航空兵则希望组成一，支独立于陆军和海军之外的力量。战争期间，尼米兹曾一直主张统一作战指挥，而在这一时刻，他经过认真考虑，改变了自己的看法。他说：〃现在我的看法是根据新获得的经验进一步研究后形成的。我此刻确信，成立一个单一的部不能像两个独立的部那样有效地完成任务。实践证明，两个部分立是可以按现代战争的要求提供不同兵种的。我还确信，将陆军部和海军部合并为一个单一的部，不但无助于而且有害于恰当分工和有效地使用海上力量。〃
尼米兹再次重申他在欢庆胜利时的讲话：是海上力量赢得了太平洋战争。
尼米兹在华盛顿期间的一个重要收获是，单独晋见了杜鲁门总统。会见为私人性质，无案可查，但事实证明这次会谈产生了良好效果。杜鲁门在退休后写的回忆录中谈到了对尼米兹的评价：〃从一开始我就认为尼米兹将军作为一位战略家、领导者和一个普通人，都是一位不同凡响和出类拔萃的人物。我把他同乔治·马歇尔将军并列为军事天才和政治家。〃
杜鲁门、尼米兹会晤后的第二天，即11月20日，杜鲁门举行记者招待会，宣布和平时期高级军事将领的任命。艾森豪威尔上将接替马歇尔上将，任陆军参谋长；尼米兹上将接替金上将，任海军作战部长；约瑟夫·麦克纳尼上将接替艾森豪威尔，任驻欧盟军最高司令；斯普鲁恩斯上将接替尼米兹，任太平洋舰队总司令。参议院一致通过了上述任命。
对尼米兹的任命立即生效，因而使他几乎没有时间将家迁往华盛顿，也没有足够的时间办理移交手续。福雷斯特尔对这一任命甚感不悦，因而要求两人立即交接。
1945年12月15日，在海军部举行了简单的交接仪式，首先，由金发表讲话，然后尼米兹宣誓就职。
福雷斯特尔部长对出席仪式的参谋军官和家属们说：〃我不想把这说成是忧伤的场合。我认为正好相反。〃但他接着解释说，他并不认为同即将离任的部长告别是一件愉快的事，他在讲话中对金作了赞扬。
尼米兹终于如愿以偿了，但海军作战部长决不是一种荣誉头衔。尼米兹后来承认，他担任这一职务的头几个月是一生中最感辛劳的一段时间。他每天早起晚归，连星期天也不休息。战争刚刚结束，大量士兵复员归国，海军又遭到毫无计划地裁减，使部队必须不断地进行改编。尼米兹只得下令采取临时措施和变通方法以维持工作。后备役军官和士兵大量退出现役，致使港口拥挤，舰船有时都难以驶进。
尼米兹有时还得应付来自部长福雷斯特尔的刁难。尼米兹尽量注意改善与他的关系，请他参与各种重要会议和决策，但两人仍然只能维持表面上的关系。这使尼米兹感到身心疲惫。
尼米兹作为太平洋战争中海军的杰出代表，在美国社会公众中间享有崇高的威信和影响力，因此，除了作战部的本职工作外，他还必须出席各种重要组织召集的社会宣传活动。深谙公共关系奥妙的尼米兹认为，这些活动是博取公众舆论的重要途径之一，因而是他作为海军作战部长无法推倭的工作。他四处演讲，有时还亲自撰写讲稿，以切身体验讲述他所经历的战争，讲述海军在各大战役中所遭遇的艰难困苦，使民众了解和平的来之不易。
四面八方的邀请函几乎使他应接不暇，有时一天之内要到三个不同单位作三次内容不同的演讲，这使得博闻强记的尼米兹终于闹出了笑话。
一次，他应邀到一个军官服务组织作演讲，临行，当副官向他介绍这个组织的情况时，他说：〃不需要给我说这个组织了，我当航海局长时就是这个组织的老前辈了。〃
但当他开始演讲之后，副官发现他搞错了听众，他不断提到和赞扬的不是听演讲的军官服务组织，而是这个组织的对手〃联合勤务组织〃。
事后，尼米兹只得私下向该组织主席道歉：〃我了解你们的组织，它是个了不起的组织，我深深地致以歉意。〃
忙乱的社交活动增加了尼米兹的工作量，但也给他带来了收益。杜鲁门总统开始注意和欣赏尼米兹的影响力了。杜鲁门撇开福雷斯特尔关于海军作战部长只有通过海军部长才能接触总统的规定，常常以官方和社会活动为由在白宫召见尼米兹，两人一起谈工作，一起消遣。
尼米兹夫妇也回请杜鲁门夫妇来官邸吃饭，并一起玩蹄铁游戏。在玩蹄铁游戏时，两对夫妇经常插换着成对比赛。常常是贝丝·杜鲁门和尼米兹获胜。
有一回，一位掷蹄铁的世界冠军慕名找到尼米兹，请尼米兹签名，并希望与尼米兹一起玩这种游戏。尼米兹异常高兴，他立即直接打电话给白宫：〃有一位掷蹄铁的世界冠军在我这里，如果你同意，我把他带到白宫来。〃
杜鲁门答应了。15分钟后，尼米兹带着这位冠军来到白宫草坪。杜鲁门中断了预先的工作安排来迎接他们。三人兴高采烈地试投了各种新花样。
尼米兹利用与杜鲁门的交往，向他宣传海军和制海权。杜鲁门虽然从未减少对陆军的偏爱，但海军在他心目中的分量有所增强了。
这年夏天，英国首相温斯顿·丘吉尔来美国弗罗里达州度假，抵达华盛顿时，特意要求会见尼米兹上将。
丘吉尔在英国使馆设宴款待尼米兹夫妇。宴会后，丘吉尔品着掺了苏打水的白兰地，吸着烟味浓烈的大雪茄，把尼米兹拉到一旁单独交谈。丘吉尔问：〃在战争这场考试中，你哪门课的得分最低？〃据悉尼米兹作出回答后，丘吉尔也就这一问题进行了答复。尽管两人的答复无从知晓，但显然引起了两人的谈话兴致，无拘无束的交谈长达两个小时。两人寻找到了共同点，沉浸在令人难忘的回忆中，度过了一个愉快的夜晚。
尼米兹任海军作战部长期间，还面临一个棘手的难题，那就是军事法庭对〃印第安纳波利斯〃号战列舰舰长查尔斯·麦克维上校的军法审判。战争后期，该战舰运载铀至提尼安岛后即驶往关岛，接着奉尼米兹之命，离关岛前往莱特湾报到，在驶往莱特湾途中被击沉。麦克维等人乘救生艇逃脱。法庭以损失舰只罪指控麦克维。尼米兹和其他高级将领曾力阻这次审判，但福雷斯特尔却认为，为了平息新闻界的责难和使遇难官兵家属满意，必须进行审判。
麦克维被控有两项罪名：未能有效规避敌人；没有及时下达弃舰命令。第一项罪责无法豁免，而第二项指控则被免予起诉。
审判后，尼米兹举行了记者招待会，介绍了〃印第安纳波利斯〃号的最后处理情况。他在会上明确表示了自己的观点：〃我们不愿也无意否认我们的任何错误，但是我们主张宽大为怀，海军部长已同意从全面考虑免除对麦克维的处分，将其释放出狱，恢复职务。〃
一位记者就麦克维上校在海军中的前途提问：〃美国海军史上是否有曾经受过军事审判的军官，以后又提升为将军的？〃
尼米兹指着自己说：〃我就是一位。〃接着他讲述了38年前把〃德凯特〃号驱逐舰开到岸上，曾接受军法审判，后来受到〃警告〃处分的经过。
面对海军自身存在的困境，尼米兹等人积极改建和设计新型舰艇，使之满足核时代的需要。他们把洛克希德公司制造的PZV反潜巡逻机加以改装，配置给航空母舰，使海军具有空中核打击力量。以谢尔曼为首的攻关小组受尼米兹之托，开始研制核动力潜艇。但由于核燃料短缺，技术人员缺乏等问题，这一计划一时遭到了反对和怀疑。尼米兹深知自己任职时间有限，于是，抓紧时间，力排众议，直接批准了设计方案，使这项工程置于压倒一切的优先地位。
在他任职的后期，他开始为全国性杂志撰写有关战争和海军命运的文章，为海军的发展摇旗呐喊。他在《海上力量》月刊发表《海军无用了吗？》一文，批驳了海军无用论的观点；他在《国家地理杂志》发表《海军是和平的保证》一文，呼吁人们注意和平时期发展强大海军力量的作用。此外，他还在《国家商业》上发表《海军：为和平进行投资》；在华盛顿的《新闻文摘》上发表《海军仍不可少》，立场鲜明地捍卫海军的荣誉和地位。
但海军得到的经费却并没有显著增加。人们认为他的讲话非常感人，但从长远的观点看，他的工作却是徒劳的。漂亮而且可以服役的舰只被拆毁，配备齐全的强大的舰队被整个送入港内封存，他提出的保卫国家海防的各项计划渐渐地被人淡忘。
尼米兹终于感到疲倦了，他的任期也行将届满。他感到伤感而激动，毕竟，他为海军付出了自己的所有才智，而现在却不得不心灰意冷地离去了。
离任前的一个月，这位顽强坚韧的上将在〃航空政策委员会〃上发出最后一次呼吁，声明海军应加强装备，并警告说，海军保卫国家的力量处于〃危险的低劣状态〃。
1947年11月13日，杜鲁门总统宣布任命路易斯·登菲尔德为新任海军作战部长。
尼米兹失望地离开了自己的岗位，但却有一种解脱之感。他已经圆满完成了所能完成的一切任务，他曾经指挥舰艇、培训军官、制定战略，曾经在大、小舰只上服役，在世界各大海洋上航行，参加过两次世界大战，同世界各国的普通水兵和高级将领打交道。他创造了巨大的成就，此刻，该是他休息的时候了。
他第一次以一个普通老人的身份回到思念他的家人中间。这个家庭中的第三代已经可以与他一起散步了。
62岁的尼米兹与家人一起驱车西行，重回加利福尼亚州定居。凯瑟琳写道：〃这是一个值得纪念的日子。对我们来说，这是一个重大的转折。今晚虽然下雨而寒冷，但我们是愉快的。这是切斯特多年来第一次卸去身上的重担。南希、切斯特、我以及上了年纪的长耳狗弗雷科斯正在向南行，然后西去加利福尼亚，我们的心是年轻而愉快的。〃
尼米兹的家，一直像海船一样随尼米兹东摇西荡，这回，终于该寻找一座固定的港湾了。他们真心诚意想要购买一座永久性的住宅。头几个月，尼米兹夫妇住在旧金山湾的一家旅馆，不久又搬到海湾对面伯克利的克莱蒙旅馆。这段时间里，他们一直为寻找一座称心如意的住宅而多方联系。
尼米兹对他的永久住宅的要求是，有3间浴室，可以远眺大海。次年5月，他们终于发现了一所合适的住宅。房子在伯克利，坐落在圣巴巴拉路，与一些漂亮的房子并立。住宅的起居室、客厅和餐厅都朝西对着旧金山湾的蓝色海水，从窗口可以清楚地看到金门大桥。
按规定五星上将永不退休，但尼米兹还是乐于变通一下。他脱下蓝海军服换上一条卡其布短裤和轻便运动鞋，很快成为〃着了迷的园丁〃、〃爱讲故事的爷爷〃以及这一住宅小区的社会公益活动家，把时间消磨在平民生活的琐事上。
然而，华盛顿并没有忘记这位功勋卓著的上将。1949年1月20日，杜鲁门以绝对优势取得了竞选胜利，宣誓就任第33任美国总统。尼米兹应邀出席就职大典。
新任海军部长约翰·苏利文派专机接尼米兹赴华盛顿。海军上将哈尔西和陆战队上将范德格里夫特亦被邀请。三位太平洋战区的军事领袖一起坐在台上观看了哈里·杜鲁门的就职仪式。
两个月后，海军作战部长登菲尔德上将发来一封急电，请他出任联合国有关克什米尔普选的督察员。
应该说，作为军人的尼米兹对和平事业有其很大的兴趣。在以巨大的代价击败日本发动的战争之后，他即发表坚定的声明：〃我不赞成先发制人的战争。我相信只要存在任何成功的希望，就必须运用外交手段。和平是可以获得的，只要我有具有勇气、耐心和才智。〃
他毫不犹豫地接受邀请，并立即赶赴华盛顿。在华盛顿，尼米兹听取了有关克什米尔局势的汇报。克什米尔问题是1947年印度、巴基斯坦分治时，英国蓄意制造的事端。克什米尔位于南亚次大陆北部山区，居印度、巴基斯坦、中国和阿富汗之间，为战略要地。英国在蒙巴顿方案中规定克什米尔可以自由决定加入印度或巴基斯坦。印度利用由信仰印度教的王公所控制的克什米尔议会，宣布克什米尔属于印度，这违背了大多数人口为穆斯林的地区应划归巴基斯坦的原则，因此导致1947年11月印、巴之间的武装冲突。战火持续达18个月之久。联合国对克什米尔问题进行了干预，要求双方停火，撤出外来军队，举行公民投票以决定克什米尔的归属。印、巴双方同意以此为基础进行停战谈判，并同意从克什米尔撤出双方军队，以便为公民投票制定协议条款。尼米兹将去监督的即为决定克什米尔归属的公民投票。
尼米兹同国务院、巴基斯坦和印度的大使以及许多国家的政府官员会商，他从英、法、中等国挑选人员组成了他的工作班子，准备4月下旬启程去印度。
由于印、巴双方始终未能就停火协议达成一致意见，公民投票的日期难以确定。至6月，尼米兹向联�