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该案七审就此以杨乃武葛毕氏诬服宣告结束。
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未想，胡瑞澜审结报告和《招册》一呈递，《申报》即予以报道，朝野议论纷纷，舆论大哗。户部给事中边宝泉率先鸣起不平，十月十八日即上奏说胡瑞澜与浙江巡抚杨昌浚“素日相好”，办理此案“外示严厉，中存偏袒”，并没有秉公执法，在关键情节上不加详究，模糊视听。又说本案中杨乃武是否冤抑撇开不说，近年来各省办结的案件，上京控告后发回原省查办，能够平反的百不得一，相沿成习，个中原因则在于案件由督办审定，复查的官吏都是下属，而官吏的升迁降贬都由上司决定，在办案中自然秉承上司意志。胡瑞澜是杨昌浚的下级，其考成由杨昌浚说了算，自然不敢得罪杨。况且，胡瑞澜本是职掌学政的文臣，从没办理过刑案，必然抓不住要害，绝难平反。现在该案依然存在诸多可疑之处，难以据此定谳，舆论汹汹，请求皇上和太后审慎研究，并将该案交给刑部从头审理。
边宝泉的奏折一出，得到许多官员、百姓的支持，但却没有得到皇上和慈禧太后的恩准。上谕说，外省审理过的案件再递交到刑部重新审理，向来没有这样的先例，而且如果外省的案件都纷纷提交到刑部审理，刑部作为职掌全国刑狱的部门，根本忙不过来，何况从杭州押解证犯到京，让证犯劳累疲惫，不属仁爱之道云云。其实，皇帝之所以不愿意转交刑部审查，是因地方封疆大吏审定的要案，既已经七审七决，都无疑问，如果轻易更张，势必引起地方不服气，甚至导致朝廷不稳，为了两个平民百姓的小命导致地方中央不合，完全划不来。不过慑于朝野的舆论压力，尽管皇上不同意由刑部审理，但却同意将此案案卷交刑部详细审研，看是否有可推敲之处，一一标出，交胡瑞澜进一步查究明晰，予以答复。
刑部接旨后，经过仔细审查案卷，发现了一些疑点：一是八月二十四日杨乃武有无进入葛品连家，有无被葛品连撞破奸情一事。卷宗中前后上报材料说法不同。巡抚杨昌浚的报告说杨乃武进入葛家调戏葛毕氏，被葛撞见，毒打葛毕氏，而胡瑞澜的上奏则说当日确系因葛毕氏腌菜迟误而被丈夫责打，并未提到杨乃武进入葛家并调戏葛毕氏一事；二是关于杨乃武购买砒霜的时间问题，先说是初三日，后又说是初二日；三是钱宝生是卖砒要证，却仅在县审时传讯过一次，其后各次审讯均未提鞫，更未让杨乃武与之当面对质；四是杨乃武所供刘子翰与余杭知县刘锡彤之子刘海升是否同一人，为何未就此提审刘锡彤亲供等等。
此时，杨乃武葛毕氏一案已成为全国瞩目的大案。尽管案件疑窦丛生，但依旧维持着葛毕氏凌迟处死、杨乃武斩立决的原判。其所历经县、府、臬司、省等七审七决，每次审讯都引起社会喧动，《申报》报道极大吸引了上至台阁官员下至平民百姓的关注，更使该案成为街谈巷议的最核心话题。固然有许多人相信历经七审，杨毕一案当无冤抑，可以定为铁案，但更有不少人从一开始发现其中的疑点，想方设法地为杨乃武鸣不平。
浙江当地和京师的浙江籍京官非常关心家乡这一轰动全国的大案审理进展情况。在胡雪岩的委托下，丁忧服阙返京的夏同善发动联络在京的浙江籍官员，说家乡出此大事，对浙江官员荣誉有很大影响，既然身在京师，就应当为家乡做点实事。在他的积极努力下，至十二月初，十八名刑部、户部等的浙江京官联名向都察院递交呈词。这十八位浙江京官是：内阁中书汪树屏、罗学成、翰林院编修许景澄、户部主事潘自疆、吏部主事陈其璋、户部主事张桢、何维杰、周福昌、吴昌祺、徐世昌、徐树观、刑部员外郎郑训承、刑部主事濮子潼、员外郎汪树堂、主事戚人铣、工部员外郎吴文谔、邵友濂、主事梁有常。他们联名的呈词由28岁的浙江余杭人李福泉作报告呈递上去。
在呈词中，他们罗列了历次审讯中的疑窦之处，又增加了他们从家乡听闻到的消息，认为刑部虽提出了不少疑点，但仍交胡瑞澜审查报告，胡瑞澜自然会维护其前审结论，并借此机会，绞尽脑汁为案中漏洞弥缝，使之更为周密详致，到时将很难从胡呈报的材料中找到破绽，杨乃武只能冤沉海底。同时，他们在呈词中还针对谕旨中“向无此政体”，提出先皇已有提交刑部审理他省案件的先例，如道光年间刑部就审理过山西省递交的阎思虎失出案件，同治年间刑部也审理过浙江省递交的韩溥华所控犯书孙锦侵冒公款案件，以此请求皇上和太后将此疑难案件交刑部审理，以使该案确无冤纵。
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正是这份呈词为杨毕一案的平反奠定了基础。
在此期间，浙江学政胡瑞澜按照圣谕，针对刑部提出的几点疑问，对杨乃武等人又进行一次提讯，此次审问杨乃武葛毕氏认为已经没有翻案可能，仍照前供述，审讯没有任何突破。
随后，胡瑞澜就上奏，一一解答刑部提出的疑问：一是八月二十四日杨乃武是否进入葛家与葛毕氏调戏，胡奏称葛品连早知杨毕奸情，实借八月二十四日腌菜迟误出气，杨当日并未来葛家；二是杨乃武买砒时间是初二还是初三日，胡奏称实际是杨乃武初二日由杭州开始乘船返回余杭，杭州到仓前镇水路四十里，傍晚到钱宝生药铺买砒，船至大东关过夜，初三清晨到家；三是“刘子翰”之名是杨乃武捏造，刘锡彤子名确系刘海升，等等，对这些疑问都作了细致弥缝，使整个案件看起来无懈可击。
胡瑞澜在奏折最后说，这种通奸谋毒的案件，事情极为机密，外人不能亲见，只能以当事本人供词为凭，杨乃武的奸谋是葛毕氏在余杭县初审时供出，并不是他人教唆欺诱。而杨乃武为脱罪，运用其狡猾伎俩，散播谣言，导致人们认为他确有冤抑，自己虽然秉公断案，也难免贻人口实。案情重大，人言纷纷，杨乃武的刁横又比先审时更甚，请皇上、太后另选大臣审理此案。最后，胡瑞澜奏请皇上，因余杭知县刘锡彤涉嫌徇私舞弊，请求召递军机处。
胡瑞澜第二次结案报告传出，质疑之声此起彼伏。
都察院接到浙籍十八名京官的联名呈控，感到事态重大，立即向皇上、太后奏明。皇上、太后刚刚做出“向无此政体”的谕旨，又来了奏请，虽不情愿，但迫于朝野舆论的巨大压力，再加上浙江十八名京官为了浙江读书人的脸面而联名具呈，此时刑部侍郎袁保恒与翁同龢等也看到胡瑞澜奏疏中矛盾重重，上疏称有必要对该疑案提京详细研鞫：在这众多方面的环请下，慈禧太后不得不降旨，同意杨乃武与葛毕氏一案交刑部亲自审核，秉公论断，彻底根究。
当时的舆论对杨乃武极为有利，而葛毕氏则明显处于劣势。许多人包括《申报》及朝廷中的多数官员都认为杨乃武是被葛毕氏诬攀的，对杨乃武深表同情，而对葛毕氏大加挞伐，认为葛毕氏本来就是臭名昭著的荡妇，《申报》报道中也说她“本为土娼”，与葛品连并非明媒正娶，谋害葛品连是葛毕氏一人所为，因与杨乃武素有仇隙，故诬攀之乘机报复。民间甚至有传言，之所以要职掌遴选人才的学政胡瑞澜审理此案，原准备是为举人杨乃武平反的，而对葛毕氏凌迟处死的判决仍将被维持。而审理结果却是杨乃武的罪罚并未丝毫减轻，这引起人们的普遍不满。
刑部奉谕旨，接下这件已经七审七决的疑案。刑部头品顶戴尚书皂保感到众目睽睽之下责任重大，不敢丝毫拖延马虎，立即组织人马，调阅该案从一审到七审的全部卷宗，细细推敲，详加考究。同时，行文通知浙江巡抚杨昌浚，务必将该案有关人犯、证人分批递解北京刑部，沿途所经县域务必给予配合，严加看守，增派兵丁，以防串供。杨昌浚虽心怀不满，但又不敢公然违抗旨令，只得遵办。
正在此时，即光绪二年正月十六日，本案最重要的证人、钱记爱仁堂药铺的老板钱坦即“钱宝生”忽然在狱中暴毙身亡。当时，钱坦关押在杭州浙江巡抚杨昌浚的监狱里。因为按清制，案件证人也必须关入牢中以便随时提审时作证，如果要出去，必须请人担保。胡瑞澜在上奏中说是“在监病故”，而据有的衙役说是自缢身亡，也有同狱犯人说是被刘锡彤、陈鲁买通狱卒弄死藉以灭口。而《申报》报道说，钱宝生经胡瑞澜审讯后，交差役押解回县，回到家中，骤然腹痛，随即病逝。
事件真实性已经无从考究，但钱坦直接关系杨乃武是否有买砒实情，此时关键证人的暴毙，不仅给审查带来极大影响，而且外界会滋生出诸多议论，更给刑部带来巨大压力。而此前一个月，经手此案的另外一个重要人物、负责三审的按察司按察使蒯贺荪的因病去世，给此案带来的舆论压力足可证明。蒯贺荪的儿子病故后，蒯即郁郁寡欢，不思饮食，形容逐渐枯槁，于光绪元年十二月初二日病亡。他作为杨乃武案三审的主持者，遽然病逝，坊间议论纷纷，也给刑部的查办带来困难。
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刑部递解该案人犯、证人进京分三批进行。第一批是葛毕氏一人出发，兵丁衙役戒备森严，弓上弦刀出鞘，守护囚车，并安排了两个伴婆随同前往，照顾葛毕氏生活；第二批是一干证人，包括沈喻氏、沈体仁、王心培、何春芳等数十人；杨乃武一人被安排在第三批。因当时交通不变，押解犯人按规定又不能走水路，三批涉案人员采取递解方式，每到一处，该地衙门必须提供食宿及安保，并调出数名衙役替换原来兵丁。因系奉旨进京，朝廷特派了一位候补知县亲自看押寸步不离。一路长途跋涉，要走两个月左右方能到京，可谓千辛万苦。故有的证人尤其是女证人实在不愿进京作证，但又毫无办法。
人犯、证人尚未到京，刑部调阅卷宗后发现不少疑点：其一，谋妇杀夫，事虽机密，但很难一点不漏痕迹，为何葛家邻居王心培从未见到杨乃武到葛家？其二，为什么沈喻氏最初向余杭县衙递交的诉状中，没有提到杨乃武？其三，为何未安排钱宝生与杨乃武对质？其四，葛品连如果系中毒身亡，其母当时就该看出迹象，为何直到第二天才递状控诉？如此等等，都需要调查清楚。
提取证人刚到京时，发生了一件事情，给本来头绪繁杂的案件更添困难。
第二批被解送的证人一行于光绪二年（1876年）三月二十七日抵京，按照惯例，刑部人员要对证人搜身检查。搜查时，衙役们从葛品连的母亲沈喻氏身上搜出一张纸条，写有“刑部司员文起暨浙江粮道如山宅内居住之刘殿臣，余杭县署内姜位隆恳托”字样。讯问沈喻氏，说是远亲姜位隆所写，让她来京投靠于文起及刘殿臣。经查，刑部司员中只有一个候补主事文超，并没有纸条上的“文起”其人。尽管纸张内容未涉及案件，但因案情重大，刑部奉旨亲鞫，不敢忽视每一个细节，于是在全国范围内通缉寻拿刘殿臣、姜位隆，一时风声鹤唳，草木皆兵。最后终于查明，姜位隆是余杭县署家人，与沈喻氏熟识，见其解京辛苦，无依无靠，就写了一张纸条，嘱咐她到京后找文超和刘殿臣帮忙资助生活用度和盘缠路费，一时粗心把“文超”写成了“文起”。刑部即刻派员将刘殿臣、姜位隆拘系到京，听候发落。此事虽系虚惊一场，也可看出刑部对该案的重视程度。
所有涉案人员全部抵京后，刑部进行了一次大审。杨乃武见案件转交刑部审办，知道有申冤时机，就推翻前供，据实供认，称自己十月初五日在南乡岳母家参加立继仪式，初六日午后才返回，根本没有通奸谋毒之事。其堂弟杨恭治、监生吴玉琨、民人詹善政在余杭县衙呈有公禀，现在药店钱宝生虽死，还有药铺伙计杨小桥和钱坦之母钱姚氏可以作证。葛毕氏也交待出实情，说明葛品连去世前后情况，并说验尸时，仵作并未指明是服何毒毙命。沈喻氏也交待出实情，说当时盘问葛毕氏，见她坚不承认，就到县衙控告，请求查验是否被毒身亡。又提讯王心培、王林、杨詹氏、叶杨氏等证人，都供出实情。刑部就据此上奏，请求再派员到浙江将涉案证人杨恭治、吴玉琨、詹善政、杨小桥、钱姚氏、喻敬天、喻王氏及仵作沈祥等人押解到京。
因监生吴玉琨已经于本年五月初一日病逝，就由其妻吴张氏及邻居亲戚作出证明画押，加盖余杭县衙印结，带到刑部。钱坦母亲钱姚氏患有癫痫病，不时发作，请求不赴京作证，葛毕氏的母亲喻王氏因有年幼女儿不便入京，也请求不赴京。浙江巡抚杨昌浚为此向刑部请示，说“案系因奸谋命，事属隐秘，本非外人所知，应取正犯确供为凭。纷纷提解，徒滋拖累”云云，请求免提钱姚氏与喻王氏进京，只写出证词画押即可。刑部对其提议断然拒绝，说该案是皇上、太后钦批，不敢稍有疏漏。杨昌浚不得不令新任浙江按察使兴奎与新任杭州知府龚嘉俊，清点证人，由候补知县刘维福带领衙役伴婆，分批将证人递解到京。未想，杨昌浚这一为民着想的举动也成为他后来获罪的原因之一。
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证人抵京后，刑部照例对其一一检查，却发现所押的詹善政竟然是冒名顶替者，就火速严饬浙江巡抚杨昌浚调查上报。经查，原系詹善政不愿进京，由杨乃武岳母詹张氏安排，让詹善政外出躲避，出钱由家里帮工王顺发冒名顶替进京，并教王顺发到京后如何作证。刑部还查明，爱仁堂药铺伙计杨小桥来之前得到杨乃武家属送的银洋600元，杨家有贿买证人的嫌疑。查明原因后，浙江巡抚立刻上报刑部，并把逃匿的詹善政押解进京。
所有案犯、证人均到齐后，刑部进行严密谨慎的审查讯问，对卷宗进行严格审核，查找前后供述不一处，重点究查。经过几次庭讯，各人犯、证人都交待出了自己所知实情，又调查出余杭生员陈湖即陈竹山与案件关系重大，即刻饬浙江巡抚递解到京。审讯中，仵作沈祥供认，验尸时见有口鼻流血，脸色青黑，腹部有大液泡十余个，与《洗冤录》所载“服砒身死，牙根青黑，七窍流血，嘴唇翻裂，遍身发小泡”情形不符，用银针刺探喉部，也呈青黑色，就认为是服生烟土毒致死。但门丁沈彩泉坚持是服砒毒致死，县令未令擦洗银针，勘验不准。刑部又讯问当时在场街邻，都说见沈祥与沈彩泉争执，未擦洗银针。检查余杭县衙上报案卷，只报服毒身死，没有指明何毒，又查杭州知府上报案卷，均写“七窍流血”。讯问药店伙计杨小桥及钱宝生母亲钱姚氏，确认该店没有卖过砒霜。由此种种证言，刑部确知，葛品连因何身死，难以确认。
在事实真相逐步明朗的情况下，刑部尚书皂保上奏请将余杭知县刘锡彤及门丁沈彩泉递解到京，同时请求将葛品连的尸棺也押解到京，准备重新勘验。
为确保勘验的准确真实，刑部要求各沿途州县必须严密配合，派出兵丁押送，并给尸棺贴上封条，以防尸棺被调包。同时，命进京的证人滞留在京，以便由亲属确认所验是否葛品连的尸体，并抽