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二十四日，努尔哈赤派人劝降，被袁崇焕骂回，遂开始攻城。后金军善于骑射野战，来势凶猛。袁崇焕待敌兵迫近，下令发射刚刚引进的西洋巨炮，又用石头火木向敌军猛砸。后金兵死伤甚重，努尔哈赤也被炮火余力击伤。后金兵连攻三日，袁崇焕率军民死守，战斗异常惨烈。战火中袁崇焕肩臂受伤，鲜血染红了战袍。将士劝他下城，他撕下战袍裹住伤口，继续指挥。此时正值严冬，袁崇焕的胳膊与血染的战袍被冻粘在一起。将士们见主帅誓死抗敌，争死效命，血战三天三夜，杀得金兵尸横遍野。努尔哈赤见力攻不下，最终不得不下令退兵。袁崇焕守卫宁远取得了令人瞠目结舌的胜利。这就是有名的“宁远大捷”。
努尔哈赤自25岁起兵以来，至今四十余年，大小数百战，战无不克，攻无不胜，而且多是以少胜多，令明军闻风丧胆。如今，攻打一个孤城宁远竟毫无办法，而且损失惨重，愤恚不已，退兵途中劫掠了明军的一个粮草重地觉华岛，将守岛的几千名兵将屠杀殆尽，又焚烧了十万石粮草，以泄败兵之恨。尽管如此，努尔哈赤依然郁郁寡欢，又兼患上了痈疽病症，是年八月还没回到沈阳就一命呜呼了，时年68岁。宁远之战是努尔哈赤一生中惟一的一次大败仗。后来，清朝人在修《明史》谈到此次战役时说：“我大清兵举兵所向，无不摧破，诸将罔敢议战守，议战守自崇焕始。”
袁崇焕指挥的宁远大捷，打破了后金军不可战胜的神话，使关外筑城防守策略的正确性得到验证，极大振奋了明末低迷的官心、军心、民心。消息传到北京，举朝振奋，论定功次。高第因坐守不援被免职，由王之臣代替高第出任辽东经略，升袁崇焕为右佥都御史、辽东巡抚。
当时，魏忠贤势焰日炽，把握朝政，不少大臣趋炎附势，蝇营狗苟，阉党大盛。魏忠贤派两名亲信太监刘应坤、纪用镇守山海关。袁崇焕极力反对却毫无作用。
王之臣经略辽东后，袁崇焕又与他在人事安排和职权划分上产生了意见冲突。朝廷为调和两者关系，只得将辽东防务划分为二：关内由王之臣负责，关外由袁崇焕负责。这种简单的做法不仅没有调和好两人的关系，反而事与愿违，双方对此都不甚满意：袁崇焕认为这是对他的不信任和猜忌，而王之臣职任辽东经略，有权节制关内外兵事，现在却只负责关内，权力小了一半。一时间，廷内不少大臣认为袁崇焕居功自傲，不服节制，弹劾的奏折和言论日渐增多。袁崇焕性情耿直，即上疏申辩：“任劳则必召怨，蒙罪始可有功，怨不深则劳不著，罪不大则功不成，谤书盈箧，毁言日至，从古已然，惟圣明与廷臣始终之。”他认为自己之所以被弹劾攻击，是因为功劳太显。尽管他说的不无道理，但此时上疏申辩在外人看来很有些自视甚高甚至要挟的意思。天启七年（1627年），朝廷怕两人失和对备战不利，将王之臣召回京师，由袁崇焕一人节制关内外军事。
努尔哈赤死后，其第八子皇太极继位。此时，满洲正处于内困外乏的忧患时期，他们作为游牧民族，生产力低下，又急剧扩军，不仅导致百姓生活难以满足，军需补给也很困难。皇太极的皇位来之不易，还很不稳固，要笼络、震慑其他贝勒，巩固自己的位子。基于这许多方面的考虑，皇太极需要一定的喘息时机，既无力也不想在此时与庞大的明朝大动干戈。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 二
在明朝，北部边境线被高第撤退后，仅余宁远、前屯卫两城。袁崇焕深知，与善于骑射的女真族作战必须训练一支野战军，而练兵、屯田、造械、修筑锦州宁远防线等等都需时日，也渴盼后金这一时期不发动攻势。双方都需要一段的休战时间，不约而同地产生了和谈的念头。
得知努尔哈赤死讯后，袁崇焕立即奏报朝廷。并经请准，派遣人员，前往沈阳进行吊丧，兼贺新汗皇太极继位；同时打探后金内部的虚实。这是明朝官员自辽事以来第一次到后金进行政治活动，皇太极也显得颇为友好，殷勤接待并派使回谢，献上人参、貂皮等礼物，并附上了文书。袁崇焕见来书封面题写“大明”、“大金”字样并列，认为后金桀骜自大，有损大明国朝尊严，没有拆封就直接让来使带回，也没有复信。
当时，满洲还没有吞明的野心和胆量，女真人口不到80万，土地也就10万平方公里，而明朝人口近1亿，国土350多万平方公里，此外还有几个附属国。两国实力悬殊。双方的议和各有自己的目的：皇太极是要明朝承认自己现有的疆域，能和明朝自由贸易，发展经济，壮大实力；袁崇焕则是想借议和重整力量，一举荡平满洲，收复全部辽东失地，重现大明帝国的辉煌。
正在双方积极准备谈判的时候，皇太极竟出其不意地出兵朝鲜，并攻击据守皮岛的明朝守将毛文龙。朝鲜作为明朝的附属国，一直向明朝进贡并听从明朝调遣，明朝负责保护其不受日本侵略。辽事以来，朝鲜在后方给后金军极大牵制，使其不敢大肆攻明。后金对朝鲜觊觎已久，使之屈服不仅可以得到其丰富的物产，更可以解除进攻明朝的后顾之忧。此时袁崇焕正忙着修建锦州城池，构筑锦州、宁远防线，得报急派兵增援。而援兵未到，朝鲜已经抵挡不住，投降了后金。
袁崇焕开始议和的时候，明廷并不知道。及至奏报上呈，皇帝下圣旨准许了议和，但后来又认为这种做法不策略，接连下旨禁止。袁崇焕要借议和收复故土，更加极力坚持议和。此时，就有科道官说朝鲜和毛文龙被攻打，是议和所致。
天启七年（1627年）五月，皇太极出兵南下，直抵宁远的外围要塞锦州，把锦州四面包围了起来。守卫锦州的是山海关总兵官赵率教和太监纪用，势单力薄，就用求和作缓兵之计等待援兵。袁崇焕派祖大寿带4000精锐骑兵从宁远出发，准备从敌后袭击，不料却被截回。双方议和未成，后金兵大举攻打锦州，赵率教带兵死守，从五月十一日到六月四日，血战30余场，毫不退缩。皇太极见攻锦州不胜，就于二十八日分大部兵力去攻宁远。袁崇焕兵力较上次已大为增长，此次不仅仅是防守炮轰，也出城与后金兵野战厮杀。原来曾与袁崇焕有过节的大将满桂也奋力拼杀，身中数箭不下火线。战斗异常残酷，金兵伤亡惨重，城下尸积如山，不得已放弃宁远，又转攻锦州。锦州将士奋力抵抗，后金军见仍不能克胜，只得于六月五日撤退，只毁了大、小凌河两座城。这是明军对后金军的第二次血战胜利，史称“宁锦大捷”。
从宁远大捷到宁锦大捷，其间一年半的时间，袁崇焕将他的军事思想和军事方略运用到营建辽东防线上。他总结上次宁远大捷的经验，根据敌我军队的特点，提出了“凭坚城以用大炮”的战术原则，认为敌兵善于野战，我军则拙于野战，只能凭借坚固的城池打击敌兵；又提出“守为正著，战为奇著，款为旁著”的策略，认为防守是第一位的，野战、款和等等都可以用，但不能为主；从长远看，他提出了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守关外以御关内”的方略，从而接连获得两次大捷，给入侵的后金以沉重打击。一时海内惊叹。
但明廷内部尖锐激烈的派系争斗并未让袁崇焕尝到胜利的喜悦。袁崇焕虽然不是东林党，也不与东林党过从太密，但其座师韩爌、保荐他的御史侯恂、前辽东经略熊廷弼等等都与他关系极好，而此数人与东林党关系不一般。因此，袁崇焕也被目为东林一派。阉党交章弹劾，说袁崇焕不救援锦州是“暮气”，袁崇焕便请求辞官。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 二
事实上，袁崇焕在锦州被困时，因考虑宁远位置重要，关系整个辽东局势和国家安危，上疏请求派其他兵力驰援锦州，天启帝表示同意。袁崇焕又请让他本人带兵35000人救援，却遭到兵部的阻止：“援锦之役，责成三帅，宁抚只宜在镇，居中调度，战守兼筹，不必身在行间。”袁崇焕只得调派满桂、祖大寿等人前去驰援。
耿直倔犟的袁崇焕不愿争辩，请求辞官，七月，天启帝准许他辞官归家，而用王之臣代任督师兼辽东巡抚，驻于宁远。
朝廷官员因宁锦大捷增秩赐荫者有几百人，魏忠贤的从孙魏鹏翼还在襁褓中，也被封为安平伯。而袁崇焕只增加一级俸禄。尚书霍维华为袁崇焕抱不平，上疏要求把荫职让给袁崇焕，魏忠贤也未准许。梁启超读到此，在他的《袁督师传》中慨叹道：“古未有奸臣在内，而名将得立功于外者！”
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 三
天启七年（1627年）八月二十二日，23岁的天启帝朱由校病死，因无子由其17岁的弟弟朱由检嗣位，年号崇祯。崇祯帝即位伊始，就展现出了不同于天启帝的强硬姿态。他在东林余党的支持协助下，将阉党一举击溃，魏忠贤被赐死，其党羽被称为“逆党”，或杀头或革职。被阉党排挤罢免的大臣又得起用，冤死的大臣得到平反。人心大快，朝政为之一变。崇祯帝也被臣民看作是“中兴之君”。是年十一月，崇祯帝重新起用袁崇焕，任为都察院右都御史，管兵部添注左侍郎事。
崇祯元年（1628年）四月，再升袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，指挥蓟、辽的部队，兼负责登州、莱州、天津军务。按明制，军官需由文臣担任，主要是担心武官掌握兵权威胁皇位。带兵的文臣衔级最高为督师，一般必须以大学士兼任，宰相或首辅出外带兵才称督师。袁崇焕不是大学士，却有了大学士方能得到的军事最高官衔，此时距他做知县时仅六年时间，提拔速度之快令人瞠目。只是他的兵部尚书衔，是督师所加的加兵部尚书衔，并非真正的兵部尚书。
七月，袁崇焕从广西家中赶到京师，崇祯帝在宫城平台召见袁崇焕及亲信大臣。崇祯帝慰劳一番后，问袁崇焕：满洲起兵已经十余年，我国失土丧师，生灵涂炭，朕把你从万里之外召来，你有何方略平辽？袁崇焕见新皇帝礼贤下士，态度谦和地咨询于他，一时很是激动，脱口而出：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年全辽可复。”崇祯帝大喜，当着群臣的面许诺，只要能“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。”群臣也随声附和，称袁崇焕赤胆报国，是“真奇男子”。
崇祯此时稍感疲倦，要休息片刻。给事中许誉卿趁机私下里问袁崇焕用什么计策可以五年复辽？袁崇焕一怔，答道：“圣心焦劳，聊以相慰也。”意思说，考虑到皇帝为辽事日夜焦虑，我是宽慰皇上的。许誉卿一听，立即责怪道：“皇上英明，安可漫对？异日按期责效，奈何？”袁崇焕一听，才发觉自己失言，有些不自然。等皇帝出来继续谈话时，袁崇焕就改变口气说：“陛下把辽事委托于我，我怎敢说难？但五年内，必须事事应手，户部转解军饷，工部供应武器，吏部安排人事，兵部调兵遣将，都应随处配合，才能收到成效。”崇祯帝当即命令在场的户部尚书王家桢、工部尚书张维枢、吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋在粮饷、兵器、用人、兵将方面全力配合袁督师，不得懈怠迟误。
袁崇焕又提出自己的担心：“以臣之力，制全辽有余，调众口不足，一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣肘，亦能以意见乱臣谋。”这话当着群臣的面说给皇帝听，规劝皇帝不要听信谗言，更强调“将在外君命有所不受”，是想让皇帝当面表态，很有些刺耳。崇祯不觉站起来表态说：“卿勿疑虑，朕自主持。”
群臣见皇帝力挺袁崇焕，齐声请皇帝赐袁崇焕尚方宝剑以便宜行事。当时持有尚方宝剑的有王之臣、满桂和毛文龙三大将帅。皇帝当即应允，宣旨收回王之臣和满桂的尚方宝剑，用来赐给袁崇焕，准许他相度机宜、自行处事。在崇祯看来，只要能收复辽土，所有条件均可答应，辽东一平，大明中兴也就指日可待。
袁崇焕几乎承担了崇祯帝的全部期望，自己也感到担子沉重。临赴关前，他又向皇帝上疏陈述自己治辽的方略和顾虑。方略仍是他以前所提的“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守为正著，战为奇著，款为旁著”，同时他又指出平辽不能急功近利，要稳扎稳打，务求实效，“法在渐不在骤，在实不在虚”，这是他总结和后金之间的战役而得出的持久作战的方略。接着，他一针见血地指出对朝廷在边疆用人方面的顾虑：一是要“任而勿贰，信而勿疑”，皇帝和大臣不能根据片言只语指摘边将，二是兵不厌诈，前线情况虚虚实实，瞬息万变，“图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难”，敌人可能用反间计，散播谣言，挑拨离间，也请皇帝和大臣注意。崇祯接到奏章，优旨褒答，赐袁崇焕蟒袍、玉带和银币，表示对他的充分信任。袁崇焕上疏推辞了蟒袍、玉带。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 三
同月，四川、湖广到宁远戍守的士兵因缺了四个月的饷而哗变，其余十三营也起来响应，把巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等捆缚起来作为人质，逼迫明廷发饷。
明代征兵采取招募制，明初的卫所制度和兵源征募法已经名存实亡。到明末时只有生活无计的人才去当兵，不仅素质无法保证，而且多数人是冲着军饷而来，靠军饷养活自己和家人。发军饷是户部即中央财政的职责，但明末中央财政匮乏，虽然年年加征用于平辽的“辽饷”，但许多被冒挪截用，集中到了皇帝和贪官污吏的私家仓库中。此时欠饷已逾四个月，士兵哗变也是可以预料到的。兵备副使郭广到后，亲自保护毕自肃，并收集了抚赏和自己朋友的两万两白银发给士兵，士兵们仍然不满足，郭广又向商人和百姓借贷，凑足了5万两白银，哗变的士兵才散去。毕自肃上疏承担了罪责，走到中卫所，自缢而死。
八月初，袁崇焕赶到山海关，听到士兵哗变的消息后，即赶到宁远和郭广密商，宽宥了鼓动兵变的首领，准许他们立功赎罪，只惩罚了几名哗变的从犯，同时斩了明知兵变而不及时上报的中军，将兵变平息下来。
但朝廷的军饷依然没有发下。袁崇焕上疏朝廷请饷。崇祯一听要发内帑之银作军饷，很是不悦，又不好明确拒绝，召集群臣商讨。吏部侍郎周延儒奏说：“古人虽罗雀掘鼠，而军心不变。现在各地军卒动辄鼓噪，其中必有缘故。”
周延儒（1593～1644），字玉绳，号挹斋，宜兴（今江苏常州）人。他自幼聪慧，很有才华，20多岁时连中会元、状元。崇祯三年（1630年）为首辅，年仅36岁。为官机智敏慧，善于察颜观色，曾深得崇祯帝器重与信任。崇祯六年（1633年）他被政敌温体仁排挤罢相，后又重新入相，最后以兵败被逼自缢。
罗雀掘鼠是唐代张巡的典故。安史之乱时，大将张巡被安禄山围困在睢阳，苦守月旬，军中绝粮，兵士只得张网捕雀、掘穴捉鼠来充饥，仍坚守不屈。周延儒此时提出这一典故，暗示袁崇焕有以兵变要挟的企图。崇祯帝颔首会意，但也不好发作。
此时，锦州和蓟州的兵士再次哗变，袁崇�