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在入侵的初期，他们几乎战无不胜，主要原因在于战术的优势和武器的精良。他们能极其娴熟地使用双刀，并且和近旁的伙伴保持密切的联系，互为呼应，协同作战。颇为特异的是，他们的指挥信号乃是班排长手中的折扇。当双方开始接触，班长排长把折扇往上一挥，他们的部下就以刀锋向上。当对方的注意力为这种动作所吸引，他们就突然倒转刀锋迎头砍下。这种双刀的长度不过5尺，但在一个熟练的使用者手中挥舞，一片刀光，使“上下四方尽白，不见其人”，可以在一丈八尺的方圆之内杀伤对方。其他常见的武器还有弓箭和标枪。据记载，“倭竹弓长八尺，以弓蹈其绡，立而发矢。……镞宽二寸，……近身而发，无不中者”，所掷的标枪“不需竿，突忽而掷，故不测”。至于火器，似乎并没有为他们所重视。虽然戚继光说过鸟铳由日本传来，但在记录上却看不到倭寇曾有效地使用这种武器。他们偶而使用的火炮，看来也是在中国俘获的战利品。
倭寇的基本战术是派遣30人以下的小部队进入村落，这些小部队的进止必在严密的互相照顾之下。协同的信号是令人战栗的海螺声。这些入侵者善于使用当地的向导，并熟练地派遣尖兵和斥候，有层次地展开兵力，并以佯攻、驱使难民在队伍的前面等等方式，造成中国官军的扰乱和疑惑。中国官军根本无法对付这一套战术，即使是士气最为高昂的部队，他们的对策也不过是仅凭血气之勇猛冲敌阵，既无有效的队形，又缺乏侧翼和后续部队的接应，其经常遭到失败就为势所必然。南直隶和浙江两省，河流湖泊极多，官军溃退时有如狼奔豕突，被践踏或被挤落水致死者也为数累累。有一次总督胡宗宪也在败退之中被推落水，几乎淹见。
除此以外，倭寇在和大部队官军遭遇时，还采取另一种战术，即先取守势以减杀官军的锐气，或者制造恐怖气氛使官军陷入心理上的劣势，然后待机出击。戚继光下面的一段记载可以作为说明：“余数年百战，但见诸贼据高临险，坐待我师，只至日暮，乘我惰气冲出；或于收兵错杂，乘而追之。又能用乘锐气，盛以初锋。又其盔上饰以金银牛角之状，五色长丝，类如神鬼，以骇士气。多执明镜，善磨刀枪，日中闪闪，以夺士目。故我兵持久，便为所怯。”
所以，总结以上的情况，不论官方文件如何强调这一战争是政府的官军围剿海贼，实际上却是中国的外行对付职业化的日本军人。
面对这样令人焦虑的局面，戚继光的任务决不仅止于单纯地击败倭寇。他首先要组织一支新型的军队。从他的军事著作《纪效新书》中可以看到如何有条不紊地实施他的建军方案：宣布招兵的办法，规定月饷的数字，拟订分配列兵职务的原则，明确官兵的职责，设计队、哨、局的组织，统一武器的规格，颁发旗帜金鼓这一类通讯器材，等等。建军方案的核心部分是确立铁一般的军法。军法的精神在于“集体负责”，即所谓“连坐法”，一队和一哨的官兵要互相保证在作战中勇往直前，不得退却。一人退却则一人被斩首，全队退却则队长被斩首，队长殉职而全队退却则全队被斩首。
《纪效新书》所涉及的内容非常广泛，甚至还记载了一种制作干粮的方法。然则这部著作的出现，也正好在另一个角度上反映出了当时的军训军令都没有固定的准则，专门研究军事技术的学校从未成立。如果部队手册、战斗纲要、编制表、后勤补给图解和军法条文等为军中必需的文字材料曾经存在，那么，它们不是没有付诸实施，就是早已不合现状，所以戚继光才会在他的书里不厌其详地作出规定和阐述。
在这种情况下，不论戚继光个人的意向如何，他所组织的新军就不可能不带上个人的色彩，所以人们就恰如其分地称之为“戚家军”。值得注意的是，这支新军在建立30年之后，仍然还是戚继光的个人部队。这自然又和文官集团的平衡原则大相凿枘。在文官们的心目中，戚继光的军队不是社稷的干城而是国家的威胁，加之他又和张居正关系极为密切，所以必须对他作严厉的弹劾。
在16世纪中叶，日本这一个岛国能够严重威胁本朝东海沿岸各省的安全，这种现象是很难理解的。合乎逻辑的倒是本朝的士兵应该越海进攻日本。因为当时的日本不仅地狭人稀，而且几十年来没有形成一个统一的政权，内战频仍，法律和纪纲可谓荡然无存。本朝是一个高度中央集权的国家，被一个极有组织的文官集团所统治，中央指挥地方如身之使臂，极少发生抗命的事情。同时我们这个帝国在名义上拥有当时世界上最大的常备军，人数多达200万。 但是这种假想的逻辑并不适用于现实。本朝的军制规定，常备军由200万“军户”提供，每户出丁男一人，代代相因不变。设立军户的目的，既在于保证官兵的来源，又在于保障“民户”不致因战争动员而受征兵的骚扰。这制度开创伊始，流弊即随之而来。民户被编入军户，大部出于强迫；即或出于自愿，也常常是基于权宜之计，时过境迁，当初的应诺就不能矢守不渝。所以各个驻兵的卫所刚刚成立，士兵逃亡和换籍的事件即已层出不穷。时经一百多年，各卫所的土地，不少都为各军户抵押和出卖。加之长年以来，除了西北边境，绝大部分地区都承平无事，所以，一个卫所的实际兵员往往远较规定的编制为少，在退化最严重的卫所中，竟仅为规定编制的百分之二或三。而且这些有限的士兵还常常被军官当作营造和运输的劳工，再不然就是留在家里充当仆役。
和这种每况愈下的情形相始终的是补给制度。本朝的军事供应和政事参合为一元。军队的粮饷补给，来源于地方政府的侧面供应。按理说，户部是国家财政的中枢，应该统筹全局，但实际上却类同于一个大型的会计机构，只是在账目上监督各个机关和各个地方政府的出纳。各个地方政府按照规定的数额把给养直接运交附近的军事单位，军区和中级以上的后勤机构。一个府县，可能输送食粮及银两于十几个不同的小单位；一个卫所，也可能接受十几个府县送来的粮食和银两。这种方法一经成为定制，就如盘根错节，任何高级单位也无法把补给点和补给线作合理的通盘改组，以适应形势变化的需要。于是供应不能足额的情况就时有发生。试想，由十几个单位分别按固定的数量供应，总难免有个别单位由于意外的情况而不能如额缴纳；而其他单位则并不负有补足缺额的义务，即或有这样的义务，也不见得就有这样的能力。所以在开国一百余年以后，书面的规定早已和实际的详情格格不入。纵使有局部的调整，充其量也不过见效于暂时而终于不免捉襟见肘。
如果查阅官方的史籍，书上都明确无误地记载了全国的补给已由中央统筹分配，而实际的执行却全赖互不相属的下级机构。地方政府和地方军队之间的补给关系已如上述，即使是运往北京的漕粮，其运输的情况也十分奇特。所谓漕粮，就是从南方大多数府县中征收田赋所得的，通过大运河而运往北京的粮食。按明文规定，漕运由专业化的军士负责运送，运送的军士即称之为运军。全部运军有官兵12万人，分驾运粮船12000艘。但是这个庞大的队伍却没有一个统筹后勤的机构来做周密的安排，以使其秩序井然地运转。粮船直接在江南的水滨接受纳税者所缴纳的谷米，然后解缆北运。一艘粮船由一个下级军官管理，并直接对中央政府负责。在所运的粮食送达北京附近的张家湾仓库以前，粮船上全体官兵的人身自由、生命财产甚至妻子儿女，都等同于保证这次运输安全的抵押品。因为除此而外，别无更好的方法可以作有效的管理。至于粮船的制造，也同样表现了散漫和缺乏组织的特性。这些粮船的法定使用期限为10年，过期就需要重新建造。在淮河沿岸设有“船厂”一处，是全国最大的造船场所，其产量的高峰为年产700艘以上。然而这个所谓船厂实际上由82个小型船厂拼合凑拢，各厂之间各自经理。虽有一个类似于总管理处的机构，它却无统一调度人力和物资的权能，自然也更谈不上有效的技术分工。
不消多说，组织上的低能必然造成装备上的落后。本朝并不完全缺乏这方面的能工巧匠，但是他们都被集中到皇城里，专门为皇帝的禁卫军制造精美的甲胄。一般的野战军只能服用村以小铁片的棉布袄，或者由纸筋搪塞而成的“纸甲”。至于士兵们使用的武器，也大多是由各地府县作为赋的一个部分制造缴送，质量既有欠精良，规格也谈不上标准化。
以上种种落后的情况，使本朝野战军的战斗力几乎与农村的民兵相去无几。与这种情况相一致的，是对于将领的选拔。在当权者看来，一个将领所应该具备的素质是勇敢粗豪而不在于头脑清晰。上文所提到的刘廷，外号人称“刘大刀”，根据夸大了的描写，他所用的镔铁大刀重120斤，可以在马上“轮转如飞”。和刘廷同在辽东战役中牺牲的杜松更为粗蛮卤莽。他在作战时身先士卒，可是一旦战败，就会毁坏自己的兵器甲胄以发泄怒气，而且不断声称必须自杀或者落发为僧，毫无镇定从容的大将风度。因之，此人被努尔哈赤称为“杜疯子”。
军官的任命多数以“世荫”的形式而继承父业。任命的程序相当复杂，大致是高级将领的子孙需要降几级继承，下级军官则无须降级。从本朝中期开始，情况稍有改变，自兵部尚书刘大夏奏准推行武试，任何有志于成为军官的人只要考试及格就可以取得进身之阶。但事实上由考试及格充当军官并上升为高级将领的，可谓绝无仅有。而且这种武生的考试又重在刀枪弓马的是否娴熟，由文官主持的笔试，其要求不过是粗通文字而从未涉及军事科学。各处所开办的“武学”，也以儒家经典作为主要的讲授内容，其教学进度，以“每日总授不过二百字”为原则。
用这种方法培养出来的高级将领，几乎很少有人具备运筹帷幄的谋略。其实这也正是文官集团所预期的目的。将领既然大多属于一勇之夫，当然就有必要任用文官作为总督巡抚，让他们来指挥各级武官。在总督巡抚之下还有“兵备使”或“海防道”，他们名为监察，实则握有调度攻防的权力。在军政方面，人事的任免以及补给、交通各项也统统由文官主持。
这种军事体制的设计，显而易见，其重点不在于对付敌国的全面入侵，同时也不打算全面进攻敌国。发生在1449年号称“土木之变”的战役，正统皇帝为瓦刺所俘虏，已经暴露了军事体制中致命的弱点。然而这样震惊全国的事件仍然没有能够引起应有的重视与改革。武备继续废弛，军事组织不断衰退。文官们只要在他们的任期中保持平静无事，则一切有关军队改造的计划大可束之高阁。一直到16世纪中叶，倭寇的势力大张，不仅屡次攻破了被视为固若金汤的东南海防，而且长驱直入，视守军为无物，这才使中枢的文官惊醒，发现这低能的军事制度将要危及整个帝国以及他们个人的安全。穷则思变，改革已成为势所必然，而改革的初步，仍在于选择有创造精神的高级将领，他必须在战略上深谋远虑，而又精通各种战术。
戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！”
道德义务的劝说加上群众固有的宗教信仰，使戚继光得以在所招募的新兵中建立铁一般的纪律。上文所说的“连坐法”虽然不可能经常被不折不扣地执行，但其杀一儆百的恐吓力量已足以使部队在强敌之前不易击溃。他所制定的赏罚原则并不完全决定于战斗的胜负。即使大败，有功者仍然要给予奖赏；相反，即使大胜，作战不力和临阵脱逃者仍然要受到处罚。在他的一本奏折里提到1562年的一次战役：他命令部队夺取一座倭寇占领的石桥，第一次进攻失败，一哨军官36人全部阵亡。第二哨继之而上，又损失了一半的人员。这时剩下的官兵企图后退。在现场督战的戚继光手刃哨长，才使攻势得以继续不衰，最终击破敌阵，大获全胜。而这次胜利，也就成了他一生中最值得纪念的事件之一。
严格的纪律固然是取得胜利的必要保证，但是它的残酷性也实在使人不寒而栗。士兵离队小便就会受到割去耳朵的处罚，而且据传说，戚继光的第二个儿子由于违犯军法而被他毫不犹豫地处死。这样的严刑峻法也许已经离开了通常的人情，但是，戚继光的这一治军方针终于造成了一支坚强的部队，后来他调任蓟辽总兵，有一次在大雨中向全军训活，惟独他从南方带来的3000名军士能几个小时屹立不动，如同没有下雨一样。
然则严峻的纪律，仅是治军方针的一面；另一方面则必需鼓舞士气。士兵的自尊心和自信心在这里起着重要的作用。一支经常被敌人打得落花流水的部队谈不上自尊和自信，必胜的信念有赖于能力和技术，而能力和技术又来自平时的刻苦训练。
戚继光的训练方法得自专家的口授。这些宝贵的经验过去由于不为人所重视而没有见诸文字。到俞大猷才作了扼要的阐述，而戚继光则把所有的细节写成了一部操典式的书本。
操练技术的主要着眼之点，可以说是用“辩证法”的原理来分解动作。每一个动作都有相对的两个方面：身体有防盖和没有防盖的两个部分：一种姿式有动有静、正面和侧面的两种因素；有攻击则同时有防御。总而言之，既有阴便有阳，有阳亦必有阴。例如操练近身武器，也和拳术或舞蹈的原则相似，任何一个姿式都可以作三段式分解，也就是开始一稍为休憩而转变一继续进行又迄于静止，用戚继光的术语来说，就是“起…当…止”。这些姿式又按其不同的形态而有各种离奇的名目，例如骑龙式、仙人指路式、铁牛耕田式、太公钓鱼式等等。运用这些动作，要求“左右来俱有拍拉”，“后发先至”。至于在实战中和敌人决斗，除了熟练地掌握以上各种基本姿式和原则以外，最重要的乃是佯攻，亦即声东击西，出其不意。
在戚继光以前，在军队中受到重视的是个人的武艺，能把武器挥舞如飞的士兵是大众心目中的英雄好汉。各地的拳师、打手、盐枭以至和尚和苗人都被招聘入伍。等到他们被有组织的倭寇屡屡击溃以后，当局者才觉悟到一次战斗的成败并非完全决定于个人武艺。戚继光在训练这支新军的时候，除了要求士兵娴熟技术以外，就充分注意到了小部队中各种武器的协同配合，每一个步兵班同时配置长兵器和短兵器。在接战的时候，全长12尺有余的长枪是有效的攻击