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此时，锦州和蓟州的兵士再次哗变，袁崇焕又上奏催促发饷，直接提出“军欲鼓噪，请发内帑”。崇祯见袁崇焕接连上疏，颇为不满，当着群臣的面怒道：“将兵者果能待部属如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”他认为，将帅如果能对待兵士如父子、家人一样，不说没有军饷，士兵即便饿死也不会吵闹。
但不管怎样，军饷还得解决，中央财政空虚，皇帝不肯发内帑之银，最后还是周延儒献策：“饷莫若粟，山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”意思是，以粟充银两发兵饷，崇祯也发了些内帑之银，以示对袁崇焕的倚重。兵变得以平息。
袁崇焕罢官家居时，皇太极逐渐稳定局势。他见最棘手的对手已去，趁机降服蒙古诸部，并弃称汗，堂而皇之称皇帝。袁崇焕回任后，因为兵变，军队有待重整，无力开战，打算重新借和谈以为缓兵之计。他致书皇太极说明此意。袁崇焕提出和谈条件，要皇太极先除去帝号，恢复称汗。
皇太极对袁崇焕的复出很警惕，当时的形势对满洲并不利，如果错过这一议和时机，袁崇焕挥师北上，自己很可能难以阻挡。皇太极也打算利用和谈强化自身，巩固辽沈，富国强兵，时机一到，就可“破竹长驱”。因此，他对袁崇焕的提议积极回应，显示出极大的诚意，表示甘愿称汗，自居为明朝藩邦。在此后不到一年的时间里，他先后发出八封议和书信，其中给袁崇焕的六封，给明朝诸大臣的两封。他提出的议和条件一是划定两国国界，二是明朝给后金铸造金国汗印，三是讲定修和之礼数目。袁崇焕回书说，和议之事“非一言可尽”，必须上奏朝廷方可。
但崇祯帝当时正年轻气盛，着眼中兴，对满清坚持不承认政策，不认同其地位，不与之交易，认为满洲是藩属，与之议和有损国威，一定要灭之恢复疆土。明朝与女真的此次议和也告失败，丧失了最后一次调整自己的良机。此后直至明朝覆亡，再也没有这种机会了。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 三
在与皇太极和谈的同时，袁崇焕着手整饬辽东的防务，加紧训练军队，并上疏请不再设辽东巡抚，同时把宁远、锦州合为一镇，由祖大寿驻守锦州，何可刚驻守宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己则镇守宁远总揽全局。
崇祯二年（1629年）闰四月，朝廷以春秋两防的功绩加袁崇焕太子少保头衔，从一品，比兵部尚书还高一级，同时赐蟒衣、银币，荫锦衣千户。袁崇焕意气风发，踌躇满志，致力于辽东军务，不久，他又做了一件令朝野震惊的大事，那就是用手中的尚方宝剑斩杀了另一个持有尚方宝剑的将领——毛文龙。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 四
毛文龙是浙江杭州人，祖籍在山西太平，万历二十三年（1595年）进士，官至山东布政使司。他原先不事产业，经常赌博，渐成无赖之徒，因有个舅舅在兵部做官，被推荐为都司，到辽东去投总兵李成梁，随军出援朝鲜，负责制造火药兵械，得到嘉奖。辽东失陷后，他带百余人以朝鲜为根据地，打打游击，不时侵扰后金军后背。天启元年（1621年）七月，毛文龙带领200余人偷袭了后金的镇江城（今辽宁丹东九连城），取得胜利，成为当时少有的胜仗，从此声名大噪，被封为东江总兵，加左都督，赐尚方剑，挂将军印，设军镇于皮岛。
皮岛又称椴岛、椵岛，位于鸭绿江口之南，距朝鲜本土仅一水之隔，地理位置显要。辽阳、沈阳失陷后，河东辽民多逃岛中。毛文龙在那里建房、练兵、征税，还与过往客商开展贸易，使之成为一块基地。朝廷特别为他设立一个军区，叫东江镇，以毛文龙为总兵，划拨粮饷。因当时袁崇焕还没有名气，毛文龙成为惟一能与后金军相持的人物，很受朝廷器重，甚至有人说：国家只要有两个毛文龙，就可以恢复辽地，擒努尔哈赤。
毛文龙以东江为基地，常常发动小股士兵，袭扰后金军营。尽管几次行动都以失败告终，却像只跳蚤搅扰得满军不得安宁，客观上也起到了一定的牵制作用。孰料，毛文龙占据皮岛后，因后金没有水军，安全感大增，过起了海外天子的日子，不再出兵骚扰后金，而且做起生意，征收商船通行税，又派人去后金辖区挖人参。同时他还保持与北京的联系，不时上疏，夸大自己的功劳和艰苦，邀功请赏，向朝廷索要粮饷。有一次，他竟把斩杀六人说成斩杀六万，甚至杀百姓以充后金兵数。他还向附近的朝鲜索要钱粮，理由是帮其阻击金兵，要出保护费。朝鲜作为附属国，只得依从。这样，毛文龙在皮岛没有起到应有的军事作用，钱却赚得盆满钵满。同时，他也没忘记拉拢朝中诸臣，送给魏忠贤及其党羽大量贿赂，许多大臣都为他撑腰说话。御史麦之龙弹劾毛文龙擅权专用，也被魏忠贤处死。据说，后来的历史学家在“满文秘档”中还发现了他与后金往来的密信，毛文龙在密信中与皇太极议降，说“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣”，在另一封密信中又称“尔率兵前来，我为内应，如此则取之易如反掌”。当然这已是后来知晓的事了。
毛文龙逐渐得意忘形，忘乎所以。崇祯刚刚即位，毛文龙即上疏，措辞激烈，说自己“七年苦楚，百事勤劳，有不平者事五”，即衣服不足、待遇不一、赏罚各异、抹煞战功、传言不断等，以辞职相威胁，请朝廷给予满足。崇祯不明真相，便下诏宽慰：“文龙远戍孤悬，备尝艰苦，屡建捷效，心迹自明。东顾方殷，岂得乞身求代，还宜益奋义勇，多方牵制，以纾朕怀。”更让毛文龙肆无忌惮。
袁崇焕与毛文龙之间的芥蒂早在袁崇焕指挥宁远之战时就已经开始了。当时，后金军攻打宁远，毛文龙却两次拥兵不救，到后金兵攻打毛文龙时，袁崇焕也有意无意慢半拍去救援，使毛文龙丢掉了铁山大营。此次袁崇焕重新督师，赴辽前与大学士钱龙锡商谈方略时就表示：整治辽东“当自东江始，文龙用则用之，不用则斩之，易易耳”。
袁崇焕到任后不久，就拿毛文龙开刀。他于崇祯二年四月上《策画东江事宜疏》，请求兵部改变运往东江粮食的航道，直接从山海关起运到觉华岛，再船运至东江，而不再经停登州、莱州，以接受蓟辽督师衙门的节制和核查。这一招自然断绝了毛文龙的财路，使皮岛成为一个死岛。毛文龙立刻上疏抗辩，说这等于是“拦喉切我一刀，必定立死”，更耍起无赖要挟说：袁督师是上司，我驳斥其疏不合礼法，还是听任皇上或撤或留，若撤，我当即上缴将军印，等候把我逮入京师治罪，也算成全我一生名节，以免耽误边疆大事，总比受这窝囊罪强。这一席话倚老卖老，更让袁崇焕对其恨之入骨。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 四
对待毛文龙，廷臣中分成截然对立的两派：支持者都是被他贿买的官员，鼓吹其功劳和价值；反对者认为他飞扬跋扈，作威作福，无益抗金。此时，袁崇焕写信给钱龙锡，说有斩毛文龙意，钱龙锡回信嘱托“务须慎重”。
崇祯二年（1629年）五月二十二日，袁崇焕离开宁远，乘船到达皮岛附近的双岛，以检阅军队的名义邀请毛文龙前来。袁崇焕充分考虑了形势：毛文龙已对他产生疑忌，邀其到宁远，其必起疑推脱，自己到皮岛也是深入虎穴，毕竟那是毛文龙的地盘，而双岛位处两者之间，两人都可以接受。六月初一日，毛文龙率领将士赶到双岛，以下属身份谒见，呈上礼帖。两人各怀机心地谈话，从初一谈到初三，袁崇焕试图说服毛文龙接受对其辖地的改造，同意船只改道，把皮岛并入宁远管辖，毛文龙当然不答应。此计不行，袁崇焕又试图说服毛文龙同意在皮岛设立文官监军，接受朝廷派来的饷监等，也遭到拒绝。
初四日，毛文龙为表示友好，请袁崇焕到皮岛视察。两人在皮岛又商谈一日，袁崇焕以“杭州西湖尽有乐地”，暗示要毛文龙辞职归里。毛文龙答：“久有此心，但灭了东奴，朝鲜又弱，可袭而有之。”袁崇焕的办法用尽，再无良策，一改几日的紧张气氛，以督师身份犒赏东江官兵，官每人三至五两银，兵每人数钱，又将带来的10万两饷银交卸东江。同时，又和毛文龙划定职权，旅顺以东由毛指挥，以西由袁指挥。毛文龙得到大批赏银，对新划的职权范围很是满意，就放松了警惕。
初五日，袁崇焕请毛文龙观赏将士射箭比赛。观赏毕，袁崇焕说，我明早即辞别，你一人担当海外守御重任，请受我一拜。说着下跪。毛文龙赶紧回拜。袁崇焕邀毛文龙登山叙别，把其将士挡在山下，只许一些将官跟随，询问那些将官的名字，多数姓毛。毛文龙解释说：“他们都是我的义孙。”袁崇焕说，你们在海外辛苦，为国效力，每月却只有五斗米的粮饷，令人痛心，请受我一拜。众将赶紧还礼。边走边拜，不觉走进大帐，袁崇焕突然变色，责问毛文龙违反朝命，虚报军功之事，毛文龙抗辩反驳。袁崇焕喝令随从摘下毛的冠带，捆绑起来，说：“本部院披肝沥胆，与你谈了三日，望你回头是岸，你狼子野心，一片欺诳，目中无本部院犹可，方今圣天子英武无纵，国法岂能相容？你有应斩十二罪。”接着就历数其罪：
一是不接受朝廷文臣监核，专制一方，兵马钱粮，也不受经抚管辖，专恣不羁；二是谎报军功，欺诳圣上，没有征战，却杀百姓、降兵充数以报首功；三是不守臣道，刚愎自傲，无人臣礼，宣称取南京易如反掌；四是侵占兵粮军饷，每年饷银十万，只发给士兵每月三五斗米；五是擅自与外国贸易，私开马市；六是官兵姓毛者数千，树立爪牙，玷污朝廷；七是劫掠过往客商船只，与盗贼无异；八是抢良家妇女，部下效尤，好色诲淫；九是草菅人命，强令百姓到后金辖地挖掘人参，不肯去的就不给粮食，听任饿死；十是以金银贿赂朝中官员，给魏忠贤建立生祠；十一是铁山一役，全军覆没，却谎报有功；十二是设立东江镇八年，没有收复寸土，观望养敌。
毛文龙吓得魂不附体，只叩头求生。袁崇焕问毛的部将毛文龙是否当斩，诸人点头如捣蒜，连连称是。有人低声说毛文龙数年辛劳，袁崇焕大怒道：“文龙一布衣耳，官极品，满门封荫，足酬劳，何悖逆如是？”说毕，跪下面向京师叩首：“臣今诛文龙以肃军，诸将中有若文龙者，悉诛。臣五年不能平奴，求皇上也以诛文龙者诛臣。”随即取下尚方剑，令水营都司赵不忮、何麟图监斩，令旗牌官张国柄持尚方剑，将毛文龙斩于帐前。
随后，袁崇焕安抚皮岛官兵，说今日只斩毛文龙，官兵照旧供职，恢复原姓，为国报效，又改编军队，整合队伍，分赏将士，稳定了毛的旧部反抗，防止了骚乱和哗变。第二天，袁崇焕又命将毛文龙尸体装棺安葬，还亲自到灵柩前祭奠，并说：“昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃僚友私情。”安抚各岛军民停当，于初九日返回宁远。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 四
回到宁远，袁崇焕即奏报朝廷，朝中大臣无不惊愕骇然。崇祯帝也很是震惊，但想毛文龙已死，目前辽东事又倚仗袁崇焕，只得下旨嘉奖褒扬，同时公布毛文龙的罪状，说毛文龙“悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪”云云。
即便如此，时人对于此事依然议论纷纷，褒贬不一。从当时情形看，袁崇焕此举确实有些冒失。他所提出的十二条罪状中并非每条都是死罪，如给魏忠贤建生祠，当时全国各地都是如此，袁崇焕本人也曾申请建立，只是因故没有建成。而且，毛文龙也是皇帝钦命的边塞大将，同样被授尚方剑和将军印，袁崇焕虽有尚方剑但也不能随意处置封疆大吏。同时毛文龙的罪行并非特别紧急，也非反叛作乱，只不过是狂放不羁和冒功请赏，用不着先斩后奏，本可以先奏明朝廷，听从朝廷的旨意再处置。袁崇焕自作主张，武断行事，有些没有把朝廷和皇帝放在眼里。这样的事对多疑的崇祯帝来说只有一次就可以认定袁崇焕的脾性了。在崇祯帝看来，此时的袁崇焕远比毛文龙更为跋扈不羁，他自恃辽东依赖于他，擅杀大将，严重侵犯皇帝的权力，这样的人不能不提防。一旦袁崇焕让皇帝感到了坐立不安，他的危机也就来了。
从客观上来看，毛文龙驻守的东江镇，是在朝鲜投降后金的崇祯初年，惟一能从敌人腹背起到牵制左右的重镇。毛文龙一死，无人有能力统辖节制东江镇，袁崇焕也无暇顾及，使昔日兵镇如同散沙，再无任何作用。而且毛文龙的部下对袁崇焕杀主一直耿耿于怀，愤恚不满，逐渐叛逃。最有名的就是孔有德、耿仲明、尚可喜三人，他们后来为清军立下赫赫战功，被清廷封王。清初的四大降王，除了吴三桂外，就是毛文龙的这三个旧部。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 五
毛文龙死后三个月，皇太极突然倾全国之力绕开宁远、山海关防线，由蒙古境内开拔，兵分三路，分别从大安口、龙井关、洪山口突袭长城防线。其后，金兵攻城略地，势不可挡，顷刻兵临遵化（今属河北），直逼北京。消息迅速传来，京师戒严，人心惶惶，不少人开始南逃。
皇太极所以选择此时突袭，一是明廷坚决不肯议和，却又无力改变现状，相持下去对自己来说很不利；二是本年后金遭受严重饥荒，饿殍遍地；三是地处腹背的朝鲜、毛文龙已不再构成威胁，没有了后顾之忧；四是蒙古部落新归顺后金，可作先导和前锋。此数种因素使皇太极选择了先发制人。当然，皇太极并非没有顾虑，后金统治者内部对此次行动分歧很大，争论持续了数日。以举国之力攻击庞大的明朝，劳师袭远，粮草不济，兵力必然削弱，更重要的是万一袁崇焕乘虚攻入都城沈阳，后果不堪设想。但经过数日争辩，皇太极还是决定冒险出征。
袁崇焕十月二十八日得报，当时身在宁远，立即传令分兵两路，一路由山海关总兵赵率教带骑兵4000西上堵截，驰救遵化，另一路由祖大寿、何可纲马不停蹄，增援北京，自己则镇后策划。
十一月初四日，后金军进攻遵化城。巡抚王元稚依城固守，顽强抵抗。赵率教援兵星夜兼驰，抵达三屯营。但三屯营总兵朱国彦胆小如鼠，不容入城，赵率教率部直奔遵化，途中遭遇后金贝勒阿济格所部，力战身亡，全军覆没。初五日，遵化城陷，王元稚自缢。
遵化陷落，朝廷一片混乱。崇祯惊慌失措，大力提拔一切可用之人。他将原兵部尚书王洽革职下狱，召还赋闲在家的孙承宗任兵部尚书兼中极殿大学士，负责保卫京师。
初十日，袁崇焕率祖大寿、何可刚一路援军飞抵蓟州，沿途所经各地都留兵布防，准备截断清军退路。崇祯帝得知袁崇焕驰兵入卫，下旨褒奖，主动发内帑犒赏将士，令袁崇焕统率各路军马。袁崇焕令祖大寿作先锋，自己居中调停，赴援京师。
此时，