然而，和帝废后的程序，却血腥得超乎想象。
就在和帝病愈后仅仅几个月，永元十四年（公元102）四月，忽然有人向皇帝告发，说阴皇后与外祖母邓硃合谋，欲行巫蛊，对皇帝不利。能探听到这样秘密的消息又能顺利告发的人，绝非等闲之辈，然而其姓名居然不载于史册，实在是可惜。总之，这个消息当然立即得到了和帝的高度重视，他派出中常侍张慎、尚书陈褒，要求严查到底。
追查的过程果然严格，就连告发者没有提到的阴家其它成员也统统被捉拿，而且严刑拷问。这些养尊处优惯了的公子小姐虽然受不了苦刑，但也都知道事关重大，一旦画押就是家族的灭顶之灾，更何况这事可能根本就没有，想招也无从招起？然而钦差大臣们不达目的誓不罢休。因为不肯“认罪”，邓硃的儿子邓奉邓毅、阴皇后的弟弟阴辅都被活活拷打至死。反正都是死，还不如求个痛快的。一场血肉横飞之后，案情果然有了“突破”。不知是哪位熬刑不过的皇亲国戚终于开口：阴皇后通同阴氏家族，对皇帝施行巫蛊属实。有了这样的如山铁证，和帝废后就有了理直气壮的根据。当年六月，司徒鲁恭来到了阴皇后所住的长秋宫，收缴了她的玺绶，将她幽禁在冷宫“桐宫”中。得到儿子拷死、女儿被废的消息，吴防侯阴纲万念俱灰，他不愿再接受更进一步的耻辱，当即自杀。他的另两个儿子阴轶阴敞连同邓硃的家属，被流放日南郡（今越南河内）比景县，其它的内外宗亲一律免官赶回老家新野去当老百姓。
做了七年皇后的小阴氏不能承受如此大的落差和家族覆没的惨痛，没过多久，她就在桐宫中死去了，大约只有二十多岁。被草草地埋葬在临平亭部。阴氏家族和阴皇后的垮台，整件事的前后过程，与和帝庶母宋大贵人当年遭遇的“生菟巫蛊案”几乎如出一辙。看来和帝确实从历史中取得了不少经验。
阴氏家族和邓硃一家完蛋，对于邓绥以及邓氏家族中的绝大多数人来说，自然是一个好消息，不但保住了荣华富贵，更保住了身家性命，前途也极看好，所有的人都知道，下一位皇后肯定是邓绥无疑。然而两家人之间千丝万缕的联系，以及那场瞒不过明眼人的巫蛊之狱，不能不使自幼浸润在儒家教育中的邓绥矛盾重重，这所有的一切虽然是箭在弦上不得不发，但事过之后，她仍然认为自己在这样一场伤及亲眷的大狱之后正位中宫，无论如何也不是什么好名声。一向爱惜羽毛的邓绥为了不成为众矢之的、不让旁人非议自己，在阴氏被废后自称患上重病，避开众人的眼光，闭门不出。
然而和帝心意已决。当年十月辛卯，阴后被废不到百日的时候，和帝的册后诏书就下达了：“皇后之尊，与朕同体，承宗庙，母天下，岂易哉！唯邓贵人德冠后庭，乃可当之。”邓绥终于在她21岁的时候，登上了东汉王朝皇后的位置。无论那场巫蛊之狱有多少疑点让人诟病，邓绥在当上皇后之后的表现，确实让人们相信，她是比小阴氏更合格的皇后人选。在邓绥做皇后之前，各郡国都四处搜刮珍奇宝物向后宫进贡，宫中也以奢华为风尚，百姓不知为此遭了多少罪。邓绥一即后位，就下令取消进贡珍玩的陋习。当然，郡国向帝后进贡是一种必须的礼节，不能完全禁绝，于是她定下规矩，岁贡只收纸墨，其它不能入宫。和帝想要给邓绥的亲人加官晋爵，她也多次恳请推辞，因此在和帝一朝，邓皇后的大哥邓骘只当了个小小的虎贲中郎将。
然而，永元十三年那场几乎夺去性命的大病，已经将和帝的健康催毁。还在青年的他连父亲章帝那样的寿数都熬不到了。就在邓绥当皇后的第三年、元兴元年（公元105）的冬天，她的丈夫和帝刘肇就死在了章德前殿，享年仅二十六周岁。似乎他能够从第一场大病中逃出来的唯一原因，只是老天要让他完成册立邓绥这项工作，如今任务完成，他也就可以撂挑子了。
二十四岁的邓绥成了寡妇，也成了东汉王朝的又一位太后。
要做太后，第一个前提就是得有儿皇帝。然而此时的和帝后宫中并没有一个皇子的身影。朝中的大臣们都面面相觑，不知该如何是好。新寡的邓绥却向公卿们宣布了一个惊人的消息：和帝早有皇子，都养在民间。原来，和帝前后有十余名皇子夭折，到后来他自己都开始疑心后宫中另有玄机，有人暗中加害自己的子嗣。我们可以回想一下和帝养母窦太后及其家族的结局，很容易就联想得到，是不是有受恩于窦氏的宫人内监在其中担任了复仇的角色。但是猜测归猜测，深宫幽暗，怎样追查也查不出个所以然来。和帝终于不得不认输，放弃了追查。惹不起躲得起，往后再有皇子降生，就一律秘密抱出皇宫，寄养在民间。现在和帝死了，邓绥做为最清楚内情的人，立即派人从民间将皇子接回皇宫。
被接回来的皇子有两位，一个是八岁的刘胜，一个是刚满百日的刘隆。按照儒家“嫡长制”的继承法则，刘胜是当然的小皇帝。只是这位皇子不知道怎么回事，从娘胎里就带来了毛病，而且还是“痼疾”。当然，真要坚持儒家礼仪的话，这根本就不成为问题。更何况朝臣们都认为，这个“痼疾”完全不影响他担任皇帝。——照这样推测，刘胜可能是有某种天生的外表缺陷，如兔唇枝指一类或腿脚残疾，绝不是后来晋王朝的司马衷先生那样的智力缺陷。
然而多年来一向表现得循规蹈矩、讲究儒家道义、淡泊名利的邓绥，在这个时候忽然变得让所有的人都不认识她了。——也许这才是真实的邓绥，更也许她从后宫中吸取了更多的经验教训。
在邓绥看来，刘胜已经八岁，无论如何都是自己养不亲的，只有襁褓中的刘隆，才有可能让自己象当年的马明德皇后那样，养出一个完全只认自己做母亲、认自己的家族做舅家的皇帝。于是，她做出了一个完全违背儒家和皇家习惯的决定：迎立少子刘隆为帝，八岁的哥哥刘胜被封为平原王。大概是有鉴于和帝从前屡次在宫中丧子的惨痛经验，更有可能是要牢牢看住朝中头号重臣的行动，她还增加了一项遭人非议的决策：让太傅张禹留宿禁宫，五天才许回家一次。
即使这样，邓绥仍然觉得不放心。史书上这样形容邓绥的心思：“太后以帝幼弱，远虑不虞”。一个真正做母亲的人，空口白牙地怎么就会舍得想到儿子可能会早死呢，这不是咒儿子吗？更何况小儿子即使夭折，现成地就有一个年已八岁的哥哥在，立即补上就行，能有什么“不虞”？说白了，对于邓绥来说，“不虞”正是刘胜原本在情在理的即位之事。她不能让事情脱离自己的掌握。为了防止这样的意外，她要来一个双保险：万一刘隆当真又重蹈了十几个哥哥的覆辙，那么谁能继位？难道能让刘胜补上？自己已经否认了他一次，他重新做上皇帝并成年掌权后，他和他的亲信以及外戚家族是绝对会大行报复的。
延平元年（公元106）三月，按照惯例，在举行了和帝的葬礼之后，和帝的四个兄弟们：前废太子清河王刘庆、济北王刘寿、河间王刘开、常山王刘章，都要带着家眷返回各自的封国。然而就在他们打算起身的时候，邓太后宣布了一个让人们意外的命令：留下前废太子刘庆的长子、十三岁的刘诂。同时被留下的还有刘庆的王妃、刘祜的嫡母耿姬。
有了刘庆做后备，邓绥的第二道保险在四月也开始了：大哥邓骘从一个中级武将直接提拔为上蔡侯、车骑将军、待遇等同三公，成为百官之长并掌管兵权；弟弟黄门侍郎邓悝则顶上大哥的空缺为虎贲中郎将，与大哥上下呼应；另两位兄弟邓弘、邓阊都晋封为侍中，成为文官中的首领级人物。
当初邓绥做皇后的时候，主动推辞兄长升官机会的举动到这里已经真相大白：那全是做出来蒙骗皇帝的假象而已。在她做皇后的时候还发生过这样一件事：和帝想要追封邓绥的父亲，三公之一的司空陈宠坚决反对。当时邓绥表现得十分谦恭柔婉，毫无怨言，和帝也仍然坚持追封了邓训。照说事情就应该到此为止。谁知邓绥早已记恨，等到她成为太后，陈家就算是晦气罩了顶。陈宠倒是死得早，他的儿子陈忠却没法摆脱困境。在邓绥摄政期间，无论他如何尽忠职守，都得不到晋升的机会，小鞋一穿就是十八年。
所有的准备都做到十足十，邓绥开始了自己名义上的太后、事实上的女皇生涯。话说回来，除了在选择储君的问题上有私心杂念之外，邓绥实在是勤政爱民的，她的忧国忧民程度，远远超过历史上绝大多数的的男性君主。
六月初，听说有三十七个郡与封国大雨成灾，邓绥当即颁布诏书，削减太官、导官、尚方、内署的各种御用衣服车马、珍肴美味和各色奢靡富丽的用品。还下令除了供奉皇陵祠庙以外，不得使用精白米麦，自己以身作则，每日早晚只吃一次肉食。以往太官、汤官的固定费用每年将近二万万钱，也削减至数千万钱。各郡、各封国的贡物，都将数量削减一半以上。宫廷内部也开源节流：上林苑的猎鹰、猎犬全部卖掉；各地离宫、别馆所储备的存米、干粮、薪柴、木炭，也一律下令减少。
六月二十一日，邓绥又再次下诏，遣散皇宫中的部分宫人，多年来因为刑法严峻而被罚没入宫为奴婢的皇族成员一律免罪，成为自由的平民。邓绥虽然长年处于深宫，却早已广泛留意民间的消息，因此在七月十五日她又颁布一道敕令，疾言厉色地对主管官员训斥道：“近来水灾为患，然而各地官员为了粉饰太平，求取前途虚名，往往隐瞒灾情，报喜不报忧，明明是作物失收农田毁坏，报成垦田增加；明明是百姓流散，却报成是增加户口；隐瞒辖区内的重大犯罪，使不法之徒得不到惩处；不按规定任免官吏，举荐名不符实的‘人材’。最终将这些祸害转嫁在百姓身上。而你们这些京官却与地方官员互相包庇勾结，既不知畏天更不知愧疚于人。从现在起，对不法官员的惩罚将加重。你们这些二千石高官必须认真核查百姓所受的伤害，免除他们的赋税。”
在管理宫内事务方面，她也展现出了自己的聪明才智。据说，和帝刚去世的时候，宫中丢失了一箧大珍珠，邓太后认为如果拷打追逼定然会有冤屈，因此特地将有嫌疑的宫人都召到面前来讯问，同时察颜观色，果然水落石出。和帝有一个男宠名叫吉成，是和帝最为宠爱的，早已招得其它男宠切齿妒恨，于是他们趁着和帝去世的机会，共同诬蔑吉成要对皇帝之死负责，说他行了巫蛊之事。吉成被掖庭拷问之后，果然俯首认罪，证据分明。结果邓绥却起了疑心，认为吉成对和帝一向忠诚，此事不合情理，坚持要亲自核实。终于还了吉成一个清白。后来她还亲自到洛阳寺察勘有无冤狱，一个死囚临去时张口欲言的瞬间就被她看在了眼里，并立即追查出确实是一桩被拷打出来的冤屈。
——不知邓绥是从哪里了解到拷打必出冤狱的？难道是阴皇后的巫蛊案让她有了深刻感悟不成？
（也许真是因为对巫蛊之狱心中有愧，永初四年冬天，邓太后的母亲新野君阴氏患病不起，邓绥不但前往省亲，而且还留居在府中。三公联名上表，坚决反对，认为有违禁宫规矩。邓太后这才不情愿地返回宫中。十月二十三日，阴夫人去世。十一月，邓绥就传下诏书，将因“巫蛊案”而被发配蛮荒的小阴皇后亲属从流放地召回新野故乡，并归还阴家的五百余万资财。这也算是一点补过。）
就在邓绥施展才华整顿国家和内务的同时，意外却果真在皇宫中发生了。
八月初六，小皇帝刘隆当真夭折了。他这时实际年龄还不满一周岁，只是由于跨越了两个年头，而被称为“两岁”而已。这个浑混未开的婴儿，在成为中国历史上登基年龄最小的皇帝之后，又成了“驾崩”时年龄最小的皇帝。
果然不出邓绥的预料，刘隆死后，文武众臣都认为应该让八岁的刘胜继承皇位。邓绥早有准备，怎会被朝臣的轰轰声影响自己的宏图大计！初八这天深夜，邓绥将邓骘邓悝召进宫中，商议好应变之策后，趁夜便让邓骘亲自持节驱车，赶在刘胜入宫之前，用已封王的皇子才能坐的青盖车将刘祜秘密接进了宫中。
第二天，正是确定新皇帝的日子，一大早邓绥便登上了崇德殿，满朝文武都穿着吉服相陪。翘首等待刘胜出现的百官没有料到，被仪仗引导上殿的居然是清河王的儿子。然而生米已煮成熟饭，众人只能干吃哑巴亏，眼睁睁地看着刘祜被封为长安侯。邓绥随即又下了一道早准备好的诏书，将这位长安侯立为和帝之子。然后当场撰写了册立皇帝的诏命当场宣读。太尉徐防这时也没了法子，只得照程序将皇帝玺绶奉送到刘祜手里，宣布由这位清河王子登上皇帝宝座、邓太后仍临朝摄政。
——对于这样的结果，可能除了邓氏家族，心里感到有些安慰的另一个人就是清河王刘庆了，他做为废太子，一生坎坷谨慎小心，老天却阴差阳错地将皇位又重新交到了他的儿子手里，也算是另一种形式的失而复得。可惜的是，刘庆在儿子登基四个月后就一病不起，病重之际，他向弟媳邓绥提出了最后一个请求：安葬在生母宋大贵人的墓旁。十二月二十一日，他终于等到了邓绥的答复，再无遗憾地离开了人世。邓绥用光武帝废太子刘彊的葬礼规格安葬了他。
然而，对于邓太后这样一手遮天、为了自己和娘家的利益而将丈夫的皇位白白交到其它宗支手中的行为，和帝朝的老臣们却都暗中怨恨。永初元年（公元107），大长秋郑众和中常侍蔡伦都以多年供职内宫得到了邓太后的信任，两人时常仗势干预朝政。三公之一的周章对此非常不满，几次直言进谏。然而邓太后都不予理睬。周章多年京官，有什么事情不明白？——两位大宦官的后台其实就是邓太后，她很有可能是利用他们来干预一些令她不满的朝臣决议的。
周章想起易储的旧恨，越发怒不可遏。于是他开始暗中联络官员，密谋发动政变，想要找个机会潜入内宫紧闭宫门，然后瓮中捉鳖，诛杀邓骘兄弟及郑众蔡伦，再胁迫尚书写诏，将邓太后废居南宫、安帝为远国王，拥立和帝长子平原王刘胜为皇帝。谁知道事机不密消息泄漏，这场政变还未能开始就被扑灭了。周章被迫自杀，被牵连的人数不胜数。
然而令邓绥始料未及的是，随着年龄的增长，她一心保举登基的过继儿子刘祜却越来越不听话，她一心提防的刘胜反倒在永初七年（公元113），没有留下子嗣就死去了，年仅十五岁。
邓绥当初干冒奇险，坚持不立刘胜，无非就是怕他成人后与自己这个嫡母生分，不能让自己和家族永掌大权。可惜的是谁也不能未卜先知，万万没有料到，刘胜会不等成年就离开人世。邓太后回想往事，懊悔失落之情溢于言表。于是她开始用另一种方法来弥补自己的庶子。她没有象对待其它无子的亲王那样，对刘胜也来个“无子，国除”，而是当即就为刘胜过继了一个儿子——乐安王子刘得。谁知刘得也福薄，当了六年亲王也死了，而且又是无子。邓绥没有气馁，在多方寻找比较之后，于永宁元年（公元120）四月十四日，从众多皇族近支王子中选出了才德貌俱佳的河间王子刘翼，将他再立为刘