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尼米兹同意不夺取雅普岛，但坚持进攻帕劳群岛的作战计划，他认为佩勒硫岛机场和科索尔通道的锚地对进攻莱特岛都有用。但他还是将哈尔西的建议向魁北克的美英联合参谋部作了报告。参谋长联席会议就此问题征求了麦克阿瑟的意见，麦克阿瑟表示同意尼米兹的上述主张。于是，美参谋长联席会议决定取消雅普岛、塔劳群岛和棉兰老岛的登陆作战计划，命令麦克阿瑟和尼米兹组成联合部队，提前2个月，于1944年10月20日在莱特岛实施登陆。
这时，在太平洋上，准备进攻雅普岛的陆军第24军的运输舰艇，接到尼米兹的命令后即改变航向驶往马努斯岛。西部突击编队仍继续向预定目标前进，但尼米兹已经命令它的炮火支援舰艇、护卫航空母舰、运输舰船及其警戒兵力，一俟完成帕劳群岛和乌里锡群岛的作战任务后，立即转归麦克阿瑟指挥。
此时，从魁北克会议传来消息，英国海军希望参加太平洋地区的作战。丘吉尔对英皇家海军不到菲律宾以北和以东地区作战的协议很不满意。英国在远东有许多政治和经济利益，需要分享盟国的胜利，以便挽回在1941年和1942年被日军挫败的影响。
〃在战争的这一阶段我最担心的是，美国将在今后说，'我们在欧洲帮助了你们，你们却在我们打击日本时袖手旁观。'〃丘吉尔提出派一部分英国舰队去太平洋，在尼米兹指挥下参加作战。
罗斯福对此事未作充分考虑，立即作了宽容大度的回答：〃我乐于在任何时候任何地方见到英国舰队。〃
尼米兹对合作的可能性持怀疑态度，他认为英国舰队不具备海上持久的续航力，且太平洋战场的后勤供应已十分紧张，不需要再增加海军部队。更为重要的是，尼米兹认为，美国此刻已有能力单独击败日本。无奈，木已成舟，尼米兹只得同意在以后的作战中考虑英舰队的参战问题。
美军开始按计划发起一系列攻势。
第7两栖作战编队的2．8万名士兵，绕过设防坚固的哈马黑拉岛，出其不意地在莫罗太岛登陆，工兵部队在岛上及时修建了两个轰炸机机场和一条战斗机跑道，为掩护进攻莱特岛的左翼部队作好了准备。
在帕劳群岛的昂戈尔岛，陆军第81师的两个团不费吹灰之力就征服了1600名日本占领军，开通了岛上两条6000英尺长飞机的跑道。
攻占小如弹丸的佩勒琉岛是一场相当艰苦的作战。岛上1万名日军隐藏在纵横交错的岩洞中进行反抗。美陆战第1师使用火箭筒、炸药包、远程火焰喷射器等，苦战一个多月，才基本将岛上日军清除。然而美军攻占佩勒硫岛伤亡1万人，其中死亡近Z000人。美军付出如此巨大的代价换取这个小岛还是值得的，因为它毫无疑问地消除了麦克阿瑟进军菲律宾的真正威胁。
与此同时，美军还兵不血刃轻取了乌里锡岛，为太平洋舰队提供了一个重要的锚地和补给基地，这个基地在很大程度上取代了马朱罗、夸贾林以及埃尼威托克等基地，为中太平洋部队此后的作战提供了便利条件。
参谋长联席会议和太平洋海区司令部，对参加莱特岛进攻战的部队能否协调一致极为关注。当时的情况是，美国第7舰队司令金凯德将军直接受麦克阿瑟指挥，麦克阿瑟听命于参谋长联席会议。第3舰队司令哈尔西将军则受尼米兹指挥，尼米兹也听命于参谋长联席会议。两支舰队指挥分散而又任务交错，没有负责军官进行现场协调，显然是危险的。
出于全局考虑，太平洋海区总部参谋部完成了〃8…44作战计划〃。这个作战计划要求太平洋海区部队〃在西南太平洋部队攻占菲律宾群岛中部的作战中，要给予掩护和支援〃。要求哈尔西的第3舰队〃消灭在菲律宾或威胁菲律宾的敌海军和航空兵〃。9月27日，尼米兹在计划上签字。这一切，充分体现了尼米兹和他的太平洋舰队优良的协作精神。
随着莱特湾战役作战计划的日臻完善，一些深谋远虑的军官开始思考攻占该岛之后的行动方向。当时争论焦点主要集中于进攻台湾还是吕宋这两个方案上。金上将坚持要在中国的台湾登陆，而麦克阿瑟在9月21日向美参谋长联席会议提出，在两个月以后他有能力在吕宋岛发起登陆作战。
许多将领也纷纷献计献策，试图打破僵局。斯普鲁恩斯主张直捣硫黄岛和冲绳岛：福雷斯特尔、谢尔曼主张根本放弃台湾，12月进军吕宋，1945年初进攻小笠原群岛和琉球群岛。
谢尔曼的方案得到尼米兹、斯普鲁恩斯以及陆军第10集团军司令巴克纳将军、中太平洋航空兵司令哈蒙将军的支持。在9月29日一10月1日，金上将在旧金山召集的非正式会议上放弃了自己的主张，同意打硫黄岛和冲绳岛，而不打台湾，并表示将向参谋长联席会议提出建议。
10月3日，美参谋长联席会议对麦克阿瑟和尼米兹颁发了这次战争中最后一个重要的战略指令：麦克阿瑟于1944年12月20日进攻吕宋岛，尼米兹负责掩护和支援。尼米兹于1945年1月20日进攻小笠原群岛、硫黄列岛中的一个或数个岛屿（如流黄岛），于3月1日进攻琉球群岛中的一个或数个岛屿（如冲绳岛）。
在莱特湾战役即将开始之际，哈尔西不遗余力地实施了大规模的空中轰炸。他的初步任务是切断日本和菲律宾之间的交通线，尽可能多地消灭敌机。尼米兹通过哈尔西的报告，知道第38特混舰队10月10日袭击了冲绳岛，11日扫射了吕宋机场，从12日起连续3天向台湾发动了攻击，袭击运输舰只、机场和岛上设施，击落了大批敌机，其中不少是舰载机。
空战和空袭结果，日本损失飞机600余架，损失舰船26艘。一而哈尔西仅仅损失89架飞机，另有2艘巡洋舰〃堪培拉〃号和〃休斯顿〃号被日机鱼雷击中，失去了自航能力。哈尔西指示一个特混大队将受伤舰只拖回乌里锡岛。
不料第二天，东京广播电台宣布了一条惊人消息：〃我部队自10月12日以后，连夜猛攻台湾及吕宋东部海面的敌机动部队，击溃其过半兵力，迫使其溃退。〃广播电台还报道日本各城市庆祝胜利的情况。为了抵消日军的宣传，尼米兹发表了一个新闻公报：〃尼米兹将军欣悉，最近东京广播电台所谓第3舰队被击溃的舰只已被哈尔西营救出来，正在收回准备迎战敌人。〃
就在日本国民还陶醉在〃胜利〃的弥天大谎之中时，麦克阿瑟率18万之众，在金凯德第7舰队的738艘舰只的运送与直接掩护下，在哈尔西第3舰队的16艘航空母舰、6艘战列舰以及73艘轻重巡洋舰和驱逐舰的支援下，直趋莱特湾。10月20日凌晨，美军在莱特湾大举登陆。
10月20日下午，麦克阿瑟将军在菲律宾总统奥斯梅纳陪同下，涉水上岸。他在骤雨中手持麦克风，向菲律宾国民演讲。演讲通过大功率电台反复播出：
这里是自由之声广播电台，麦克阿瑟将军在讲话。菲律宾的朋友们：我回来了！托上帝的福，我们的军队又站在菲律宾这块洒满我们两国人民鲜血的土地上了。……团结在我的周围吧。让我们在巴丹和科雷希多不屈不挠的战斗精神的鼓舞下继续前进。站起来战斗吧！抓住一切有利时机进行战斗。
为了你们的家园和子孙后代战斗吧！
尼米兹听到这一消息，心情复杂。他为收复失地而高兴，但不得不接受偶尔听到的水兵们说得一句话：〃感谢上帝，也感谢陆战队，麦克阿瑟收复了菲律宾。〃麦克阿瑟又一次大出风头，而海军和陆战队虽在战斗中浴血奋战却默默无闻。
好在罗斯福总统没有忘记为这次进攻战铺平道路和把进攻部队送往岛上的海军舰艇，他在给麦克阿瑟发去贺电的同时，也给尼米兹和哈尔西发来热情的祝捷电报：
全国为你们的舰队在敌人海域内取得的辉煌胜利感到自豪。我们对你们航空兵的英勇善战和水兵的吃苦耐劳精神十分钦佩。你们同麦克阿瑟将军的精诚合作，为部队协调一致和高度发挥各兵种的作用做出了榜样。
美军成功登陆莱特岛，给处境孤危的日本军国主义集团又一致命打击。对于日本而言，保卫本土固然重要，但是，固守菲律宾、台湾和琉球群岛，对于日本的安全来说也是同样重要的。只有守住这个外围岛链，日本才能把不可或缺的石油资源从荷属东印度运往本土。为了挽救败局，日本将蓄谋已久的〃捷号〃作战计划付诸实施。这项作战计划含有4种作战方案：保卫菲律宾为〃捷1号〃方案；保卫台湾、琉球群岛和日本本土南部为〃捷2号〃方案；保卫日本本土中部为〃捷3号〃方案；保卫日本本上北部为〃捷4号〃方案。〃捷号〃作战计划企图集中使用舰艇部队和航空兵部队对付来袭的美军，并强调用岸基航空兵给美军以歼灭性打击。
然而，在美军进攻菲律宾的过程中，日军实施〃捷号〃作战的一切有利条件均已丧失。美第3舰队9月和10月对菲律宾、琉球群岛和台湾所进行的多次空袭中，击毁日军飞机1200余架，切断了日本的输油线。在这种情况下，日联合舰队新任司令丰田副武海军大将只能令其舰队分开活动，把大部分水面舰艇部署在可以得到燃料的新加坡地区。
日军为了实施〃捷号〃作战计划，在菲律宾海域与美军决战，丰田命令泊于新加坡林加锚地的粟田部队开往莱特湾。栗困企图率部经由吕宋岛南面的锡布延海，穿过圣贝纳迪诺海峡，于10月25日拂晓从北面突进莱特湾。但该编队在驶抵锡布延海之前就遇上了厄运。该编队在巴拉望海域遭到美潜艇〃海鲫〃号和〃绦鱼〃号的攻击。栗田的旗舰〃爱宕〃号重巡洋舰和〃摩耶〃号重巡洋舰被鱼雷击沉。栗田及其参谋匆忙转到〃大和〃号旗舰上。历史上最大的海战——莱特湾海战拉开了序幕。
10月24日黎明前，栗田舰队由民都洛岛南部进入锡布延海，正准备东出圣贝纳迪诺海峡再南下莱特湾。另一支在苏禄海上航行的西村舰队也将穿过苏里高海峡驶向莱特湾。种种迹象表明，这两支日军舰队企图对莱特湾的美军进行一次钳形进攻。
哈尔西的第38特混舰队很快发现了日军的动向，哈尔西决定重点打击栗田舰队，同时将敌情转告金凯德，让他留心莱特岛南部的苏里高海峡。
此时，哈尔西的第3舰队在菲律宾以东海面待机，自北向南分别是谢尔曼的第38…3特混大队、博根的第38…2特混大队、戴维森的第38…4特混大队，莱特湾海域是金凯德的第7舰队。哈尔西命令谢尔曼和戴维森的大队向博根大队靠拢，并向3个大队下达了〃攻击〃的命令。
谢尔曼的第3大队遭到日军空袭，他的〃普林斯顿〃号轻型航空母舰被击中起火而瘫痪，未能及时向博根靠近。
远在珍珠港的尼米兹密切关注这一海域的两军动向。他认为日军的行动有点令人难以捉摸，除非日军将动用航空母舰，否则它不会把这么多水面舰艇用在美国航空母舰防守的区域。尼米兹估计，这些航空母舰将在小泽治三郎的率领下由北面开来，组成一支北路舰队，配合南路舰队和中路舰队对莱特湾进行三面夹击。尼米兹将这一想法电告哈尔西，引起了哈尔西的高度重视，他立即发报给米切尔，请米切尔注意观察北部情况。
傍晚，米切尔发报给哈尔西，说侦察机发现日军北路舰队编为两个小队，位于吕宋岛北端以东约180海里处。哈尔西将这一情况报告了尼米兹。晚上，哈尔西再次发来电报，通报了日军中路舰队的位置、航向和航速，指出日军正驶向圣贝纳迪诺海峡，并在几小时之内通过那里。哈尔西最后提到，他将随3支大队北上攻击敌航空母舰。哈尔西是好战的，一旦选定目标，他总是要追击续航力最远、战斗力最强的航空母舰进行较量。
然而，尼米兹关心的是应留在后面镇守圣贝纳迪诺海峡的第34特混舰队的情况。由于哈尔西率部北上，这支由李将军指挥的舰队将得不到任何空中支援力量，而他面对的敌人却可以得到吕宋岛上日机的支援。尼米兹本想提出这一问题，但没有这样做。因为，在美国航空母舰第一次反击战斗中，他已经从哈尔西身上学到了不去干预别人现场指挥的聪明做法。
但是，出人意料的事情还是发生了。25日4时12分，金凯德电告哈尔西：第7舰队的水面舰艇部队正在苏里高海峡同日水面舰艇部队交战。接着问道：〃第34特混舰队是否在守卫着圣贝纳迪诺海峡？〃哈尔西2小时之后回电说：〃不，不是这样，第34特混舰队正与航空母舰群一起同日航空母舰编队交战。〃这个答复使金凯德大为吃惊。
此时，尼米兹也在关注第34特混舰队的动向。他甚至开始怀疑第34特混舰队究竟组建没有，或者是组建后根本没有留在后边。他按铃把助理参谋长伯纳德·奥斯汀上校叫到办公室，问他是否漏看了有关菲律宾战局的电报。奥斯汀回答说没有，并问：〃请告诉我，你想知道哪方面情况？〃
尼米兹说：〃我非常担心，我没有看到哈尔西将军留在圣贝纳迪诺海峡防守日军部队的消息，而日军已进到莱特湾要把我们的舰艇撵走了。〃
奥斯汀说：〃这是你想知道的事，你为什么不去问他呢？〃
尼米兹想了一会，然后给奥斯汀一个预料之中的回答，说他不想发报直接或周接影响主要战术指挥官指挥作战。
8时20分，哈尔西又收到一份要求救援的电报。这是克利夫顿·斯普拉格海军少将发来的。第7舰队有3个护航航空母舰大队在莱特湾担任警戒任务，斯普拉格是其中一个大队的指挥官，他的大队正在萨马岛附近水域活动，栗田的中央编队突然出现了，并对其进行突击，因而发报向哈尔西求援。在此之后，哈尔西又相继收到金凯德的数份电报，而且，其中有一份是明码电报。电报称：情况危急，请求派快速战列舰和航空母舰大力支援。
几个高级司令部都听到了这些呼救。在珍珠港，一向安详的尼米兹在屋里来回踱着步。在华盛顿，金将军也在踱步，并且骂骂咧咧。
上述电报激怒了哈尔西，他说：〃保护第7舰队并非我的使命。我的任务是进攻，是率领第3舰队实施突击，去突击那种不仅对金凯德和我们有严重威胁，而且对整个太平洋战局都有重大影响的敌人海上兵力。〃他电令正在东南海域补给燃料的麦凯恩的特混大队急速支援斯普拉格。然后，率领第34和第38特混舰队继续北进，离莱特湾越来越远。
坐卧不安的尼米兹从作战图上注视着战斗的进展情况。往来于第3舰队和第7舰队之间的电报使他心急如焚。
奥斯汀以为将军仍然不知道第34特混舰队现在何处。他建议：〃将军，你可否问哈尔西一个简单问题：第34特混舰队现在何处？〃
尼米兹认为这是一个好主意，它包含一种暗示，那就是：第34特混舰队应该在何处？它是不是最好尽快赶到那里去？他认为哈尔西应该能够领会其中的含意。尼米兹现在认为，这是一个特殊情况，他有理由干预现场指挥官了。
于是，一份带有强调语气的电文发向哈尔西：〃向水边跳火鸡舞。GG第34特混舰队现在何处？现在何处？RR全世界都想知道。〃
尼米兹亲自干预海战指挥，且措辞如此激烈，这使哈尔西十分恼火，他认为这是对他极大的讽刺