1996年5月27日，俄罗斯当局和车臣非法武装头目扬达尔比耶夫在莫斯科克里姆林宫达成在车臣停止一切军事行动的协议。次日，叶利钦总统又风尘仆仆地前往车臣，宣布战争结束，俄军取得胜利。
但车臣战事却并未因停战协议的签署而得以平息。因为在协议中没有涉及车臣在俄罗斯联邦的地位问题，而这一问题恰恰是俄联邦政府与车臣反对派武装之间分歧的焦点，是车臣问题的关键。车臣反对派一直要求车臣完全“独立”，而俄罗斯绝不会在领土完整这一原则问题上让步，给车臣高度自治的前提是车臣必须留在俄罗斯联邦的版图上。因此，在车臣反对派没有放弃独立的立场之前，车臣危机就不算最终解决。
同时协议的签署还导致了车臣武装内部的分化，车臣武装分子头目巴萨耶夫发表声明说，“谁也没有赋予杨达尔比耶夫同俄罗斯谈判的权力”，车臣政府对莫斯科方面抛开共和国合法政府与非法武装谈判一事表示强烈不满。共和国首脑扎夫加耶夫认为，协议应该是在俄与车臣合法政府之间签订，匪徒应该被送上法庭，当然无权签署协议。
1995年6月14日，巴萨耶夫率领约100名匪徒闯入斯塔夫罗波尔边疆区的布杰诺夫斯克扣押了1000多名人质，要挟俄军立即停止一切军事行动并撤出车臣，否则将杀死全部人质。经过长时间谈判，俄政府做出了重大让步，基本上满足了巴萨耶夫的要求。6月19日巴萨耶夫率领匪徒撤回车臣，800余名人质获释。
随后俄军也宣布了撤军计划：8月底完成撤军，但留下两个旅常驻车臣。
8月6日6时许，约二三百名装备精良的非法武装分子遵照其首领扬达尔比耶夫的命令，袭击了格罗兹尼火车站货运仓库和六个区政府的办公大楼。随后，在中央市场以及共和国政府大厦，内务部和安全局周围与联邦军队展开了枪战，他们炮击的目标是位于市中心的车臣政府大厦，该建筑几乎被完全烧毁。同一天，车臣分裂分子还袭击了位于格罗兹尼以东的阿尔贡和古杰尔梅斯，并占领了古杰尔梅斯。7日，除了政府大楼、安全局和内务部还在俄军手中外，格罗兹尼市中心已被反政府武装控制。12日，格罗兹尼的激战仍在进行中，联邦军队已有200多人阵亡，800多人负伤。这使车臣局势再度恶化。
袭击发生后，俄总理切尔诺梅尔金立即与正在格罗兹尼准备与车臣反对派进行谈判的联邦代表团团长米哈伊洛夫通了电话，并与叶利钦就车臣局势交换了意见，还与负责安全问题的安全会议秘书列别德进行了磋商。9日，叶利钦就车臣局势恶化发表声明，指责车臣非法武装在格罗兹尼的行动，并表示今后仍将采取和平谈判的方法解决车臣问题。翌日，叶利钦任命俄联邦安全会议秘书、总统国家安全助理列别德为总统驻车臣代表。11日至12日，列别德到格罗兹尼进行了闪电式活动并草拟了一项计划，该计划包括三项内容：安全会议对车臣局势作出评估，联邦各主管部门提供物质技术保障，俄军总参谋部负责控制联邦军队。11日，俄总理切尔诺梅尔金提出准备二三天内在车臣实行紧急状态。
8月30日，列别德与马斯哈多夫在达吉斯坦共和国首府签订了《哈萨维尤尔特协议》，双方同意无条件停止使用武力和以武力相威胁；并计划将车臣地位问题在2001年以前解决。1996年10月19日，雷布金接任列别德解决车臣问题。12月29日，雷布金宣布，原定常驻车臣的一一旅和二五旅全部撤出车臣。第一次车臣战争结束。
据俄国防部统计，截至1996年8月30日，在车臣战争中俄军阵亡2837人，伤13270人，失踪337人，被俘432人；损失飞机5架，作战直升机8架，坦克、装甲输送车、步兵战斗车和装甲侦察车500余辆；直接经济损失约50亿美元；车臣武装分子有15万人被消灭。通过这次对车臣的作战，暴露出了俄军的许多问题：
一、出兵草率，仓促应战。俄军先后动用了4～6万兵力，参战部队涉及四大军种、五个军区和三个舰队，可谓“杀鸡用牛刀”。但动用如此大规模的兵力，事前却没有充分的作战预案和行动计划，各部队之间的协同和联络也十分成问题。参战部队战前准备不足三天，60％的参战部队是在开进途中临时编组的，不少新兵甚至连枪都不会用。战争打响之后，军队不是同仇敌忾投入战斗，而是在是否出兵车臣，以及动用何种武器对付非法武装等重大问题上各执己见。国防部3名副部长因反战而辞职；11名将军联名致函国家杜马，要求讨论出兵车臣的合法性；5名前线高级指挥官因贻误战机被撤职。决策层意见不统一，给参战部队造成极大混乱，部队军心浮动，厌战情绪严重。政府内部政治派别林立，相互争斗十分激烈，内耗严重。出于各自不同的政治需要，俄各派势力互挖墙角，致使俄当局在解决车臣问题的立场摇摆不定，朝令夕改，甚至出现了在俄军以巨大伤亡为代价将车臣分离主义分子“逼到墙角”之时，俄当局却向车臣方面“委曲求和”的奇怪现象。车臣问题就这样被长期搁置下来，双方心里都很明白，只要相安无事就好。车臣战争不仅暴露出俄当局对解决车臣问题的艰巨性估计不足，同时也显示出俄军在苏联解体后实力大大下降的处境。
二、养虎为患，贻害无穷。1991年车臣非法武装刚刚出现的时候，当局就应该立即铲除，不留后患，结果一味放纵，致使其日益坐大。久而久之，车臣实际上已在俄联邦的眼皮子底下建立起一个独立王国，并公然与俄联邦当局进行分庭抗礼，到这个时候再收拾残局为时已晚。在车臣，到处是军阀割据，各种势力经常为争夺地盘而耍枪弄棍，制毒贩毒成风，印制的假美钞泛滥于市，从外国走私的武器装备公然上市交易，别国犯罪分子和犯罪集团经常流窜到车臣避风，车臣一度成为“犯罪者的乐园”。俄当局睁一只眼，闭一只眼，政策软弱，养虎为患，令车臣武装分离主义分子更加肆无忌惮。
叶利钦的失误（三）
三、俄军的进攻之所以如此艰苦，主要是从二战结束，经过长时间的养尊处优，俄军的战斗力已大大下降。在阿富汗苏联的军队已经惨败而回，而这一次，在战争爆发的头几天俄军每天阵亡即已超过100人，到2月9日累计阵亡了1100人，另有数百人失踪。俄军的重型装备在车臣的小村落完全起不了作用，首尾相接的坦克、车队进入车臣的村落后，头车及尾车即被摧毁，车队夹在中间进退不得，成了待宰的羔羊，大部分士兵因此成了枪下亡魂。
四、不应该给予车臣共和国超越民族自治的外交特许权和宪法立法权，这是导致从根本上独立的重要法律基础，也是造成车臣问题国际化的一个重要原因。1995年12月8日，俄联邦当局与车臣签署了特殊地位协定，规定车臣共和国有权参加国际交往和对外经济联系，并可以制定自己的宪法和法律。致使车臣脱离了俄联邦政府的管辖，成了俄罗斯的国中之国，并享有极为特殊的特权。
五、对恐怖主义分子的斗争不应该手软，要么不战，战则必胜。结果是怎样呢？一个昔日的世界超级军事大国，拥有包括核武器在内的各种先进武器和200多万人的军队，在围剿小小的车臣非法武装的斗争中居然打了两年不痛不痒的拉锯战，最终仍然没能取得胜利。这样的战争不仅没有给予独立分子迎头痛击，反而使车臣非法武装更加肆无忌惮，认为自己的力量足以与俄联邦军队抗衡，所以敢于公开与俄联邦决裂，宣称独立。整个战争期间，俄军只有一次，也是惟一打了一次漂亮的胜仗，就是猎杀杜达耶夫。
《哈萨维尤尔特协议》的签订，使车臣成了事实上独立的政权。1997年1月27日，车臣选出马斯哈多夫继杜达耶夫任总统。马斯哈多夫和杜达耶夫一样，出生在车臣被放逐的年代。当局的粗暴给马斯哈多夫留下了永生难忘的深刻烙印。小小年纪，他就尝尽了颠沛流离和世态炎凉。长大后，马斯哈多夫成为一名炮兵军官，曾在远东、匈牙利和波罗的海地区服役，从排长干到团长，并获得上校军衔。苏联解体后马斯哈多夫退伍还乡。1991年10月，杜达耶夫宣布车臣独立。不甘心卸甲归田的马斯哈多夫参加了杜达耶夫领导的车臣反政府武装，被任命为部队总参谋长。由于他擅长排兵布阵，为击败俄军立下汗马功劳，很快就成为杜达耶夫面前的大红人。
但马斯哈多夫对俄罗斯的态度却比较温和。因此，俄罗斯当局对马斯哈多夫当选车臣总统颇感宽慰，叶利钦当天就致函马斯哈多夫祝贺他当选，接着又派俄国家安全会议秘书雷布金作为总统私人代表出席他的就职仪式。
马斯哈多夫上台后仍然坚持车臣是独立国家，同俄的关系应当建立在国际法准则的基础之上。而俄罗斯则认为，既然双方已在和平协议中同意“搁置”车臣的地位问题，就应当首先在统一的前提下，解决好车臣的社会经济问题。因此俄车双方签署了一系列经济合作协议，其中包括恢复车臣居民点的生活保障设施、发放退休金和工资、恢复国民经济项目等。俄政府还赋予车臣经济开发特区的地位，实行特殊优惠政策；重新开通了航线、铁路和公路，并让车臣地区的石油供应重新归属车当局管辖，尤其在出资挽救遭受重创的车臣经济问题上，俄先后拿出了142亿美元。
但对于俄罗斯的“厚意”，车臣却并不领情。1997年叶利钦与马斯哈多夫曾两次会晤，但俄车在统一问题上的谈判毫无进展。叶利钦准备再次访问车臣，但马斯哈多夫却称，叶的访问“应该严格按照国家间相互关系的惯例”和公认的外交准则进行，而不是“视察性”的访问。同年，马斯哈多夫还宣布，车臣语逐渐取代俄语的地位；以俄罗斯人为对象，对所有机关进行大“清理”，“对政府进行根本性变革”；1998年新年开始车臣启用新身份证，实行新货币和更换汽车牌照。
1998年，车臣选举出为最高统治集团利益服务的新议会，此外还根据马斯哈多夫的命令成立了最高伊斯兰教法典法院。该法院自诞生的第一天起就觊觎得到车臣最高立法权力，这也注定了它与议会之间必将冲突不断。2月3日，马斯哈多夫发表电视讲话，宣布在车臣全面实行伊斯兰教法典制度。
同时，车臣还努力加强与外高加索国家的经济联系。其目的有两个：一是努力同外高加索国家签署现实可行的经济协议，以减轻对俄的依赖；二是对车臣无法实施的项目进行谈判，力争从心理上对俄施加压力。1997年底，车臣副总理阿·扎卡耶夫访问格鲁吉亚，双方讨论了发挥第比利斯—格罗兹尼公路的作用问题。该公路可使车辆绕过俄罗斯与外界联系，从而对打破了俄的封锁，具有重大战略意义。车臣还极力扩大与阿塞拜疆的联系，双方曾讨论车臣石油加工综合体加工部分里海石油的问题。车臣还努力求助于西方和伊斯兰国家。在车臣总统选举时，马斯哈多夫就获取了欧安会35万美元的资金援助。1997年，马斯哈多夫先后出访了土耳其、格鲁吉亚、波兰、美国等国，他一面积极游说各国商人到车臣投资，一面寻求这些国家对车臣的政治声援，声称：“如果俄罗斯不第一个承认车臣，那么其它国家可能首先承认。”
在军事方面，马斯哈多夫解散了由杜达耶夫建立的原总统卫队，组建了车臣国民卫队、总统卫队和伊斯兰卫队及正规军等。据专家估计，这支正规军约有两万人。其中包括巴萨耶夫所指挥的“阿布哈兹”空降强击营；巴拉耶夫的穆斯林营；格拉耶夫的特种兵团；伊萨耶夫的坦克团、高射炮兵团、反坦克团、第一和第二摩托化步兵团、第三步兵团；阿尔萨努卡耶夫的山地步兵团、两个工程营及两个通信营。这一切都预示着车臣战争的再次爆发将不可避免。
第二次车臣战争（一）
1999年在第一次车臣战争中有“高加索狼”之称的巴萨耶夫不满足车臣事实上独立的现状，要求实现北高加索地区更大的自由。为此他公开叫嚷已经组建了敢死队，要“解放达吉斯坦”、“解放整个高加索”，并在同年7月4日率领200多名“车独”武装分子潜入达吉斯坦进行恐怖活动，偷袭了俄内务部队哨所，从而点燃了第二次车臣战争的导火索。8月7日他又指挥5000多名武装分子聚集于达吉斯坦和车臣边境，分两路攻入达吉斯坦，向俄军猛烈进攻，企图继在车臣赶走俄军以后再在达吉斯坦打败俄军，以实现车臣、达吉斯坦脱离俄罗斯而
建立独立的伊斯兰原教旨主义国家的目的。
指挥此次行动的34岁的沙米利·巴萨耶夫是车臣前总理，车臣叛乱分子的领导人。他勇猛善战，因1995年在布杰诺夫斯克的车臣战争期间扣押人质而出名。他在总统大选中败给了马斯哈多夫，在出任了几个月的总理之后加入到总统反对派的行列。
面对巴萨耶夫的进攻，8月10日，刚刚成为总理的普京就与总统叶利钦及有关部门领导人讨论了车臣形势。普京表示：“车臣是一个被匪徒和宗教极端分子占领的地区，是从外部攻击和内部颠覆（俄罗斯）的前哨阵地”，对车臣匪帮“如果今天不动手；明天损失会更大”。“不管车臣匪徒藏在何处，俄军都将把他们消灭”。普京请求叶利钦赋予他指挥行动和协调各强力部门的全权。在得到允许后普京便马上开始扭转强力部门的工作局面。他每天都召集这些部门的领导人到自己的办公室，一次次地要求他们把所有资源聚集成一股力量。他还召开了安全委员会扩大会议，在会上他表示，在高加索地区出现的践踏法律和恐怖主义行动是不能容忍的，必须采取措施整顿那里的秩序和纪律。他说，俄罗斯领导人已向联邦和地方权力机关下达了任务，根除那里产生骚乱的祸根。普京向新闻界宣布，在达吉斯坦活动的武装分子中有车臣武装分子，俄政府已经为整顿达吉斯坦的秩序制定了一整套方案，并得到了叶利钦总统的批准，同时宣布成立恢复达吉斯坦正常秩序军事司令部。
随后，俄罗斯空军武装直升机就向盘踞在达吉斯坦共和国几个村庄内的非法武装分子展开了猛烈进攻。俄空军采用北约打击南联盟的模式，即利用空中优势和高科技武器对攻击目标进行远距离、高精度、无地面人员接触、尽量避免人员伤亡的军事打击。对“车独”活动基地和通讯、交通、经济设施等进行昼夜轰炸，使其瘫痪，又调集大量军队于车达边境对“车独”武装展开激战。
在此次俄军的行动中，共有6人死亡，多人受伤。此外，俄军的两架武装直升机被武装分子击毁，在遇难的机组人员中有四八七直升机团副团长、俄罗斯英雄纳伍莫夫。不久，俄军对武装分子再次展开了大规模的军事行动。据俄内务部副部长科列斯尼科夫说，“二次袭击中俄军共有10人阵亡、27人受伤。武装分子数十人被击毙，几百人受伤。俄军夺回了被武装分子占领的部分村庄”。到9月14日，俄空军出动战机达1700架次，消灭了2000多名匪徒、250多个活动点和150个训练基地。
巴萨耶夫在受到如此沉重的打击后，又派出大批恐怖分子潜入俄内地，把几百吨炸药混在白糖里运进莫斯科，实行把战火引向俄内部的恐怖“掏肚战”。1999年8月31日和9月4日、9日、13日、16日车臣恐怖分子连续在莫斯科、布伊纳克斯克和伏尔加顿斯克等城市制造了一系列恶性