无情驱孤
卜答失里皇后与文宗生有3子：长子阿剌忒纳答剌，次子古纳答剌（后改名燕帖古思），三子太平纳。至顺元年（1330）3月，诏封阿剌忒纳答剌为燕王。
卜答失里在毒死皇后八不沙之后，为了使长子阿剌忒纳答剌顺利登上太子之位，便将矛头指向了明宗两个年幼的儿子懿粼质班和妥欢帖睦尔，卜答失里像对待八不沙皇后一样，经常向文宗陈说留两人在宫中的祸福利害关系。文宗认为两人年尚幼弱，不便遣发外地，从缓再议。卜答失里便暗中唆使妥欢帖睦尔的乳母，叫她夫妇入见文宗，略言：妥欢帖睦尔实非明宗所出，生母迈来迪，出身低下，属娼妓杂种，如何冒充天潢贵胄，自乱血统？且明宗在日，已欲将他驱逐。如果此刻不将妥欢帖睦尔远遣边地，那么，几年之后他向皇上提出封王要求，甚至以明宗长子身份觊觎皇太子之位，恐怕将来有很多麻烦。此刻正宜慎重名义，以明嫡庶之分，勿一误再误。
文宗其人，汉化较深。在信用文臣的同时，又极力尊孔崇儒，行“汉法”，崇文治，命翰林国史院与奎章阁学士院编纂《经世大典》，保存了大量的元代典制纪录，成为明初纂修《元史》的依据。因此，文宗具有强烈的汉儒思想，比较重名分，辨嫡庶。见卜答失里说得有理，便下令将年仅10岁的妥欢帖睦尔东戍高丽（今朝鲜），流放大青岛中，不准与人往来。据《元史？顺帝本纪》记载：“至顺元年四月辛丑……徙帝于高丽，使居大青岛中，不与人接”。妥欢帖睦尔既去，只剩一个幼小的懿遴质班了，孤苦伶仃，无人扶持。就这卜答失里还不放过，还想将他流放外地，只是文宗觉得他实在太小，没有听从。
除去了一切障碍之后，卜答失里便策划要立燕王阿剌忒纳答剌为太子。1330年8月，御史台臣请立燕王为皇太子，文宗推辞说：“燕王尚幼，非裕宗（真金）为燕王时可比，待以后再议吧！”过了几时，又由诸王大臣奏请立储，文宗仍不同意。他说：“你们所讲的，都是为了国家的根本大计，忠心可嘉，但燕王尚幼，恐他识虑太浅，不堪大位。缓一缓，以后再议，亦未为迟。”诸王大臣因屡请没有得到允许，也就厌了再说的念头。偏偏皇后卜答失里立皇太子心切，就又密密召见诸王大臣，怂恿他们再申前请，自己也好乘间力求。至此，文宗不好再阻众议，只得接受大家的建议。于是乃先令太保伯颜祭告宗庙，然后立燕王阿剌忒纳答剌为皇太子，卜答失里谋立己子为储君的愿望终于得以实现。
文宗忏悔
不料礼成刚一日，太子阿剌忒纳答剌就忽然生起病来，昏迷不醒，高烧不退。御医百治无果，始终找不出病因，反而日甚一日。急得文宗和卜答失里皇后像热锅上的蚂蚁，寝食不安，日夜在床前守候。忽一日，太子睁开眼睛，满口谵语：“天下本是我家的天下，你等害我先皇，夺我帝位，还嫌不足，我一个年轻孀妇，寄居宫中，碍你们啥事了，偏又将我鸩死。可怜我夫妇两人，哪一点对不起你们，俱为你们毒死。你想立太子么？我今特来索命了！”言毕，即寂然不动。文宗惊得什么似的，知是冤魂出现，吓得倒在地上，几乎晕了过去。也吓得卜答失里皇后没了主意，忙将文宗扶上坐榻。又跪在床前，连连叩头，哀告不已。口称该死，只求先皇先后勿念前事，保佑太子性命。
从此深宫内院，不是出现明宗附体，就是八不沙皇后缠身的怪事。惊骇得一班宫娥彩女，连在白昼，也要呼朋引伴，方敢进出。卜答失里也由惊生畏，由畏生忧，即与文宗商议，欲在帝师座前亲受佛戒。文宗本就亏心，今见宫中时时闹鬼，也就听了皇后之言，大兴庙宇，祈神祷鬼。朝廷上下，整日青烟袅袅。但佛不佑人，太子终于不治，于至顺二年（1331年）正月，一命归西。
丧葬才毕，次子古纳答剌又染重病，病势和皇太子一样。使文宗帝后不禁惊骇莫名，俱信神鬼不可欺。就是宫廷内外，也都群议汹汹，顿时风声鹤唳，无在非疑，杯弓蛇影，所见皆惧。文宗至此，方始醒悟，他忏悔似的对卜答失里说：“我初意本不要立储，只因内外相迫，才成此举，看来先兄先嫂不肯容我，我想立皇侄为太子，以安先灵。”卜答失里这时哪里还敢再争，只得应允。同年九月，文宗将藩王阿鲁浑撒里的府第买下，让古纳答剌卜宅居住，并命燕铁木儿侍奉。在燕铁木儿等人的精心护理下，古纳答剌病情逐渐好转，文宗及卜答失里才心有宽慰。
可就在皇子古纳答剌病愈不久，文宗却由于悲伤过度，思虑过深病倒了。一天夜间，皇后卜答失里正在床前侍候，文宗忽然跃起，抓住皇后的手，大叫：“皇兄皇嫂，饶恕于我！”直吓得卜答失里汗毛直竖，忙跪在地上，苦苦哀求！求了一会儿，文宗才清醒过来，料到自己将不久于人世，追忆夺取帝位往事，感到十分愧疚，禁不住长叹道：“孽由自作，夫复何言。自思此生造孽非浅，如今忏悔，已是无及。”文宗决意舍子立侄，使帝位复归正统。卜答失里流着眼泪说道：“传位皇侄，皇子怎样呢？”文宗道：“你还要顾到皇子么？你自己的性命，也不知怎样哩！常言说‘人之将死，其言也善’，我靠权谋夺得帝位，在位5年，夙兴夜寐，不辞辛劳，虽取得了一些文治武功，但朝廷内外，是不会忘记明宗大统的。若要强立皇子燕帖古思为帝，后果会不堪设想。看来，欲想天下太平，还须立兄长之子。”卜答失里道：“此事且召太平王商议。”文宗道：“我的家事完全为其所误，他的性命也就只在目前了，哪里还能与你商议大事。”卜答失里唯唯而退，心内甚不为然，令近侍密召太师、右丞相燕铁木儿商议。哪知燕铁木儿每日与妻妾寻欢作乐，荒淫无度，已抱病在床，不能应召前来。卜答失里只得改召伯颜进宫商议。
太保伯颜入宫，卜答失里将文宗的病榻言语告知，伯颜道：“皇子年龄，与 王相仿，何必别立皇侄。”卜答失里以手指床，意思是说，这是文宗的意思。伯颜是何等聪明的人，早已领悟，便悄悄地对卜答失里道：“皇上此时抱病在床，神志不清，故有此语，等皇上病好了，再行定议，也不为晚。”不料文宗闻听，大声说道：“朕虽抱病在床，神志极为清爽，并非是乱命。朕意已决，将来国事，还要靠卿做主。卿和皇后，要竭尽忠诚，拥戴 王，不可再生异议。”伯颜深感皇上知遇之恩，含着眼泪答应了。
至顺三年（1332）八月，文宗崩，年仅29岁。燕铁木儿闻得噩耗，勉强起床，踉跄入宫，其时皇子燕帖古思，早已召回宫禁。燕铁木儿见了卜答失里，便大声说道：“皇上大行，应由皇子嗣位，请皇后从速颁诏，传位皇子，最为紧要。”卜答失里闻了此语，并不回言，反而嚎啕大哭起来。燕铁木儿见此情形，很觉惊诧，只得婉言劝慰。
卜答失里止住痛哭，回答道：“皇上临殁，曾有遗嘱，命 王继承大统。”燕铁木儿听后，大为惊讶，顿足道：“皇上自有嫡子，传位 王，臣不奉诏。”卜答失里慌忙劝说：“这是大行皇帝临终遗嘱，太保伯颜曾与先皇面议，太师可去问他，自然明白。”燕铁木儿忙奔伯颜处，听完伯颜一说，便止不住一个劲儿地摇头叹息。
舍子立侄
燕铁木儿亟请卜答失里皇后立太子燕帖古思为帝，但卜答失里因有文宗遗诏，不敢不从。于9月立明宗次子、年仅7岁的懿遴质班作皇帝，是为宁宗。即位之后，立即下诏尊皇后卜答失里为皇太后。卜答失里太后遂在御兴圣殿接受群臣朝贺，临朝听政。《新元史？后妃列传》记载：“至顺三年八月，文宗崩，丞相燕铁木儿请立燕帖古思，后不从。文宗大渐时，命传位于明宗子。……至是年十月，始以明宗次子懿遴质班留京师，白于后，宣遗命而立，是为宁宗，甫七岁，后同听政”。
谁知宁宗无福，即位仅两个多月就因病而逝。宁宗死后，燕铁木儿再次请立文宗幼子燕帖古思。卜答失里面对几个月来围绕帝位发生的变故，有些心灰意冷，说：“天命如此，燕帖古思年纪尚幼，不应继位为君，还应另立为是。”燕铁木儿争辩道：“前日传位宁宗，已经履行了文宗遗命。如今宁宗既崩，自然非燕帖古思莫属，此外更有何人可以继统？”太后道：“明宗长子妥欢帖睦尔，前居高丽，现居广西静江（今桂林），今年已经13岁了。可以立为新君。”燕铁木儿闻听大惊，心想，当初费尽心机，流放妥欢帖睦尔，就是怕他来争夺帝位；如今可好，一切努力都是白费。拱手让出帝位，无异于养虎为患，纵虎归山。遂恫言道：“先帝在日，曾有明诏，妥欢帖睦尔并非明宗之子。所以前徙高丽，后徙静江，况且流放他亦是您的主意，如今又要立他为帝，恐怕将来祸患，避之不及。”太后道：“与他约定，待他百年后，再立我子。”燕铁木儿道：“人心岂可预料。太后与明宗之后已有隔阂，安知皇侄日后不恩将仇报？还是自己的儿子放心一些。”太后答道：“祖宗不可欺，鬼神不可欺。我传位于他，总可以对得住明宗帝后了。”燕铁木儿还是摇首，不以为然。太后道：“我意已决，你不必另生异议。”燕铁木儿无奈地说：“这传位的问题，原是太后家事，太后既然主意已定，为臣者怎敢不从？”
太后遂命中书右丞阔里吉思，自广西迎回妥欢帖睦尔。但燕铁木儿疑惧未消，因为燕铁木儿当初主谋害死明宗，总觉得如果立了明宗之子，将来定遭报复无疑。加上燕铁木儿去迎接妥欢帖睦尔时，与他并马而行，扬着马鞭，借机矜夸自己，并陈述了迎立的意图。但妥欢帖睦尔年纪虽小，却很有心机，对燕铁木儿所言一无所答。于是燕铁木儿更加怀疑妥欢帖睦尔已经知道了谋害明宗之事。所以到京师后，借故一拖再拖，一直不愿立他为帝。因为国事都决于燕铁木儿，群臣也不敢过问。直到1333年6月，燕铁木儿因荒淫过度溺血而死，无人再与他作对，卜答失里遂与群臣商定，才立妥欢帖睦尔为帝，是为惠宗，即顺帝，是元朝的最后一任皇帝，蒙古号兀哈笃汗。并约定依武宗、仁宗前事，妥欢帖睦尔之后，再传位于燕帖古思。
礼遇之隆
顺帝即位后，任伯颜为右丞相，燕铁木儿弟撒敦为左丞相，总理政务。燕铁木儿的儿子唐其势和伯颜弟马札儿台并为御史大夫。伯颜与燕铁木儿两家实际已成为朝中权势显赫的两大家族。顺帝只是一个傀儡，他的年龄和资历都决定他只能默默地忍耐。
燕帖木儿有个女儿，名唤答纳失里。至顺四年（1333）八月，卜答失里因燕铁木儿平生功勋卓著，遂命顺帝将答纳失里册立为皇后。顺帝自然不敢违逆，只得奉命而行。册后之日，一切仪礼，悉循故例。又因皇后之故，加恩母族，封撒敦为荣王，食邑卢州。唐其势袭太平王爵位，进阶金紫光禄大夫。又封伯颜为秦王，命与荣王左丞相撒敦总理百官。一面命大臣议定改元，以至顺四年为元统元年。
卜答失里以太后身份参与朝政，宠贵一时（元朝的皇后掌握有户口钱粮，有专设的下属职官，代表她出身的门系之利益）。1333年12月，顺帝为皇太后卜答失里置徽政院，设官属366员，专门管理皇太后日常生活事宜。元统二年（1334）10月，奉玉册、玉宝，上卜答失里尊号为“赞天开圣仁寿徽懿昭宣皇太后”。至元元年（1335）12月，顺帝为表示对卜答失里礼遇之隆，竟不顾部分朝臣的激烈反对，违背常理，下诏尊婶母卜答失里为太皇太后，并在诏书中盛赞卜答失里“承九庙之托，启两朝之业”的功绩。卜答失里闻诏喜出望外，仍临朝称制，即日在兴圣殿，接受诸王百官朝贺。
顺帝尊卜答失里为太皇太后，可算是历史上的非常之举。在当初议论此事时，参知政事许有壬谏以非礼，顺帝不听。南台御史太不花也上书，认为尊叔母为太皇太后于礼不合。卜答失里初闻妄议，勃然大怒，旋即醒悟，说：“朝廷监察部门能有这样的大臣，可以算是谨守祖宗之法的了。”并赐给他金币，表彰了他的忠直。
《新元史？后妃列传》：“先议尊为太皇太后，参知政事许有壬谏以为非礼，不听。时南台御史太不花亦奏，以叔母不宜加太皇太后的尊称，后初闻大怒，徐曰：‘风宪有臣如此，可谓能守祖宗法矣，’赐金币以旌其直。”
由于受到权臣、后族势力的掣肘，最初几年，元顺帝“深居宫中，每事无所专”。就把心思用在学习上，因此，顺帝读了不少古籍，具有很深的汉文化造诣。也有相当的科技才能，曾自制金人玉女自动报时器以及头眼爪尾自行转动的龙舟。如果不误为人君，或许在科学技术上有更深的建树，可见权力误人。
顺帝元统三年（1335年），左丞相撒敦病殁，伯颜执政，唐其势任左丞相。尝语其友说：“天下本我家天下，伯颜何人，位居我上？”此言传入伯颜耳中，内心很不快，遂上疏请以右丞相之职让于唐其势，奉诏不许。唐其势遂与撒敦弟知枢密院事答里，诸王晃火帖木儿等以伯颜跋扈专权，顺帝昏庸无能为由，密谋发动政变，拥立文宗子燕帖古思为帝。6月30日，唐其势率勇士闯入官廷。哪知事有不密，伯颜早有防备，与知枢密院事完者帖木儿、中书平章政事定住等张网以待，捕获唐其势。
唐其势之弟塔刺海，尚未知其兄被擒，领了伏兵前来迎敌；被卫士一箭射下马来，生擒活捉而去。伯颜擒了唐其势兄弟，带入宫中请顺帝登殿审问。顺帝道：“逆谋已明，何用再问，照律办理。”伯颜即令卫士动手，将唐其势牵出处死。塔剌海年少胆怯，竟躲避在皇后座下。皇后答纳失里此时情关手足，心内不忍，撩裾遮蔽。伯颜喝令卫士从皇后座下拽了出来，亲自拔剑，一挥两段，一股鲜血直溅皇后衣裾，吓得皇后答纳失里，战战兢兢缩做一团。伯颜又启奏道：“唐其势兄弟谋逆，皇后亦应有罪，况袒蔽塔刺海，显系党恶，请陛下割爱正法，为后来之戒。”顺帝尚未答言，伯颜已饬卫士，扯皇后出宫。卫士不敢动手，伯颜大怒，竟走至皇后前，揪住皇后头发，拖落地下。皇后号泣道：“陛下救我！”顺帝至此，只呜咽道：“汝兄弟为逆，朕也不能相救。”七月，伯颜杀答纳失里皇后。燕铁木儿家族彻底败亡。
顺帝又将燕铁木儿及唐其势引用的人员一并黜逐。自此，朝政全由伯颜（蒙古人多用这名字，非灭宋之伯颜）把持。伯颜得势之后，也就作威作福，贿赂公行。在元朝历代宰相中，伯颜权势之显赫，是少有的。他排斥蒙古诸王，仇视汉人，扬言要杀张、王、刘、李、赵五姓汉人。他还下令废除科举，禁止汉人、南人学蒙古、色目文字，开历史倒车。
惨遭流放
元顺帝虽年幼，却心机颇深，深藏不露，伯颜跋扈；让他跋扈。太皇太后虚荣，让她虚荣。顺帝表面上对他们尊宠有加，可是实际上，他一刻也没有忘记夺回大权，一刻也没有忘记父王母后被害以及自己流放边地、颠沛流离的往事，他在暗中等待时机。
1340年2月，顺帝20岁那年，伯颜的侄子脱脱暗中得到顺帝支持，乘伯颜出外行猎，发动政变，将他贬黜。这才成为名副其实的皇帝。顺帝起用脱脱为相，力图革新朝政，恢复科举取士，开马禁，减盐额，修辽、金、宋三史，政治一度较为稳定。大权在握后，开始对卜答失里�