内阁首辅周延儒的日子也不好过。由于兵部尚书陈新甲与清朝秘密和谈的事机泄漏，周延儒明明知道这是皇帝默许的重大举措，却明哲保身，不愿意挺身承担责任。朱由检对此十分不满，但又不便把事情摊到桌面上来，很是郁闷。他在和亲信大臣谈到周延儒时，说了一句意味深长的话：“朕恨其太使乖！”
所谓“太使乖”含义是多方面的，用来刻画周延儒的秉性，可谓入木三分。它的意思大体是，过于精明，过于狡猾，过于算计，不愿意挺身而出，不愿意挽狂澜于既倒，不愿意牺牲自我以顾全大局。“太使乖”这三个字，把先前“还是他好”的赞誉，抵消了大半。周延儒在和内阁次辅蒋德璟交谈时，得知皇帝的这一评语，他对蒋德璟道出了内心的秘密：为这样的英主办事，不使乖是不行的。在周延儒看来，“使乖”是为了保住乌纱帽，结果适得其反。这也许是善于“使乖”者不曾料到的结局吧！
崇祯十五年（1642）十一月初四日，清军越过长城的墙子岭要塞南下，五天以后，京师戒严。满洲铁骑纵横驰骋，华北一片兵荒马乱，作为中央政府第一把手的周延儒，没有积极谋划退敌的方略，显得惊惶失措，一筹莫展，居然效法杨嗣昌的故伎，召集几百个和尚、道士，在石虎胡同口搞了一个“大法道场”齐声朗诵《法华经》企图用这种方法迫使清军撤退，当然是痴心妄想，后来清军的撤退，完全是战略目的实现以后的主动行为，与“大法道场”无关。
崇祯十六年（1643）四月初三日，朝廷获悉清军在饱掠以后准备北撤的消息。两天后，朱由检召见周延儒等内阁辅臣，声色俱厉地说：朕欲亲征！这句话把他对于时局的忧虑，对于内阁的不满，曲折地表达了出来，使内阁辅臣大吃一惊。
周延儒赶忙跪在地上表示：臣愿意代替皇上亲征。朱由检不表态，自顾自抬头仰视，频频摇头。
次辅陈演也跪下来请求：首辅事务繁忙，臣可以代替皇上亲征。朱由检仍不开口，只顾摇头。
次辅蒋德璟也跪下来说：臣其实可以去。朱由检还是大摇其头。
机敏的周延儒有所领悟，再次请求到前线去指挥作战。朱由检这才冷笑道：先生果然愿意去？朕在宫中作过占卜，此时此刻最为合适，你一出宫门，不要回头，一直向东前行。并且交代他，以内阁首辅身份督师，阻断敌军归路，务必全歼。
周延儒知道，在此之前吴苊绞室馔涎邮奔洌噬戏浅Ｆ撸凰幌胫氐父舱蓿⒓葱卸Ｕ馐撬幕糁ΑＨ欢挥谐矍匠〉木富哟蛘瘫暇故峭庑校慰龆允质撬蚺业穆尢铮∷幌朊白徘沽值耆ノ枨馐撬诰髦Γ簿褪恰疤构浴钡谋允谷唬峁岩荒幌簿缪莩闪艘荒槐纭�
当他赶到通州时，东起天津，西至涿鹿，三百多里范围内，清军把掠夺来的物资，车载骡驮，浩浩荡荡北撤。明朝军队根本不敢阻击，只是在远近城楼上不停地鸣炮恫吓而已。这当然是周延儒的主意——避免与清军直接交战；他自己则躲在通州城内，每天忙于和幕僚、随从、统兵将领举办宴会。前来“勤王”的四总兵——刘泽清、唐通、周遇吉、黄得功，轮流在绛色幕帐内大摆筵席，宴请督师大学士及随征四大臣——方士亮、蒋拱宸、尹民兴、刘嘉绩。随征四大臣又回请四总兵，“陪酌”督师大学士。
周延儒就是如此这般在筵席上面“督师”的。每天午后，督师衙门开门办公，收受文书；晚上和次日早晨，两次起草“捷报”向宫中传递。当时有人写了一首打油诗，讽刺督师大学士周延儒：虏畏炎熇归思催，黄金红粉尽驮回。
出关一月无消息，昨日元戎报捷来。说的是周延儒名为督师，却从来没有视察前线，犒赏将士，他的所谓“督师”是在耍弄政治手腕。为了慰藉皇帝，不断谎报军情，诡称捷报频传。
他的那些“捷报”全是假的。谈迁在《国榷》中指出，如果周延儒真心要报效国家，在险要关隘布置伏兵，另外分兵从后面追击，孤军深入、疲惫不堪的清军势必遭到重创。然而他没有这样做，大量军队尾随在清军后面，放纵他们出塞北上。无怪乎当时有人怀疑周延儒是不是接受了清军统帅的重贿，故意假道放行。这种怀疑显然没有根据，周延儒再奸佞，也不至于做出叛国的事情。但是，如此精明的他，居然在皇帝眼皮底下，谎报军情，实在匪夷所思，或许是聪明反被聪明误吧！
周延儒此人太精明，太不老实，自以为占了便宜，其实是最大的吃亏。他也不想一想，如此众目睽睽之下的战争动态，老是谎报军情，难道不会露出破绽？朱由检并非昏君，那么容易欺骗？他早就有所布置，锦衣卫都督骆养性派出的情报人员，就在前线，他们打探到真实情况，通过司礼监太监报告给皇帝，所以朱由检了如指掌。他对周延儒竟敢以谎报军情的手法，欺君罔上，大为恼怒，下令五军都督府、兵部官员组成军事法庭，对周延儒“蒙蔽推诿”的案情进行审查。审查虽然是“背靠背”进行的，毕竟受审查的对象是政府首脑，军事法庭不敢对周延儒严加惩处。
周延儒自己深知罪行严重，正惴惴不安地“席藁待罪”为了免于一死，自己向皇帝请求流放边疆。
令人不解的是，皇帝下了一道措辞极其温和的圣旨：“卿报国尽忱，终始勿替，许驰驿归，赐路费百金，以彰保全优礼之意。”
这道圣旨是让他体面地致仕（退休）为了保全对他的恩宠，还赏赐路费，由官方的驿站送他回归宜兴老家。当有关部门的审查报告送上，请皇帝批示时，他回答说：周延儒功大于罪，不必再议了。
就这样，已经做好流放打算的周延儒，居然侥幸逃过一劫，得以衣锦荣归了。
难道周延儒从此就可以优游林下，避开政治风波了么？
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这很难说，恐怕凶多吉少。此人复出后固然做了一些好事，但是秉性难改，私心太重，过于贪婪，一旦下台，言官们决不会放过他。正如李清《三垣笔记》所说，有识之士以为，周延儒应酬交际太滥，门生故旧有所请求，很少有不答应的；他又熟于世故，讲究情面，热衷于权钱交易，对于贿赂是来者不拒。一旦事发，必将面临两难选择，如果遵纪守法势必遭来怨恨，如果徇私枉法必将连累自己，二者必居其一。李清也算是周延儒的门生故旧，了解他的为人，在他势力最为显赫的时候所作的预测，日后果然应验了。然而，人贵有自知之明，这是机敏过人的周延儒始料不及的。
突破口就是周延儒的门生范志完。志大才疏的范志完，凭借“座主”周延儒的权势而飞黄腾达，由山西巡抚晋升为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督蓟州、永平、山海、通州、天津各镇军务；以后又以兵部左侍郎兼右佥都御史，总督辽东宁远军务兼辽东巡抚，不久又兼任蓟州、昌平、通州、登州、天津等处总督。也就是说，辽东、山海关内外、京津地区的防务，完全交给一个总督，这是极不明智的。当年袁崇焕这样的干才尚且难以尽责，何况范志完是一个大言不惭毫无军事才能的人！为什么周延儒会把如此重要的岗位交给范志完，其中必然有不可告人的内幕交易。一旦事发，这两个人都难以辞其咎。
果然，清军从长城的墙子岭要塞突破，攻陷蓟州、北京附近地区。这是范志完的重大渎职事故，官员们弹劾他疏于防范、贪婪无能，要求严加惩处。朱由检考虑到敌军未退，责令他戴罪立功。但是他戴罪而不立功，胆怯之极，始终不敢与清军决战，听任他的军队尾随清军，到处抢掠。
山东武德道兵备佥事雷演祚向朝廷揭发，范志完纵兵淫掠、克扣军饷，贪腐渎职，就是这样一个无德无才之徒，通过勾结“大党”从一个小官骤然升为总督。如果没有周延儒这个“大党”为后盾是不可想象的。他把矛头指向周延儒：“座主当朝，罔利曲庇，只手有燎原之势，片语操生死之权，称功颂德，遍于班联。”
朱由检召见雷演祚，当面听取他的揭发，下令逮捕范志完。
崇祯十六年（1643）七月初八日，朱由检召开御前会议，要雷演祚与范志完当面对质。
朱由检问雷演祚，他奏疏中所说“称功颂德，遍于班联”指的是谁？
雷演祚回答，是周延儒。并且说，周延儒招权纳贿，自以为有功，乘考选科道官之机，网罗门生。通过幕僚董献廷之手，卖官鬻爵，凡是求得巡抚、总兵官职的，先行贿董献廷，用两根玉带、十三颗珍珠作为暗号；如果成功，便有巨额贿赂送到周延儒家中。
御前会议的结果，范志完因纵兵淫掠、贿赂朝廷政要等罪状，判处死刑。由于牵涉周延儒“招权纳贿”的种种劣迹，朱由检决心查个水落石出。
兵科给事中郝揭发吏部文选司郎中吴昌时，作为周延儒的干儿义子，窃权附势，纳贿行私，凡是内阁票拟、国家机密，事事都预先知道。这不仅渎职，而且过于肆无忌惮。郝如此分析周延儒的内心世界：由于欲望过多而无法刚直，虽然智谋足以掩盖过失，毕竟缺乏谋国的忠心；一心想依附于君子，而又不肯屏弃小人。面对忠直之人表面援护，而实质疏远；面对邪佞之人表面亵慢，而实质亲昵。因此辜负皇上知遇之恩，耽误封疆安危。他的结论是：周延儒是天下的罪人，吴昌时又是周延儒的罪人。
这话一点也不错。吴昌时这个复社成员，成事不足败事有余，连他的同社盟友吴伟业也说，此人过于贪利，醉心于升官发财，自以为协助周延儒复出有功，专擅权势，周延儒反而为他所累。
御史蒋拱宸的揭发更加令人震惊。吴昌时作为周延儒的亲信，与董廷献狼狈为奸，贪赃难以数计。有一场科举考试，周延儒录取了不少亲戚以及用重贿买通关节的人，都是吴昌时为周延儒经办的。周延儒的弟弟周肖儒、儿子周奕封公然榜上有名，毫无顾忌，以至于没有文化的“白丁”以及充满铜臭的商人，都利用贿赂，夤缘登榜。贪横到了如此地步，心目中哪里还有朝廷的法纪！最让皇帝不能容忍的是，吴昌时竟然“通内”——买通宦官打听宫内机密。朱由检把蒋拱宸的奏疏放在书桌上反复审阅，亲笔写下朱批。为了不让宦官泄密，把奏疏放在自己的袖子里，他要严惩吴昌时，进而严惩周延儒。
对吴昌时的审讯非常特别，是所谓“廷审”——在宫殿里由皇帝主持审问。崇祯十六年（1643）七月二十五日，朱由检郑重其事地身穿素服，带着两个儿子来到中左门，内阁、五府、六部等官员早在那里恭候了。
朱由检声色俱厉地喝令吴昌时上前，要他交代“通内”的情节。
吴昌时矢口否认：祖宗制度规定，勾结宦官者处斩，法律极为森严，臣下虽然不才，怎么能犯这种错误？
朱由检命蒋拱宸当面对质，不料蒋拱宸在奏疏中说得头头是道，一见这样森严的场面，吓得浑身发抖，匍匐在地，说不出一句话。
吴昌时见到这种情景，口气更加强硬：皇上一定要把这一罪状强加于臣，臣不敢违抗圣意，自然应该承受。如果想屈打成招，绝对不可能。
听到这些话，朱由检火冒三丈，命令宦官准备严刑拷打，逼他招供。内阁辅臣蒋德璟、魏藻德出面劝阻，历来没有在宫殿里面对犯人用刑的先例，建议把吴昌时交给司法部门审问。
朱由检立即把他们驳了回去，振振有词地说：此辈奸党，神通广大，离开此地，还有谁敢公正审讯？他的潜台词是，吴昌时牵涉到周延儒，司法部门碍于人事关系，很难公正审讯。蒋德璟、魏藻德只得退一步，请求不要用刑，因为在宫殿用刑，实在是三百年来从未有过的事。
朱由检这个皇帝却并不拘泥于什么“祖宗法度”反驳说：吴昌时这厮，是三百年从未有过的人！一记闷棍，把蒋、魏二人弄得哑口无言。
于是“三百年从未有过”的事情上演了。宦官对吴昌时动用酷刑，把他的两腿胫骨夹断，情况极为惨酷，哀号之声响彻殿陛之间。在场的人莫不为之暗暗叹息：呜呼，国家元气丧失殆尽了。由于吴昌时已经昏迷不省人事，朱由检命令把他押入锦衣卫监狱。
不久，朱由检指示刑部、都察院、锦衣卫，以“把持朝政，奸狡百端”的罪名，把吴昌时斩首。
第145章 做了皇帝！
在廷审吴昌时的场合，有的大臣说，吴昌时不过是幺麽小吏，何必如此大张旗鼓？朱由检意味深长地反诘：吴昌时是幺麽小吏，难道周某也是幺麽小吏？可见廷审吴昌时另有所图，正所谓“醉翁之意不在酒”很快圣旨就下来了，命锦衣卫差人把周延儒押解来京，听候审问。
周延儒得到消息，预感到此去在劫难逃，为了销毁罪证，临行前把储藏珍宝的三层楼阁付之一炬，多年积累起来的奇珍异宝，在五彩斑斓的烈焰中化作一片灰烬。
进京后，他从昔日的首席大臣沦为今日的阶下囚，关押在崇文门外头条胡同的关帝庙，第二天转移到正阳门内的关帝庙，四面有锦衣卫兵丁看守。这种关押方式非常奇特，不在监狱，而在关帝庙，因为他毕竟是退休的首席大臣，与一般人犯有所不同。皇帝要刑部、都察院、大理寺在三天之内，审定周延儒的罪状。这是一个棘手的案件，因为不同的人对他的功与过的评价很不一样。
都察院左都御史李邦华认为，周延儒罪不至死，希望皇上从宽发落。他在三法司会审时侃侃而谈：皇上把周延儒从田间召回，尊崇为太师太保，可谓千古奇遇。他担任首辅的初期，办了不少德政，天下称颂太平。但是他不能始终如一，不能严以律己，结党营私，潜通贿赂，私授官职。督师期间受门生连累，贻害封疆。皇上谴责他“欺藐”是完全正确的，周延儒应当扪心自问：活在世上还有何颜面，是否能赎罪？不过按照法律条文，罪状在“失误封疆”下一等，何况皇上先前已有“曾居首辅，宽其拿解”的圣旨，请求皇上垂念国体，作出圣裁。李邦华并非周延儒的亲信，他从大局考虑，接连处死首辅大臣，似乎是不祥之兆。
大理寺卿凌义渠的看法截然相反。他闭口不谈周延儒复出以后的政绩，直截了当地谴责他奸邪的品格：有谋身的智慧，无报国的忠心，精神惯于揣摩，伎俩总归闪烁，因此一时群小依附，狐假虎威，擅自把用人行政的大权作为施恩结怨的手段，既害了自己也害了国家。法律虽然有“议贵”（为尊贵者开脱）的条文，也不能对他宽恕。
刑部尚书张忻则倾向于李邦华，肯定他复出以来，一向勤敏，为政府作了贡献。无奈他生性智巧，缺少正心诚意，喜欢拉关系，滥用匪人。甚至在奉命督师时，仍然庇护私交，赏罚混淆，置国家法度于不顾。他的罪行严重，但有“议贵”条法，希望皇上给他一条生路。
三法司首长合议的结果，一人主张从严，二人主张从宽，于是判决如下：周延儒发配边疆充军终身。
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朱由检不念旧情，驳回了三法司的判决，亲自拟了一道圣旨：“周延儒机械欺蔽，比匿容私，滥用匪人，封疆已误。前屡旨已明，这所拟岂足蔽辜？姑念首辅一品大臣，着锦衣卫会同法司官，于寓处勒令自裁，准其棺殓回籍。”