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不过报应也真迅速，三年多以后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。恰好赶上山东谢迁等人起义，攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百口被愤怒的民众一并杀死，“皆备极淫惨以毙。”孙之獬本人则被五花大绑达十多天，五毒备下，头皮上被戮满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植发”，最后还把他的一张臭嘴用大针密密缝起，肢解碎割而死。“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
剃发令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民纷起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运功。其中有嘉兴徐石麒、松江沈犹龙、常熟何沂、太湖徐云龙、昆山朱集璜等等。
多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市，仅在昆山和江阴就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃发令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千，而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。“是两日天气晴明，而风色惨淡，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇踰垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死亡状，有倚门、卧床、投阁、扳槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、才磔种种之异，以至悬梁挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！”（《鹿樵纪闻》吴伟业）如此惨状，1937年南京倭寇屠城又扩大数十倍而重演。
李成栋明将出身，善用大炮攻城。屠略昆山后，他又率清军拥数十门巨炮，进攻江阴城。一时间炮声震天，江阴城墙塌落多处。在此之前，江阴军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名以及早已叛清的明将许定国（杀高杰那位）。李成栋军猛攻六天，才把江阴城攻克。“王师（清军）乘烟雾混杂时，逾入屠之……丁壮在城者，战死已十六七，空壁而已。”江阴城虽不大，抵抗最力，最城阖城遇屠，情状惨烈！
1645年7月底，李成栋率所部五千多人向嘉庆进逼，并于路上就开始奸淫杀烧。嘉定居民在明朝进士黄淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。8月中旬，李成栋猛攻嘉定城北的娄塘桥，杀死上万民众。8月24日夜，由于天降大雨，城上不能张灯，李成栋趁黑派兵潜伏于城根下挖地道，在其中暗埋火药。黎明时分，李成栋用大炮猛轰，引燃火药，“地裂天崩”，城墙倒塌，清军乘间烽涌而上，“悉从屋上奔驰，逼行无阻。城内难民不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。”黄淳耀兄弟奋战力竭，最后相对自缢殉国。
由于李成栋的弟弟在此之前在一江伏击战中被杀死，出于野蛮的报复之心，他下令部下屠城。“成栋持刀，下令屠城，约日入后闻炮即封刀。时日暑正长，各兵遂得悉意穷搜，家至户到……”（吴伟业）。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草从棘，必用长枪乱搅”，一心要杀个鸡犬不留。当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”，一幅活的人间地狱图。
清军遇见年青女人，就当众白昼轮奸。如遇抵抗的妇女，这些人形兽物就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。一顿杀戮过后，李成栋属下又四处劫掠财物，见人就喊“蛮子献宝”，随手一刀，也不砍死，被砍人拿出金银，清兵（其实是前明军）就欢跃而去；腰中金银不多者，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时“刀声割然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市。”最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。此为嘉定一屠，共有近三万人被屠杀。
几天之后，有一名叫朱瑛的义士聚集逃跑于周遭的民众共两千多人，重新回到嘉定，并处死归降清军的汉奸和清军委派的官吏，在葛隆一带还设伏消灭了李成栋的一支小分队。气恼至极的李成栋忙率军回攻嘉定，并在路上把葛隆和外冈两个镇子的居民全部杀光。被民众赶走的清军委派的县令浦嶂为虎作帐，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴陈而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
经过如此惨酷的“三屠”，江南大部分地区远近始剃发，称大清顺民。可见，血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋也因此“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。
先行鹰犬隆武殒落——李成栋对隆武帝的歼灭战
受努尔哈赤的孙子博洛贝勒直接指挥，李成栋又成为满清平灭南明隆武帝的先锋大将。
南明隆武帝朱聿键原为宗室唐王，是太祖朱元璋九世孙。朱聿键的爷爷老唐王嫌世子（朱聿键之父）嘴舌上长个大瘤子，又爱小妾生的儿子，就暗中把朱聿键父子囚禁起来想活活饿死他们（当时朱聿键才12岁）。幸亏暗中有人帮忙送饭，父子在囚房中过了十六年。眼看就要熬到头，朱聿键的父亲又被急切想袭唐王王位的弟弟毒死。老唐王不久病死，作为嫡孙，朱聿键终于在朝廷恩旨下袭封唐王。
其时，正值崇祯末年，国家多难，朱聿键报国心切，竟不顾“藩王不掌兵”的国规，率兵从南阳北上，中途和“贼兵”交手，互有胜负。由于朱棣正是以藩王身份反叛得天下，故而明朝对藩王防备极严。藩王尽可在王府内奸淫吃喝醉生梦死，惟独不能兴兵拥将离开藩属。即使朱聿键动机纯粹，仍使崇祯帝大怒，派锦衣卫把这位唐王关进凤阳皇室监狱。
崇祯帝自杀后，弘光帝继位，朱聿键才被放出来，但已经又被关押8年多。这位金枝玉叶真是倒霉，活到43岁的年纪，在囚牢里倒有24年之久。弘光朝并未恢复他的王爵，责其往广西平乐府居住。朱聿键刚刚走到杭州，短命的弘光朝已经玩完，朱明又一个王爷潞王在众人推戴上于杭州自称“监国”（代理皇帝），三天后，清军杀到，一直被寄予厚望的潞王朱常芳与属下没做任何抵抗，向清军献城投降。
此前一天，朱聿键已离开杭州。潞王被俘消息传来，黄道周等明臣上疏劝朱聿键监国。在郑芝龙家族拥护下，朱聿键在建宁（今福建建瓯）称监国，二十天后，他又在福州正式称帝，改元隆武。举行大典仪式当天，“大风雾起，拔木扬沙”，尚玺官的坐骑受惊，玉玺摔落，碰坏一角。虽然兆征不祥，君臣还是很有平复天下的决心，锐意恢复。由于身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善于抚慰群臣，乐于纳谏，甚至同意招纳“大顺军”（李自成军）余部，以共同抵抗清军。同时，针对南明军杀害剃发的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民。”这一谕旨使得一般百姓欢呼鼓舞，纷纷来投。
虽为英明为主，隆武帝却一直为郑氏集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗，崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实实力。郑芝龙等人推举隆武帝，其实也是看上了这位爷“奇货可居”，朝中一切实权都掌握在郑家手里。（郑芝龙从小就不是好货，不到二十岁，就因为勾引后妈被父亲驱逐出家门为盗。郑家惟一的忠臣，只有一个郑成功。郑成功原名郑森，是郑芝龙和日本老婆生的儿子。郑芝龙有一次带郑成功入宫，隆武帝见之大悦，以手抚其背，说：“恨无一女配卿，卿为尽忠吾家，毋相忘也。”赐郑森名成功，命为御林军都督、仪同驸马都尉，时人称之为“国姓爷”。后来郑芝龙降清，郑成功写信说：“父子不能为忠臣，子不以为孝子”，一直忠于明朝。当然，他最后仍弃大陆恢复于不顾，击走荷兰红毛，盘踞台湾，虽后世认为他有收复之功，在当时都为人所诟病，尤其是他软禁鲁王，毒死抗清明将张名振，远离故土大陆，使广大明朝遗民失望。）
郑氏家族不仅傲慢无上，还卖官鬻爵，大肆搜刮百姓，横毒凶暴甚至超过弘光朝的马士英，以至于“受害者延颈待清兵，谣曰‘清兵如蟹，曷迟其来！”（计六奇《明季南略》）一帮发迹的海盗奸商，经营朝政仍同于经营生意一样，如此，其后果可知。同时，由于当时另一个宗室鲁王朱以海在绍兴也称监国，两个朱明同姓政权也产生龌龊，最后竟闹出互杀来使的事情。
至此，隆武帝三面受困，一受制于郑氏家族，二要防鲁王军队，三则李成栋率领的清军节节逼近。无奈之下，隆武帝声言要亲自北伐，以挽颓势，但总领大军的郑芝龙冷笑一声，理也不理。老忠臣黄道周以六十之年，带数名门生故吏，一路招至九千多人，北上抗清，千辛万苦，百死愁绝，终为清军俘获，慷慨就义。愤懑之下，隆武帝再也不顾郑氏阻拦，携数千明兵“御驾亲征”。而平日在海口作威作福、杀掠抢劫的郑影等人忽然弃新城（今江西黎川）而逃。郑芝龙早已暗中与清兵约降，福建名关隘均无人把守。
而李成栋的清军在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州，很快攻陷郑鸿逵所守的仙霞关。隆武帝逃湖南不成，又想取道汀州去江西，此时的“御驾亲征”已变成“御驾亲逃”。一边是隆武帝臣下的众叛亲离，离心离德；一边是李成栋的驭兵有方，指挥苦定，此间情形，让人慨叹。
如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又死沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。隆武帝在汀州刚刚歇过一口气，转天凌晨，就有大队身穿明军军服的人叩汀州城门，声言护驾。守门士兵不知是计，城门一开，原来都是李成栋派出化装的清军。隆武帝闻乱惊起，持刀刚入府堂，为清军乱箭射杀，同时遇难的还有其皇后曾氏和不满月的皇子。
隆武帝一家三口的人头献上，李成栋更得清廷垂青，命他与佟养甲一起，驻军福州，以观时变。
铁蹄迅疾再擒一龙——李成栋生擒南明绍武帝
隆武帝“御驾亲征”之前，留下自己的四弟朱聿粤在福州留守。1646年（隆武二年）八月福州陷落，朱聿粤仓惶乘船逃往广州。不久，隆武帝死讯传出。十月，瞿式耜、丁魁楚等人在肇庆拥立永明王朱由榔（后来的永历帝）于肇庆“监国”。
隆武朝的大学士苏观生与丁魁楚素有过节，福州陷落时他正在广东募兵，出于个人恩怨，他提出“兄终弟及”之说，于十一月在广州拥立朱聿粤为“监国”。三天后，就举行登极大典，改元绍武。不到半个月，永明王也在肇庆称帝，改元永历。隆武帝时就有鲁王朱以海称监国。现在，南明又出现二帝并存的局面，大敌当前，形势如此严重，这些人仍蹈明后期的积习，互结朋党，各援党系。最为可叹的是，苏观生还下令杀掉永历朝的来使，激得永历帝派兵部右侍郎林佳鼎举兵“讨伐”，绍武帝也派陈际泰向肇庆出发，旗号也是“讨伐”。
十一月底，两支南明“讨伐军”相遇于广东三水，永历军先获胜利，攻杀800多绍武兵，陈际泰狼狈而逃。林佳鼎得意忘形，挥军直杀广州而来。绍武帝一下子着慌，苏观生倒有主意，他派林察率数万海盗（现已招安为绍武军）前往迎敌。林察与林佳鼎是旧相识，就派人诈降。林佳鼎信以为真，置林察兵于不顾，径自带领战船追击往海口方向窜逃的绍武残军。林察所率的昔日海盗个个勇于海战，又富于经验，暗中设伏，突然向永历军船施放火器，永历兵大惊溃败，不是被水淹死、被火烧死，就是被自家明军杀死，林佳鼎本人也受炮击，死无全尸。永历军只有三十余骑人马逃出此厄。
“窝里斗”中大获全胜，绍武帝飘飘然，自以为“天授帝位”，开始搞那套郊天、祭地、幸学、阅兵的花架子。君臣上下，又大肆封赏，胡乱赐官，究其实也，他只是广州一个城的“皇帝”而已，“七门之外，号令不行”。（黄宗羲《行朝录》）。
永历、绍武两军在海口血战之际，李成栋、佟养甲的清军已在汉奸辜朝荐（潮州人，退休明官）带领下攻取漳州，又袭取潮州，并诱降大盗陈耀，攻克惠州。李成栋的清军一路上最大的障碍是山路崎岖，真正的抵抗几乎没怎么遇到，往往在城下一列兵，南明守军就城门大开，府县守官拿着簿册恭谨献降。为了麻痹广州的绍武帝和苏观生，李成栋还让各地官员书写信件送递广州，报告说没有任何清兵到来，致使广州的绍武君臣相安泰然，自以为没有任何迫近的危险。
1646年12月14日，李成栋派300精骑兵从惠州出发，连夜西行，从增城潜入广州北。清军十多人化装成艄公，从水路大摇大摆乘船入城，然后上岸，直到布政司府前他们才在众人面前掀掉头上包布，露出剃青前额的满人发式，挥刀乱砍，大呼“大清兵到！”
“鞑子来了！”一句惊呼，满城皆沸，百姓民众争相躲避，乱成一锅粥。说来也真是奇怪，能征善战如李自成的“大顺军”，杀人如麻如张献忠的“大西军”，即使是出生入死、血斗冲杀无数的明军勇兵武将，只要一声“鞑子来了”，个个亡魂皆冒，立时溃散，笔者现在也想象不出清兵有何威力致此震摄之效，难道是那种剃青的大辫子发式使然？！
绍武帝正和苏观生等人在国子监“视学”，忽然有卫士急报清兵入城。苏观生非常生气，昨天潮州还有信报说一切无恙，今天怎么会有清兵来此！他挥手让左右杀掉报信卫士。
入城的清兵很快杀掉广州东门守卫，大开城门，数百清兵策马冲入，大红顶笠满街驰奔。绍武君臣这才知道清兵真�